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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
14/02/2013 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BITAR, M.; DRUMMOND, M. G.; COSTA, M. G. S.; LOBO, F. P.; CALZAVARA-SILVA, C. E.; BISCH, P. M.; MACHADO, C. R.; MACEDO, A. M.; PIERCE, R. J.; FRANCO, G. R. |
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Afiliação: |
MAINÁ BITAR, UFRJ, UFMG; MARCELA GONÇALVES DRUMMOND, UFMG, Univ. Lille Nord de France; MAURICIO GARCIA SOUZA COSTA, UFRJ; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; CARLOS EDUARDO CALZAVARA-SILVA, Fiocruz; PAULO MASCARELLO BISCH, UFRJ; CARLOS RENATO MACHADO, UFMG; ANDRÉA MARA MACEDO, UFMG; RAYMOND J. PIERCE, Univ. Lille Nord de France; GLÓRIA REGINA FRANCO, UFMG. |
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Título: |
Modeling the zing finger protein SmZF1 from Schistosoma mansoni: Insights into DNA binding and gene regulation. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Molecular Graphics and Modelling, New York, v. 39, p. 29-38, 2013. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Zinc finger proteins are widely found in eukaryotes, representing an important class of DNA-binding proteins frequently involved in transcriptional regulation. Zinc finger motifs are composed by two antiparallel b-strands and one a-helix, stabilized by a zinc ion coordinated by conserved histidine and cysteine residues. In Schistosoma mansoni, these regulatory proteins are known to modulate morphological and physiological changes, having crucial roles in parasite development. A previously described C2H2 zinc finger protein, SmZF1, was shown to be present in cell nuclei of different life stages of S. mansoni and to activate gene transcription in a heterologous system. A high-quality SmZF1 tridimensional structure was generated using comparative modeling. Molecular dynamics simulations of the obtained structure revealed stability of the zinc fingers motifs and high flexibility on the terminals, comparable to the profile observed on the template X-ray structure based on thermal b-factors. Based on the protein tridimensional features and amino acid composition, we were able to characterize four C2 H2 zinc finger motifs, the first involved in protein?protein interactions while the three others involved in DNA binding. We defined a consensus DNA binding sequence using three distinct algorithms and further carried out docking calculations, which revealed the interaction of fingers 2?4 with the predicted DNA. A search for S. mansoni genes presenting putative SmZF1 binding sites revealed 415 genes hypothetically under SmZF1 control. Using an automatic annotation and GO assignment approach, we found that the majority of those genes code for proteins involved in developmental processes. Taken together, these results present a consistent base to the structural and functional characterization of SmZF1. MenosZinc finger proteins are widely found in eukaryotes, representing an important class of DNA-binding proteins frequently involved in transcriptional regulation. Zinc finger motifs are composed by two antiparallel b-strands and one a-helix, stabilized by a zinc ion coordinated by conserved histidine and cysteine residues. In Schistosoma mansoni, these regulatory proteins are known to modulate morphological and physiological changes, having crucial roles in parasite development. A previously described C2H2 zinc finger protein, SmZF1, was shown to be present in cell nuclei of different life stages of S. mansoni and to activate gene transcription in a heterologous system. A high-quality SmZF1 tridimensional structure was generated using comparative modeling. Molecular dynamics simulations of the obtained structure revealed stability of the zinc fingers motifs and high flexibility on the terminals, comparable to the profile observed on the template X-ray structure based on thermal b-factors. Based on the protein tridimensional features and amino acid composition, we were able to characterize four C2 H2 zinc finger motifs, the first involved in protein?protein interactions while the three others involved in DNA binding. We defined a consensus DNA binding sequence using three distinct algorithms and further carried out docking calculations, which revealed the interaction of fingers 2?4 with the predicted DNA. A search for S. mansoni genes presenting putative SmZF1 binding sites reve... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Ligação de DNA; Regulação gênica. |
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Thesagro: |
Schistosoma Mansoni. |
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Thesaurus Nal: |
DNA-binding proteins; Gene expression regulation; Zinc finger motif. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aZinc finger proteins are widely found in eukaryotes, representing an important class of DNA-binding proteins frequently involved in transcriptional regulation. Zinc finger motifs are composed by two antiparallel b-strands and one a-helix, stabilized by a zinc ion coordinated by conserved histidine and cysteine residues. In Schistosoma mansoni, these regulatory proteins are known to modulate morphological and physiological changes, having crucial roles in parasite development. A previously described C2H2 zinc finger protein, SmZF1, was shown to be present in cell nuclei of different life stages of S. mansoni and to activate gene transcription in a heterologous system. A high-quality SmZF1 tridimensional structure was generated using comparative modeling. Molecular dynamics simulations of the obtained structure revealed stability of the zinc fingers motifs and high flexibility on the terminals, comparable to the profile observed on the template X-ray structure based on thermal b-factors. Based on the protein tridimensional features and amino acid composition, we were able to characterize four C2 H2 zinc finger motifs, the first involved in protein?protein interactions while the three others involved in DNA binding. We defined a consensus DNA binding sequence using three distinct algorithms and further carried out docking calculations, which revealed the interaction of fingers 2?4 with the predicted DNA. A search for S. mansoni genes presenting putative SmZF1 binding sites revealed 415 genes hypothetically under SmZF1 control. Using an automatic annotation and GO assignment approach, we found that the majority of those genes code for proteins involved in developmental processes. Taken together, these results present a consistent base to the structural and functional characterization of SmZF1.
650 $aDNA-binding proteins
650 $aGene expression regulation
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773 $tJournal of Molecular Graphics and Modelling, New York$gv. 39, p. 29-38, 2013.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
26/05/2009 |
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Data da última atualização: |
02/08/2019 |
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Autoria: |
DENADAI, J. C.; DUCATTI, C.; SARTORI, J. R.; MÓRI, C.; GOTTMANN, R.; MITUO, M. A. O. |
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Afiliação: |
Juliana Célia Denadai, UNESP/FMVZ/DMZNA; Carlos Ducatti, Unesp/Instituto de Biociências/Centro de Isótopos Estáveis; José Roberto Sartori, UNESP/FMVZ/DMZNA; Cleusa Móri, Unesp/Instituto de Biociências/Centro de Isótopos Estáveis; Rosana Gottmann, UNESP/FMVZ/DMZNA; Mariela Akie Okino Mituo, UNESP/FMVZ/DMZNA. |
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Título: |
Rastreabilidade da farinha de carne e ossos bovinos em ovos de poedeiras alimentadas com ingredientes alternativos. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 44, n. 1, p. 1-7, jan. 2009. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Título em inglês: Traceability of bovine meat and bone meal in eggs from laying hens fed with alternative ingredients. |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi detectar traços de farinha de carne e ossos bovinos, em ovos de poedeiras alimentadas com dietas comerciais com inclusão de ingredientes vegetais alternativos e leveduras. A detecção foi feita pela técnica dos isótopos estáveis do carbono e do nitrogênio. Foram utilizadas 384 poedeiras, distribuídas aleatoriamente em oito tratamentos. Os tratamentos consistiram de uma dieta-controle à base de milho e farelo de soja e sete dietas com inclusão de farinha de carne e ossos bovinos, acrescidas ou não de outros ingredientes (farelo de trigo, quirera de arroz, farelo de algodão, glúten de milho, levedura de cana e levedura de cerveja). No 35o dia, foram tomados aleatoriamente 24 ovos por tratamento: 12 para análise de ovo e 12 para análise de gema e albúmen, em separado. Após análise isotópica de carbono e nitrogênio, os resultados foram submetidos à análise multivariada de variância. As médias dos pares isotópicos dos ovos, gema e albúmen, em todos os tratamentos, diferiram daquelas do tratamento-controle. A técnica dos isótopos estáveis permite detectar, nos ovos, gema e albúmen, a farinha de carne e ossos bovinos utilizada na dieta de poedeiras, mesmo com a inclusão de outros ingredientes vegetais e leveduras. |
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Palavras-Chave: |
carbon-13; carbono-13; certificação; encefalopatia espongiforme bovina; Isótopo estável; nitrogen-15; nitrogênio-15. |
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Thesaurus NAL: |
bovine spongiform encephalopathy; certification; Gallus gallus; stable isotopes. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/38025/1/44n01a01.pdf
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Marc: |
LEADER 02359naa a2200325 a 4500
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008 2009 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aDENADAI, J. C.
245 $aRastreabilidade da farinha de carne e ossos bovinos em ovos de poedeiras alimentadas com ingredientes alternativos.
260 $c2009
500 $aTítulo em inglês: Traceability of bovine meat and bone meal in eggs from laying hens fed with alternative ingredients.
520 $aO objetivo deste trabalho foi detectar traços de farinha de carne e ossos bovinos, em ovos de poedeiras alimentadas com dietas comerciais com inclusão de ingredientes vegetais alternativos e leveduras. A detecção foi feita pela técnica dos isótopos estáveis do carbono e do nitrogênio. Foram utilizadas 384 poedeiras, distribuídas aleatoriamente em oito tratamentos. Os tratamentos consistiram de uma dieta-controle à base de milho e farelo de soja e sete dietas com inclusão de farinha de carne e ossos bovinos, acrescidas ou não de outros ingredientes (farelo de trigo, quirera de arroz, farelo de algodão, glúten de milho, levedura de cana e levedura de cerveja). No 35o dia, foram tomados aleatoriamente 24 ovos por tratamento: 12 para análise de ovo e 12 para análise de gema e albúmen, em separado. Após análise isotópica de carbono e nitrogênio, os resultados foram submetidos à análise multivariada de variância. As médias dos pares isotópicos dos ovos, gema e albúmen, em todos os tratamentos, diferiram daquelas do tratamento-controle. A técnica dos isótopos estáveis permite detectar, nos ovos, gema e albúmen, a farinha de carne e ossos bovinos utilizada na dieta de poedeiras, mesmo com a inclusão de outros ingredientes vegetais e leveduras.
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650 $acertification
650 $aGallus gallus
650 $astable isotopes
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653 $acarbono-13
653 $acertificação
653 $aencefalopatia espongiforme bovina
653 $aIsótopo estável
653 $anitrogen-15
653 $anitrogênio-15
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700 1 $aGOTTMANN, R.
700 1 $aMITUO, M. A. O.
773 $tPesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF$gv. 44, n. 1, p. 1-7, jan. 2009.
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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