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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
31/10/2017 |
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Data da última atualização: |
31/10/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
RENDÓN-ANAYA, M.; MONTERO-VARGAS, J. M.; SABURIDO-ALVAREZ, S.; VLASOVA, A.; CAPELLA-GUTIERREZ, S.; ORDAZ-ORTIZ, J. J.; AGUILAR, O. M.; VIANELLO, R. P.; SANTALLA, M.; DELAYE, L.; GABALDÓN, T.; GEPTS, P.; WINKLER, R.; GUIGÓ, R.; DELGADO-SALINAS, A.; HERRERA-ESTRELLA, A. |
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Afiliação: |
MARTHA RENDÓN-ANAYA, CINVESTAV, México; JOSAPHAT M. MONTERO-VARGAS, CINVESTAV, México; SOLEDAD SABURIDO-ALVAREZ, CINVESTAV, México; ANNA VLASOVA, CENTRE FOR GENOMIC REGULATION, Barcelona; SALVADOR CAPELLA-GUTIERREZ, CENTRE FOR GENOMIC REGULATION, Barcelona; JOSE JUAN ORDAZ-ORTIZ, CINVESTAV, México; O. MARIO AGUILAR, UNLP-CONICET, Argentina; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF; MARTA SANTALLA, NATIONAL SPANISH RESEARCH COUNCIL, Espanha; LUIS DELAYE, CINVESTAV, México; TONI GABALDON, CENTRE FOR GENOMIC REGULATION, Barcelona; PAUL GEPTS, UNIVERSITY OF CALIFORNIA, Davis; ROBERT WINKLER, CINVESTAV, México; RODERIC GUIGÓ, CENTRE FOR GENOMIC REGULATION, Barcelona; ALFONSO DELGADO-SALINAS, UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MEXICO; ALFREDO HERRERA-ESTRELLA, CINVESTAV, México. |
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Título: |
Genomic history of the origin and domestication of common bean unveils its closest sister species. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Genome Biology, v. 18, n. 1, p. 1-17, Mar. 2017. |
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DOI: |
0.1186/s13059-017-1190-6 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Modern civilization depends on only a few plant species for its nourishment. These crops were derived via several thousands of years of human selection that transformed wild ancestors into high-yielding domesticated descendants. Among cultivated plants, common bean (Phaseolus vulgaris L.) is the most important grain legume. Yet, our understanding of the origins and concurrent shaping of the genome of this crop plant is limited. Results: We sequenced the genomes of 29 accessions representing 12 Phaseolus species. Single nucleotide polymorphism-based phylogenomic analyses, using both the nuclear and chloroplast genomes, allowed us to detect a speciation event, a finding further supported by metabolite profiling. In addition, we identified ~1200 protein coding genes (PCGs) and ~100 long non-coding RNAs with domestication-associated haplotypes. Finally, we describe asymmetric introgression events occurring among common bean subpopulations in Mesoamerica and across hemispheres. Conclusions: We uncover an unpredicted speciation event in the tropical Andes that gave rise to a sibling species, formerly considered the ?wild ancestor? of P. vulgaris, which diverged before the split of the Mesoamerican and Andean P. vulgaris gene pools. Further, we identify haplotypes strongly associated with genes underlying the emergence of domestication traits. Our findings also reveal the capacity of a predominantly autogamous plant to outcross and fix loci from different populations, even from distant species, which led to the acquisition by domesticated beans of adaptive traits from wild relatives. The occurrence of such adaptive introgressions should be exploited to accelerate breeding programs in the near future. MenosBackground: Modern civilization depends on only a few plant species for its nourishment. These crops were derived via several thousands of years of human selection that transformed wild ancestors into high-yielding domesticated descendants. Among cultivated plants, common bean (Phaseolus vulgaris L.) is the most important grain legume. Yet, our understanding of the origins and concurrent shaping of the genome of this crop plant is limited. Results: We sequenced the genomes of 29 accessions representing 12 Phaseolus species. Single nucleotide polymorphism-based phylogenomic analyses, using both the nuclear and chloroplast genomes, allowed us to detect a speciation event, a finding further supported by metabolite profiling. In addition, we identified ~1200 protein coding genes (PCGs) and ~100 long non-coding RNAs with domestication-associated haplotypes. Finally, we describe asymmetric introgression events occurring among common bean subpopulations in Mesoamerica and across hemispheres. Conclusions: We uncover an unpredicted speciation event in the tropical Andes that gave rise to a sibling species, formerly considered the ?wild ancestor? of P. vulgaris, which diverged before the split of the Mesoamerican and Andean P. vulgaris gene pools. Further, we identify haplotypes strongly associated with genes underlying the emergence of domestication traits. Our findings also reveal the capacity of a predominantly autogamous plant to outcross and fix loci from different populations, e... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Adaptive traits; Genomic introgression. |
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Thesagro: |
Feijão; Phaseolus vulgaris. |
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Thesaurus Nal: |
Biological speciation; Domestication; Genomics. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/165852/1/CNPAF-2017-gb.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Pecuária Sul. |
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Data corrente: |
15/01/2019 |
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Data da última atualização: |
19/08/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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Autoria: |
BALDONI, A. B.; TONINI, H.; HOOGERHEIDE, E. S. S. |
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Afiliação: |
AISY BOTEGA BALDONI TARDIN, CPAMT; HELIO TONINI, CPPSUL; EULALIA SOLER SOBREIRA HOOGERHEIDE, CPAMT. |
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Título: |
Pré-melhoramento da castanheira-do-brasil no Mato Grosso: diversidade genética, sistema de cruzamento e fluxo gênico. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
In: FARIAS NETO, A. L. de; NASCIMENTO, A. F. do; ROSSONI, A. L.; MAGALHÃES, C. A. de S.; ITUASSU, D. R.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; IKEDA, F. S.; FERNANDES JUNIOR, F.; FARIA, G. R.; ISERNHAGEN, I.; VENDRUSCULO, L. G.; MORALES, M. M.; CARNEVALLI, R. A. (Ed.). Embrapa Agrossilvipastoril: primeiras contribuições para o desenvolvimento de uma agropecuária sustentável. Brasília, DF: Embrapa, 2019. pt. 8, cap. 9, p. 595-600. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A estrutura genética de uma espécie é definida pela distribuição da sua variabilidade genética, entre e dentro de populações, resultante da organização entre mutação, migração, seleção e deriva genética (Wadt, 2001). O modo de reprodução, sistema de acasalamento, tamanho da população, distribuição geográfica e fluxo gênico são fatores que definem esta distribuição da variabilidade genética em populações naturais (Hamrick, 1983). Espécies arbóreas da floresta tropical apresentam alta proporção de locos polimórficos e elevados níveis de diversidade genética dentro de espécies. De maneira geral, a maior parte da variação genética é mantida dentro de populações e não entre elas (Hamrick, 1994). Entender esta diversidade em espécies importantes economicamente, como à castanha-do-brasil em sua atividade extrativista é de fundamental importância, pois a exploração desordenada pode reduzir a variabilidade genética de suas populações, extinguindo-as em curto prazo. Devido a isso, os níveis de variabilidade genética foram incluídos pela IUCN (União Internacional para Conservação da Natureza) como parâmetros populacionais importantes a serem utilizados na classificação de espécies ameaçadas (Caballero et al., 2010) que é o caso da castanheira-do-brasil. Compreender o sistema de cruzamento de uma espécie está relacionado com a composição e a estrutura genética de suas populações (Luna et al., 2005). O sistema de cruzamento representa a maneira como indivíduos, populações ou espécies recombinam sua variabilidade genética a cada geração, a fim de formar sua descendência, conhecimento importante para a manipulação de populações em programas de conservação e melhoramento genético (Sebbenn, 2005). Há três classificações para o sistema de cruzamento em Angiospermas: o sistema autógamo (plantas em que ocorre a autofecundação), o sistema alógamo (quando ocorre à fertilização cruzada) e sistemas mistos (quando ocorre a autofecundação e a fertilização cruzada) (Karasawa, 2009). A castanheira-do-brasil é classificada como uma espécie alógama e suas estruturas florais atuam para impossibilitar a autofecundação, além de limitar o grupo de animais capazes de atingir o pólen (Cavalcante, 2008; Maués, 2002; O?Malley et al., 1988). MenosA estrutura genética de uma espécie é definida pela distribuição da sua variabilidade genética, entre e dentro de populações, resultante da organização entre mutação, migração, seleção e deriva genética (Wadt, 2001). O modo de reprodução, sistema de acasalamento, tamanho da população, distribuição geográfica e fluxo gênico são fatores que definem esta distribuição da variabilidade genética em populações naturais (Hamrick, 1983). Espécies arbóreas da floresta tropical apresentam alta proporção de locos polimórficos e elevados níveis de diversidade genética dentro de espécies. De maneira geral, a maior parte da variação genética é mantida dentro de populações e não entre elas (Hamrick, 1994). Entender esta diversidade em espécies importantes economicamente, como à castanha-do-brasil em sua atividade extrativista é de fundamental importância, pois a exploração desordenada pode reduzir a variabilidade genética de suas populações, extinguindo-as em curto prazo. Devido a isso, os níveis de variabilidade genética foram incluídos pela IUCN (União Internacional para Conservação da Natureza) como parâmetros populacionais importantes a serem utilizados na classificação de espécies ameaçadas (Caballero et al., 2010) que é o caso da castanheira-do-brasil. Compreender o sistema de cruzamento de uma espécie está relacionado com a composição e a estrutura genética de suas populações (Luna et al., 2005). O sistema de cruzamento representa a maneira como indivíduos, populações ou espécies rec... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Alta Foresta-MT; Castanha-do-brasil; Cotriguacu-MT; Fluxo genico; Itauba-MT; Juina-MT; Mato Grosso; Pre-melhoramento. |
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Thesagro: |
Castanha do Para; Cruzamento Vegetal; Melhoramento Vegetal; Variação Genética. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/200634/1/2019-cpamt-agrossilvipastoril-part-8-cap-9-pre-melhoramento-castanha-brasil-mato-grosso-genetica-cruzamento-fluxo-genico-p-595-600.pdf
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Marc: |
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Esconder MarcMostrar Marc Completo |
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Registro original: |
Embrapa Agrossilvipastoril (CPAMT) |
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