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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
14/02/2022 |
Data da última atualização: |
16/02/2022 |
Tipo da produção científica: |
Autoria/Organização/Edição de Livros |
Autoria: |
TORRES, T. Z.; VISOLI, M. C.; FALCAO, P. R. K.; SOUZA, M. I. F.; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; CINTRA, L. C.; CUNHA, L. M. S.; BARBOSA, L. A. F. |
Afiliação: |
TERCIA ZAVAGLIA TORRES, CNPTIA; MARCOS CEZAR VISOLI, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; MARCIA IZABEL FUGISAWA SOUZA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; ANTONIO NHANI JUNIOR, CNPTIA; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; LUIZ MANOEL SILVA CUNHA, CNPTIA; LUIZ ANTONIO FALAGUASTA BARBOSA, CNPTIA. |
Título: |
Gestão de dados de pesquisa no Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa. |
Ano de publicação: |
2022 |
Fonte/Imprenta: |
Ponta Grossa: Athena, 2022. |
Páginas: |
57 p. |
ISBN: |
978-65-5983-883-7 |
DOI: |
https://doi.org/10.22533/at.ed.837220802 |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
O objetivo do livro é apresentar os resultados de uma ação gerencial criada para modelar e implementar processos de gestão de dados ômicos no LMB. Esta ação gerencial foi conduzida em paralelo à implantação de uma infraestrutura de repositório de dados com a finalidade de catalogar e publicar conjuntos de dados. O software escolhido é o Dataverse, em razão de ser uma solução de código aberto, adequada aos propósitos e interesses definidos pela Embrapa. |
Palavras-Chave: |
Big data; Catalogação de dados; Ciência aberta; Gestão de dados de pesquisa; Gestão de dados ômicos; Gestão por processos; Processamento eletrônico de dados; Processo de gestão de dados de pesquisa. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/231290/1/LV-Gestao-dados-pesquisa-LMB-2022.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Volume |
Status |
URL |
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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
26/07/2022 |
Data da última atualização: |
10/11/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 2 |
Autoria: |
CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MALHEIROS, J. M.; ROCHA, M. I. P.; ZERLOTINI NETO, A.; FERRAZ, J. B. S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
UFSCar; ESALQ/USP; Munster Technological University; UFSCar; Federal University of Latin American Integration, Foz do Iguaçu; UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FZEA/USP; ESALQ/USP; ESALQ/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
EEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle. |
Ano de publicação: |
2022 |
Fonte/Imprenta: |
Mammalian Genome, v. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022. |
DOI: |
https://doi.org/10.1007/s00335-022-09959-8 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Abstract. Cis-acting effects of noncoding variants on gene expression and regulatory molecules constitute a significant factor for phenotypic variation in complex traits. To provide new insights into the impacts of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) on transcription factors (TFs) and transcription cofactors (TcoF) coding genes, we carried out a multi-omic analysis to identify cis-regulatory effects of SNPs on these genes? expression in muscle and describe their association with feed efficiency-related traits in Nelore cattle. As a result, we identified one SNP, the rs137256008C > T, predicted to impact the EEF1A1 gene expression (? = 3.02; P-value = 3.51E-03) and the residual feed intake trait (? = -3.47; P-value = 0.02). This SNP was predicted to modify transcription factor sites and overlaps with several QTL for feed efficiency traits. In addition, coexpression network analyses showed that animals containing the T allele of the rs137256008 SNP may be triggering changes in the gene network. Therefore, our analyses reinforce and contribute to a better understanding of the biological mechanisms underlying gene expression control of feed efficiency traits in bovines. The cis-regulatory SNP can be used as biomarker for feed efficiency in Nelore cattle. |
Palavras-Chave: |
Cofatores de transcrição; Expressão gênica; Fatores de transcrição; Loci de característica quantitativa; Nelore cattle; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
Thesagro: |
Gado Nelore. |
Thesaurus NAL: |
Gene expression; Quantitative trait loci; Single nucleotide polymorphism; Transcription (genetics); Transcription factors. |
Categoria do assunto: |
-- G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02647naa a2200421 a 4500 001 2144939 005 2022-11-10 008 2022 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s00335-022-09959-8$2DOI 100 1 $aCARDOSO, T. F. 245 $aEEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle.$h[electronic resource] 260 $c2022 520 $aAbstract. Cis-acting effects of noncoding variants on gene expression and regulatory molecules constitute a significant factor for phenotypic variation in complex traits. To provide new insights into the impacts of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) on transcription factors (TFs) and transcription cofactors (TcoF) coding genes, we carried out a multi-omic analysis to identify cis-regulatory effects of SNPs on these genes? expression in muscle and describe their association with feed efficiency-related traits in Nelore cattle. As a result, we identified one SNP, the rs137256008C > T, predicted to impact the EEF1A1 gene expression (? = 3.02; P-value = 3.51E-03) and the residual feed intake trait (? = -3.47; P-value = 0.02). This SNP was predicted to modify transcription factor sites and overlaps with several QTL for feed efficiency traits. In addition, coexpression network analyses showed that animals containing the T allele of the rs137256008 SNP may be triggering changes in the gene network. Therefore, our analyses reinforce and contribute to a better understanding of the biological mechanisms underlying gene expression control of feed efficiency traits in bovines. The cis-regulatory SNP can be used as biomarker for feed efficiency in Nelore cattle. 650 $aGene expression 650 $aQuantitative trait loci 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aTranscription (genetics) 650 $aTranscription factors 650 $aGado Nelore 653 $aCofatores de transcrição 653 $aExpressão gênica 653 $aFatores de transcrição 653 $aLoci de característica quantitativa 653 $aNelore cattle 653 $aPolimorfismos de nucleotídeo único 700 1 $aBRUSCADIN, J. J. 700 1 $aAFONSO, J. 700 1 $aPETRINI, J. 700 1 $aANDRADE, B. G. N. 700 1 $aOLIVEIRA, P. S. N. de 700 1 $aMALHEIROS, J. M. 700 1 $aROCHA, M. I. P. 700 1 $aZERLOTINI NETO, A. 700 1 $aFERRAZ, J. B. S. 700 1 $aMOURÃO, G. B. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 773 $tMammalian Genome$gv. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022.
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