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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
09/02/2017 |
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Data da última atualização: |
13/06/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
LUCIANA CRISTINE VASQUES VILLELA, CNPASA; ANDERSON LUIS ALVES, CNPASA; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, Cenargen; JOSI MARGARETE PONZETO, UFSCar; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen. |
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Título: |
Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetica, v. 145, n. 1, p. 51-66, Feb. 2017. |
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DOI: |
10.1007/s10709-016-9945-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) is a Neotropical freshwater catfish from family Pimelodidae (Siluriformes) native to Brazil. The species is of relative economic importance for local aquaculture production and basic biological information is under development to help boost efforts to domesticate and raise the species in commercial systems. The complete cachara mitochondrial genome was obtained by assembling Illumina RNA-seq data from pooled samples. The full mitogenome was found to be 16,576 bp in length, showing the same basic structure, order, and genetic organization observed in other Pimelodidae, with 13 protein-coding genes, 2 rNA genes, 22 trNAs, and a control region. Observed base composition was 24.63% T, 28.47% C, 31.45% A, and 15.44% G. With the exception of NAD6 and eight tRNAs, all of the observed mitochondrial genes were found to be coded on the H strand. A total of 107 SNPs were identified in P. reticulatum mtDNA, 67 of which were located in coding regions. Of these SNPs, 10 result in amino acid changes. Analysis of the obtained sequence with 94 publicly available full Siluriformes mitogenomes resulted in a phylogenetic tree that generally agreed with available phylogenetic proposals for the order. The first report of the complete Pseudoplatystoma reticulatum mitochondrial genome sequence revealed general gene organization, structure, content, and order similar to most vertebrates. Specific sequence and content features were observed and may have functional attributes which are now available for further investigation. MenosThe cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) is a Neotropical freshwater catfish from family Pimelodidae (Siluriformes) native to Brazil. The species is of relative economic importance for local aquaculture production and basic biological information is under development to help boost efforts to domesticate and raise the species in commercial systems. The complete cachara mitochondrial genome was obtained by assembling Illumina RNA-seq data from pooled samples. The full mitogenome was found to be 16,576 bp in length, showing the same basic structure, order, and genetic organization observed in other Pimelodidae, with 13 protein-coding genes, 2 rNA genes, 22 trNAs, and a control region. Observed base composition was 24.63% T, 28.47% C, 31.45% A, and 15.44% G. With the exception of NAD6 and eight tRNAs, all of the observed mitochondrial genes were found to be coded on the H strand. A total of 107 SNPs were identified in P. reticulatum mtDNA, 67 of which were located in coding regions. Of these SNPs, 10 result in amino acid changes. Analysis of the obtained sequence with 94 publicly available full Siluriformes mitogenomes resulted in a phylogenetic tree that generally agreed with available phylogenetic proposals for the order. The first report of the complete Pseudoplatystoma reticulatum mitochondrial genome sequence revealed general gene organization, structure, content, and order similar to most vertebrates. Specific sequence and content features were observed and may have func... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cachara; Mitogenome; Peixe-gato. |
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Thesagro: |
Aquicultura; Filogenia; Melhoramento genético animal; Peixe de água doce; RNA. |
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Thesaurus Nal: |
Catfish; Mitochondrial genome; Phylogeny; Pseudoplatystoma reticulatum; Siluriformes; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/180992/1/Villela2017-Article-CompleteMitochondrialGenomeFro.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agroindústria Tropical. Para informações adicionais entre em contato com cnpat.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroindústria Tropical. |
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Data corrente: |
01/03/2012 |
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Data da última atualização: |
04/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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Autoria: |
MACHADO, T. F.; BORGES, M. de F.; OLIVEIRA, F. E M. de; SOUSA, C. T. de. |
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Afiliação: |
TEREZINHA FEITOSA MACHADO, CNPAT; MARIA DE FATIMA BORGES, CNPAT; Francisco Edilson Moreno de Oliveira; Cívita Teixeira de Sousa. |
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Título: |
Isolamento e identificação de patógenos em queijo coalho. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
Fortaleza: Embrapa Agroindústria Tropical, 2011. |
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Páginas: |
16 p. |
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Série: |
(Boletim de pesquisa e desenvolvimento/Embrapa Agroindústria Tropical, 50). |
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ISSN: |
1679-6543 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Este estudo foi desenvolvido com o objetivo de avaliar a ocorrência de Listeria monocytogenes, Salmonella spp. e Staphylococcus aureus no queijo Coalho produzido e comercializado no Estado do Ceará. Por um período de 24 meses, 640 amostras de queijo Coalho, procedentes de dezesseis diferentes laticínios, foram avaliadas. As amostras foram adquiridas no mercado varejista da cidade de Fortaleza, acondicionadas em caixas isotérmicas contendo gelo e transferidas para o laboratório, onde foram analisadas. Para a pesquisa de L. monocytogenes, colônias típicas isoladas do agar Palcam e agar Oxa foram submetidas a testes fisiológicos e bioquímicos específicos para a identificação da espécie. Para identificação de Salmonella spp., colônias isoladas em agar Hectoen e agar xilose lisina desoxicolato foram submetidas às provas de fermentação de açúcares, descarboxilação de lisina e testes sorológicos. |
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Palavras-Chave: |
Lácteos. |
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Thesagro: |
Qualidade; Segurança Alimentar. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aEste estudo foi desenvolvido com o objetivo de avaliar a ocorrência de Listeria monocytogenes, Salmonella spp. e Staphylococcus aureus no queijo Coalho produzido e comercializado no Estado do Ceará. Por um período de 24 meses, 640 amostras de queijo Coalho, procedentes de dezesseis diferentes laticínios, foram avaliadas. As amostras foram adquiridas no mercado varejista da cidade de Fortaleza, acondicionadas em caixas isotérmicas contendo gelo e transferidas para o laboratório, onde foram analisadas. Para a pesquisa de L. monocytogenes, colônias típicas isoladas do agar Palcam e agar Oxa foram submetidas a testes fisiológicos e bioquímicos específicos para a identificação da espécie. Para identificação de Salmonella spp., colônias isoladas em agar Hectoen e agar xilose lisina desoxicolato foram submetidas às provas de fermentação de açúcares, descarboxilação de lisina e testes sorológicos.
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Registro original: |
Embrapa Agroindústria Tropical (CNPAT) |
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