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Registro Completo
Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  22/12/2009
Data da última atualização:  15/01/2020
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  VIEIRA, F. D.; AGOSTINHO, G. C.; REGITANO, L. C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.
Afiliação:  FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; GILBERTO CESAR AGOSTINHO, CPPSE; LUCIANA CORREIA ALMEIDA REGITANO, CPPSE; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA.
Título:  Database modeling and web interface system: on-line genomic association studies.
Ano de publicação:  2009
Fonte/Imprenta:  In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009.
Páginas:  Não paginado.
Idioma:  Inglês
Notas:  X-Meeting 2009.
Conteúdo:  Animal selection is an important phase of any animal breeding program. However, if the selection is not based on easily observable (or measurable) traits, then selection is much tricker. One alternative is to use Marker Assisted Selection (MAS), where genetic markers are positively associated with the desired traits (Duran et al., 2009). MAS has been powered by the advent of large scale SNP genotyping technologies which produces thousands (even millions) of markers in a single chip. However, this huge number of genetic markers brings new challenges to the international scientfic community such as database modeling and the development of association analysis tools capable of dealing with greatly increased volume of information (LaFramboise, 2009). Although no format files are widely accepted as standard and the major commercial SNP chip companies (Affymatrix, Illumina) release their results through flat files, some important whole genome association analysis freeware softwares adopt .PED and .MAP format files as input. In this work, we present a database model and a Web parser system that reads flat files (Illumina, Affymetrix) and generates corresponding .PED and .MAP format files. Furthermore, through the Web interface it is possible to run PLINK (Purcell et al., 2007) routines such as some statistical and association analysis. Noteworthy that the database model was designed in order to speed up all the tasks and turn possible to run online any of the implemented routines.
Palavras-Chave:  Bioinformática; Marcadores genéticos; Marker Assisted Selection (MAS); Modelagem de dados; Sistema de interface web.
Thesaurus Nal:  Bioinformatics; Genetic markers; Models.
Categoria do assunto:  X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPTIA14371 - 2UPCRA - DD
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1.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, V. Características fisiológicas de cultivares de mamoneira (Ricinus communis L.) no Recôncavo Baiano. 2008. 73 p. Dissertação (Mestrado em Ciências Agrárias) - Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, Cruz das Almas. Clóvis Pereira Peixoto, CNPMF; Orientador.
Tipo: Orientação de Tese de Pós-Graduação
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura.
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2.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, V. V. da. Aspectos da estrutura fundiária no Piauí. In: SEMINARIO DE PESQUISA AGROPECUARIA DO PIAUI, 5., 1988, Teresina. Anais... Teresina: EMBRAPA-UEPAE de Teresina, 1988. p.41-46. (EMBRAPA-UEPAE de Teresina. Documentos, 9).
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte.
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3.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, V. S. Associação enzimática em dieta de poedeiras criadas em sistema Free Range. 2019. Dissertação (Pós-graduação em Ciência Animal Tropical) - Universidade Federal do Tocantins, Araguaina. Coorientador Everton Luis Krabbe.
Tipo: Orientação de Tese de Pós-Graduação
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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4.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, V. S. Aspectos microbiológicos da reutilização da cama aviária. In: SIMPÓSIO BRASIL SUL DE AVICULTURA, 9., 2008, Chapecó. Anais. Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2008. p.162-170. Projeto/Plano de Ação: 03.04.35.100-02. Disponível também em: SIMPÓSIO DE SANIDADE AVÍCOLA, 6., 2008, Santa Maria, RS. Anais. Santa Maria: UFSM: LCDPA; Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2008. 13 p.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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5.Imagem marcado/desmarcadoPORFÍRIO-DA-SILVA, V. A arborização de pastagem e o bem-estar animal: melhoria do ambiente e garantia da produtividade. Revista Feed & Food, 2007. Também publicado nos sites Painel Florestal, Criar e Plantar, Brasil Atual,Clicknews, Zoonwes, Cultivar Norícias.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Nacional - B
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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6.Imagem marcado/desmarcadoPORFÍRIO-DA-SILVA, V. Arborização de pastagens: 1- procedimentos para introdução de árvores em pastagens convencionais. Colombo: Embrapa Florestas, 2006. 8 p. (Embrapa Florestas. Comunicado técnico, 155).
Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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7.Imagem marcado/desmarcadoPORFIRIO-DA-SILVA, V. Arborização de pastagens: perspectivas para o Brasil-pecuário. Beefpoint, 9 dez. 2005. 5 p.
Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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8.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, V. S. Estratégias para reutilização de cama de aviário. In: CONFERÊNCIA FACTA DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA AVÍCOLAS, 2011, Santos, SP. Anais... Santos: FACTA, 2011. Trabalhos de Pesquisa José Maria Lamas da Silva. p. 255-263. Projeto/Plano de Ação: 11.11.11.111.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.
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9.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, V. C. da. Gestão do Conhecimento, o diferencial da competitividade e da sustentabilidade organizacional: o caso da Embrapa CNPUV. 2011 Dissertação(Mestrado em Gestão do Conhecimetno da Informação e da Tecnologia). Pontificia Universidade Católica do Paraná, Curitiba, 2011.
Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho.
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10.Imagem marcado/desmarcadoPORFIRIO-DA-SILVA, V. A importância da estratégia. Revista Opiniões, ano 17, n. 59, p. 14-15, mar./maio 2020.
Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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11.Imagem marcado/desmarcadoPORFIRIO-DA-SILVA, V. Ideótipo de espécie arbórea para sistemas de integração lavoura-pecuária-floresta. In: SISTEMAS AGROFLORESTAIS E DESENVOLVIMENTO SUSTENTÁVEL 10 ANOS DE PESQUISA, 2013, Campo Grande. Anais... [Campo Grande, MS: s.n., 2013]. 13 p. CD-ROM. SAF´s+10.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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12.Imagem marcado/desmarcadoPORFIRIO-DA-SILVA, V. Ideótipo de espécie arbórea para sistemas de integração lavoura-pecuária-floresta. In: ALVES, F. V.; LAURA, V. A.; ALMEIDA, R. G. de (Ed.). Sistemas agroflorestais: a agropecuária sustentável. Brasília, DF: Embrapa, 2015. p. 135-147.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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13.Imagem marcado/desmarcadoPORFIRIO-DA-SILVA, V. A iLPF na década de 2020. Revista Opiniões, ano 20, n. 72, p. 44-46, jun./ago. 2023. Online.
Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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14.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, V. P. Identificação de genótipos de umbuzeiro para consumo in natura e técnicas para manter a qualidade pós-colheita dos frutos. 2019. 69 f. Dissertação (Mestrado Agronomia - Produção Vegetal) - Universidade Federal do Vale do São Francisco, Petrolina. Orientado por Sérgio Tonetto de Freitas, Embrapa Semiárido; coorientador por Visêldo Ribeiro de Oliveira, Embrapa Semíárido.
Tipo: Orientação de Tese de Pós-Graduação
Biblioteca(s): Embrapa Semiárido.
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15.Imagem marcado/desmarcadoPORFIRIO-DA-SILVA, V. A integração "lavoura-pecuária-floresta" como proposta de mudança do uso da terra. In: FERNANDES, E. N.; MARTINS, P. do C.; MOREIRA, M. S. de P.; ARCURI, P. B. (Ed.). Novos desafios para o leite do Brasil. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2007. p. 197-210.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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16.Imagem marcado/desmarcadoPORFIRIO-DA-SILVA, V. A integração lavoura-pecuária-floresta. Opiniões, v. 11, n. 35, p. 38, mar./maio 2014.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: C - 0
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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17.Imagem marcado/desmarcadoPORFIRIO-DA-SILVA, V. A integração da lavoura-pecuária-floresta. Opiniões, ano 12, n. 40, p. 6-7, jun./ago. 2015. Editorial especial.
Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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18.Imagem marcado/desmarcadoPORFIRIO-DA-SILVA, V. Integração lavoura-pecuária-florestas na cadeia produtiva da madeira. In: ENCONTRO BRASILEIRO DE SILVICULTURA, 3., 2014, Campinas. Anais... Curitiba: Malinovski, 2014. v. 1 p. 253-277. Também publicado em: SEMINÁRIO DE ATUALIZAÇÃO SOBRE SISTEMAS DE COLHEITA DE MADEIRA E TRANSPORTE FLORESTAL, 17., 2014, Campinas. Anais. Curitiba: Malinovski, 2014. p. 225-249.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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19.Imagem marcado/desmarcadoPORFIRIO-DA-SILVA, V. A "Integração pecuária-floresta" (Silvipastoril): oportunidades e desafios. In: CONGRESO INTERNACIONAL DE SISTEMAS SILVOPASTORILES, 12.; CONGRESO DE LA RED GLOBAL DE SISTEMAS SILVOPASTORILES, 2.; IV SEMINARIO NACIONAL DE SISTEMAS SILVOPASTORILES, 4., 2023, Montevideo; CONGRESO NACIONAL SISTEMAS SILVOPASTORILES, 5., 2023, Buenos Aires. Sistemas silvopastoriles: hacia una diversificación sostenible. Cali: CIPAV, 2023. p. 9-22.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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20.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, V. G. da. Perspectivas futuras na área do Centro de Computação da EMBRAPA (CCE). Brasília, DF: EMBRAPA-DMQ, [19--]. Não paginado. Trabalho apresentado no I Encontro de Métodos Quantitativos da EMBRAPA.
Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais.
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