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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
19/12/2018 |
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Data da última atualização: |
07/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
MAZONI, I. |
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Afiliação: |
IVAN MAZONI, CNPTIA. |
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Título: |
Análise do nano-ambiente propício para nucleação e manutenção dos elementos da estrutura secundária no contexto estrutural das proteínas funcionais. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
2018. |
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Páginas: |
220 p. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas. Orientador: Goran Neshich. |
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Conteúdo: |
As proteínas exercem um papel vital na manutenção da vida. Entre as diversas funções que as proteínas têm, destacam-se, por exemplo: proteínas estruturais, de transporte, proteção e defesa, controle e regulação de expressão, catálise, movimento e armazenamento. Para um entendimento melhor da relação entre a sequência de aminoácidos de uma proteína, sua estrutura tridimensional e a função desempenhada por ela, foi proposta a análise do nanoambiente proteico onde os EES ?-hélice, folha-?; e turn estão inseridos. A hipótese que motivou essa abordagem é a existência de um sinal, ou seja, uma variação nos valores dos descritores físico-químicos e estruturais que distinguem o local específico onde determinado EES está inserido no arcabouço da proteína inteira. Entender como são formados os EES abrirá o caminho para compreendermos como as proteínas assumem sua estrutura final, e consequentemente, sua função. Neste trabalho utilizamos o STING_RDB , uma base de dados única no mundo, que reúne em um único repositório mais de 1500 descritores físico-químicos e estruturais de todos os resíduos de aminoácidos para cada cadeia de todas as estruturas proteicas depositadas no PDB (Protein Data Bank). As estruturas armazenadas no STING_RDB foram separadas em diferentes Datamarts, que são porções extraídas desta base de dados após uma seleção rígida. As estruturas selecionadas e guardadas nesses Datamarts foram então alinhadas posicionalmente pelo respectivo EES, e posteriormente extraíram-se desses alinhamentos os dados referentes aos descritores físico-químicos e estruturais que descrevem o nano-ambiente onde se insere o EES. Esse processo foi usado na busca dos "sinais". Este trabalho descreve como os dados contidos nesses Datamarts foram selecionados, preparados, analisados e interpretados. Baseado nos resultados obtidos, concluímos que o nano-ambiente pode ser descrito não por um descritor, mas por um conjunto de descritores, e que essa descrição varia de acordo com o EES estudado. Isso diferencia o nano-ambiente do restante da proteína, e não apenas entre os diferentes tipos de EES. MenosAs proteínas exercem um papel vital na manutenção da vida. Entre as diversas funções que as proteínas têm, destacam-se, por exemplo: proteínas estruturais, de transporte, proteção e defesa, controle e regulação de expressão, catálise, movimento e armazenamento. Para um entendimento melhor da relação entre a sequência de aminoácidos de uma proteína, sua estrutura tridimensional e a função desempenhada por ela, foi proposta a análise do nanoambiente proteico onde os EES ?-hélice, folha-?; e turn estão inseridos. A hipótese que motivou essa abordagem é a existência de um sinal, ou seja, uma variação nos valores dos descritores físico-químicos e estruturais que distinguem o local específico onde determinado EES está inserido no arcabouço da proteína inteira. Entender como são formados os EES abrirá o caminho para compreendermos como as proteínas assumem sua estrutura final, e consequentemente, sua função. Neste trabalho utilizamos o STING_RDB , uma base de dados única no mundo, que reúne em um único repositório mais de 1500 descritores físico-químicos e estruturais de todos os resíduos de aminoácidos para cada cadeia de todas as estruturas proteicas depositadas no PDB (Protein Data Bank). As estruturas armazenadas no STING_RDB foram separadas em diferentes Datamarts, que são porções extraídas desta base de dados após uma seleção rígida. As estruturas selecionadas e guardadas nesses Datamarts foram então alinhadas posicionalmente pelo respectivo EES, e posteriormente extraíram-se... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Alpha-helical; Análise multivariada; Beta-strand; Bioinformática; Conformação proteica em alfa-hélice; Conformação proteica em folha beta; Estrutura proteica. |
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Thesagro: |
Proteína. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Multivariate analysis; Protein conformation; Proteins. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aAs proteínas exercem um papel vital na manutenção da vida. Entre as diversas funções que as proteínas têm, destacam-se, por exemplo: proteínas estruturais, de transporte, proteção e defesa, controle e regulação de expressão, catálise, movimento e armazenamento. Para um entendimento melhor da relação entre a sequência de aminoácidos de uma proteína, sua estrutura tridimensional e a função desempenhada por ela, foi proposta a análise do nanoambiente proteico onde os EES ?-hélice, folha-?; e turn estão inseridos. A hipótese que motivou essa abordagem é a existência de um sinal, ou seja, uma variação nos valores dos descritores físico-químicos e estruturais que distinguem o local específico onde determinado EES está inserido no arcabouço da proteína inteira. Entender como são formados os EES abrirá o caminho para compreendermos como as proteínas assumem sua estrutura final, e consequentemente, sua função. Neste trabalho utilizamos o STING_RDB , uma base de dados única no mundo, que reúne em um único repositório mais de 1500 descritores físico-químicos e estruturais de todos os resíduos de aminoácidos para cada cadeia de todas as estruturas proteicas depositadas no PDB (Protein Data Bank). As estruturas armazenadas no STING_RDB foram separadas em diferentes Datamarts, que são porções extraídas desta base de dados após uma seleção rígida. As estruturas selecionadas e guardadas nesses Datamarts foram então alinhadas posicionalmente pelo respectivo EES, e posteriormente extraíram-se desses alinhamentos os dados referentes aos descritores físico-químicos e estruturais que descrevem o nano-ambiente onde se insere o EES. Esse processo foi usado na busca dos "sinais". Este trabalho descreve como os dados contidos nesses Datamarts foram selecionados, preparados, analisados e interpretados. Baseado nos resultados obtidos, concluímos que o nano-ambiente pode ser descrito não por um descritor, mas por um conjunto de descritores, e que essa descrição varia de acordo com o EES estudado. Isso diferencia o nano-ambiente do restante da proteína, e não apenas entre os diferentes tipos de EES.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 12 | |
| 1. |  | GUERRERO, F. C.; GEISSLER, L. O.; MELO, M.; MEDEIROS, L. G. B.; MONTE, F. G.; NAVA, D. E. Consumo foliar de Spodoptera cosmioides (Walker, 1858) (Lepidoptera: Noctuidae) em mamona e pinhão-manso. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA DA MANDIOCA, 10.; REUNIÃO TÉCNICA DA BATATA-DOCE, 2., Pelotas, 2010. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva, Ivan Rodrigues de Almeida e Ana Cláudia Barneche de Oliveira. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 2. | | FILHO, R. C. B.; PRASTISSOLI, D.; NAVA, D. E.; MONTE, F. G.; GUIDONI, A. L.; POLANCZYK, R. A. Biologia de Pachycoris torridus (Hemiptera: Scutelleridae) em diferentes hospedeiros. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 24., 2012, Curitiba. SEB - 40 anos de avanços da Ciência Entomológica Brasileira. Curitiba: SEB, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 3. | | MARANGON, R. B.; ZIMMER, V.; MONTE, F. G.; SILVA, S. D. dos A. e; NAVA, D. E. Infestação de Diatraea saccharalis (Fabr.,1794) (Lep.: crambidae) em cana-de-açúcar nas quatro últimas safras. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 20.; MOSTRA CIENTÍFICA, 3., 2011, Pelotas. [Anais.]. Pelotas: UFPel, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 4. | | KNEIB, R. B.; VILLELA, J. C. B.; MOREIRA, L. L.; LEMÕES, J. S.; MONTE, F. G.; PINHEIRO, N. L.; SILVA, S. D. dos A. e. Caracterização molecular de acessos de milho crioulo atrvés de marcadores microssatélites associados ao caráter tolerância ao encharcamento. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA, 18.; ENCONTRO DE PÓS GRADUAÇÃO, 11., E MOSTRA CIENTIFICA, 1., 2009, Pelotas. Anais... Pelotas: UFPel, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 5. | | MARANGON, R. B.; ZIMMER, V.; MONTE, F. G.; FILHO, R. C. B.; SILVA, S. D. dos A. e; NAVA, D. E. Desenvolvimento de Diatraea saccharalis (Lepidoptera: Crambidae) em dieta artificial com diferentes concentrações de sacarose. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 24., 2012, Curitiba. SEB - 40 anos de avanços da Ciência Entomológica Brasileira. Curitiba: SEB, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 6. | | MARANGON, R. B.; ZIMMER, V.; MONTE, F. G.; RAUL FILHO, C. B.; SILVA, S. D. dos A. e; NAVA, D. E. Desenvolvimento de Diatraea saccharalis (Lepidoptera: Crambidae) em dieta artificial com diferentes concentrações de sacarose. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 24., 2012, Curitiba. SEB - 40 anos de avanços da Ciência Entomológica Brasileira. Curitiba: SEB, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 7. | | BORGES FILHO, R. da C.; PRATISSOLI, D. P.; NAVA, D. E.; MONTE, F. G.; GUIDONI, A. L.; SILVA, S. D. dos A. e; POLANCZYK, R. A. Development of Pachycoris torridus (Hemiptera: Scutelleridae) on Jatropha curcas (Euphorbiaceae), Psidium cattleianum (Myrtaceae) and Aleurites fordii (Euphorbiaceae). Florida Entomologist, v. 96, n. 3, p. 1149-1157, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 8. | | BORGES FILHO, R. C.; NAVA, D. E.; PRATISSOLI, D.; GUIDONI, A. L.; MONTE, F. G.; POLONCZYK, R. A.; LOIÁCONO, M. S. Biologia em diferentes temperaturas e exigências térmicas de Telenomus pachycoris (Hymenoptera: Scelionidae) em ovos de Pachycoris torridus (Hemiptera: Scutelleridae). In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 13., 2013, Bonito, MS. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2013. 1 CD-ROM. SICONBIOL.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 9. | | ZIMMES, V.; BORGES FILHO, R da C.; MONTE, F. G.; GUIDONI, A. L.; SILVA, S. D. dos A. e; NAVA, D. E. Tabela de vida de fertilidade de pachycoris torridus (hemiptera: scutelleridae) em pinhão-manso, araçá e tungue. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 4., 2012, Pelotas. Ciência e inovação para 2050: qual o futuro que queremos? Resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 10. | | MONTE, F. G.; BORGES FILHO, R. da C. B.; HUBNER, L. K.; NAVA, D. E.; MELO, M.; MARANGON, R. B.; SILVA, S. D. dos A. e. Infestação de Diatraea saccharalis em cana-de-açúcar nas safras agrícolas de 2007/08, 2008/09 e 2009/10. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA DA MANDIOCA, 10.; REUNIÃO TÉCNICA DA BATATA-DOCE, 2., Pelotas, 2010. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva, Ivan Rodrigues de Almeida e Ana Cláudia Barneche de Oliveira. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 11. | | BORGES FILHO, R. C.; MONTE, F. G.; NAVA, D. E.; PRATISSOLI, D.; POLANCZYK, R. A.; RAMOS, F. A.; LOIÁCONO, M. S. Parasitismo de ovos de Pachycoris torridus por Telenomus pachycoris na cultura do pinhão-manso no rio grande do sul. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 12., 2011, São Paulo. Mudanças climáticas e sustentabilidade: quebra de paradigmas: anais. São Paulo: Instituto Biológico, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 12. | | SILVA, S. D. dos A. e; BRANCO, J. S. C.; KNEIB, R. B.; MOREIRA, L. L.; LEMÕES, J. S.; MONTE, F. G.; PINHEIRO, N. L. Transposição de marcadores moleculares microssatélites de mandioca (Manihot esculenta L.) para três espécies de plantas oleaginosas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTOS DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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