03178nam a2200277 a 450000100080000000500110000800800410001910000150006024501840007526000160025930000110027550001520028652021780043865000190261665000260263565000250266165000130268665000140269965300180271365300260273165300160275765300200277365300430279365300410283665300230287721020962020-01-07       2018    bl uuuu  m   00u1 u    #d1 aMAZONI, I.  aAnálise do nano-ambiente propício para nucleação e manutenção dos elementos da estrutura secundária no contexto estrutural das proteínas funcionais.h[electronic resource]  a2018.c2018  a220 p.  aTese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas. Orientador: Goran Neshich.  aAs proteínas exercem um papel vital na manutenção da vida. Entre as diversas funções que as proteínas têm, destacam-se, por exemplo: proteínas estruturais, de transporte, proteção e defesa, controle e regulação de expressão, catálise, movimento e armazenamento. Para um entendimento melhor da relação entre a sequência de aminoácidos de uma proteína, sua estrutura tridimensional e a função desempenhada por ela, foi proposta a análise do nanoambiente proteico onde os EES ?-hélice, folha-?; e turn estão inseridos. A hipótese que motivou essa abordagem é a existência de um sinal, ou seja, uma variação nos valores dos descritores físico-químicos e estruturais que distinguem o local específico onde determinado EES está inserido no arcabouço da proteína inteira. Entender como são formados os EES abrirá o caminho para compreendermos como as proteínas assumem sua estrutura final, e consequentemente, sua função. Neste trabalho utilizamos o STING_RDB , uma base de dados única no mundo, que reúne em um único repositório mais de 1500 descritores físico-químicos e estruturais de todos os resíduos de aminoácidos para cada cadeia de todas as estruturas proteicas depositadas no PDB (Protein Data Bank). As estruturas armazenadas no STING_RDB foram separadas em diferentes Datamarts, que são porções extraídas desta base de dados após uma seleção rígida. As estruturas selecionadas e guardadas nesses Datamarts foram então alinhadas posicionalmente pelo respectivo EES, e posteriormente extraíram-se desses alinhamentos os dados referentes aos descritores físico-químicos e estruturais que descrevem o nano-ambiente onde se insere o EES. Esse processo foi usado na busca dos "sinais". Este trabalho descreve como os dados contidos nesses Datamarts foram selecionados, preparados, analisados e interpretados. Baseado nos resultados obtidos, concluímos que o nano-ambiente pode ser descrito não por um descritor, mas por um conjunto de descritores, e que essa descrição varia de acordo com o EES estudado. Isso diferencia o nano-ambiente do restante da proteína, e não apenas entre os diferentes tipos de EES.  aBioinformatics  aMultivariate analysis  aProtein conformation  aProteins  aProteína  aAlpha-helical  aAnálise multivariada  aBeta-strand  aBioinformática  aConformação proteica em alfa-hélice  aConformação proteica em folha beta  aEstrutura proteica