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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
22/12/2017 |
Data da última atualização: |
21/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
VIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F.; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A. |
Afiliação: |
FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; DANILO GOMES DE MOURA; DIEGO FÉLIX DA SILVA, Programa Geneplus-Embrapa; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA. |
Título: |
BDGF: um sistema web para recuperação de informação de genótipos e fenótipos. |
Ano de publicação: |
2017 |
Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 11., 2017, Campinas. Ciência de dados na era da agricultura digital: anais. Campinas: Editora da Unicamp: Embrapa Informática Agropecuária, 2017. |
Páginas: |
p. 429-438. |
ISBN: |
978-85-85783-75-4 |
Idioma: |
Português |
Notas: |
SBIAgro 2017. Na publicação: Adhemar Zerlotini. |
Conteúdo: |
Nos últimos anos, o uso de genotipagem em grande escala de dezenas ou centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) para estimar o perfil genômico de animais permitiu o desenvolvimento de estudos de associação genótipo-fenótipo em escala genômica (GWAS) e a introdução da tecnologia de seleção genômica em programas de melhoramento genético. No entanto, esta situação implica na necessidade de armazenamento de grande volume de dados de genotipagem, fenotipagem e pedigree de um elevado número de animais. Para integrar esse volume de dados distintos, é primordial utilizar uma estrutura de armazenamento robusta, como um SGBD. Assim, uma questão importante a considerar é o equilíbrio entre normalização e desempenho durante o estágio de modelagem de banco de dados, pois isso terá um impacto direto na usabilidade e na experiência do usuário. Buscando resolver esse problema de armazenamento eficiente e consultas rápidas num grande volume de dados, este trabalho apresenta o sistema BDGF (Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos). Seu modelo de dados permite a implementação do tipo JSON em campos de tabelas relacionadas a fenótipos e do tipo texto em campos da tabela genótipos. BDGF foi projetado para dar suporte a projetos de criação de animais da Embrapa, mas pode ser facilmente ajustado para armazenar dados de diversas fontes, tais como dados de plantas. Além disso, o sistema implementa políticas de acesso e segurança para fenótipos, genótipos e pedigree dos animais. |
Palavras-Chave: |
Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos; JavaScript Object Notation; JSON; Polimorfismo de nucleotídeo único; PostgreSQL; Sistema Gerenciador de Banco de Dados; Tecnologias Java EE. |
Thesaurus Nal: |
Databases; Genotype; Phenotype; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/169697/1/BDGF-sbiagro2017.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registros recuperados : 26 | |
2. | | MATTOS, M. L. T.; CROCHEMORE, A. G. Microbiologia geral e meio ambiente / P12 microbiologia ambiental geral, Coleção de microrganismos multifuncionais da Embrapa Clima Temperado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 24.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBACTÉRIAS, 12.; SIMPÓSIO DE COLEÇÕES DE CULTURA, 2.; ENCONTRO DE ENSINO EM MICROBIOLOGIA, 4., 2007, Brasília, DF. Anais. {São Paulo}: SBM, 2007. 1 CD-ROM. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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4. | | CROCHEMORE, A. G.; MATTOS, M. L. T.; VENDRUSCOLO, C. T.; CASTRO, L. A. S. de. Bactérias degradadoras do inseticida carbofurano acumuladoras de biopolímero. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasilia, DF. Anais...Brasilia, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. p. 563.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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9. | | CROCHEMORE, A. G.; MATTOS, M. L. T.; VENDRUSCOLO, C. T.; CASTRO, L. A. S. de. Microscopia eletrônica de transmissão para detecção de biopolímero em espécies de Pseudomonas. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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12. | | MATTOS, M. L. T.; MARTINS, J. F. da S.; CROCHEMORE, A. G.; GALARZ, L. A.; SCHULTZ, T. P. Dissipação do inseticida tiametoxam em água, sedimento e solo de lavoura de arroz irrigado. CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 9., 2015, Pelotas. Ciência e tecnologia para otimização da orizicultura: anais. Brasília, DF: Embrapa; Pelotas: Sosbai, 2015.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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13. | | CROCHEMORE, A. G.; VENDRUSCOLO, C. T.; MATTOS, M. L. T.; MOREIRA, A. S.; PERALBA, M. C. R. Efeito da concentração do inóculo na produção de poli(3-hidroxibutirato) por pseudomonas sp. cmm43. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 27.; SIMPÓSIO IBEROAMERICANO SOBRE MICRO-ORGANISMOS FOTOSSINTETIZANTES, 2; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICOBACTÉRIAS, 15.; SIMPÓSIO DE FERMENTAÇÃO ALCOÓLICA, 2.; BRAZILIAN MICROBIOME WORKSHOP, 1.; BRAZILIAN MICROBIOME PROJECT MEETING , 2.; SIMPÓSIO DE COLEÇÕES DE CULTURA, 4., 2013, Natal. Resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2013.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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14. | | CROCHEMORE, A. G.; VENDRUSCOLO, C. T.; MATTOS, M. L. T.; MOREIRA, A. da S.; PERALBA, M. do C. R. Efeito do inóculo de pseudomonas sp. cmm43 no acúmulo e caracterização de poli(3-hidroxibutirato). In:CONGRESSO BRASILEIRO DE POLÍMEROS, 12, 2013, Florianópolis, SC. Conferences Proceedings...São Paulo: Associação Brasileira de Polímeros; Florianópolis: UFSC, 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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16. | | CROCHEMORE, A. G.; MATTOS, M. L. T.; VENDRUSCOLO, C. T.; CASTRO, L. A. S. de; MOREIRA, A. da S. Identification of pesticide-degrading Pseudomonas strains as poly-?-hydroxybutyrate producers. African Journal of Biotechnology, v. 11, n.85, p. 15144-15149, 2012. African Journal of Biotechnology Vol. 11(85), pp. 15144-15149, 23 October, 2012Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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19. | | CROCHEMORE, A. G.; VENDRUSCOLO, C. T.; MATTOS, M. L. T.; MOREIRA, A. da S.; PERALBA, M. do C. R. Poli(3-hidroxibutirato) acumulado por pseudomonas sp. cmm43 em fase de inóculo alterando condições de agitação e temperatura. In:CONGRESSO BRASILEIRO DE POLÍMEROS, 12, 2013, Florianópolis, SC. Conferences Proceedings...São Paulo: Associação Brasileira de Polímeros; Florianópolis: UFSC, 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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20. | | ALMEIDA, M. T.; SZCZEPANIAK, R. F.; FONSECA, C. P.; CROCHEMORE, A. G.; SANTOS, I. B.; MATTOS, M. L. T. Fungos de solos de várzeas subtropicais: preservação de acessos. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 19.; MOSTRA DE PÓS GRADUAÇÃO, 9.; CONGRESSO DE EXTENSÃO, 2., 2010, Pelotas, Anais... Pelotas: UCPel, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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