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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
27/10/2011 |
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Data da última atualização: |
07/10/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ABREU, L. A. de S.; ROSA, S. D. V. F. da; SOUZA, S. M. C. de; SILVA, V. N. da; VILELA, F. de L.; FERREIRA, I. A. |
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Afiliação: |
LUCIANA APARECIDA DE SOUZA ABREU, UFLA; STTELA DELLYZETE VEIGA F DA ROSA, SAPC; SARA MARIA CHAUFON DE SOUZA, EPAMIG; VICENTINA NAZARET DA SILVA, EPAMIG; FELIPE DE LIMA VILELA, MONSANTO; IARA ALVES FERREIRA, DOW AGROSCIENCES. |
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Título: |
Qualidade sanitária de sementes de café produzidas sob manejo orgânico. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Objetivou-se com a presente pesquisa investigar o efeito de diferentes técnicas de manejo orgânico sobre a microbiota fúngica de sementes de café. Empregou-se o delineamento látice balanceado 4x4 com cinco repetições em esquema fatorial 3x2x2 mais quatro tratamentos adicionais. Foram utilizadas três fontes de matéria orgânica (farelo de mamona, esterco bovino e cama de aviário), com e sem casca de café, com e sem a adubação verde com feijão-guandu (Cajanus cajan L.). Sementes de café com pergaminho e sementes sem pergaminho, submetidas ou não a desinfestação superficial com hipoclorito de sódio, foram avaliadas quanto à qualidade sanitária pelo método da incubação em papel de filtro ?Blotter test?. As sementes produzidas sob manejo orgânico apresentam, de maneira geral, reduzida contaminação fúngica. Os principais fungos detectados em sementes de café produzidas sob tratamentos de manejo orgânico são os dos gêneros Penicillim e Fusarium. O uso de hipoclorito de sódio é eficaz para a redução da ocorrência do fungo do gênero Penicillim, mas não elimina o fungo Fusarium. |
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Palavras-Chave: |
Cafeicultura orgânica; Coffea sp; Microbiota; Qualidade de semente. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/44641/1/Qualidade-sanitaria.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
19/05/2017 |
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Data da última atualização: |
30/12/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
NEDENIA BONVINO STAFUZZA, FCAV/Unesp; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; TATIANE CRISTINA SELEGUIM CHUD, FCAV/Unesp; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; DANÍSIO PRADO MUNARI, FCAV/Unesp; DORIAN J. GARRICK, Iowa State University; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; MARIA RAQUEL CARVALHO, UFMG; JOHN BRUCE COLE, Agricultural Research Service; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0173954 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva. |
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Conteúdo: |
Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associated molecular mechanisms that impact economically important traits for Gyr, Girolando, Guzerat and Holstein breeding programs. MenosWhole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associated... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genetic variants; Genomic markers; Important traits; Molecular mechanisms; Polimorfismo de nucleotídeo único; Potential genomic markers; Raças bovinas; Single nucleotide variations. |
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Thesagro: |
Gado; Variação genética. |
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Thesaurus NAL: |
Cattle breeds; Genome; Single nucleotide polymorphism; Sires. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171980/1/AP-Single-nucleotide-Stafuzza-etal.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161515/1/Cnpgl-2017-PlosOne-Stafuzza-Single.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/180929/1/journal.pone.0173954.pdf
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Marc: |
LEADER 03086naa a2200457 a 4500
001 2086824
005 2020-12-30
008 2017 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1371/journal.pone.0173954$2DOI
100 1 $aSTAFUZZA, N. B.
245 $aSingle nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds.$h[electronic resource]
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500 $aArtigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva.
520 $aWhole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associated molecular mechanisms that impact economically important traits for Gyr, Girolando, Guzerat and Holstein breeding programs.
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700 1 $aMACHADO, M. A.
700 1 $aMARTINS, M. F.
700 1 $aCARVALHO, M. R.
700 1 $aCOLE, J. B.
700 1 $aSILVA, M. V. G. B.
773 $tPlos One$gv. 12, n. 3, p. 1-15, 2017.
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