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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
14/03/2012 |
Data da última atualização: |
14/03/2012 |
Tipo da produção científica: |
Software |
Autoria: |
HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. de A. C. |
Afiliação: |
ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; MAURíCIO DE ALVARENGA MUDADU, CPPSE; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, UFSCar; LUCIANA DE ALMEIDA CORREIA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
RPaternity. Versão 1.0. |
Ano de publicação: |
2011 |
Fonte/Imprenta: |
Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011. |
Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
O RPaternity implementa um método para exclusão de paternidade utilizando como marcadores polimorfismos de base única. Ele é escrito em linguagem R e pressupõe que a genotipagem foi feita por meio da plataforma Illumina Beadchip. O método implementado pode ser encontrado na referência [1] e consiste no cálculo da probabilidade de exclusão, baseado em inconsistências mendelianas entre os genótipos do suposto pai (e mãe) e filho e as frequencias alélicas verificadas na população. Considera-se nos cálculos a particular situação em que o possível pai pode ser um parente próximo do pai verdadeiro, o que constitui uma necessidade no caso de análises de dados de melhoramento animal. Dado uma população genotipada, o software permite que sejam selecionados o conjunto de marcadores mais informativos para a realização de testes de exclusão de paternidade e, a partir deste conjunto de marcadores, realizar testes em batch (lista de supostos pais x lista de filhos, todos x todos). |
Palavras-Chave: |
Exclusão de paternidade; Polimorfismos de base única; Software. |
Thesaurus Nal: |
Paternity; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
Marc: |
LEADER 01594nam a2200217 a 4500 001 1918699 005 2012-03-14 008 2011 bl uuuu u0uu1 u #d 100 1 $aHIGA, R. H. 245 $aRPaternity. Versão 1.0. 260 $aCampinas: Embrapa Informática Agropecuária$c2011 300 $c1 CD-ROM. 520 $aO RPaternity implementa um método para exclusão de paternidade utilizando como marcadores polimorfismos de base única. Ele é escrito em linguagem R e pressupõe que a genotipagem foi feita por meio da plataforma Illumina Beadchip. O método implementado pode ser encontrado na referência [1] e consiste no cálculo da probabilidade de exclusão, baseado em inconsistências mendelianas entre os genótipos do suposto pai (e mãe) e filho e as frequencias alélicas verificadas na população. Considera-se nos cálculos a particular situação em que o possível pai pode ser um parente próximo do pai verdadeiro, o que constitui uma necessidade no caso de análises de dados de melhoramento animal. Dado uma população genotipada, o software permite que sejam selecionados o conjunto de marcadores mais informativos para a realização de testes de exclusão de paternidade e, a partir deste conjunto de marcadores, realizar testes em batch (lista de supostos pais x lista de filhos, todos x todos). 650 $aPaternity 650 $aSingle nucleotide polymorphism 653 $aExclusão de paternidade 653 $aPolimorfismos de base única 653 $aSoftware 700 1 $aMUDADU, M. de A. 700 1 $aTIZIOTO, P. C. 700 1 $aREGITANO, L. de A. C.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Origem |
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Registros recuperados : 150 | |
8. | | MUDADO, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; SIQUEIRA, F.; ROSA, A. do N.; HIGA, R.; TIZIOTO, P. C. Finding a minimal set of SNPs for paternity identification in Nelore cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. Proceedings... Florianópolis: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2011. Não paginado. X-MEETING, 2011.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
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10. | | ROSA, K. de O. da; TIZIOTO, P. C.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Seleção de genes candidatos a referência para estudos de expressão gênica por meio de análises de RNA-Seq e qPCR. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 6., 2014, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2014. p. 27. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 57) Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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11. | | SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L. A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 8. ISAFG 2013. AB.01.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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12. | | BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; VIEIRA, L.; ZAROS, L. G.; MEIRELLES, S. L.; REGITANO, L. C. de A. Prospecção de SNPs no gene TNFa e sua possível associação à verminose gastrintestinal em caprinos. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 9., 2012, João Pessoa. Anais... João Pessoa: SBMA, 2012. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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13. | | GOUVEIA, J. J. S.; SANTIAGO, A. C.; IBELLI, A. M. G.; TIZIOTO, P. C.; ESTEVES, S. N.; BARIONI JUNIOR, W.; REGITANO, L. C. de A. Associação entre microssatélite localizado no cromossomo OAR3 e peso ao abate de ovinos pertencentes a três grupos genéticos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008 p. 214Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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14. | | TIZIOTO, P. C.; VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; GASPARIN, G.; IBELLI, A. M. G.; OLIVIERA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Associação entre polimorfismos de única base (SNP) dos genes PPARGC1A e PSMC1 com espessura de gordura subcutânea em animais da raça Canchim. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2009. p. 210.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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17. | | DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 6., 2014, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2014. p. 28. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 57) Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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18. | | SERRA, V.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Análise de qualidade de RNA para estudo do perfil transcriptômico de animais extremos para eficiência alimentar da raça Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 5., 2013, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação , 2013. p. 12 (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 110). Editado por Ana Rita de Araújo nogueira, simone Cristina Méo NicuraTipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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19. | | BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; ROCHA, M. I. P.; IBELLI, A. M. G.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. Comparação de diferentes protocolos para visualização de DNA separado por eletroforese em gel de agarose utilizando-se os corantes fluorescentes brometo de etídeo e GelRedr. In: ENCONTRO NACIONAL SOBRE MÉTODOS DOS LABORATÓRIOS DA EMBRAPA, 15., 2010, Pelotas, RS. Novas perspectivas para os laboratórios da Embrapa. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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20. | | VENERONI-GOUVEIA, G.; TIZIOTO, P. C.; MEIRELLES, S. L. C.; SANTIAGO, A. C.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Candidate genes for carcass traits in a tropical-adapted Brazilian composite beef breed. Genetics and Molecular Research, v. 14, n. 4, p. 16667-16674, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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