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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
11/12/2018 |
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Data da última atualização: |
05/02/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCELA M. DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUDWIG GEISTLINGER, CPPSE; POLYANA C. TIZIOTO, NGS Genomic Solution; JEREMY F. TAYLOR, University of Missouri; MARINA I. P. ROCHA, UFSCar; WELLISON J. S. DINIZ, UFSCar; LUIZ L. COUTINHO, USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 8, p. 1-12, 2018. |
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DOI: |
10.1038/s41598-018-32146-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article number: 13747. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C. A. Regitano. |
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Conteúdo: |
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an improved comprehension of regulatory mechanisms that are specific to the species. |
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Palavras-Chave: |
DNA bovine; DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle. |
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Thesaurus Nal: |
Gene expression regulation. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/189042/1/AP-Comprehensive-Adhemar-etal.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/188184/1/ComprehensiveManuallyCurated.pdf
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Marc: |
LEADER 01793naa a2200301 a 4500
001 2102174
005 2019-02-05
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520 $aTranscription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an improved comprehension of regulatory mechanisms that are specific to the species.
650 $aGene expression regulation
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653 $aGene expression in cattle
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 61. |  | TIZIOTO, P. C.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; SOUZA, M. M. de; MUDADU, M. de A.; THOLON, P.; ROSA, A. do N.; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R. de; NASSU, R. T.; REGITANO, L. C. de A. Calcium and potassium content in beef: influences on tenderness and associations with molecular markers in Nellore cattle. Meat Science, v. 96, n. 1, p. 436-440, jan. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 62. | | DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 19. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 63. | | DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 144.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 64. | | IBELLI, A. M. G.; SOUZA, J. R. T.; GASPARIN, G.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Expressão gênica de bovinos Nelore e cruzados Canchim X Nelore, Simental X Nelore e Angus X Nelore infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia, SP. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2009. p. 210. p. 210| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 65. | | NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; MORAES, C. V.; CRUVINEL, G. G.; ALBUQUERQUE, A. C. A. de; SANTANA, R. C. M.; CHAGAS, A. C. de S.; ESTEVES, S. N.; BENAVIDES, M. V.; AMARANTE, A. F. T. do. Extreme-QTL mapping of monepantel resistance in Haemonchus contortus. Parasites Vectors, v.12, n.403, p.1-11, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 67. | | BUSS, C. E.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MUDADU, M. de A.; CESAR, A. S. M.; VENTURA, R. V.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; COUTINHO, L. L.; TULLIO, R. R.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide efficient mixed-model study for meat quality in Nellore cattle. Journal of Animal Science, v. 94, e-suppl. 5; Journal of Dairy Science, v. 99, e-suppl. 1, p. 159, jul. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 68. | | BUSS, C. E.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; MUDADU, M. de A.; CESAR, A. S. M.; VENTURA, R. V.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. D.; COUTINHO, L. L.; TULLIO, R. R.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide efficient mixed-model study for meat quality in Nellore cattle. Journal of Animal Science, v. 94, p. 428-429, 2016. Supplement 5. Na publicação: M. A. Mudadu.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 69. | | ROFL, M. M.; DECKER, J. E.; McKAY, S. D.; TIZIOTO, P. C.; BRANHAM, K. A.; WHITACRE, L. K.; HOFF, J. L.; REGITANO, L. C. de A.; TAYLOR, J. F. Genomics in the United States beef industry. Livestock Science, v.166, p. 84-93, aug. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 71. | | IBELLI, A. M. G.; GIACHETTO, P. F.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. de S.; RIBEIRO, A. R. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A. Identification of new genes in cattle of different genetic groups activated in response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Archivos Latinoamericano de Producion Animal, v. 19, (supl. 1), p. 221, 2011| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 74. | | DONATONI, F. A. B.; TIZIOTO, P. C.; MEIRELLES, S. L.; MALAGÓ JUNIOR, W.; GIGLIOTI, R.; IBELLI, A. M. G.; GROMBONI, J. G. G.; CARRILHO, E.; ZAROS, L. G.; VIEIRA, L. da S.; REGITANO, L. C. de A. Identification of a SNP in the gene IL2 and its association with resistance against gastrointestinal infection by nematodes in goat. Journal of Animal Science, v. 89, e-suppl.; Journal of Dairy Science, v. 94, e-suppl. 1, p. 280, 2011. Abstract T45. Abstracts of ADSA-ASAS Joint Annual Meeting, Jul., 2011, New Orleans.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 76. | | DINIZ, W. J. S.; MAZZONI, G.; COUTINHO; BANERJEE, P.; GEISTLINGER, L.; CESAR, A. S. M.; BERTOLINI. F.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N.; TIZIOTO, P. C.; KADARMIDEEN, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Detection of Co-expressed pathway modules associated with mineral concentration and meat quality in nelore cattle. Frontiers in genetics, v. 10, n. 210, p. 1-12, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 77. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, G. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differentially expressed miRNAs in skeletal muscle related to feed efficiency in Nellore cattle. Journal of Animal Science, v. 94, e-suppl. 5; Journal of Dairy Science, v. 99, e-suppl. 1, p. 159, jul. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 78. | | BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; GIGLIOTI, R.; MEIRELLHES, S. L. C.; COUTINHO, L. L.; BENVENUTI, C. L.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; VIEIRA, L. da S.; ZAROS, L. G.; CARRILHO, E.; REGITANO, L. C. de A. Single nucleotide polymorphisms in candidate genes associated with gastrointestinal nematode infection in goats. Genetics and Molecular Research, v. 13, n. 4, p. 8530-8436, Oct. 2014.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
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| 79. | | BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; GIGLIOTI, R.; MEIRELLHES, S. L. C.; COUTINHO, R.; BENVENUTI, C. L.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; VIEIRA, L. C.; ZAROS, L. G.; CARRILHO, E.; REGITANO, L. C. de A. Single nucleotide polymorphisms in candidate genes associated with gastrointestinal nematode infection in goats. Genetics and Molecular Research, v. 13, n. 4, p. 8530-8436, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 80. | | BEHURA, S. K.; TIZIOTO, P. C.; KIM, J.; GRUPIONI, N. V.; SEABURY, C. M.; SCHNABEL, R. D.; GERSHWIN, L. J.; VAN EEnenNAAM, A. L.; TOAF-FROSENSTEIN, R.; NEIBERGS, H. L.; REGITANO, L. C. de A.; TAYLOR, J. F. Tissue tropism in host transcriptional response to members of the bovine respiratory disease complex. Scientific Reports, v.7, n. 17938, p. 1-15, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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