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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
11/12/2018 |
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Data da última atualização: |
05/02/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCELA M. DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUDWIG GEISTLINGER, CPPSE; POLYANA C. TIZIOTO, NGS Genomic Solution; JEREMY F. TAYLOR, University of Missouri; MARINA I. P. ROCHA, UFSCar; WELLISON J. S. DINIZ, UFSCar; LUIZ L. COUTINHO, USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 8, p. 1-12, 2018. |
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DOI: |
10.1038/s41598-018-32146-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article number: 13747. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C. A. Regitano. |
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Conteúdo: |
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an improved comprehension of regulatory mechanisms that are specific to the species. |
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Palavras-Chave: |
DNA bovine; DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle. |
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Thesaurus Nal: |
Gene expression regulation. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/189042/1/AP-Comprehensive-Adhemar-etal.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/188184/1/ComprehensiveManuallyCurated.pdf
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Marc: |
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005 2019-02-05
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520 $aTranscription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an improved comprehension of regulatory mechanisms that are specific to the species.
650 $aGene expression regulation
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 21. |  | SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Scientific Reports, v. 8, p. 1-12, 2018. Article number: 13747. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C. A. Regitano.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 22. | | NICIURA, S. C. M.; IBELLI, A. M. G.; GOUVEIA, G. V.; GOMBRONI, J. G. G.; ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; MELLO, S. S. de; REGITANO, L. C. de A. Polymorphism and parent-of-origin effects on gene expression of CAST, leptin and DGAT1 in cattle. Meat Science, v. 90, n. 2, p. 507-510, feb. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 24. | | BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. de; OLIVEIRA, K. S. de; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. Muscle allele-specific expression QTLs may affect meat quality traits in Bos indicus. Scientific Reports, v. 11, p. 1-14, 2021. Article number: 7321.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 35. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.: s.n.], 2018. 5 p. Na publicação: A. Zerlotini, L. C. A. Regitano. WCGALP 2018.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 36. | | SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOOCK PRODUCTION, 2018, Auckland, New Zealand. proceedings... Auckland, New Zealand: Massey University, 2018, v. 892.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 39. | | LIMA, A. O. de; KOLTES, J. E.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. L.; AFONSO, J.; SOUZA, M. de S.; PETRINI, J.; ROCHA, M. I. P.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Potential biomarkers for feed efficiency-related traits in nelore cattle identified by co-expression network and integrative genomics analyses. Frontiers in Genetics, v. 11, p. 1-14, Mar. 2020. Article 189. Na publicação: Luciana C. A. Regitano.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 40. | | LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; GEISTLINGER, L.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Potential regulatory elements on PCDH7 gene affecting residual feed intake in Nelore cattle. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 23. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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