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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
Data corrente: |
29/03/2011 |
Data da última atualização: |
26/02/2024 |
Tipo da produção científica: |
Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
Autoria: |
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F. |
Afiliação: |
ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ADRIANA MÉRCIA GUARATINI IBELLI, Bolsista Capes, CNPTIA; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL. |
Título: |
Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. |
Ano de publicação: |
2010 |
Fonte/Imprenta: |
Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. |
Páginas: |
11 p. |
Série: |
(Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 101). |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R. |
Palavras-Chave: |
Agrupamento de dados; Análise de componentes principais; Expressão gênica; PCA; Rede Genômica Animal. |
Thesagro: |
Análise Estatística. |
Thesaurus Nal: |
Algorithms; Gene expression; Principal component analysis; Statistical analysis. |
Categoria do assunto: |
-- X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/32433/1/ct101-10-4.pdf
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Marc: |
LEADER 01721nam a2200313 a 4500 001 1883623 005 2024-02-26 008 2010 bl uuuu u0uu1 u #d 100 1 $aHIGA, R. H. 245 $aAnálise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.$h[electronic resource] 260 $aCampinas: Embrapa Informática Agropecuária$c2010 300 $a11 p. 490 $a(Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 101). 520 $aO objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R. 650 $aAlgorithms 650 $aGene expression 650 $aPrincipal component analysis 650 $aStatistical analysis 650 $aAnálise Estatística 653 $aAgrupamento de dados 653 $aAnálise de componentes principais 653 $aExpressão gênica 653 $aPCA 653 $aRede Genômica Animal 700 1 $aGIACHETTO, P. F. 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 700 1 $aIBELLI, A. M. G. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 700 1 $aCARDOSO, F. F.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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41. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; TEIXEIRA, J.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. Comparative transcriptome analysis of eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstract... Jersey City: Scherago International, 2012. Não paginado. 1 pôster.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Florestas. |
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Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite. |
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47. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | SILVA, J. M. da; ROMANIUC, A. R.; CAETANO, A. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B. Java Merging Copy Number Variants (JM-CNV): a new algorithm for identifying Copy Number Variant Regions (CNVR). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. Não paginado. PAG 2015. Pôster P1170.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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50. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | GIACHETTO, P. F.; GUERREIRO, E. N.; FERRO, J. A.; FERRO, M. I. T.; FURLAN, R. L.; MACARI, M. Performance and hormonal profile in broiler chickens fed with different energy levels during post restriction period. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 38, n. 6, p. 697-702, jun. 2003 Título em português: Desempenho e perfil hormonal de frangos alimentados com diferentes níveis energéticos após restrição alimentar.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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51. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A. Transcriptional networks reconstruction: identification of genes involved on cattle response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus infestation. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 154. Na publicação: Regitano, L.C.A. X-meeting 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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52. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | GUIMARÃES, P. de S.; SCHENK, J. C. M.; GIACHETTO, P. F.; PADILHA, L.; SILVAROLLA, M. B.; MALUF, M. P. Validação de retrotransposons ativos em café-efeitos de estresse abiótico e baixa cafeína na expressão gênica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 10., 2019, Vitória. Pesquisa, Inovação e Sustentabilidade dos Cafés do Brasil. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2019. Título em inglês: Validation of active retrotransposons in coffee-effects of abiotic stress and low caffeine content on gene expression.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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55. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | FERRARI, F.; ZANCA, A. S.; JORDÃO, H.; GIACHETTO, P. F.; OKURA, V. K.; MACCHERONI, W.; FORNI-MARTINS, E. R. Sugarcane BAC selection for BAC-FISH in currents hybrids varieties. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia, SP. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2009. p. 96.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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59. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | DABBAS, K. M.; LAIA, M. L. de; JOVINO, D. F. R.; GIACHETTO, P. F.; MORAES, F. E. de; FERRO, J. A.; FERRO, M. I. T. Avaliação do perfil de expressão gênica em cana-de-açúcar após inoculação com Xanthomonas albilineans utilizando a técnica de macroarranjos de cDNA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 25., 2009, Porto de Galinhas. Resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2009. Não paginado. CBM 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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60. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; FALCAO, P. R. K. Catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa. Revista Brasileira de Biblioteconomia e Documentação, v. 18, p. 1-28, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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