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| Registros recuperados : 129 | |
| 82. |  | PETRINI, J. A.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; AZAMBUJA, I. H. V.; NUNES, C. D. M.; MARTINS, J. F. da S.; PILON, M.; KUHN, R. A. Desempenho produtivo da cultivar de arroz irrigado BRS Pampa no Rio Grande do Sul safra 2012/2013. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 83. | | MATTOS, M. L. T.; MARTINS, J. F. da S.; MAGALHÃES JÚNIOR, A.; PETRINI, J. A.; SILVA, J. J. C. da; SCIVITTARO, W. B.; NUNES, C. D. M.; CUNHA, N. G. da; SANTOS, I. B. dos. Monitoramento físico-químico da qualidade da água em áreas piloto da produção integrada de arroz irrigado na planície costeira externa do Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 5 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 202).| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 84. | | MATTOS, M. L. T.; MARTINS, J. F. de S.; MAGALHÃES JÚNIOR, A.; PETRINI, J. A.; SILVA, J. J. C. da; SCIVITTARO, W. B.; NUNES, C. D. M.; CUNHA, N. G. da; SANTOS, I. B. dos. Monitoramento físico-químico da qualidade da água em áreas piloto da produção integrada de arroz irrigado na planície costeria externa do Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 5 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 202).| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 86. | | TREVISOLI, P. A.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; PETRINI, J.; MARGARIDO, G. R. A.; LEDUR, M. C.; MOURÃO, G. B.; GARRICK, D.; COUTINHO, L. L. A missense mutation in the MYBPH gene is associated with abdominal fat traits in meat-type chickens. Frontiers in Genetics, v. 12, n. 698163, 2021.| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 87. | | FAGUNDES, P. R. R.; PARFITT, J. M. B.; BRITO, G. G. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; PETRINI, J. A.; SILVA, J. T. da S.; CAMPOS, A. D. S. de; TIMM, P. A.; AIRES, T. do A. Resposta agronômica e industrial de genótipos de arroz submetidos a irrigação por inundação intermitente. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2018. 21 p. (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 307).| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 88. | | FAGUNDES, P. R. R.; PARFITT, J. M. B.; BRITO, G. G. de; SILVA, J. T. da; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; PETRINI, J. A.; CAMPOS, A. D. S. de. Resposta agronômica e industrial de genótipos de arroz submetidos a irrigação por inundação intermitente. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 11., 2019, Balneário Camboriú. Inovação e desenvolvimento na orizicultura: anais eletrônico. Itajaí: Epagri/Sosbai, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 89. | | FAGUNDES, P. R. R.; MATTOS, M. L. T.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; SCIVITTARO, W. B.; PETRINI, J. A.; AZAMBUJA, I. H. V.; SEVERO, A. C. M.; STRECK, E. A.; GARCIA, N. da S.; KNABAH, O. W. Resposta de genótipos de arroz irrigado à fixação biológica de nitrogênio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 90. | | STEINMETZ, S.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; DEIBLER, A. N.; RADIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da; BERMUDEZ, D. A. Uso do método de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do Sul: versão completa. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2013. 360 p. (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 205).| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 91. | | STEINMETZ, S.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; DEIBLER, A. N.; RADIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da; BERMUDEZ, D. A. Uso do método de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do Sul: Versão Resumida. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2015. p. 111 (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 205).| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 92. | | STEINMETZ, S.; PICADA, G. L. N.; GADEA, H. M.; KROEFF, R. M.; BORGES, V. M. P.; HERNANDES, G. C.; DEIBLER, A. N.; PILON, M.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; SILVA, M. F. da. Validação do método de graus-dia para estimar a data de diferenciação da panícula de cultivares de arroz irrigado em condições de lavoura no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 93. | | WANDER, A. E.; AZAMBUJA, I. H. V.; SCIVITTARO, W. B.; SILVA, J. J. C. da; ANDRES, A.; NUNES, C. D. M.; PETRINI, J. A.; MARTINS, J. F. da S.; FAGUNDES, P. R. R.; STONE, L. F. Viabilidade econômica do uso de cultivares mais precoces como alternativa de redução da água de irrigação para o arroz irrigado no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 7., 2011, Balneário Camboriú. Racionalizando recursos e ampliando oportunidades: anais. Itajaí: Epagri, 2011. v. 1. p. 767-770.| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 94. | | ANDRADE, B. G. N.; DONATONI, F. A. B.; CUADRAT, R. R.; CARDOSO, T. F.; MALHEIROS, J. M.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; KOLTES, J. E.; ZERLOTINI NETO, A.; MEDEIROS, S. R. de; BERNDT, A.; PALHARES, J. C. P.; AFLI, H.; REGITANO, L. C. de A. Stool and ruminal microbiome components associated with methane emission and feed efficiency in Nelore beef cattle. Frontiers in Genetics, v. 13, 812828, may, 2022. 12 p.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 95. | | AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; REVERTER, A.; DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; LIMA, A. O. de; PETRINI, J.; SOUZA, M. de S.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; REGITANO, L. C. de A. Genetic regulators of mineral amount in Nelore cattle muscle predicted by a new co-expression and regulatory impact factor approach. Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-16, 2020 Article: 8436.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 96. | | BUSS, C. E.; DINIZ, W. J. da S.; ANDRADE, B. G.; LIMA, A. O. de; GEISTLINGER, L.; AFONSO, J.; TULLIO, R. R.; TIZIOTO, P. C.; PETRINI, J.; COUTINHO, L. L.; WOLF, J. B.; MOURAO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Identification of pleiotropic loci for daily weight gain and intramuscular fat in cattle using bivariate genome-wide association analysis. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 161-162.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 97. | | BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; GEISTLINGER, L.; WOLF, J. B.; DINIZ, W. J. da S.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; ANDRADE, B. G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Identification of a pleiotropic locus for beef quality and feed efficiency in cattle using bi-trait genome-wide association analysis. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 22. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 98. | | BUSS, C. E.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GUSTANI-BUSS, E. C.; CARDOSO, T. F.; ROVADOSKI, G. A.; DINIZ, W. J. DA S.; LIMA, A. O. DE; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; WOLF, J. B.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Bivariate GWAS reveals pleiotropic regions among feed efficiency and beef quality-related traits in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 90-103, dec. 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 99. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; MARTINS, J. F. da S.; NUNES, C. D. M.; ANDRES, A.; PETRINI, J. A.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F. P.; MORAIS, O. P. de; SEVERO, A. C. M.; FONSECA, G. de M. da. Avaliação de cultivares de arroz irrigado da Embrapa no Rio Grande do Sul nas safras 2007/08 e 2008/09. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2011. 8 p. il. (Embrapa Clima Temperado. Circular Técnica, 117)| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 100. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; NUNES, C. D. M.; ANDRES, A.; PETRINI, J. A.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F. P.; MORAIS, O. P. de; SEVERO, A. C. M.; TURATTI, M. da R.; FONSECA, G. de M. da; HAUSEN, L. J. de O. von. Avaliação de cultivares de arroz irrigado da Embrapa, no Rio Grande do Sul, nas safras 2007/08 e 2008/09. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 6., 2009, Porto Alegre. Estresses e sustentabilidade: desafios para a lavoura arrozeira: anais. Porto Alegre: Palotti, 2009. p. 123-126.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| Registros recuperados : 129 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
14/08/2020 |
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Data da última atualização: |
10/09/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
LIMA, A. O. de; KOLTES, J. E.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. L.; AFONSO, J.; SOUZA, M. de S.; PETRINI, J.; ROCHA, M. I. P.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
ANDRESSA O. DE LIMA, UFSCar; JAMES E. KOLTES, Iowa State University; WELLISON J. S. DINIZ, UFSCar; PRISCILA S. N. DE OLIVEIRA; ALINE S. M. CESAR, Esalq/USP; POLYANA C. TIZIOTO, NGS Genomic Solution; JULIANA AFONSO, UFSCar; MARCELA M. DE SOUZA, Iowa State University; JULIANA PETRINI, UNIFAL; MARINA I. P. ROCHA, UFSCar; TAINÃ F. CARDOSO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ L. COUTINHO, Esalq/USP; GERSON B. MOURÃO, Esalq/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Potential biomarkers for feed efficiency-related traits in nelore cattle identified by co-expression network and integrative genomics analyses. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 11, p. 1-14, Mar. 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00189 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article 189. Na publicação: Luciana C. A. Regitano. |
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Conteúdo: |
Feed efficiency helps to reduce environmental impacts from livestock production, improving beef cattle profitability. We identified potential biomarkers (hub genes) for feed efficiency, by applying co-expression analysis in Longissimus thoracis RNA-Seq data from 180 Nelore steers. Six co-expression modules were associated with six feed efficiency-related traits (p-value ≤ 0.05). Within these modules, 391 hub genes were enriched for pathways as protein synthesis, muscle growth, and immune response. Trait-associated transcription factors (TFs) ELF1, ELK3, ETS1, FLI1, and TCF4, were identified with binding sites in at least one hub gene. Gene expression of CCDC80, FBLN5, SERPINF1, and OGN was associated with multiple feed efficiency-related traits (FDR ≤ 0.05) and were previously related to glucose homeostasis, oxidative stress, fat mass, and osteoblastogenesis, respectively. Potential regulatory elements were identified, integrating the hub genes with previous studies from our research group, such as the putative cis-regulatory elements (eQTLs) inferred as affecting the PCDH18 and SPARCL1 hub genes related to immune system and adipogenesis, respectively. Therefore, our analyses contribute to a better understanding of the biological mechanisms underlying feed efficiency in bovine and the hub genes disclosed can be used as biomarkers for feed efficiency-related traits in Nelore cattle. |
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Palavras-Chave: |
Biomarcadores; Expressão gênica; Feed efficiency; Hub genes; Longissimus thoracis; Systems biology; WGCNA. |
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Thesagro: |
Bos Indicus. |
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Thesaurus NAL: |
Gene expression. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215312/1/AP-Potential-biomarkers-2020.pdf
|
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Marc: |
LEADER 02711naa a2200421 a 4500
001 2124356
005 2020-09-10
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.3389/fgene.2020.00189$2DOI
100 1 $aLIMA, A. O. de
245 $aPotential biomarkers for feed efficiency-related traits in nelore cattle identified by co-expression network and integrative genomics analyses.$h[electronic resource]
260 $c2020
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520 $aFeed efficiency helps to reduce environmental impacts from livestock production, improving beef cattle profitability. We identified potential biomarkers (hub genes) for feed efficiency, by applying co-expression analysis in Longissimus thoracis RNA-Seq data from 180 Nelore steers. Six co-expression modules were associated with six feed efficiency-related traits (p-value ≤ 0.05). Within these modules, 391 hub genes were enriched for pathways as protein synthesis, muscle growth, and immune response. Trait-associated transcription factors (TFs) ELF1, ELK3, ETS1, FLI1, and TCF4, were identified with binding sites in at least one hub gene. Gene expression of CCDC80, FBLN5, SERPINF1, and OGN was associated with multiple feed efficiency-related traits (FDR ≤ 0.05) and were previously related to glucose homeostasis, oxidative stress, fat mass, and osteoblastogenesis, respectively. Potential regulatory elements were identified, integrating the hub genes with previous studies from our research group, such as the putative cis-regulatory elements (eQTLs) inferred as affecting the PCDH18 and SPARCL1 hub genes related to immune system and adipogenesis, respectively. Therefore, our analyses contribute to a better understanding of the biological mechanisms underlying feed efficiency in bovine and the hub genes disclosed can be used as biomarkers for feed efficiency-related traits in Nelore cattle.
650 $aGene expression
650 $aBos Indicus
653 $aBiomarcadores
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653 $aWGCNA
700 1 $aKOLTES, J. E.
700 1 $aDINIZ, W. J. S.
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700 1 $aAFONSO, J.
700 1 $aSOUZA, M. de S.
700 1 $aPETRINI, J.
700 1 $aROCHA, M. I. P.
700 1 $aCARDOSO, T. F.
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
700 1 $aMOURÃO, G. B.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tFrontiers in Genetics$gv. 11, p. 1-14, Mar. 2020.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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