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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
19/02/2021 |
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Data da última atualização: |
07/02/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ARRAES, F. B. M.; MARTINS-DE-SA, D; VASQUEZ, D. D. N.; MELO, B. P.; FAHEEM, M.; MACEDO, L. L. P. de; MORGANTE, C. V.; BARBOSA, J. A. R. G.; TOGAWA, R. C.; MOREIRA, V. J. V.; DANCHIN, E. G. J.; SA, M. F. G. de. |
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Afiliação: |
FABRICIO BARBOSA MONTEIRO ARRAES; DIOGO MARTINS-DE-SA; DANIEL D. NORIEGA VASQUEZ; BRUNO PAES MELO; MUHAMMAD FAHEEM; LEONARDO LIMA PEPINO DE MACEDO; CAROLINA VIANNA MORGANTE, CPATSA; JOÃO ALEXANDRE R. G. BARBOSA; ROBERTO COITI TOGAWA; VALDEIR JUNIO VAZ MOREIRA; ETIENNE G. J. DANCHIN; MARIA FATIMA GROSSI DE SA. |
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Título: |
Dissecting protein domain variability in the core rna interference machinery of five insect orders. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
RNA Biology, v. 18, n. 11, p. 1653-1681, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1080/15476286.2020.1861816 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
RNA interference (RNAi)-mediated gene silencing can be used to control specific insect pest populations. Unfortunately, the variable efficiency in the knockdown levels of target genes has narrowed the applicability of this technology to a few species. Here, we examine the current state of knowledge regarding the miRNA (micro RNA) and siRNA (small interfering RNA) pathways in insects and investigate the structural variability at key protein domains of the RNAi machinery. Our goal was to correlate domain variability with mechanisms affecting the gene silencing efficiency. To this end, the protein domains of 168 insect species, encompassing the orders Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera, and Lepidoptera, were analysed using our pipeline, which takes advantage of meticulous structure-based sequence alignments. We used phylogenetic inference and the evolutionary rate coefficient (K) to outline the variability across domain regions and surfaces. Our results show that four domains, namely dsrm, Helicase, PAZ and Ribonuclease III, are the main contributors of protein variability in the RNAi machinery across different insect orders. We discuss the potential roles of these domains in regulating RNAi-mediated gene silencing and the role of loop regions in fine-tuning RNAi efficiency. Additionally, we identified several order-specific singularities which indicate that lepidopterans have evolved differently from other insect orders, possibly due to constant coevolution with plants and viruses. In conclusion, our results highlight several variability hotspots that deserve further investigation in order to improve the application of RNAi technology in the control of insect pests. MenosRNA interference (RNAi)-mediated gene silencing can be used to control specific insect pest populations. Unfortunately, the variable efficiency in the knockdown levels of target genes has narrowed the applicability of this technology to a few species. Here, we examine the current state of knowledge regarding the miRNA (micro RNA) and siRNA (small interfering RNA) pathways in insects and investigate the structural variability at key protein domains of the RNAi machinery. Our goal was to correlate domain variability with mechanisms affecting the gene silencing efficiency. To this end, the protein domains of 168 insect species, encompassing the orders Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera, and Lepidoptera, were analysed using our pipeline, which takes advantage of meticulous structure-based sequence alignments. We used phylogenetic inference and the evolutionary rate coefficient (K) to outline the variability across domain regions and surfaces. Our results show that four domains, namely dsrm, Helicase, PAZ and Ribonuclease III, are the main contributors of protein variability in the RNAi machinery across different insect orders. We discuss the potential roles of these domains in regulating RNAi-mediated gene silencing and the role of loop regions in fine-tuning RNAi efficiency. Additionally, we identified several order-specific singularities which indicate that lepidopterans have evolved differently from other insect orders, possibly due to constant coevolution with plant... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Argonaute; DCR1; Dicer; Drosha; DsRBDs; Evolução da proteína; In silico analysis; Loquacious; Pasha; Protein evolution; R2D2; RIIID II; Sequência de proteínas inteira; Structure-function relationship. |
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Thesagro: |
Controle Genético; Genoma; Inseto; Praga; Proteína. |
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Thesaurus Nal: |
Insect control; Pest control; Protein structure; Proteins. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230917/1/Dissecting-protein-domain-variability-2021.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Solos. |
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Data corrente: |
06/02/2023 |
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Data da última atualização: |
06/02/2023 |
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Autoria: |
PIRES, I. F.; FONTANA, A.; PARTELLI, F. L.; CAMPANHARO, A.; ROCHA, J. R.; RODRIGUES, J. D. |
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Afiliação: |
IVNE FRANCO PIRES, PREFEITURA DE BOA ESPERANÇA; ADEMIR FONTANA, CNPS; FÁBIO LUIZ PARTELLI, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ESPÍRITO SANTO; ALEX CAMPANHARO, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ESPÍRITO SANTO; JUAN RICARDO ROCHA, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; JÉSSICA DALAZEN RODRIGUES, UNIVERSIDADE FEDERAL DE RONDÔNIA. |
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Título: |
Diagnóstico nutricional em plantação de café Conilon na região norte do estado do Espírito Santo. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Agrogeoambiental, v. 14, e20221708, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.18406/2316-1817v14n120221708 |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Também publicado em inglês. Título em inglês: Nutritional diagnosis in a Conilon coffee plantation in the northern region of the Espírito Santo state. |
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Conteúdo: |
Os solos dos Tabuleiros Costeiros têm como característica a baixa fertilidade natural, o que reforça a importância da avaliação da fertilidade do solo e nutrição das folhas das culturas agrícolas. Objetivou-se, neste estudo, apresentar um diagnóstico da fertilidade do solo e da nutrição das folhas de cafezais com Conilon dos Tabuleiros Costeiros no Norte do Espírito Santo. Foram coletadas 49 amostras de solo na profundidade de 0-0,20 m e 49 amostras de folhas. No solo foram determinados teores de Al3+, Ca2+, Mg2+, K+, (H+Al), SB, V, CTC, pH (água), P Mehlich-1, carbono (C), matéria orgânica (MO), nitrogênio (N), Cu2+, Fe2+, Mn2+, Zn2+ e nas folhas teores de N, P, K, Ca, Mg, Cu, Fe, Mn e Zn. Foi realizada a diagnose da fertilidade do solo e nutrição das folhas, seguida da identificação dos elementos deficitários após a comparação com as lavouras cafeeiras de referência. No solo, a maioria dos cafezais tem níveis baixos da MO, K, Ca, Mg, Fe, Al e (H+Al), P em excesso e os demais atributos em níveis médios. Quanto às folhas, a maioria dos cafezais tem níveis baixos do N, P, K, Mg, Cu, Fe e Zn, Mn em nível adequado e Ca em nível alto. Os elementos do solo e das folhas avaliados encontram-se, em sua maioria, em níveis inferiores aos das lavouras de referência. |
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Palavras-Chave: |
Coffee canephora; Diagnose Nutricional; Nutritional diagnosis; Solos Intemperizados; Weathered soils. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1151490/1/Diagnostico-nutricional-em-plantacao-de-cafe-Conilon-2022.pdf
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Marc: |
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520 $aOs solos dos Tabuleiros Costeiros têm como característica a baixa fertilidade natural, o que reforça a importância da avaliação da fertilidade do solo e nutrição das folhas das culturas agrícolas. Objetivou-se, neste estudo, apresentar um diagnóstico da fertilidade do solo e da nutrição das folhas de cafezais com Conilon dos Tabuleiros Costeiros no Norte do Espírito Santo. Foram coletadas 49 amostras de solo na profundidade de 0-0,20 m e 49 amostras de folhas. No solo foram determinados teores de Al3+, Ca2+, Mg2+, K+, (H+Al), SB, V, CTC, pH (água), P Mehlich-1, carbono (C), matéria orgânica (MO), nitrogênio (N), Cu2+, Fe2+, Mn2+, Zn2+ e nas folhas teores de N, P, K, Ca, Mg, Cu, Fe, Mn e Zn. Foi realizada a diagnose da fertilidade do solo e nutrição das folhas, seguida da identificação dos elementos deficitários após a comparação com as lavouras cafeeiras de referência. No solo, a maioria dos cafezais tem níveis baixos da MO, K, Ca, Mg, Fe, Al e (H+Al), P em excesso e os demais atributos em níveis médios. Quanto às folhas, a maioria dos cafezais tem níveis baixos do N, P, K, Mg, Cu, Fe e Zn, Mn em nível adequado e Ca em nível alto. Os elementos do solo e das folhas avaliados encontram-se, em sua maioria, em níveis inferiores aos das lavouras de referência.
653 $aCoffee canephora
653 $aDiagnose Nutricional
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653 $aSolos Intemperizados
653 $aWeathered soils
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700 1 $aPARTELLI, F. L.
700 1 $aCAMPANHARO, A.
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700 1 $aRODRIGUES, J. D.
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Registro original: |
Embrapa Solos (CNPS) |
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