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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
15/03/2019 |
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Data da última atualização: |
02/12/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
DINIZ, W. J. S.; MAZZONI, G.; COUTINHO; BANERJEE, P.; GEISTLINGER, L.; CESAR, A. S. M.; BERTOLINI. F.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N.; TIZIOTO, P. C.; KADARMIDEEN, H. N.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
Wellison J. S. Diniz, UFSCAR; Gianluca Mazzoni, Technical University of Denmark; Luiz L. Coutinho, USP; Priyanka Banerjee, Technical University of Denmark; Ludwig Geistlinger, Graduate School of Public Health and Health Policy; Aline S. M. Cesar, USP; Francesca Bertolini, Technical University of DenmarK; Juliana Afonso, UFSCAR; Priscila S. N. de Oliveira, Bolsista/Embrapa Pecuária Sudeste; Polyana C. Tizioto, USP; Haja N. Kadarmideen, Technical University of Denmark; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Detection of Co-expressed pathway modules associated with mineral concentration and meat quality in nelore cattle. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in genetics, v. 10, n. 210, p. 1-12, 2019. |
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DOI: |
10.3389/fgene.2019.00210 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Meat quality is a complex trait that is influenced by genetic and environmental factors, which includes mineral concentration. However, the association between mineral concentration and meat quality, and the specific molecular pathways underlying this association, are not well explored. We therefore analyzed gene expression as measured with RNA-seq in Longissimus thoracis muscle of 194 Nelore steers for association with three meat quality traits (intramuscular fat, meat pH, and tenderness) and the concentration of 13 minerals (Ca, Cr, Co, Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na, P, S, Se, and Zn). We identified seven sets of co-expressed genes (modules) associated with at least two traits, which indicates that common pathways influence these traits. From pathway analysis of module hub genes, we further found an over-representation for energy and protein metabolism (AMPK and mTOR signaling pathways) in addition to muscle growth, and protein turnover pathways. Among the identified hub genes FASN, ELOV5, and PDE3B are involved with lipid metabolism and were affected by previously identified eQTLs associated to fat deposition. The reported hub genes and over-represented pathways provide evidence of interplay among gene expression, mineral concentration, and meat quality traits. Future studies investigating the effect of different levels of mineral supplementation in the gene expression and meat quality traits could help us to elucidate the regulatory mechanism by which the genes/pathways are affected. MenosMeat quality is a complex trait that is influenced by genetic and environmental factors, which includes mineral concentration. However, the association between mineral concentration and meat quality, and the specific molecular pathways underlying this association, are not well explored. We therefore analyzed gene expression as measured with RNA-seq in Longissimus thoracis muscle of 194 Nelore steers for association with three meat quality traits (intramuscular fat, meat pH, and tenderness) and the concentration of 13 minerals (Ca, Cr, Co, Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na, P, S, Se, and Zn). We identified seven sets of co-expressed genes (modules) associated with at least two traits, which indicates that common pathways influence these traits. From pathway analysis of module hub genes, we further found an over-representation for energy and protein metabolism (AMPK and mTOR signaling pathways) in addition to muscle growth, and protein turnover pathways. Among the identified hub genes FASN, ELOV5, and PDE3B are involved with lipid metabolism and were affected by previously identified eQTLs associated to fat deposition. The reported hub genes and over-represented pathways provide evidence of interplay among gene expression, mineral concentration, and meat quality traits. Future studies investigating the effect of different levels of mineral supplementation in the gene expression and meat quality traits could help us to elucidate the regulatory mechanism by which the genes/pathways are affe... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
AMPK pathway; Co-expression analysis; RNA sequencing; Tenderness. |
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Thesagro: |
Gado de Corte; Gordura Animal. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Beef quality; Intramuscular fat. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/194304/1/fgene-10-00210.pdf
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Marc: |
LEADER 02585naa a2200373 a 4500
001 2107117
005 2019-12-02
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520 $aMeat quality is a complex trait that is influenced by genetic and environmental factors, which includes mineral concentration. However, the association between mineral concentration and meat quality, and the specific molecular pathways underlying this association, are not well explored. We therefore analyzed gene expression as measured with RNA-seq in Longissimus thoracis muscle of 194 Nelore steers for association with three meat quality traits (intramuscular fat, meat pH, and tenderness) and the concentration of 13 minerals (Ca, Cr, Co, Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na, P, S, Se, and Zn). We identified seven sets of co-expressed genes (modules) associated with at least two traits, which indicates that common pathways influence these traits. From pathway analysis of module hub genes, we further found an over-representation for energy and protein metabolism (AMPK and mTOR signaling pathways) in addition to muscle growth, and protein turnover pathways. Among the identified hub genes FASN, ELOV5, and PDE3B are involved with lipid metabolism and were affected by previously identified eQTLs associated to fat deposition. The reported hub genes and over-represented pathways provide evidence of interplay among gene expression, mineral concentration, and meat quality traits. Future studies investigating the effect of different levels of mineral supplementation in the gene expression and meat quality traits could help us to elucidate the regulatory mechanism by which the genes/pathways are affected.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 22 | |
| 2. |  | ARAUJO, K. E. C.; TORRES JÚNIO, C. V.; GUIMARÃES, A. P.; SANTOS, R. C. dos; BODDEY, R. M.; URQUIAGA, S. Abundância natural de 15 N do N2 fixado na soja em funçao da intensidade de luz e estirpe de Bradyrhizobium spp. inoculada In: REUNIÃO LATINOAMERICANA DE RIZOBIOLOGIA, 27., 2016, Londrina. Fortalecendo as parcerias Sul-Sul: anais. Curitiba: SBCS-NEPAR, 2016. 308 p. Editado por Mariangle Hungria, Douglas Fabiano Gomes, Arnaldo Colozzi Filho. RELAR 2016. p. 225| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 3. | | TORRES JÚNIOR, C. V.; ARAUJO, K. E. C.; SPERANDIO, M. V. L.; SANTOS, L. A.; URQUIAGA, S.; ZILLI, J. E. Dark septate endophytic fungi increase the activity of proton pumps, efficiency of 15N recovery from ammonium sulphate, N content, and micronutrient levels in rice plants Brazilian Journal of Microbiology, v. 50, n. 3, p. 825?838, july, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 4. | | TORRES JÚNIOR, C. V.; ARAÚJO, K. E. C.; SILVA, K. da; XAVIER, G. R.; ZILLI, J. E. Uso de fontes orgânicas de nutrientes por fungos dark septate. In: OLIVEIRA, A. M.; VASCONCELOS, C. B. L.; SILVA, J. F.; MORAIS, M. A.; DIAS, N. S.; CAMACHO, R. G. V.; ALENCAR, R. D.; PORTO, V. C. N. Produção Orgânica no Semiárido. Mossoró: Edufersa, 2016. p. 1260-1265| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 5. | | TORRES JÚNIOR, C. V.; ARAÚJO, K. E. C.; SILVA, K. da; XAVIER, G. R.; ZILLI, J. E. Uso de fontes orgânicas de nutrientes por fungos dark septate. In: OLIVEIRA, A. M.; VASCONCELOS, C. B. L.; SILVA, J. F.; MORAIS, M. A.; DIAS, N. S.; CAMACHO, R. G. V.; ALENCAR, R. D.; PORTO, V. C. N. Produção Orgânica no Semiárido. Mossoró: Edufersa, 2016. p. 1260-1265| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 6. | | SANTOS, W. M.; SANTOS, R. C.; ARAÚJO, K. E. C.; VERGARA, C. V.; MARANHÃO, F. M.; ALVES, B. J. R.; JANTALIA, C. P.; URQUIAGA, S. Bacterial inoculation of grain-sorghum fertilized with urea coated with NH3 volatilization inhibitor for yield improvement. In: SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN FIXATION, 16., LATINAMERICAN WORKSHOP OF PGPR, 4., RELARE, 19., 2018, Foz do Iguaçu. Book of abstract....Foz do Iguaçu: Emprapa, 2018. Session I, Poster I.8| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 7. | | TORRES JÚNIOR, C. V.; ARAUJO, K. E. C.; SILVA, K. da; PEREIRA, G. M. D.; ZILLI, J. E.; XAVIER, G. R. Caracterização morfofisiológica de isolados de fungos Dark septate. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 8. | | ARAUJO, K. E. C.; VERGARA, C.; GUIMARÃES, A. P.; ROUWS, J. R. C.; JANTALIA, C. P.; URQUIAGA, S.; ALVES, B. J. R.; BODDEY, R. M. Changes in 15N natural abundance of biologically fixed N2 in soybean due to shading, rhizobium strain and plant growth stage. Plant and Soil, v. 426, n. 1–2, p. 413–428, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 9. | | VERGARA, C.; ARAUJO, K. E. C.; URQUIAGA, S.; SCHULTZ, N.; BALIEIRO, F. de C.; MEDEIROS, P. S.; SANTOS, L. A.; XAVIER, G. R.; ZILLI, J. E. Dark septate endophytic fungi help tomato to acquire nutrients from ground plant material. Frontiers in Microbiology, v. 8, article 2437, Dec. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Solos. |
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| 10. | | VERGARA, C.; ARAUJO, K. E. C.; URQUIAGA, S.; SANTA-CATARINA, C.; SCHULTZ, N.; ARAUJO, E. da S.; BALIEIRO, F. de C.; XAVIER, G. R.; ZILLI, J. E. Dark septate endophytic fungi increase green manure-15N recovery efficiency, N contents, and micronutrients in rice grains. Frontiers in Plant Science, v. 9, article 613, May 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Solos. |
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| 11. | | ZILLI, J. E.; TOREES JÚNIOR, C. V.; ARAUJO, K. E. C.; URQUIAGA, S.; SCHULTZ, N.; BALIEIRO, F. de C.; MEDEIROS, P. S.; SANTOS, L. A.; XAVIER, G. R. Dark septate fungi inoculation and fertilization with organic nitrogen source benefit the growth of tomato plants. In: WORLD CONGRESS OF SOIL SCIENCE, 21., 2018, Rio de Janeiro. Soil science: beyond food and fuel: proceedings... Viçosa, MG: SBCS, 2019. v. 2 p. 178. WCSS 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 12. | | ZILLI, J. E.; VERGARA, C. V.; ARAUJO, K. E. C.; URQUIAGA, S.; SCHULTZ, N.; BALIEIRO, F. de C.; MEDEIROS, P. S.; SANTOS, L. A.; XAVIER, G. R. Dark septate fungi inoculation and fertilization with organic nitrogen source benefit the growth of tomato plants. In: WORLD CONGRESS OF SOIL SCIENCE, 21., 2018, Rio de Janeiro. Soil science: beyond food and fuel: proceedings... Viçosa, MG: SBCS, 2019. v. 2, p. 178. WCSS 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 13. | | TORRES JÚNIOR, C. V.; SANTOS, C. E. de R. e S.; ARAUJO, K. E. C.; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R. Desempenho simbiótico de rizóbios de caupi e Aeschynomene em amendoim tratado com fungicida In: REUNIÃO LATINOAMERICANA DE RIZOBIOLOGIA, 27., 2016, Londrina. Fortalecendo as parcerias Sul-Sul: anais. Curitiba: SBCS-NEPAR, 2016. 308 p. Editado por Mariangle Hungria, Douglas Fabiano Gomes, Arnaldo Colozzi Filho. RELAR 2016. p. 246| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 14. | | ARAÚJO, K. E. C.; JUNIOR, C. V. T.; SILVA, F. F. da; SILVA, F. F. da; BODDEY, R. M.; URQUIAGA, S. Eficiência simbiótica de estirpes de Bradyrhizobium japonicum e Bradyrhizobium elkanii na cultura da soja. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 13., 2013, Seropédica. Ciência, saúde e esporte: caderno de resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 15. | | ARAUJO, K. E. C.; TORRES JUNIOR, C. V.; GUIMARÃES, A. P.; SILVA, M. A. da; ALVES, B. J. R.; URQUIAGA, S.; BODDEY, R. M. Natural abundance of 15N of N derived from the atmosphere by different strains of Bradyrhizobium in symbiosis with soybean plants. Ciência Rural, v. 49, n.12, e20180265, 2019. Título em Português: Abundância natural de 15N do N derivado da atmosfera por diferentes estirpes de Bradyrhizobium em simbiose com plantas de soja.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 16. | | SANTOS, R. C.; SANTOS, W. M. 1; ARAÚJO, K. E. C.; SAMPAIO, M. P.; JANTALIA, C. P.; ALVES, B. J. R.; MARTINS, M. R. Nitrous oxide emission in sorghum inoculated with Azospirillum brasilense. In: SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN FIXATION, 16., LATINAMERICAN WORKSHOP OF PGPR, 4., RELARE, 19., 2018, Foz do Iguaçu. Book of abstract....Foz do Iguaçu: Emprapa, 2018. Session I, Poster I.7| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 17. | | VERGARA, C.; ARAUJO, K. E. C.; SOUZA, S. R. de; SCHULTZ, N.; SAGGIN JUNIOR, O. J.; SPERANDIO, M. V. L.; ZILLI, J. E. Plant-mycorrhizal fungi interaction and response to inoculation with different growth-promoting fungi. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 54, e25140, 2019. Título em português: Interação da planta com fungo micorrízico e sua resposta à inoculação com diferentes fungos promotores de crescimento| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 18. | | SANTOS, W. M.; SANTOS, R. C.; ALVES, B. J. R.; JANTALIA, C. P.; ARAUJO, K. E. C.; VERGARA, C.; ZILLI, J. E.; URQUIAGA, S. Produtividade e intensidade de emissões de N2O na soja inoculada com diferentes estirpes comerciais de Bradyrhizobium spp. In: REUNIÃO DA REDE DE LABORATÓRIOS PARA RECOMENDAÇÃO, PADRONIZAÇÃO E DIFUSÃO DE TECNOLOGIAS DE INOCULANTES MICROBIANOS DE INTERESSE AGRÍCOLA - RELARE, 19., 2018, Foz do Iguaçu. Anais... Foz do Iguaçu: Embrapa, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 19. | | TORRES JÚNIOR, C. V.; ARAÚJO, K. E. C.; SILVA, K. da; PEREIRA, G. M. D.; ZILLI, J. E.; XAVIER, G. R. Promoção do crescimento vegetal de plantas de tomate inoculadas com fungos dark septate* In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 14., 2014, Seropédica. Ciência e tecnologia para o desenvolvimento. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | TORRES JÚNIOR, C. V.; ARAUJO, K. E. C.; ALVES, L. S.; SOUZA, S. R. de; SANTOS, L. A.; SANTA-CATARINA, C.; SILVA, K. da; PEREIRA, G. M. D.; XAVIER, G. R.; ZILLI, J. E. Contribution of dark septate fungi to the nutrient uptake and growth of rice plants Brazilian Journal of Microbiology, Environmental Microbiology, v. 49, n. 1, p. 67-78, jan./mar. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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