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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
15/12/2017 |
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Data da última atualização: |
15/12/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FLORES, J. C.; MOFATTO, L. S.; FREITAS-LOPES, R. do L.; FERREIRA, S. S.; ZAMBOLIM, E. M.; CARAZZOLLE, M. F.; ZAMBOLIM, L.; CAIXETA, E. T. |
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Afiliação: |
Juan Carlos Florez, BIAGRO/BioCafé/UFV; Luciana Souto Mofatto, Laboratório de Genômica e Expressão/Departamento de Genética/Evolução e Bioagentes/Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas; Rejane do Livramento Freitas?Lopes, BIAGRO/BioCafé/UFV; Sávio Siqueira Ferreira, BIAGRO/BioCafé/UFV; Eunize Maciel Zambolim, BIAGRO/BioCafé/UFV; Marcelo Falsarella Carazzolle, Laboratório de Genômica e Expressão/Departamento de Genética/Evolução e Bioagentes/Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas; Laércio Zambolim, Departamento de Fitopatologia/Universidade Federal de Viçosa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC. |
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Título: |
High throughput transcriptome analysis of coffee reveals prehaustorial resistance in response to Hemileia vastatrix infection. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology, v. 95, n. 6, p. 607-623, Dec. 2017. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Coffee rust disease, caused by the fungus Hemileia vastatrix, is one of the major diseases in coffee throughout the world. The use of resistant cultivars is considered to be the most effective control strategy for this disease. To identify candidate genes related to different mechanism defense in coffee, we present a time-course comparative gene expression profile of Caturra (susceptible) and Híbrido de Timor (HdT, resistant) in response to H. vastatrix race XXXIII infection. The main objectives were to obtain a global overview of transcriptome in both interaction, compatible and incompatible, and, specially, analyze up-regulated HdT specific genes with inducible resistant and defense signaling pathways. Using both Coffea canephora as a reference genome and de novo assembly, we obtained 43,159 transcripts. At early infection events (12 and 24 h after infection), HdT responded to the attack of H. vastatrix with a larger number of up-regulated genes than Caturra, which was related to prehaustorial resistance. The genes found in HdT at early hours were involved in receptor-like kinases, response ion fluxes, production of reactive oxygen species, protein phosphorylation, ethylene biosynthesis and callose deposition. We selected 13 up-regulated HdTexclusive genes to validate by real-time qPCR, which most of them confirmed their higher expression in HdT than in Caturra at early stage of infection. These genes have the potential to assist the development of new coffee rust control strategies. Collectively, our results provide understanding of expression profiles in coffee?H. vastatrix interaction over a time course in susceptible and resistant coffee plants. MenosCoffee rust disease, caused by the fungus Hemileia vastatrix, is one of the major diseases in coffee throughout the world. The use of resistant cultivars is considered to be the most effective control strategy for this disease. To identify candidate genes related to different mechanism defense in coffee, we present a time-course comparative gene expression profile of Caturra (susceptible) and Híbrido de Timor (HdT, resistant) in response to H. vastatrix race XXXIII infection. The main objectives were to obtain a global overview of transcriptome in both interaction, compatible and incompatible, and, specially, analyze up-regulated HdT specific genes with inducible resistant and defense signaling pathways. Using both Coffea canephora as a reference genome and de novo assembly, we obtained 43,159 transcripts. At early infection events (12 and 24 h after infection), HdT responded to the attack of H. vastatrix with a larger number of up-regulated genes than Caturra, which was related to prehaustorial resistance. The genes found in HdT at early hours were involved in receptor-like kinases, response ion fluxes, production of reactive oxygen species, protein phosphorylation, ethylene biosynthesis and callose deposition. We selected 13 up-regulated HdTexclusive genes to validate by real-time qPCR, which most of them confirmed their higher expression in HdT than in Caturra at early stage of infection. These genes have the potential to assist the development of new coffee rust control ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Biotrophic interaction; Coffee rust. |
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Thesaurus Nal: |
Disease resistance; Transcriptome. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/169114/1/High-throughput-transcriptome-analysis.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 74 | |
| 61. |  | DIOLA, V.; CAÇÃO, S. M. B.; CAIXETA, E. T.; BRITO, G. G.; ZAMBOLIM, E. M.; PEREIRA, L. F. P.; LOUREIRO, M. E. Genetic and physical mapping of the resistant gene for H. vastatrix race II in Coffea arabica. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 23. 2010, Bali, Indonesia.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 62. | | SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; CRUZ, C. D. Molecular diversity in Coffea canephora germplasm conserved and cultivated in Brazil. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 13, p. 221-227, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Semiárido. |
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| 63. | | CAPUCHO, A. S.; RUFINO, R. J. N.; ZAMBOLIM, E. M.; CAIXETA, E. T.; OLIVEIRA, A. C. B. de; ALMEIDA, R. F. de; BRITO, G. G. de; ZAMBOLIM, L. Método de inoculação de Hemileia vastarix Berk. et Br. em folhas destacadas de cafeeiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 64. | | FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; PENA, G.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; FERRAO, M. A. G.; SAKIYAMA, N. S. New EST-SSR markers of Coffea arabica: transferability and application to studies of molecular characterization and genetic mapping. Molecular Breeding, v. 35, n. 1, p. 2-5, jan. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 65. | | BRITO, G. G. de; ALMEIDA, R. F. de; CAIXETA, E. T.; LOUREIRO, M. E.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; PEREIRA, A. A. Padrão de herança de fonte de resistência do cafeeiro à ferrugem (Hemileia vastatrix Berk. & Br.). In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 66. | | DUSI, A. N.; ZAMBOLIM, E. M.; GAMA, M. I. C. S.; ÁVILA, A. C.; GIORDANO, L. B.; SANTOS, J. R. M. Ocorrência e caracterização do vírus do mosaico do pepino (CMV) em ervilha. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 17, n. 3, p. 286-291, set. 1992.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 67. | | RUFINO, R. J. N.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; PENA, G. F.; ALMEIDA, R. F. de; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Marcadores microssatélites para o cafeeiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 68. | | CASTRO, I. S. L.; LOPES, R. do L. F.; FERREIRA, S. de S.; MACIEL, T. E. F.; FLOREZ, J. C.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; CAIXETA, E. T. Transcriptome analysis uncovers the gene expression profile of Hemileia vastatrix (Race XXXIII) during the interactions with resistant and susceptible coffee. Agronomy, v. 12, n. 2, Feb. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 69. | | ALKIMIM, E. R.; CAIXETA, E. T.; SOUSA, T. V.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Seleção assistida por marcadores moleculares para resistência à ferrugem do cafeeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 70. | | CAPUCHO, A. S.; SOUZA, A. F. de; ZAMBOLIM, E. M.; CAIXETA, E. T.; RUFINO, R. J. N.; BARBOSA, J. C.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L. Viabilidade de uredosporos da ferrugem do cafeeiro (Hemileia vastatrix Berk. et Br.) sob diferentes métodos de preservação in vitro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 71. | | PESTANA, K. N.; CAPUCHO, A. S.; CAIXETA, E. T.; ALMEIDA, D. P. de; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de; SAKIYAMA, N. S. Inheritance study and linkage mapping of resistance loci to Hemileia vastatrix in Híbrido de Timor UFV 443-03. The Genetic & Genomes, v. 11, n. 72, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 72. | | ZAMBOLIM, L.; CÁSSIA, R. M.; PÁDUA, J. G. de; MESQUITA, H. A. de; MELO, P. C. T. de; RIBEIRO, J. D. R.; PALOCCI NETO, O.; RIBEIRO NETO, A. E.; ZAMBOLIM, E. M.; LOPES, C. A.; MANTOVANI, E. C. Normas técnicas específicas para a produção integrada da batata - (PIB). In: ZAMBOLIM, L. (Ed.). Produção integrada da batata. Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2011. 1 p. 131-164| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 73. | | PORTO, B. N.; CAIXETA, E. T.; MATHIONI, S. M.; VIDIGAL, P. M. P.; ZAMBOLIM, L.; ZAMBOLIM, E. M.; DONOFRIO, N.; POLSON, S. W.; MAIA, T. A.; CHEN, C.; ADETUNJI, M.; KINGHAM, B.; DALIO, R. J. D.; RESENDE, M. L. V. de. Genome sequencing and transcript analysis of Hemileia vastatrix reveal expression dynamics of candidate effectors dependent on host compatibility. PLOSONE, April 18, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 74. | | ZAMBOLIM, L.; CÁSSIA, R. M.; PICANÇO, M. C.; PÁDUA, J. G. de; ZAMBOLIM, E. M.; MESQUITA, H. A. de; LOPES, C. A.; MANTOVANI, E. C.; QUEIROZ, M. E.; MELO, P. C. T. de; PALOCCI NETO, O.; RIBEIRO, J. D. R.; RIBEIRO NETO, A. E. Produção integrada: base da sustentabilidade da bataticultura. In: ZAMBOLIM, L. (Ed.). Produção integrada da batata. Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2011. 1 p. 27-130| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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