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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pantanal. |
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Data corrente: |
07/10/2020 |
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Data da última atualização: |
09/10/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MALOSSI, C. D.; FIORATTI, E. G.; CARDOSO, J. F.; MAGRO, A. J.; KROON, E. G.; AGUIAR, D. M. de; BORGES, A. M. C. M; NOGUEIRA, M. F.; ULLMANN, L. S.; ARAUJO JUNIOR, J. P. |
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Afiliação: |
CAMILA DANTAS MALOSSI, São Paulo State University (Unesp), Botucatu; EDUARDO GORZONI FIORATTI, Vales do Jequitinhonha e Mucuri Federal University (UFVJM); JEDSON FERREIRA CARDOSO, Evandro Chagas Institute, Ananindeua; ANGELO JOSE MAGRO, São Paulo State University, Unesp, Botucatu; ERNA GEESSIEN KROON, Universidade Federal de Minas Gerais; DANIEL MOURA DE AGUIAR, Mato Grosso Federal University, Cuiabá; ALICE MAMEDE COSTA MARQUE BORGES, Mato Grosso Federal University, Cuiabá; MARCIA FURLAN NOGUEIRA T DE LIMA, CPAP; LEILA SABRINA ULLMANN, São Paulo State University, Unesp; JOÃO PESSOA ARAUJO JUNIOR, São Paulo State University, Unesp. |
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Título: |
High genomic variability in Equine Infectious Anemia Virus obtained from naturally infected horses in Pantanal, Brazil: an endemic region case. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Viruses, v. 12, n. 2, 207, p. 1-15, 2020. |
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DOI: |
10.3390/v12020207 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Equine infectious anemia virus (EIAV) is a persistent lentivirus that causes equine infectiousanemia (EIA). In Brazil, EIAV is endemic in the Pantanal region, and euthanasia is not mandatory inthis area. All of the complete genomic sequences from field viruses are from North America, Asia, and Europe, and only proviral genomic sequences are available. Sequences from Brazilian EIAVare currently available only forgagand LTR regions. Thus, the present study aimed for the first time to sequence the entire EIAV genomic RNA in naturally infected horses from an endemic areain Brazil. RNA in plasma from naturally infected horses was used for next-generation sequencing(NGS), and gaps were filled using Sanger sequencing methodology. Complete viral genomes of EIAV from two horses were obtained and annotated (Access Number: MN560970 and MN560971). Putative genes were analyzed and compared with previously described genes, showing conservation in gag and pol genes and high variations in LTR and env sequences. Amino acid changes were identified in the p26 protein, one of the most common targets used for diagnosis, and p26 molecular modelling showed surface amino acid alterations in some epitopes. Brazilian genome sequences presented 88.6% nucleotide identity with one another and 75.8 to 77.3% with main field strains, such as EIAV Liaoning,Wyoming, Ireland, and Italy isolates. Furthermore, phylogenetic analysis suggested that this Brazilians train comprises a separate monophyletic group. These results may help to better characterize EIAV and to overcome the challenges of diagnosing and controlling EIA in endemic regions. MenosEquine infectious anemia virus (EIAV) is a persistent lentivirus that causes equine infectiousanemia (EIA). In Brazil, EIAV is endemic in the Pantanal region, and euthanasia is not mandatory inthis area. All of the complete genomic sequences from field viruses are from North America, Asia, and Europe, and only proviral genomic sequences are available. Sequences from Brazilian EIAVare currently available only forgagand LTR regions. Thus, the present study aimed for the first time to sequence the entire EIAV genomic RNA in naturally infected horses from an endemic areain Brazil. RNA in plasma from naturally infected horses was used for next-generation sequencing(NGS), and gaps were filled using Sanger sequencing methodology. Complete viral genomes of EIAV from two horses were obtained and annotated (Access Number: MN560970 and MN560971). Putative genes were analyzed and compared with previously described genes, showing conservation in gag and pol genes and high variations in LTR and env sequences. Amino acid changes were identified in the p26 protein, one of the most common targets used for diagnosis, and p26 molecular modelling showed surface amino acid alterations in some epitopes. Brazilian genome sequences presented 88.6% nucleotide identity with one another and 75.8 to 77.3% with main field strains, such as EIAV Liaoning,Wyoming, Ireland, and Italy isolates. Furthermore, phylogenetic analysis suggested that this Brazilians train comprises a separate monophyletic group. Th... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Anemia Infecciosa; Doença Animal; Eqüino; Vírus. |
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Thesaurus Nal: |
Endemic diseases; Equine infectious anemia virus. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216482/1/HighGenomicVariability-2020.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pantanal (CPAP) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
13/05/2003 |
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Data da última atualização: |
20/06/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
Nacional - B |
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Autoria: |
SILVA, F. V.; KAMOGAWA, M. Y.; FERREIRA, M. M. C.; NÓBREGA, J. A.; NOGUEIRA, A. R. de A. |
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Afiliação: |
FERNANDO VITORINO SILVA, UFSCAR; MARCOS YASSUO KAMOGAWA, UFSCAR; MÁRCIA MIGUEL CASTRO FERREIRA, UNICAMP; JOAQUIM ARAÚJO NÓBREGA, UFSCAR; ANA RITA DE ARAUJO NOGUEIRA, CPPSE. |
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Título: |
Discriminação geográfica de águas minerais do Estado de São Paulo pela análise exploratória |
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Ano de publicação: |
2002 |
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Fonte/Imprenta: |
Eclética Química, São Paulo, v.27, n.esp., p.91-102, 2002. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.1590/S0100-46702002000200008 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Neste trabalho procurou-se correlacionar e agrupar amostras de água mineral provenientes de diferentes regiões do Estado de São Paulo a partir da análise exploratória dos valores de pH e teores de Ba, Ca, K, Mg, Na e V. Utilizando a análise de componentes principais (ACP) e a análise hierárquica de agrupamentos (AHA) foi possível avaliar a similaridade das amostras analisadas com a formação de grupos que estavam diretamente correlacionados com a procedência ou propriedades da água mineral. Em análise exploratória é utilizado termos como "scores" que fornecem a composição das componentes principais em relação aos objetos (amostras) e "loadings" fornecem essa mesma composição em relação às variáveis. Através dos gráficos de "scores" e "loadings" e dendogramas observou-se a formação de dois grupos distintos e a separação das amostras provenientes das cidades de Ibirá e Itú. O primeiro agrupamento observado é formado por amostras provenientes da região Serra da Mantiqueira (Águas da Prata, Campos do Jordão e Lindóia), enquanto que o segundo agrupamento compreende as amostras provenientes de cidades localizadas sobre o Aquífero Guarani (Águas de Santa Bárbara, Palmares Paulista, Presidente Prudente, São Carlos, São Simão e Santa Rosa do Viterbo). A separação das amostras provenientes de Ibirá ocorreu devido a predominância em sua composição mineral dos elementos V e Na, enquanto para as amostras procedentes de Itú foi observada maior contribuição dos elementos Ca, Ba e Mg. A aplicação da análise exploratória possibilitou correlacionar a composição química com a localização geográfica das amostras de água mineral, produzindo resultados úteis para o controle de qualidade e a construção de modelos de classificação ou previsão. MenosNeste trabalho procurou-se correlacionar e agrupar amostras de água mineral provenientes de diferentes regiões do Estado de São Paulo a partir da análise exploratória dos valores de pH e teores de Ba, Ca, K, Mg, Na e V. Utilizando a análise de componentes principais (ACP) e a análise hierárquica de agrupamentos (AHA) foi possível avaliar a similaridade das amostras analisadas com a formação de grupos que estavam diretamente correlacionados com a procedência ou propriedades da água mineral. Em análise exploratória é utilizado termos como "scores" que fornecem a composição das componentes principais em relação aos objetos (amostras) e "loadings" fornecem essa mesma composição em relação às variáveis. Através dos gráficos de "scores" e "loadings" e dendogramas observou-se a formação de dois grupos distintos e a separação das amostras provenientes das cidades de Ibirá e Itú. O primeiro agrupamento observado é formado por amostras provenientes da região Serra da Mantiqueira (Águas da Prata, Campos do Jordão e Lindóia), enquanto que o segundo agrupamento compreende as amostras provenientes de cidades localizadas sobre o Aquífero Guarani (Águas de Santa Bárbara, Palmares Paulista, Presidente Prudente, São Carlos, São Simão e Santa Rosa do Viterbo). A separação das amostras provenientes de Ibirá ocorreu devido a predominância em sua composição mineral dos elementos V e Na, enquanto para as amostras procedentes de Itú foi observada maior contribuição dos elementos Ca, Ba e Mg. A apli... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise de componentes; Análise exploratória; Análise hierárquica de agrupamentos; Quimiometria. |
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Thesagro: |
Água Mineral. |
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Categoria do assunto: |
W Química e Física |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/48587/1/PROCIARAN2002.00185.pdf
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Marc: |
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245 $aDiscriminação geográfica de águas minerais do Estado de São Paulo pela análise exploratória$h[electronic resource]
260 $c2002
520 $aNeste trabalho procurou-se correlacionar e agrupar amostras de água mineral provenientes de diferentes regiões do Estado de São Paulo a partir da análise exploratória dos valores de pH e teores de Ba, Ca, K, Mg, Na e V. Utilizando a análise de componentes principais (ACP) e a análise hierárquica de agrupamentos (AHA) foi possível avaliar a similaridade das amostras analisadas com a formação de grupos que estavam diretamente correlacionados com a procedência ou propriedades da água mineral. Em análise exploratória é utilizado termos como "scores" que fornecem a composição das componentes principais em relação aos objetos (amostras) e "loadings" fornecem essa mesma composição em relação às variáveis. Através dos gráficos de "scores" e "loadings" e dendogramas observou-se a formação de dois grupos distintos e a separação das amostras provenientes das cidades de Ibirá e Itú. O primeiro agrupamento observado é formado por amostras provenientes da região Serra da Mantiqueira (Águas da Prata, Campos do Jordão e Lindóia), enquanto que o segundo agrupamento compreende as amostras provenientes de cidades localizadas sobre o Aquífero Guarani (Águas de Santa Bárbara, Palmares Paulista, Presidente Prudente, São Carlos, São Simão e Santa Rosa do Viterbo). A separação das amostras provenientes de Ibirá ocorreu devido a predominância em sua composição mineral dos elementos V e Na, enquanto para as amostras procedentes de Itú foi observada maior contribuição dos elementos Ca, Ba e Mg. A aplicação da análise exploratória possibilitou correlacionar a composição química com a localização geográfica das amostras de água mineral, produzindo resultados úteis para o controle de qualidade e a construção de modelos de classificação ou previsão.
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700 1 $aNOGUEIRA, A. R. de A.
773 $tEclética Química, São Paulo$gv.27, n.esp., p.91-102, 2002.
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