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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
20/12/2010 |
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Data da última atualização: |
19/01/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LOCALI-FABRIS, E. C.; MAFRA, V. S.; MARTINS, P. K.; RIBEIRO- ALVES, M.; FRANCISCO, C. S.; FREITAS ASTUA, J. de; KISHI, L. T.; MACHADO, M. A. |
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Afiliação: |
Eliane Cristina Locali-Fabris, APTA; Valéria S. Mafra, APTA; Polyana Kelly. Martins, APTA; Marcelo Ribeiro-Alves, Fiocruz; Carolina S. Francisco, APTA; JULIANA DE FREITAS ASTUA, CNPMF; Luciano T. Kishi, APTA; Marcelo A. Machado, APTA. |
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Título: |
Gene set enrichment analysis in sweet orange plants infected by Candidatus Liberibacter americanus. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONFERENCE INTERNATIONAL ORGANIZATION CITRUS VIROLOGISTS, 18., Campinas, SP, 2010. Proceedings... Campinas: IOCV, 2010. 1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
0058 PSO
Publicado também em: Citrus Research & Technology, Cordeirópolis, v. 31, Suplemento, 2010 |
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Conteúdo: |
Huanglongbing (HLB) is known as the most devastating disease of citrus. Two species of Candidatus Liberibacter have been reported in Brazil, Ca. L. asiaticus (CaLas) and Ca. L. americanus (CaLam). Since CaLas is prevalent worldwide, most of the studies have focused that species and very little information is available on CaLam. With the objective to investigate differences in metabolic pathways of Citrus sinensis in response to CaLam, we used a genome- wide microarray approach to identify differentially expressed genes in symptomatic plants when compared to control plants. Hybridizations were performed by Roche Nimblegen with a customized 385K chip containing 32,000 unigenes of C. sinensis. The raw data were pre-processed using the Robust Multiarray Average (RMA). Normalized data were imported to R/Bioconductor where statistical analyses were performed. A Bayesian moderated t-test was calculated and p-values were adjusted for multiple comparisons by the false discovery rate correction. A total of 634 genes with P-values ?0.05, fold change |FC| ? 2.0 and odds probability ? 0.95 were considered differentially expressed. From those, 419 were up- and 215 down-regulated in symptomatic plants. In order to identify enriched gene ontologies regulated in infected plants we applied a gene set enrichment analysis approach and found 45 different biological processes including those involved in response to jasmonic acid stimulus, signaling and metabolism, 17 molecular functions, including oxygen binding, monooxygenase activity and oxidoreductase activity, 6 cellular components, mostly related to chloroplast, enriched at a statistically significant level of 0.001. MenosHuanglongbing (HLB) is known as the most devastating disease of citrus. Two species of Candidatus Liberibacter have been reported in Brazil, Ca. L. asiaticus (CaLas) and Ca. L. americanus (CaLam). Since CaLas is prevalent worldwide, most of the studies have focused that species and very little information is available on CaLam. With the objective to investigate differences in metabolic pathways of Citrus sinensis in response to CaLam, we used a genome- wide microarray approach to identify differentially expressed genes in symptomatic plants when compared to control plants. Hybridizations were performed by Roche Nimblegen with a customized 385K chip containing 32,000 unigenes of C. sinensis. The raw data were pre-processed using the Robust Multiarray Average (RMA). Normalized data were imported to R/Bioconductor where statistical analyses were performed. A Bayesian moderated t-test was calculated and p-values were adjusted for multiple comparisons by the false discovery rate correction. A total of 634 genes with P-values ?0.05, fold change |FC| ? 2.0 and odds probability ? 0.95 were considered differentially expressed. From those, 419 were up- and 215 down-regulated in symptomatic plants. In order to identify enriched gene ontologies regulated in infected plants we applied a gene set enrichment analysis approach and found 45 different biological processes including those involved in response to jasmonic acid stimulus, signaling and metabolism, 17 molecular functions, includin... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Huanglongbing; Plant disease. |
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Thesagro: |
Doença de Planta; Fruta Cítrica. |
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Thesaurus Nal: |
Candidatus Liberibacter; Citrus. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aHuanglongbing (HLB) is known as the most devastating disease of citrus. Two species of Candidatus Liberibacter have been reported in Brazil, Ca. L. asiaticus (CaLas) and Ca. L. americanus (CaLam). Since CaLas is prevalent worldwide, most of the studies have focused that species and very little information is available on CaLam. With the objective to investigate differences in metabolic pathways of Citrus sinensis in response to CaLam, we used a genome- wide microarray approach to identify differentially expressed genes in symptomatic plants when compared to control plants. Hybridizations were performed by Roche Nimblegen with a customized 385K chip containing 32,000 unigenes of C. sinensis. The raw data were pre-processed using the Robust Multiarray Average (RMA). Normalized data were imported to R/Bioconductor where statistical analyses were performed. A Bayesian moderated t-test was calculated and p-values were adjusted for multiple comparisons by the false discovery rate correction. A total of 634 genes with P-values ?0.05, fold change |FC| ? 2.0 and odds probability ? 0.95 were considered differentially expressed. From those, 419 were up- and 215 down-regulated in symptomatic plants. In order to identify enriched gene ontologies regulated in infected plants we applied a gene set enrichment analysis approach and found 45 different biological processes including those involved in response to jasmonic acid stimulus, signaling and metabolism, 17 molecular functions, including oxygen binding, monooxygenase activity and oxidoreductase activity, 6 cellular components, mostly related to chloroplast, enriched at a statistically significant level of 0.001.
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Biblioteca |
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Cutter |
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| Registros recuperados : 34 | |
| 21. |  | OLIVEIRA, M. R. V. de; BATISTA, M. F.; MICHEREFF FILHO, M.; SÁ, L. A. N. de; SILVA, P. R. V. P. da. Contribuição da pesquisa para a rastreabilidade vegetal no Brasil. In: CONFERÊNCIA INTERNACIONAL SOBRE RASTREABILIDADE DE PRODUTOS AGROPECUÁRIOS, 2., 2006, Brasília, DF. Anais... Brasília: Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento, 2006. p. 187-193.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 22. | | OLIVEIRA, M. R. V. de; BATISTA, M. F.; MICHEREFF FILHO, M.; SA, L. A. N. de; SILVA, P. R. V. P. da. Contribuição da pesquisa para a rastreabilidade vegetal no Brasil. In: CONFERÊNCIA INTERNACIONAL SOBRE RASTREABILIDADE DE PRODUTOS AGROPECUÁRIOS, 2., 2006, Brasília, D.F. Segurança do alimento e sustentabilidade: medidas de aferição da coforidade em processos agropecuários: anais... Brasília, D.F.: [s.n.], 2006. p. 187-193.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 23. | | OLIVEIRA, M. R. V. de; BATISTA, M. F.; MICHEREFF FILHO, M.; SA, L. A. N. de; SILVA, P. R. V. P. da. Contribuição da pesquisa para a rastreabilidade vegetal no Brasil. In: CONFERÊNCIA INTERNACIONAL SOBRE RASTREABILIDADE DE PRODUTOS AGROPECUÁRIOS, 2., 2006., Brasília, DF. [Anais...]. Brasília, DF: CIRPA, 2006.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 24. | | PAZ LIMA, M. L.; URBEN, A. F.; BATISTA, M. F.; REIS, A. FREIRE, L. P.; MENDES, M. A. S.; ANDRADE, A. C. Caracterização morfológica e molecular de isolados de Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici e F. oxysporum f. sp. radicis-lycopersici. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 33, p. S246, ago. 2008. Suplemento. Resumo MIC 128. Trabalho apresentado no 41. Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 41. Annual meeting of the Brazilian Phytophatological Society, Belo Horizonte, 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 25. | | PAZ LIMA, M. L.; URBEN, A. F.; BATISTA, M. F.; REIS, A.; FREIRE, L. P.; MENDES, M. A. S.; ANDRADE, A. C. Caracterização morfológica e molecular de isolados de Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici e F. oxysporum f.sp. radicis-lycopersici. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 41., 2008, Belo Horizonte. [Resumos...]. Tropical Plant Pathology, v. 33, 2008. Suplemento. Resumo MIC-128.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 27. | | BARROS, T. O.; MENDES, M. A. S.; OLIVEIRA, M. R. V.; MARTINS. O. M.; BATISTA, M. F.; FONSECA, J. N. L.; FELIX, A. A. A. Formação de um banco de dados sobre pragas em borbulhas de fruteiras, base para elaboração de ARPQNR. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 135.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 28. | | MARTINS, O. M.; OLIVEIRA, M. R. V. de; TENENTE, R. C. V.; NÁVIA, D.; MENDES, M. A. S.; BATISTA, M. F.; CARNEIRO, R. M. D. G. Pest risk analysis on invasive alien species that threaten biological diversity in Brazil. In: INTERNATIONAL PLANT HEALTH RISK ANALYSIS WORKSHOP, 2005, Ontario, Canada. [Proceedings...]. [Ontario]: Canadian Food Inspection Agency: Rome: Secretariat of the International Plant Protection Convention, 2005. p. 14.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 29. | | OLIVEIRA, M. R. V. de; VILARINHO, K. R.; SILVA, S. F.; TENENTE, R. C. V.; MENDES, M. A. S.; BATISTA, M. F.; NAVIA, D.; MARTINS, O. M. Pest risk analysis on pests associated with Vitis vinifera imported into Brazil. In: INTERNATIONAL PLANT HEALTH RISK ANALYSIS WORKSHOP, 2005, Ontario, Canada. [Proceedings...]. [Ontario]: Canadian Food Inspection Agency: Rome: Secretariat of the International Plant Protection Convention, 2005. p. 7.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 30. | | NAVIA, D.; MENDONÇA, R. S.; BATISTA, M. F.; TRUOL, G.; PEREIRA, P. R. V. da S.; GUEDES, J. V. C.; CASTIGLIONI, E.; ESPINOZA-MOREL, N. N. The wheat curl mite. Aceria tosichella Keifer, and associated viruses, wheat streak mosaic virus and high plain virus - the risks posed to cereal crops in South America. In: INTERNATIONAL PLANT PROTECTION CONGRESS, 16., 2007, Glasgow, Scotland, UK. Proceedings... Hampshire: The British Crop Production Council, 2007. p. 612-613.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Trigo. |
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| 31. | | MARINHO, V. L. A.; MARQUES, A. S. A.; MENDES, M. A. S.; TENENTE, R. C. V.; BATISTA, M. F.; MARTINS, O. M.; URBEN, A. F.; FONSECA, J. N. L.; NAVIA, D.; OLIVEIRA, M. R. V. Quarentena vegetal: pragas interceptadas em germoplasma introduzido no Brasil em 2006. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, supl., p. S200, ago. 2007. Resumo 0451. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, PR, ago. 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 32. | | OLIVEIRA, M. R. V. de; TENENTE, R. C. V.; MARTINS, O. M.; NÁVIA, D.; MENDES, M. A. S.; SANTOS, M. F.; LIMA, L. H. C.; BATISTA, M. F.; MARINHO, V. L. A. Pest risk analysis and the Plant Health National Research Network Project. In: INTERNATIONAL PLANT HEALTH RISK ANALYSIS WORKSHOP, 2005, Ontario, Canada. [Proceedings...]. [Ontario]: Canadian Food Inspection Agency: Rome: Secretariat of the International Plant Protection Convention, 2005. p. 1.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 33. | | MENDES, M. A. S.; MARQUES, A. S. A.; TENENTE, R. C. V.; MARTINS, O. M.; BATISTA, M. F.; URBEN, A. F.; MARINHO, V. L. A.; FONSECA, J. N. L.; CAMARGO, C. P.; FERREIRA, D. N. M.; OLIVEIRA, M. R. V. Pragas interceptadas em germoplasma vegetal introduzido no Brasil em 2005. Fitopatologia Brasileira, v. 31, suppl., ago. 2006. Anais do: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 39.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN PHYTOPATHOLOGICAL SOCIETY, 39., 2006, Salvador, BA.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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