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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
20/12/2010 |
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Data da última atualização: |
19/01/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LOCALI-FABRIS, E. C.; MAFRA, V. S.; MARTINS, P. K.; RIBEIRO- ALVES, M.; FRANCISCO, C. S.; FREITAS ASTUA, J. de; KISHI, L. T.; MACHADO, M. A. |
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Afiliação: |
Eliane Cristina Locali-Fabris, APTA; Valéria S. Mafra, APTA; Polyana Kelly. Martins, APTA; Marcelo Ribeiro-Alves, Fiocruz; Carolina S. Francisco, APTA; JULIANA DE FREITAS ASTUA, CNPMF; Luciano T. Kishi, APTA; Marcelo A. Machado, APTA. |
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Título: |
Gene set enrichment analysis in sweet orange plants infected by Candidatus Liberibacter americanus. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONFERENCE INTERNATIONAL ORGANIZATION CITRUS VIROLOGISTS, 18., Campinas, SP, 2010. Proceedings... Campinas: IOCV, 2010. 1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
0058 PSO
Publicado também em: Citrus Research & Technology, Cordeirópolis, v. 31, Suplemento, 2010 |
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Conteúdo: |
Huanglongbing (HLB) is known as the most devastating disease of citrus. Two species of Candidatus Liberibacter have been reported in Brazil, Ca. L. asiaticus (CaLas) and Ca. L. americanus (CaLam). Since CaLas is prevalent worldwide, most of the studies have focused that species and very little information is available on CaLam. With the objective to investigate differences in metabolic pathways of Citrus sinensis in response to CaLam, we used a genome- wide microarray approach to identify differentially expressed genes in symptomatic plants when compared to control plants. Hybridizations were performed by Roche Nimblegen with a customized 385K chip containing 32,000 unigenes of C. sinensis. The raw data were pre-processed using the Robust Multiarray Average (RMA). Normalized data were imported to R/Bioconductor where statistical analyses were performed. A Bayesian moderated t-test was calculated and p-values were adjusted for multiple comparisons by the false discovery rate correction. A total of 634 genes with P-values ?0.05, fold change |FC| ? 2.0 and odds probability ? 0.95 were considered differentially expressed. From those, 419 were up- and 215 down-regulated in symptomatic plants. In order to identify enriched gene ontologies regulated in infected plants we applied a gene set enrichment analysis approach and found 45 different biological processes including those involved in response to jasmonic acid stimulus, signaling and metabolism, 17 molecular functions, including oxygen binding, monooxygenase activity and oxidoreductase activity, 6 cellular components, mostly related to chloroplast, enriched at a statistically significant level of 0.001. MenosHuanglongbing (HLB) is known as the most devastating disease of citrus. Two species of Candidatus Liberibacter have been reported in Brazil, Ca. L. asiaticus (CaLas) and Ca. L. americanus (CaLam). Since CaLas is prevalent worldwide, most of the studies have focused that species and very little information is available on CaLam. With the objective to investigate differences in metabolic pathways of Citrus sinensis in response to CaLam, we used a genome- wide microarray approach to identify differentially expressed genes in symptomatic plants when compared to control plants. Hybridizations were performed by Roche Nimblegen with a customized 385K chip containing 32,000 unigenes of C. sinensis. The raw data were pre-processed using the Robust Multiarray Average (RMA). Normalized data were imported to R/Bioconductor where statistical analyses were performed. A Bayesian moderated t-test was calculated and p-values were adjusted for multiple comparisons by the false discovery rate correction. A total of 634 genes with P-values ?0.05, fold change |FC| ? 2.0 and odds probability ? 0.95 were considered differentially expressed. From those, 419 were up- and 215 down-regulated in symptomatic plants. In order to identify enriched gene ontologies regulated in infected plants we applied a gene set enrichment analysis approach and found 45 different biological processes including those involved in response to jasmonic acid stimulus, signaling and metabolism, 17 molecular functions, includin... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Huanglongbing; Plant disease. |
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Thesagro: |
Doença de Planta; Fruta Cítrica. |
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Thesaurus Nal: |
Candidatus Liberibacter; Citrus. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aHuanglongbing (HLB) is known as the most devastating disease of citrus. Two species of Candidatus Liberibacter have been reported in Brazil, Ca. L. asiaticus (CaLas) and Ca. L. americanus (CaLam). Since CaLas is prevalent worldwide, most of the studies have focused that species and very little information is available on CaLam. With the objective to investigate differences in metabolic pathways of Citrus sinensis in response to CaLam, we used a genome- wide microarray approach to identify differentially expressed genes in symptomatic plants when compared to control plants. Hybridizations were performed by Roche Nimblegen with a customized 385K chip containing 32,000 unigenes of C. sinensis. The raw data were pre-processed using the Robust Multiarray Average (RMA). Normalized data were imported to R/Bioconductor where statistical analyses were performed. A Bayesian moderated t-test was calculated and p-values were adjusted for multiple comparisons by the false discovery rate correction. A total of 634 genes with P-values ?0.05, fold change |FC| ? 2.0 and odds probability ? 0.95 were considered differentially expressed. From those, 419 were up- and 215 down-regulated in symptomatic plants. In order to identify enriched gene ontologies regulated in infected plants we applied a gene set enrichment analysis approach and found 45 different biological processes including those involved in response to jasmonic acid stimulus, signaling and metabolism, 17 molecular functions, including oxygen binding, monooxygenase activity and oxidoreductase activity, 6 cellular components, mostly related to chloroplast, enriched at a statistically significant level of 0.001.
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Biblioteca |
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Origem |
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Cutter |
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| Registros recuperados : 1.109 | |
| 1101. |  | CASTRO, R. L. de; CAIERAO, E.; FONTANELI, R. S.; SANTOS, H. P. dos; NASCIMENTO JUNIOR, A. do; SCHEEREN, P. L.; GUARIENTI, E. M.; MIRANDA, M. Z. de; EICHELBERGER, L.; KOPP, M. M.; RAMOS. A. R.; FLARESSO, J. A.; STRADIOTTO NETO, J.; CÓRDOVA, U. de A.; SBALCHEIRO, C. C.; LAU, D.; SANTANA, F. M.; CUNHA, G. R. da; PIRES, J. L. F.; SILVA JUNIOR, J. P. da; COSTAMILAN, L. M.; LIMA, M. I. P. M. BRS Pastoreio: extensão de indicação de cultivo para Santa Catarina. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 14., 2021. Atas e resumos... Castro: Fundação ABC: Passo Fundo: Biotrigo Genética, 2021. p. 384-388.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 1102. | | PIRES, J. L. F.; STRIEDER, M. L.; MARSARO JÚNIOR, A. L.; PEREIRA, P. R. V. da S.; COSTAMILAN, L. M.; MACIEL, J. L. N.; SANTI, A.; SILVA JUNIOR, J. P. da; FAE, G. S.; GUARIENTI, E. M.; CUNHA, G. R. da; SANTOS, H. P. dos; CAIERAO, E.; MÜLLER, A. L.; RIFFEL, C. T.; ZUCHI, J.; ALMEIDA, J. L. de; GARRAFA, M.; AIRES, R. F.; SPADER, V.; STOETZER, A.; DE CONTI, A. F.; DRUM, M. A.; FOSTIM, M. L. Diferentes estratégias de sucessão trigo-soja para manutenção da viabilidade das culturas no sul do Brasil. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 8.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 9., 2014, Canela; REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 9.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 10., 2015, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Biotrigo Genética: Embrapa Trigo, 2015. 2014-Ecologia-Trabalho 57. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 1103. | | DEL DUCA, L. de J. A.; SCHEEREN, P. L.; CAIERÃO, E.; SÓ e SILVA, M.; GUARIENTI, E. M.; FONTANELI, R. S.; SOUSA, C. N. A. de; LINHARES, A. G.; EICHELBERGER, L.; SANTOS, H. P. dos; MIRANDA, M. Z. de; PIRES, J. L.; NASCIMENTO JUNIOR, A. do; CHAVES, M. S.; COSTAMILAN, L. M.; MACIEL, J. L. N.; LIMA, M. I. P. M.; SALVADORI, J. R.; VOSS, M.; WIETHÖLTER, S. Cultivar de trigo BRS 277. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 2., 2008, Passo Fundo. Atas e resumos... Passo Fundo: Comissão Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale: Embrapa Trigo: Embrapa Transferência de Tecnologia, 2008. 3 p. 1 CD-ROM. Melhoramento, 9. Área: Melhoramento, Aptidão Industrial e Sementes.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 1104. | | PIRES, J. L. F.; ACOSTA, A. da S.; SCHOSSLER, E. S.; CHAVES, A.; ULRICH, V. R.; CADORIN, A. M. R.; DEON, P.; MENCHIK, D.; BRANCHER, J. C.; PIRES, E.; SILVA, R. da; FONTANIVE, M.; HARTMAN, O.; PEREIRA, F. T. F.; DE MORI, C.; CUNHA, G. R. da; LIMA, M. I. P. M.; SANTOS, H. P. dos; MARQUES, J. B. B.; PIRES, D. F.; LANGE, A.; BUSATO, N. Transferência de tecnologia em práticas promotoras de rendimento de grãos de milho em instituições de ensino agrotécnico do Rio Grande do Sul e Santa catarina, safra 2004/2005. Passo Fundo: Embrapa Trigo, 2005. 20 p. html. Publicação Online. (Embrapa Trigo. Documentos Online, 47).| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 1105. | | STRIEDER, M. L.; PIRES, J. L. F.; DE MORI, C.; CAIERÃO, E.; MARSARO JÚNIOR, A. L.; PEREIRA, P. R. V. da S.; COSTAMILAN, L. M.; BERTAGNOLLI, P. F.; MACIEL, J. L. N.; GUARIENTI, E. M.; CARRÃO-PANIZZI, M. C.; DALMAGO, G. A.; FOLONI, J. S. S.; SANTOS, H. P. dos; FAÉ, G. S.; SILVA JÚNIOR, J. P. da; SANTI, A.; CUNHA, G. R. da; VARGAS, L.; PASINATO, A.; VIEIRA, V. M.; CARAFFA, M.; RIFFEL, C. T.; ALMEIDA, J. L. de; SPADER, V.; FOSTIM, M. L.; STOETZER, A.; MÜLLER, A.; PAGANELLA, F.; AIRES, R. F. Antecipação da semeadura da soja e a viabilidade da sucessão trigo/cevada-soja no sul do Brasil. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO SUL, 41., Passo Fundo, 2016. Atas e resumos... Passo Fundo: Universidade de Passo Fundo, 2016. p. 165-171.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 1106. | | PIRES, J. L. F.; STRIEDER, M. L.; DE MORI, C.; CAIERÃO, E.; MARSARO JÚNIOR, A. L.; PEREIRA, P. R. V. da S.; COSTAMILAN, L. M.; MACIEL, J. L. N.; GUARIENTI, E. M.; CARRÃO-PANIZZI, M. C.; DALMAGO, G. A.; FOLONI, J. S. S.; SANTOS, H. P. dos; FAÉ, G. S.; SILVA JÚNIOR, J. P. da; SANTI, A.; CUNHA, G. R. da; VARGAS, L.; PASINATO, A.; VIEIRA, V. M.; CARAFFA, M.; RIFFEL, C. T.; ALMEIDA, J. D.; SPADER, V.; FOSTIM; STOETZER; MÜLLER, A.; AIRES, R. F.; PAGANELLA, F. Estratégias de sucessão trigo/cevada/aveia preta-soja para sistemas de produção de grãos no sul do Brasil. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 10., 2016, Londrina. Anais... Londrina: Comissão Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale, 2016. 5 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 1107. | | STRIEDER, M. L.; PIRES, J. L. F.; MARSARO JÚNIOR, A. L.; PEREIRA, P. R. V. da S.; COSTAMILAN, L. M.; MACIEL, J. L. N.; SANTI, A.; SILVA JUNIOR, J. P. da; FAE, G. S.; GUARIENTI, E. M.; CUNHA, G. R. da; SANTOS, H. P. dos; CAIERAO, E.; MÜLLER, A. L.; RIFFEL, C. T.; ZUCHI, J.; ALMEIDA, J. L. de; GARRAFA, M.; AIRES, R. F.; SPADER, V.; STOETZER, A.; DRUM, M. A.; BRISTOT, M.; MELLO, L. G. de; STECCA, J. D. L.; FOSTIM, M. L. Estratégias de sucessão trigo-soja para manutenção da viabilidade das culturas no sul do Brasil. In: REUNIÃO DE PESQUISA DA SOJA DA REGIÃO SUL, 40., 2014, Pelotas. Atas e resumos... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2014. p.345-350.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 1108. | | CASTRO, R. L. de; CAIERAO, E.; FONTANELI, R. S.; SANTOS, H. P. dos; SÓ E SILVA, M.; SCHEEREN, P. L.; GUARIENTI, E. M.; MIRANDA, M. Z. de; EICHELBERGER, L.; KOPP, M. M.; NASCIMENTO JUNIOR, A. do; LAU, D.; SANTANA, F. M.; CUNHA, G. R. da; PIRES, J. L. F.; SILVA JUNIOR, J. P. da; COSTAMILAN, L. M.; LIMA, M. I. P. M.; DE DAVID, D. B.; CONTERATO, I. F.; TOIGO, M. De C.; GABE, N. L.; AIRES, R, F.; LANNES, S. D.; CARAFFA, M.; SANTOS, F. M. dos. BRS Pastoreio: extensão de indicação de cultivo para a RHA 2 do RS. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 11.; FÓRUM NACIONAL DE TRIGO, 2017, Cascavel. Resumos expandidos... Cascavel: Coodetec, 2017. p. 175-179.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 1109. | | CASTRO, R. L. de; CAIERAO, E.; FONTANELI, R. S.; SANTOS, H. P. dos; SÓ E SILVA, M.; SCHEEREN, P. L.; GUARIENTI, E. M.; MIRANDA, M. Z. de; EICHELBERGER, L.; KOPP, M. M.; NASCIMENTO JUNIOR, A. do; LAU, D.; SANTANA, F. M.; CUNHA, G. R. da; PIRES, J. L. F.; SILVA JUNIOR, J. P. da; COSTAMILAN, L. M.; LIMA, M. I. P. M.; MEDEIROS, C. M. O.; DAVID, D. B. de; CONTERATO, I. F.; TOIGO, M. de C.; AIRES, R. F.; LANNES, S. D.; GARRAFA, M.; SANTOS, F. M. dos. BRS Pastoreio: nova cultivar de trigo duplo propósito da Embrapa. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 10., 2016, Londrina. Anais... Londrina: Comissão Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale, 2016. 5 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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