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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
15/03/2019 |
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Data da última atualização: |
02/12/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
DINIZ, W. J. S.; MAZZONI, G.; COUTINHO; BANERJEE, P.; GEISTLINGER, L.; CESAR, A. S. M.; BERTOLINI. F.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N.; TIZIOTO, P. C.; KADARMIDEEN, H. N.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
Wellison J. S. Diniz, UFSCAR; Gianluca Mazzoni, Technical University of Denmark; Luiz L. Coutinho, USP; Priyanka Banerjee, Technical University of Denmark; Ludwig Geistlinger, Graduate School of Public Health and Health Policy; Aline S. M. Cesar, USP; Francesca Bertolini, Technical University of DenmarK; Juliana Afonso, UFSCAR; Priscila S. N. de Oliveira, Bolsista/Embrapa Pecuária Sudeste; Polyana C. Tizioto, USP; Haja N. Kadarmideen, Technical University of Denmark; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Detection of Co-expressed pathway modules associated with mineral concentration and meat quality in nelore cattle. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in genetics, v. 10, n. 210, p. 1-12, 2019. |
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DOI: |
10.3389/fgene.2019.00210 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Meat quality is a complex trait that is influenced by genetic and environmental factors, which includes mineral concentration. However, the association between mineral concentration and meat quality, and the specific molecular pathways underlying this association, are not well explored. We therefore analyzed gene expression as measured with RNA-seq in Longissimus thoracis muscle of 194 Nelore steers for association with three meat quality traits (intramuscular fat, meat pH, and tenderness) and the concentration of 13 minerals (Ca, Cr, Co, Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na, P, S, Se, and Zn). We identified seven sets of co-expressed genes (modules) associated with at least two traits, which indicates that common pathways influence these traits. From pathway analysis of module hub genes, we further found an over-representation for energy and protein metabolism (AMPK and mTOR signaling pathways) in addition to muscle growth, and protein turnover pathways. Among the identified hub genes FASN, ELOV5, and PDE3B are involved with lipid metabolism and were affected by previously identified eQTLs associated to fat deposition. The reported hub genes and over-represented pathways provide evidence of interplay among gene expression, mineral concentration, and meat quality traits. Future studies investigating the effect of different levels of mineral supplementation in the gene expression and meat quality traits could help us to elucidate the regulatory mechanism by which the genes/pathways are affected. MenosMeat quality is a complex trait that is influenced by genetic and environmental factors, which includes mineral concentration. However, the association between mineral concentration and meat quality, and the specific molecular pathways underlying this association, are not well explored. We therefore analyzed gene expression as measured with RNA-seq in Longissimus thoracis muscle of 194 Nelore steers for association with three meat quality traits (intramuscular fat, meat pH, and tenderness) and the concentration of 13 minerals (Ca, Cr, Co, Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na, P, S, Se, and Zn). We identified seven sets of co-expressed genes (modules) associated with at least two traits, which indicates that common pathways influence these traits. From pathway analysis of module hub genes, we further found an over-representation for energy and protein metabolism (AMPK and mTOR signaling pathways) in addition to muscle growth, and protein turnover pathways. Among the identified hub genes FASN, ELOV5, and PDE3B are involved with lipid metabolism and were affected by previously identified eQTLs associated to fat deposition. The reported hub genes and over-represented pathways provide evidence of interplay among gene expression, mineral concentration, and meat quality traits. Future studies investigating the effect of different levels of mineral supplementation in the gene expression and meat quality traits could help us to elucidate the regulatory mechanism by which the genes/pathways are affe... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
AMPK pathway; Co-expression analysis; RNA sequencing; Tenderness. |
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Thesagro: |
Gado de Corte; Gordura Animal. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Beef quality; Intramuscular fat. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/194304/1/fgene-10-00210.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 59 | |
| 1. |  | ALBUQUERQUE, F. A. de; HAMADA, E.; SANTOS, J. O. dos. Impacto potencial das mudanças climáticas sobre a distribuição geográfica do curuquerê e do ácaro-vermelho-do algodoeiro nas regiões Nordeste e Centro-Oeste e no Estado do Tocantins. In: BETTIOL, W.; HAMADA, E.; ANGELOTTI, F.; AUAD, A. M.; GHINI, R. (Ed.). Aquecimento global e problemas fitossanitários. Brasília, DF: Embrapa, 2017. 488 p. il. color. 410-435 Ebook no formato PDF.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 2. | | ALBUQUERQUE, F. A. de; HAMADA, E.; SANTOS, J. O. dos. Impacto potencial das mudanças climáticas sobre a distribuição geográfica do curuquerê e do ácaro-vermelho-do algodoeiro nas regiões Nordeste e Centro-Oeste e no Estado do Tocantins. In: BETTIOL, W.; HAMADA, E.; ANGELOTTI, F.; AUAD, A. M.; GHINI, R. (Ed.). Aquecimento global e problemas fitossanitários. Brasília, DF: Embrapa, 2017. 488 p. il. color. 410-435 Ebook no formato PDF.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 6. | | SANTOS, J. O.; WENDLAND, A.; PEREIRA, R. J.; FERREIRA, S. R. Caracterização de Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens e reação de severidade em caupi, soja e feijão. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 16., 2022, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2022. p. 27.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 9. | | FREITAS, S. C.; SIMAS, E. S.; SANTOS, J. O.; SILVA, T. S.; CONTE, C. Ensaios de proficiência como ferramenta de qualidade em ensaios acreditados do Laboratório de Minerais da Embrapa Agroindústria de Alimentos. In: ENCONTRO NACIONAL DE ANALISTAS DE ALIMENTOS, 17.; CONGRESSO LATINO AMERICANO DE ANALISTAS DE ALIMENTOS, 3., 2011, Cuiabá. Segurança alimentar, desenvolvimento e sustentabilidade: trabalhos apresentados. São Paulo: Sociedade Brasileira de Analistas de Alimentos, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 10. | | COUTINHO, C. R.; MACHOTA JR, R.; SANTOS, J. O.; BOTTON, M.; PARANHOS, B. A. J. Durabilidade e atratividade de CeraTrap à Ceratitis capitata (Diptera: Tephritidae). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 25., 2014, Goiânia, GO. Resumos... Goiânia: Embrapa Arroz e Feijão; Universidade Federal de Goiás, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 12. | | STIEVEN, A. C.; SANTOS, J. O.; OLIVEIRA, D. A.; WRUCK, F. J.; CAMPOS, D. T. S. Monitoramento e quantificação de nematóides em solo sob integração lavoura pecuária floresta. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 36, p. 5, ago. 2011. Suplemento, ref. 8. Edição dos Resumos do 44 Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Bento Gonçalves, ago. 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 17. | | FREITAS, S. C.; CONTE, C.; SIMAS, E. S.; SILVA, T. S.; SANTOS, J. O.; RAMOS, G. D. M. Comparação estatística de métodos de quantificação de fósforo visando otimizar a determinação de fitato em sorgo. In: ENCONTRO NACIONAL DE ANALISTAS DE ALIMENTOS, 17.; CONGRESSO LATINO AMERICANO DE ANALISTAS DE ALIMENTOS, 3., 2011, Cuiabá. Segurança alimentar, desenvolvimento e sustentabilidade: trabalhos apresentados. São Paulo: Sociedade Brasileira de Analistas de Alimentos, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 18. | | SANTOS, J. O.; FREITAS, S. C.; SILVA, T. S.; SIMAS, E. S.; CONTE, C.; PEREIRA, G. E. Comparação do teor de minerais em vinhos do Vale do Submédio São Francisco, Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE ALIMENTOS, 23., 2012, Campinas. Anais... Campinas: SBCTA, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Semiárido. |
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| 20. | | SANTOS, J. O.; STIEVEN, A. C.; OLIVEIRA, D. A.; WRUCK, F. J.; CAMPOS, D. T. da S. Número de actinomicetos, bactérias e fungos em solo sob sistema de integração lavoura-pecuária-floresta. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 33., 2011, Uberlândia. Solos nos biomas brasileiros: sustentabilidade e mudanças climáticas. Uberlândia: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| Registros recuperados : 59 | |
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