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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
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Data corrente: |
06/01/2020 |
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Data da última atualização: |
06/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
AGUILAR, I.; LEGARRA, A.; CARDOSO, F. F.; MASUDA, Y.; LOURENCO, D.; MISZTAL, I. |
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Afiliação: |
Ignacio Aguilar, INIA; Andres Legarra, INRA; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL; Yutaka Masuda, University of Georgia; Daniela Lourenco, University of Georgia; Ignacy Misztal, University of Georgia. |
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Título: |
Frequentist p-values for large-scale-single step genome-wide association, with an application to birth weight in American Angus cattle. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics Selection Evolution, v. 51, n. 28, 20 June 2019. |
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DOI: |
doi.org/10.1186/s12711-019-0469-3 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Single-step genomic best linear unbiased prediction (SSGBLUP) is a comprehensive method for genomic prediction. Point estimates of marker effects from SSGBLUP are often used for genome-wide association studies (GWAS) without a formal framework of hypothesis testing. Our objective was to implement p-values for singlemarker GWAS studies within the single-step GWAS (SSGWAS) framework by deriving computational algorithms and procedures, and by applying these to a large beef cattle population. Methods: P-values were obtained based on the prediction error (co)variances for single nucleotide polymorphisms (SNPs), which were obtained from the prediction error (co)variances of genomic predictions based on the inverse of the coefficient matrix and formulas to estimate SNP effects. Results: Computation of p-values took a negligible time for a dataset with almost 2 million animals in the pedigree and 1424 genotyped sires, and no inflation of statistics was observed. The SNPs that passed the Bonferroni threshold of 10-5.9 were the same as those that explained the highest proportion of additive genetic variance, but even at the same significance levels and effects, some of them explained less genetic variance due to lower allele frequency. Conclusions: The use of a p-value for SSGWAS is a very general and efficient strategy to identify quantitative trait loci (QTL). It can be used for complex datasets such as those used in animal breeding, where only a proportion of the pedigreed animals are genotyped. MenosBackground: Single-step genomic best linear unbiased prediction (SSGBLUP) is a comprehensive method for genomic prediction. Point estimates of marker effects from SSGBLUP are often used for genome-wide association studies (GWAS) without a formal framework of hypothesis testing. Our objective was to implement p-values for singlemarker GWAS studies within the single-step GWAS (SSGWAS) framework by deriving computational algorithms and procedures, and by applying these to a large beef cattle population. Methods: P-values were obtained based on the prediction error (co)variances for single nucleotide polymorphisms (SNPs), which were obtained from the prediction error (co)variances of genomic predictions based on the inverse of the coefficient matrix and formulas to estimate SNP effects. Results: Computation of p-values took a negligible time for a dataset with almost 2 million animals in the pedigree and 1424 genotyped sires, and no inflation of statistics was observed. The SNPs that passed the Bonferroni threshold of 10-5.9 were the same as those that explained the highest proportion of additive genetic variance, but even at the same significance levels and effects, some of them explained less genetic variance due to lower allele frequency. Conclusions: The use of a p-value for SSGWAS is a very general and efficient strategy to identify quantitative trait loci (QTL). It can be used for complex datasets such as those used in animal breeding, where only a proportion of the pedigr... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Gado Angus; Predição Genômica. |
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Thesagro: |
Bovino; Marcador Genético; Melhoramento Genético Animal. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/208156/1/Aguilar-et-al-GSE-51-28.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
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Biblioteca |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Soja. Para informações adicionais entre em contato com valeria.cardoso@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
06/10/2010 |
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Data da última atualização: |
07/01/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVA, F. A. C. da; PANIZZI, A. R. |
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Afiliação: |
FLÁVIA AUGUSTA CLOCLET DA SILVA, CNSPo; ANTONIO RICARDO PANIZZI, CNPSO. |
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Título: |
Biologia de ninfas de Arvelius albopunctatus (de geer) (heteroptera: pentatomidae) alimentadas com diferentes solanáceas. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 23., 2010, Natal. [Anais...]. Natal: Emparn: Sociedade Brasileira de Entomologia, 2010. Poster 301. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O percevejo do tomate, Arvelius albopunctatus ocorre desde o sudoeste dos Estados Unidos até a Argentina. No Brasil, é uma praga importante de Solanaceae, incluindo tomate e batata e pode ser encontrado em diversas plantas silvestres. Embora associado a solanáceas, há pouca informação sobre a preferência alimentar e o desenvolvimento desse pentatomídeo. Assim, avaliou-se em laboratório o desenvolvimento de ninfas em frutos de diferentes espécies de solanáceas: tomate-cereja, Solanum lycopersicum; joá-bravo, S. palinacanthum; jurubeba, S. asperolanatum e fumo-bravo, S. erianthum. Os insetos foram coletados em Londrina, PR, entre fevereiro e abril de 2010 e acondicionados em caixas de plástico (25 x 20 x 20 cm), forradas com papel filtro e contendo frutos de tomate, joá-bravo e jurubeba como alimento. As caixas foram mantidas em câmara climatizada (26 ± 1oC, 60 ± 10% UR, 14hL: 10hE) e diariamente coletou-se as posturas. Dezoito ninfas de 2º instar, provenientes da criação de laboratório, foram individualizadas em placas de Petri (9,0 x 1,5 cm), forradas com papel filtro, contendo um micro-tubo de 0,2ml com algodão umedecido e uma das dietas testadas. Registrou-se diariamente o número de insetos vivos e a mudança de instar. Os adultos recém emergidos foram sexados e pesados. A duração do 2º instar foi maior para as ninfas alimentadas com tomate-cereja (6,1 dias) e menor em fumo-bravo e jurubeba (3,0 dias). Não se observou diferença significativa na duração do 3º instar. Ninfas alimentadas com joá-bravo e tomate-cereja apresentaram duração significativamente maior do 4º instar (7,0 e 6,6 dias, respectivamente) comparados aos outros alimentos. A duração média do estágio ninfal (2º ao 5º instar) foi de 28 dias nos frutos de tomate e de joá-bravo; 22 dias na jurubeba e na mistura de dietas e 18 dias no fumo-bravo. A mortalidade foi maior para as ninfas alimentadas com joá-bravo (100%) e menor para a mistura de dietas (27%). Adultos recém emergidos apresentaram o peso (mg) significativamente maior no tratamento com tomate (162,7 para fêmeas e 124,3 para machos). Para a maioria dos parâmetros avaliados observou-se que a mistura de dietas naturais e os frutos de fumo-bravo foram os melhores alimentos para ninfas de A. albopunctatus. MenosO percevejo do tomate, Arvelius albopunctatus ocorre desde o sudoeste dos Estados Unidos até a Argentina. No Brasil, é uma praga importante de Solanaceae, incluindo tomate e batata e pode ser encontrado em diversas plantas silvestres. Embora associado a solanáceas, há pouca informação sobre a preferência alimentar e o desenvolvimento desse pentatomídeo. Assim, avaliou-se em laboratório o desenvolvimento de ninfas em frutos de diferentes espécies de solanáceas: tomate-cereja, Solanum lycopersicum; joá-bravo, S. palinacanthum; jurubeba, S. asperolanatum e fumo-bravo, S. erianthum. Os insetos foram coletados em Londrina, PR, entre fevereiro e abril de 2010 e acondicionados em caixas de plástico (25 x 20 x 20 cm), forradas com papel filtro e contendo frutos de tomate, joá-bravo e jurubeba como alimento. As caixas foram mantidas em câmara climatizada (26 ± 1oC, 60 ± 10% UR, 14hL: 10hE) e diariamente coletou-se as posturas. Dezoito ninfas de 2º instar, provenientes da criação de laboratório, foram individualizadas em placas de Petri (9,0 x 1,5 cm), forradas com papel filtro, contendo um micro-tubo de 0,2ml com algodão umedecido e uma das dietas testadas. Registrou-se diariamente o número de insetos vivos e a mudança de instar. Os adultos recém emergidos foram sexados e pesados. A duração do 2º instar foi maior para as ninfas alimentadas com tomate-cereja (6,1 dias) e menor em fumo-bravo e jurubeba (3,0 dias). Não se observou diferença significativa na duração do 3º instar. Ninfas ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Praga de planta; Tomate. |
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Thesaurus NAL: |
Plant pests; Tomatoes. |
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Categoria do assunto: |
O Insetos e Entomologia |
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Marc: |
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520 $aO percevejo do tomate, Arvelius albopunctatus ocorre desde o sudoeste dos Estados Unidos até a Argentina. No Brasil, é uma praga importante de Solanaceae, incluindo tomate e batata e pode ser encontrado em diversas plantas silvestres. Embora associado a solanáceas, há pouca informação sobre a preferência alimentar e o desenvolvimento desse pentatomídeo. Assim, avaliou-se em laboratório o desenvolvimento de ninfas em frutos de diferentes espécies de solanáceas: tomate-cereja, Solanum lycopersicum; joá-bravo, S. palinacanthum; jurubeba, S. asperolanatum e fumo-bravo, S. erianthum. Os insetos foram coletados em Londrina, PR, entre fevereiro e abril de 2010 e acondicionados em caixas de plástico (25 x 20 x 20 cm), forradas com papel filtro e contendo frutos de tomate, joá-bravo e jurubeba como alimento. As caixas foram mantidas em câmara climatizada (26 ± 1oC, 60 ± 10% UR, 14hL: 10hE) e diariamente coletou-se as posturas. Dezoito ninfas de 2º instar, provenientes da criação de laboratório, foram individualizadas em placas de Petri (9,0 x 1,5 cm), forradas com papel filtro, contendo um micro-tubo de 0,2ml com algodão umedecido e uma das dietas testadas. Registrou-se diariamente o número de insetos vivos e a mudança de instar. Os adultos recém emergidos foram sexados e pesados. A duração do 2º instar foi maior para as ninfas alimentadas com tomate-cereja (6,1 dias) e menor em fumo-bravo e jurubeba (3,0 dias). Não se observou diferença significativa na duração do 3º instar. Ninfas alimentadas com joá-bravo e tomate-cereja apresentaram duração significativamente maior do 4º instar (7,0 e 6,6 dias, respectivamente) comparados aos outros alimentos. A duração média do estágio ninfal (2º ao 5º instar) foi de 28 dias nos frutos de tomate e de joá-bravo; 22 dias na jurubeba e na mistura de dietas e 18 dias no fumo-bravo. A mortalidade foi maior para as ninfas alimentadas com joá-bravo (100%) e menor para a mistura de dietas (27%). Adultos recém emergidos apresentaram o peso (mg) significativamente maior no tratamento com tomate (162,7 para fêmeas e 124,3 para machos). Para a maioria dos parâmetros avaliados observou-se que a mistura de dietas naturais e os frutos de fumo-bravo foram os melhores alimentos para ninfas de A. albopunctatus.
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Esconder MarcMostrar Marc Completo |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Origem |
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