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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
02/12/2010 |
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Data da última atualização: |
27/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
ROBERTO H. HERAI, IB/UNICAMP; MICHEL E. B. YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 18., 2010, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
P869. PAG-XVIII. |
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Conteúdo: |
Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, just like in the human case, the bovine candidate sequence gene loci had many inverted repeat sequences which may support the conjecture that those sequences may be part of a non-spliceosome mediated trans-splicing mechanism (Di Segni et al.). MenosTrans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, jus... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Algoritmo; Bioinformática. |
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Thesaurus Nal: |
Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/bitstream/doc/868482/1/869.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
10/09/2007 |
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Data da última atualização: |
18/02/2008 |
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Autoria: |
RITZINGER, C. H. S. P.; FANCELLI, M. |
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Afiliação: |
Cecília Helena Silvino Prata Ritzinger, CNPMF; Marilene Fancelli, CNPMF. |
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Título: |
Manejo integrado de nematóides na cultura da bananeira. |
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Ano de publicação: |
2006 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 28, n. 2, p. 331-338, ago. 2006. |
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ISSN: |
0100-2945 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O manejo integrado é uma exigência dos mercados importadores, sobretudo da Comunidade Européia (CE), rigorosa em requisitos de qualidade e sustentabilidade, que enfatiza primordialmente a proteção do meio ambiente, segurança alimentar, condições de trabalho, saúde humana e viabilidade econômica. Neste contexto, a utilização da matéria orgânica no manejo dos solos é uma das estratégias que mais benefícios traz à biodiversidade e conservação dos solos. É prática conhecida desde os primórdios da civilização. Contudo, sua utilização de forma efetiva depende ainda do conhecimento de muitas interações que ocorrem no agroecossistema. São apresentados alguns estudos de sua utilização no manejo integrado de fitonematóides e perspectivas de validação, com enfoque na cultura da bananeira e possibilidades de sua adoção para atender à demanda de sustentabilidade. |
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Palavras-Chave: |
Agroecossistemas; Mecanismos; Pragas; Sustentabilidade. |
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Thesagro: |
Biodiversidade; Controle Biológico. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aO manejo integrado é uma exigência dos mercados importadores, sobretudo da Comunidade Européia (CE), rigorosa em requisitos de qualidade e sustentabilidade, que enfatiza primordialmente a proteção do meio ambiente, segurança alimentar, condições de trabalho, saúde humana e viabilidade econômica. Neste contexto, a utilização da matéria orgânica no manejo dos solos é uma das estratégias que mais benefícios traz à biodiversidade e conservação dos solos. É prática conhecida desde os primórdios da civilização. Contudo, sua utilização de forma efetiva depende ainda do conhecimento de muitas interações que ocorrem no agroecossistema. São apresentados alguns estudos de sua utilização no manejo integrado de fitonematóides e perspectivas de validação, com enfoque na cultura da bananeira e possibilidades de sua adoção para atender à demanda de sustentabilidade.
650 $aBiodiversidade
650 $aControle Biológico
653 $aAgroecossistemas
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773 $tRevista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal$gv. 28, n. 2, p. 331-338, ago. 2006.
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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