BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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1.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. HinvClusterFilter. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2008. 1 CD-ROM.

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2.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. HinvTissueIdentification. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2008. 1 CD-ROM.

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3.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. GCSPR. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.

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4.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. Projeções ortogonais sobre conjuntos convexos para restauração de imagens comprimidas pelo JPEG. Revista Ciência e Tecnologia, Americana, v. 7, n. 10, p. 55-68, jun. 2004.

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5.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. bayesDNA. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 1 CD-ROM.

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6.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. FLCDNA2GENOME. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2008. 1 CD-ROM.

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7.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. FLCDNA2MRNA. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2008.

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8.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. Is our immune system a powerful vaccine factory? Genetics and Molecular Biology, v. 44, n. 1, p.1-2. 2021. Supplement 1, article e20200468. Letter to the Editor.

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9.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. Mathematical grammar of biology. Switzerland: Springer, 2017. 82 p. il. (Springer briefs in mathematics).

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10.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B. NGS_KmerFreq. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011. 1 CD-ROM.

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11.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H. Chargaff's "Grammar of Biology": new fractal-like rules. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster P1003.

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12.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H. Chargaff. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.

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13.Imagem marcado/desmarcadoHONGO, J. A.; YAMAGISHI, M. E. B. gene_name_to_refseq. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011. 1 CD-ROM.

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14.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. Identification of repetitive sequences within gene loci. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2012. Não paginado. 1 pôster. P0983.

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15.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. Detection of human interchromosomal trans-splicing in sequence databanks. Briefings in Bioinformatics, London, v. 2, n. 2, p. 198-209, 2010.

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16.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. Detecting evidences of inter-chromosomal trans-spliced genes using a bioinformatic approach. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4., 2008, Salvador. Proceedings... Salvador: AB³C, 2008. Não paginado. X-meeting 2008.

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17.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 18., 2010, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. Não paginado. P869. PAG-XVIII.

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18.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H. FastaSequenceTools. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2009. 1 CD-ROM.

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19.Imagem marcado/desmarcadoVELLOZO, A. F.; YAMAGISHI, M. E. B. FIOMA. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2014. 1 CD-ROM.

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20.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H. FusionFinder. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2009. 1 CD-ROM.

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Registro Completo

Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  15/12/2009
Data da última atualização:  13/10/2016
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Circulação/Nível:  A - 1
Autoria:  HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.
Afiliação:  ROBERTO HIROCHI HERAI, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA.
Título:  Detection of human interchromosomal trans-splicing in sequence databanks.
Ano de publicação:  2010
Fonte/Imprenta:  Briefings in Bioinformatics, London, v. 2, n. 2, p. 198-209, 2010.
DOI:  10.1093/bib/bbp041
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Trans-splicing is a common phenomenon in nematodes and kinetoplastids, and it has also been reported in other organisms, including humans. Up to now, all in silico strategies to find evidence of trans-splicing in humans have required that the candidate sequences follow the consensus splicing site rules (spliceosome-mediated mechanism). However, this criterion is not supported by the best human experimental evidence, which, except in a single case, do not follow canonical splicing sites. Moreover, recent findings describe a novel alternative tRNA mediated trans-splicing mechanism, which prescinds the spliceosome machinery. In order to answer the question, ?Are there hybrid mRNAs in sequence databanks, whose characteristics resemble those of the best human experimental evidence??, we have developed a methodology that successfully identified 16 hybrid mRNAs which might be instances of interchromosomal trans-splicing. Each hybrid mRNA is formed by a trans-spliced region (TSR), which was successfully mapped either onto known genes or onto a human endogenous retrovirus (HERV-K) transcript which supports their transcription. The existence of these hybrid mRNAs indicates that trans-splicing may be more widespread than believed. Furthermore, non-canonical splice site patterns suggest that infrequent splicing sites may occur under special conditions, or that an alternative trans-splicing mechanism is involved. Finally, our candidates are supposedly from normal tissue, and a recent stu... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Banco de dados; Bioinformática; Inter-chromosomal trans-splicing; Non-canonical splicing sites; TRNA-mediatedtrans-splicing.
Thesaurus NAL:  Bioinformatics.
Categoria do assunto:  X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/148693/1/AP-Brief-Bioinform-2010-Herai-198-209.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
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