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1.Imagem marcado/desmarcadoPERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B. Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. BMC Genomics, v. 19, n. 34, 2018. 13 p.

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Biblioteca(s):  Embrapa Gado de Leite.
Data corrente:  28/11/2018
Data da última atualização:  24/01/2023
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Circulação/Nível:  A - 1
Autoria:  PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B.
Afiliação:  ELISA PERIPOLLI, UNESP; NEDENIA BONVINO STAFUZZA, UNESP; DANÍSIO PRADO MUNARI, UNESP / CNPQ; ANDRÉ LUÍS FERREIRA LIMA, UFSC; RENATO IRGANG, UFSC; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; RICARDO VIEIRA VENTURA, USP / Beef Improvement Opportunities, Canada / University of Guelph, Canada; FERNANDO BALDI, UNESP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL.
Título:  Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle.
Ano de publicação:  2018
Fonte/Imprenta:  BMC Genomics, v. 19, n. 34, 2018.
Páginas:  13 p.
DOI:  10.1186/s12864-017-4365-3
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in all animals, with an average number of 55.12 ± 10.37 segments and a mean length of 3.17 Mb. Short segments (ROH1-2 Mb) were abundant through the genomes, which accounted for 60% of all segments identified, even though the proportion of the genome covered by them was relatively small. The findings obtained in this study suggest that on average 7.01% (175.28 Mb) of the genome of this population is autozygous. Overlapping ROH were evident across the genomes and 14 regions were identified with ROH frequencies exceeding 50% of the whole population. Genes associated with lactation (TRAPPC9), milk yield and composition (IRS2 and ANG), and heat adaptation (HSF1, HSPB1, and HSPE1), were identified. Inbreeding coefficien... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands.
Thesagro:  Bos Indicus.
Categoria do assunto:  L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/187250/1/Cnpgl-2018-BMC-Gen-Machado-Assessment.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Gado de Leite (CNPGL)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CNPGL24275 - 1UPCAP - DD
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