BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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1.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C. Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Campinas: Embrapa informática Agropecuária, 2016. 36 p. il. (Embrapa informática Agropecuária. Documentos, 149).

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2.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. flanSnps. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.

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3.Imagem marcado/desmarcadoHONGO, J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P. Detecção e análise bioinformática de genes sob evidência de seleção positiva em genomas de parasitos. In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 6., 2012, Jaguariúna. Anais... Jaguariúna: Embrapa; ITAL, 2012. p. 1-10. CIIC 2012. No 12612.

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4.Imagem marcado/desmarcadoNAGAI, L. A. E.; GIACHETTO, P. F.; ZERLOTINI NETO, A. Utilização da plataforma Galaxy na análise de dados de RNAseq. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 8., 2012, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2012. p. 175-178.

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5.Imagem marcado/desmarcadoVIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F.; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A. BDGF: um sistema web para recuperação de informação de genótipos e fenótipos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 11., 2017, Campinas. Ciência de dados na era da agricultura digital: anais. Campinas: Editora da Unicamp: Embrapa Informática Agropecuária, 2017. p. 429-438. SBIAgro 2017. Na publicação: Adhemar Zerlotini.

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6.Imagem marcado/desmarcadoCASTRO, G. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. Reconstructing the whole mitochondrial DNA (mtDNA) from nuclear genome. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 11.; BRAZILIAN SYMPOSIUM OF BIOINFORMATICS, 2015, São Paulo. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2015. p. 42. X-meeting 2015.

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7.Imagem marcado/desmarcadoNAGAI, L. A. E.; SILVA, F. R.; CINTRA, L. C.; GIACHETTO, P. F.; ZERLOTINI NETO, A. Using Galaxy to facilitate RNA-Seq analysis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.

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8.Imagem marcado/desmarcadoVIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F. da; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A. BDGF: a database and webbased information retrieval system for genotype and phenotype. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 12., 2016, Belo Horizonte. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2016. p. 238. X-Meeting 2016.

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9.Imagem marcado/desmarcadoCHUD, T. C. S.; ZERLOTINI NETO, A.; CARMO, A. S. do; MUNARI, D. P.; SILVA, M. V. G. B. Identificação de variação no número de cópias em bovinos leiteiros usando dados de NGS. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 12., 2017, Ribeirão Preto. Anais... Ribeirão Preto: SBMA, 2017. 3 p.

Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.

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10.Imagem marcado/desmarcadoSIMÕES, M.; BAHIA, D.; TORRES, K.; ZERLOTINI NETO, A.; ARTIGUENAVE, F.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G.; OLIVEIRA, G. SNP identification in Schistosoma mansoni expressed genes. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 131. X-meeting 2005. Presented Posters. Na publicação: Paula Kuser.

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11.Imagem marcado/desmarcadoCASASSOLA, A.; BRAMMER, S. P.; CHAVES, M. S.; NHANI JUNIOR, A.; FALCAO, P. R. K.; ZERLOTINI NETO, A.; STEFANATO, F; BOYD, L. Perfil de expressão de genes em trigo em resposta à infecção por ferrugem da folha. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 8.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 9., 2014, Canela; REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 9.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 10., 2015, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Biotrigo Genética: Embrapa Trigo, 2015. 2015-Melhoramento, Aptidão Industrial e Sementes-Trabalho 98. 1 CD-ROM.

Biblioteca(s): Embrapa Trigo.

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12.Imagem marcado/desmarcadoCHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l. : s.n.], 2018. 1 p. PAG 2018. P0490. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius B. da Silva.

Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.

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13.Imagem marcado/desmarcadoROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 156 - 157.

Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.

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14.Imagem marcado/desmarcadoMORÉ, D. D.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. A.; ZERLOTINI NETO, A.; GULIAS-GOMES, C. C.; IBELLI, A. M. G.; CATOIA, V.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. A. Genetics mechanisms of resistance and response to tick infestation in Hereford cattle: a global view. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 66. ISAFG 2013. AB.59.

Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pecuária Sul.

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15.Imagem marcado/desmarcadoVERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.:s.n.], 2018. 6 p. WCGALP 2018. Na publicação: A. Zerlotini, J. C. C. Panetto.

Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária.

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16.Imagem marcado/desmarcadoSOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Scientific Reports, v. 8, p. 1-12, 2018. Article number: 13747. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C. A. Regitano.

Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Pecuária Sudeste.

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17.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 12., 2016, Belo Horizonte. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2016. p. 47. X-meeting 2016.

Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.

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18.Imagem marcado/desmarcadoCRUZ, I. R. DA; GERALDO, J. A.; LEITE, L. R.; ZERLOTINI NETO, A.; ARAUJO, F.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G. Efficient gap-closure of eukaryotic genome sequence assemblies by third-generation sequencing. In: International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatica and Computacion Biology, 10., 2012, Campinas. Resumos...

Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.

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19.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI NETO, A.; AGUIAR, E. R. G. R.; YU, F.; XU, H.; LI, Y.; YOUNG, N. D.; GASSER, R. B.; PROTASIO, A. V.; BERRIMAN, M.; ROOS, D. S.; KISSINGER, J. C.; OLIVEIRA, G. SchistoDB: an updated genome resource for the three key schistosomes of humans. Nucleic Acids Research, p. 1-4, 2012.

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20.Imagem marcado/desmarcadoCRATIVOL, C.; REGULSKI, M.; BERTALAN, M.; MCCOMBIE, W. R.; SILVA, F. R. da; ZERLOTINI NETO, A.; VICENTINI, R.; FARINELLI, L.; HEMERLY, A. S.; MARTIENSSEN, R. A.; FERREIRA, P. C. G. Sugarcane genome sequencing by methylation filtration provides tools for genomic research in the genus Saccharum. The Plant Journal, Oxford, v. 79, n. 1, p. 162-172, 2014.

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Biblioteca(s):  Embrapa Informática Agropecuária.
Data corrente:  31/01/2018
Data da última atualização:  01/02/2018
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  CHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P.
Afiliação:  TATIANE C. S. CHUD, FCAV/Unesp; DEREK M. BICKHART, FCAV/Unesp; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; JOHN B. COLE, Usda; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; DANÍSIO P. MUNARI, FCAV/Unesp.
Título:  Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing.
Ano de publicação:  2018
Fonte/Imprenta:  In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Abstracts... [S.l. : s.n.], 2018.
Páginas:  1 p.
Idioma:  Inglês
Notas:  PAG 2018. P0490. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius B. da Silva.
Conteúdo:  Gene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We observed 34 CNVRs (nine deletions, 25 mixed) in common (overlapping > 50%) only between Girolando and Holstein and 181 CNVRs (20 deletions, 21 duplications,140 mixed) only in Girolando and Gir, suggesting parent-of-origin inheritance from Holstein and Gir cattle, respectively. One of these Holstein-specific CNVRs intersected with the interleukin 6 family cytokine (LIF) gene which is linked to fat production and fertility traits in Holstein. Genes related to disease resistance (e.g. the CD4 gene) also coincided with CNVRs present only in Gir and Girolando cattle suggesting an indicine origin for the CNV. These results showed evidence of specific CNVRs shared by Girolando and purebred breeds which may be targeted for future ... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Copy number variants.
Thesagro:  Gado.
Thesaurus NAL:  Cattle; Composite breeds.
Categoria do assunto:  --
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171991/1/PL-CopyNumber-PAGXXVI.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CNPTIA19603 - 1UPCPL - DD
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