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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
10/11/2017 |
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Data da última atualização: |
17/04/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SALGADO, L. R.; LIMA, R.; SANTOS, B. F. dos; SHIRAKAWA, K. T.; VILELA, M. de M.; ALMEIDA, N. F.; PEREIRA, R. M.; NEPOMUCENO, A. L.; CHIARI, L. |
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Afiliação: |
LEONARDO RIPPEL SALGADO, Embrapa Beef Cattle, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; RODOLPHO LIMA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; BRUNO FERREIRA DOS SANTOS, Federal University of Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; KARINA TAMIE SHIRAKAWA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; MARIANE DE MENDONCA VILELA, CNPGC; NALVO FRANCO ALMEIDA, Federal University of Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; RODRIGO MATHEUS PEREIRA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO; LUCIMARA CHIARI, CNPGC. |
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Título: |
De novo RNA sequencing and analysis of the transcriptome of signalgrass (Urochloa decumbens) roots exposed to aluminum. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Growth Regulation, v. 83, n. 1, p. 157-170, 2017. |
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DOI: |
10.1007/s10725-017-0291-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Acidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained, providing a reference platform for future biotechnological studies and breeding programs for this species and its close relatives. MenosAcidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Molecular markers; RNA sequencing; Urochloa genus. |
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Thesagro: |
Brachiaria Decumbens. |
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Thesaurus Nal: |
Aluminum. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/bitstream/doc/1079489/1/DenovoRNAsequencingandanalysis.pdf
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Marc: |
LEADER 02506naa a2200289 a 4500
001 2079489
005 2018-04-17
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520 $aAcidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained, providing a reference platform for future biotechnological studies and breeding programs for this species and its close relatives.
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700 1 $aCHIARI, L.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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| Registros recuperados : 179 | |
| 21. |  | MEYER, M. C.; NUNES JUNIOR, J.; PIMENTA, C. B.; NUNES SOBRINHO, J. B.; FERREIRA, L. C.; COSTA, N. B.; ANDRADE, P. J. M. Avaliação da eficiência de fungicidas para o controle da ferrugem asiática da soja (Phakopsora pachyrhizi) em Goiânia, GO: safra 2008/2009. In: GODOY, C. V.; SILVA, L. H. C. P. da; UTIAMADA, C. M.; SIQUERI, F. V. (Ed.). Resultados dos ensaios cooperativos para controle da ferrugem asiática da soja: safra 2008/2009. Londrina: Embrapa Soja, 2009. 317 p. (Embrapa Soja. Documentos, 317). p. 141-144.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 22. | | MEYER, M. C.; NUNES JUNIOR, J.; PIMENTA, C. B.; NUNES SOBRINHO, J. B.; FERREIRA, L. C.; COSTA, N. B.; ANDRADE, P. J. M. Avaliação da eficiência de novas associações de fungicidas para controle da ferrugem asiática da soja (Phakopsora pachyrhizi) em Goiânia, GO: safra 2008/2009. In: GODOY, C. V.; SILVA, L. H. C. P. da; UTIAMADA, C. M.; SIQUERI, F. V. (Ed.). Resultados dos ensaios cooperativos para controle da ferrugem asiática da soja: safra 2008/2009. Londrina: Embrapa Soja, 2009. 317 p. (Embrapa Soja. Documentos, 317). p. 319-322.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 23. | | FERREIRA, L. C.; COSTA, N. B.; PIMENTA, C. B.; NUNES SOBRINHO, J. B.; NUNES JÚNIOR, J.; ANDRADE, P. J. M.; MEYER, M. C. Comparação da eficiência de controle da ferrugem-asiática da soja (Phakopsora pachyrhizi) com fungicidas indicados para a doença, em Goiás. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 4., 2009, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 236-240. (Embrapa Soja. Documentos, 312). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 24. | | MEYER, M. C.; NUNES JUNIOR, J.; PIMENTA, C. B.; COSTA, N. B.; GURNIERI, S.; SEII, A.; NUNES SOBRINHO, J.; VENANCIO, W. S.; GODOY, C. V. Fungicides performance on the control of asian soybean rust (Phakopsora pachyrhizi) in Goias State, Brazil. In: PLANT MANAGEMENT NETWORK; FIELD CROPS RUST SYMPOSIUM, San Antonio, 2011. Proceedings ... Saint Paul: APS: ASA: CSSA: 2011. Abstract, 21. Disponível em: < http://www.plantmanagementnetwork.org/proceedings/FCRS/2011/posters/>.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 25. | | MEYER, M. C.; FERREIRA, L. C.; BAYLAO, B. S. G.; COSTA, N. B.; GUERZONI, R. A.; PIMENTA, C. B.; NUNES JÚNIOR, J.; VENANCIO, W. S. Influência do nível de água no solo sobre a germinação carpogênica de Sclerotinia sclerotiorum. Tropical Plant Pathology, v. 35, p. S153, ago. 2010. Suplemento, res. 04.113. Edição das palestras e resumos de trabalhos apresentados no 43 Congresso Brasileiro de Fitopatologia; do 43 Annual Meeting Of The Brazilian Phytopathology Society, Cuiabá, ago. 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 26. | | MEYER, M. C.; COSTA, N. B.; BAYLÃO, B. S. G.; FERREIRA, L. C.; NUNES JUNIOR, J.; PIMENTA, C. B.; MELLO FILHO, O. L. Comportamento da cultivar BRSGO 7560 em diferentes manejos químicos de ferrugem asiática da soja (Phakopsora pachyrhizi). In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 174-176. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 28. | | MELLO FILHO, O. L. de; ZITO, R. K.; NUNES JÚNIOR, J.; PIMENTA, C. B.; MEYER, M. C.; HIROSE, E.; VIEIRA, N. E.; GASPRE, M.; CRUVINEL, A. Plantar, cultivar, colher. BRSGO 6959RR: a soja que acelera para os bons resultados! Londrina: Embrapa Soja, 2013. 1 folder.| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
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| 29. | | MEYER, M. C.; NUNES JUNIOR, J.; PIMENTA, C. B.; SEII, A. H.; NUNES SOBRINHO, J. B.; COSTA, N. B.; GUARNIERI, S. F. Eficiência de fungicidas no controle de mofo branco (Sclerotinia sclerotiorum) em soja, no Estado de Goiás. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 32., 2011, São Pedro, SP. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2011. p. 148-150. Editado por Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 30. | | ABUD, S.; SOUZA, P. I. M.; MOREIRA, C. T.; GODOY, C. V.; NUNES, J.; MONTEIRO, P. M. F. O.; PIMENTA, C. B. Eficiência de fungicidas no controle da ferrugem asiática da soja. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 27., 2005. Cornélio Procópio. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2005. p. 211-212. (Embrapa Soja. Documentos, 257). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Janete Lasso Ortiz, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 31. | | PIMENTA, C. B.; NUNES JUNIOR, J.; MEYER, M. C.; COSTA, N. B.; GUARNIERI, S. F.; SEII, A. H.; NUNES SOBRINHO, J. B. Eficiência de fungicidas no controle da ferrugem asiática da soja (Phakopsora pachyrhizi), no Estado de Goiás. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 32., 2011, São Pedro, SP. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2011. p. 166-169. Editado por Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 32. | | COSTA, N. B.; FERREIRA, L. C.; PIMENTA, C. B.; NUNES SOBRINHO, J. B.; NUNES JÚNIOR, J.; ANDRADE, P. J. M.; MEYER, M. C. Controle químico da ferrugem-asiática da soja (Phakopsora pachyrhizi) com diferentes combinações de fungicidas em Goiás - safra 2008/09. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 4., 2009, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 225-229. (Embrapa Soja. Documentos, 312). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 33. | | MEYER, M. C.; PIMENTA, C. B.; NUNES SOBRINHO, J. B.; FERREIRA, L. C.; COSTA, N. B.; ANDRADE, P. J. M.; NUNES JÚNIOR, J.; VENÂNCIO, W. S. Controle químico da ferrugem asiática da soja (Phakopsora pachyrhizi) em Goiás, com fungicidas indicados para o controle da doença. Tropical Plant Pathology, v. 34, p. S106, ago. 2009. Suplemento, ref. 389. Edição dos Resumos do XLII Congresso Brasileiro de Fitopatologia; Annual Meeting of the Brazilian Phytopathological Society, 2009, Rio de Janeiro.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 34. | | MEYER, M. C.; FERREIRA, L. C.; BAYLÃO, B. S. G.; COSTA, N. B.; GUERZONI, R. A.; PIMENTA, C. B.; NUNES JUNIOR, J.; VENANCIO, W. S. Efeito da disponibilidade de água no solo sobre a germinação carpogênica de sclerotinia sclerotium, agente causal do mofo branco da soja. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 217-219. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 35. | | MEYER, M. C.; PIMENTA, C. B.; NUNES SOBRINHO, J. B.; FERREIRA, L. C.; COSTA, N. B.; ANDRADE, P. J. M.; NUNES JÚNIOR, J.; VENÂNCIO, W. S. Efeito da aplicação de diferentes combinações de fungicidas no controle da ferrugem asiática da soja (Phakopsora pachyrhizi) em Goiás. Tropical Plant Pathology, v. 34, p. S106, ago. 2009. Suplemento, ref. 390. Edição dos Resumos do XLII Congresso Brasileiro de Fitopatologia; Annual Meeting of the Brazilian Phytopathological Society, 2009, Rio de Janeiro.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 36. | | MEYER, M. C.; NUNES JUNIOR, J.; PIMENTA, C. B.; COSTA, N. B.; BAYLÃO, B. S. G.; FERREIRA, L. C.; VENANCIO, W. S. Efeito preventivo e curativo de controle químico da ferrugem asiática da soja (Phakopsora pachyrhizi) em Goiás. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 31., 2010, Brasília, DF. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 162-164. Editores técnicos: Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campo Leite, César de Castro, Jussara Flores de Oliveira Arbues, Wellington Cavalcanti.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 38. | | NUNES JUNIOR, J.; PIMENTA, C. B.; MEYER, M. C.; SEII, A. H.; NUNES SOBRINHO, J. B.; BAYLAO, B. S. G.; FERREIRA, L. C.; COSTA, N. B.; VILELA, V. S. Avaliação da eficácia de fungicidas no controle de mofo branco (Sclerotinia sclerotiorum) em soja no Estado de Goiás. Tropical Plant Pathology, v. 35, p. S120, ago. 2010. Suplemento, res. 03.181. Edição das palestras e resumos de trabalhos apresentados no 43 Congresso Brasileiro de Fitopatologia; do 43 Annual Meeting Of The Brazilian Phytopathology Society, Cuiabá, ago. 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 39. | | NUNES JÚNIOR, J.; PIMENTA, C. B.; NUNES SOBRINHO, J. B.; MONTEIRO, P. M. F. O.; SOUZA, P. I. M.; ABUD, S.; PEREIRA, R. G.; FARIAS NETO, A. L.; MOREIRA, C. T.; ROCHA, M. R.; NUNES, B. C.; SEII, A. H. Avaliação da eficiência de fungicidas para controle de doenças de final de ciclo na cultura da soja em Goiânia, GO. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 28., 2006, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: Fundação Meridional: Fundação Triângulo, 2006. p. 256-258.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 40. | | NUNES JÚNIOR, J.; PIMENTA, C. B.; NUNES SOBRINHO, J. B.; MONTEIRO, P. M. F. O.; SOUZA, P. I. M.; ABUD, S.; PEREIRA, R. G.; FARIAS NETO, A. L.; MOREIRA, C. T.; ROCHA, M. R.; NUNES, B. C.; SEII, A. H. Avaliação da eficiência de fungicidas para controle da ferrugem asiática da soja em Goiânia, GO- II. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 28., 2006, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: Fundação Meridional: Fundação Triângulo, 2006. p. 253-255.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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