|
|
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
Data corrente: |
06/11/2023 |
Data da última atualização: |
07/12/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SUELA, M. M.; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; MOMEN, M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; MOROTA, G.; NASCIMENTO, M. |
Afiliação: |
MATHEUS MASSARIOL SUELA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; MEHDI MOMEN, UNIVERSITY OF WISCONSIN-MADISON; ANTONIO CARLOS BAIAO DE OLIVEIRA, CNPCa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa; GOTA MOROTA, VIRGINIA POLYTECHNIC INSTITUTE AND STATE UNIVERSITY; MOYSÉS NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA. |
Título: |
Genome-wide association study for morphological, physiological, and productive traits in Coffea arabica using structural equation models. |
Ano de publicação: |
2023 |
Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 3, 2023. |
Páginas: |
17 p. |
DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11295-023-01597-8 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Yield is one of the most important traits of arabica coffee. Plant breeders seek to maximize yield directly or indirectly, using other related traits. The standard multi-trait genome-wide association study (MTM-GWAS) does not accommodate the network structure of phenotypes, therefore, does not address how traits are interrelated. We applied structural equation modeling (SEM) to GWAS to explore interrelated dependencies between phenotypes related to morphology (fruit size and number of reproductive nodes), physiology (vegetative vigor), and productivity (yield) traits using 195 Coffea arábica individuals genotyped with 21,211 single-nucleotide polymorphism markers. We inferred the probabilistic phenotypic network by the Hill-Climbing algorithm to estimate the structural coefficients. The integration of multivariate GWAS and SEM (SEM-GWAS) identified a positive interrelationship between vegetative vigor and yield, and vegetative vigor and the number of reproductive nodes. Among those traits, yield and number of reproductive nodes presented indirect SNP effects. There was no evidence of a single quantitative trait locus controlling all the traits jointly. We identified three genes (Stress enhanced protein 1, Abscisic stress-ripening protein 5, and SAR?SNI1) that acted directly on yield. In summary, SEM-GWAS offered new insights into the relationship between the traits linked to coffee yield, providing useful information for arabica coffee breeding programs. |
Thesaurus Nal: |
Coffea arabica var. arabica; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Structural equation modeling. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1157822/1/Genome-wide-association.pdf
|
Marc: |
LEADER 02394naa a2200277 a 4500 001 2157822 005 2023-12-07 008 2023 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s11295-023-01597-8$2DOI 100 1 $aSUELA, M. M. 245 $aGenome-wide association study for morphological, physiological, and productive traits in Coffea arabica using structural equation models.$h[electronic resource] 260 $c2023 300 $a17 p. 520 $aYield is one of the most important traits of arabica coffee. Plant breeders seek to maximize yield directly or indirectly, using other related traits. The standard multi-trait genome-wide association study (MTM-GWAS) does not accommodate the network structure of phenotypes, therefore, does not address how traits are interrelated. We applied structural equation modeling (SEM) to GWAS to explore interrelated dependencies between phenotypes related to morphology (fruit size and number of reproductive nodes), physiology (vegetative vigor), and productivity (yield) traits using 195 Coffea arábica individuals genotyped with 21,211 single-nucleotide polymorphism markers. We inferred the probabilistic phenotypic network by the Hill-Climbing algorithm to estimate the structural coefficients. The integration of multivariate GWAS and SEM (SEM-GWAS) identified a positive interrelationship between vegetative vigor and yield, and vegetative vigor and the number of reproductive nodes. Among those traits, yield and number of reproductive nodes presented indirect SNP effects. There was no evidence of a single quantitative trait locus controlling all the traits jointly. We identified three genes (Stress enhanced protein 1, Abscisic stress-ripening protein 5, and SAR?SNI1) that acted directly on yield. In summary, SEM-GWAS offered new insights into the relationship between the traits linked to coffee yield, providing useful information for arabica coffee breeding programs. 650 $aCoffea arabica var. arabica 650 $aGenome-wide association study 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aStructural equation modeling 700 1 $aAZEVEDO, C. F. 700 1 $aNASCIMENTO, A. C. C. 700 1 $aMOMEN, M. 700 1 $aOLIVEIRA, A. C. B. de 700 1 $aCAIXETA, E. T. 700 1 $aMOROTA, G. 700 1 $aNASCIMENTO, M. 773 $tTree Genetics & Genomes$gv. 19, n. 3, 2023.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
Registros recuperados : 9.565 | |
221. | | ROGERIO, F.; BARONCELLI, R.; CUEVAS-FERNÁNDEZ, F. B.; BECERRA. S.; CROUCH, J.; BETTIOL, W.; AZCÁRATE-PERIL, M. A.; MALAPI-WIGHT, M.; ORTEGA, V.; BETRAN, J.; TENUTA, A.; DAMBOLENA, J. S.; ESKER, P. D.; REVILLA, P.; JACKSON-ZIEMS, T. A.; HILTBRUNNER, J.; MUNKVOLD, G.; BUHINICEK, I.; VICENTE-VILLARDÓN, J. L.; SUKNO, S. A.; THON, M. R. Migration and genetic recombination shape the global population structure of Colletotrichum graminicola, the causal agent of maize anthracnose. In: CONGRESO DE LA SOCIEDADE ESPAÑOLA DE FITOPATOLOGIA, 20., 2022, València. [Libro de resúmenes...] València: Sociedad Española de Fitopatología, 2022. Póster 172. p. 290.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
| |
225. | | DINIZ, G. F. D.; FIGUEIREDO, J. E. F.; LANA, U. G. de P.; MARINS, M. S.; SILVA, D. D. da; COTA, L. V.; MARRIEL, I. E.; OLIVEIRA-PAIVA, C. A. Microorganisms from corn stigma with biocontrol potential of Fusarium verticillioides. Brazilian Journal of Biology, v. 82, e262567, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
| |
230. | | FERREIRA, A. C. de B.; BOGIANI, J. C.; SOFIATTI, V.; BORIN, A. L. D. C.; PERINA, F. J.; FERREIRA, G. B.; SILVA, M. A. S. da; MACHADO, P. L. O. de A. Organic carbon stock changes and crop yield in a tropical sandy soil under rainfed grains-cotton farming systems in Bahia, Brazil. Pesquisa Agropecuária Tropical, v. 52, e71219, p. 1-9, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Territorial. |
| |
231. | | DICK, D. P.; AQUINO, I. O.; COSTA, F. de S.; DIAS, C. T. S. Organic matter as affected by conservation agriculture of cassava and maize cultivation in an acrisol from Southwestern Brazilian Amazon. In: ENCONTRO NACIONAL DE PLANTIO DIRETO NA PALHA, 18., ENCONTRO MUNDIAL DO SISTEMA PLANTIO DIRETO, 1., 2022, Foz do Iguaçu. Sistema plantio direto: preservando o solo, a vida e as gerações futuras: anais. Londrina: FEBRAPDP, 2022. p. 201. Editores: Rafael Silvaro; Marie Luise Carolina Bartz.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
| |
233. | | CRUZ, L. L. da; GONÇALVES, G. M. B.; GLÓRIA, L. de L.; PEREIRA, S. M. de F.; CARLOS, L. de A.; VIVAS, M.; PEREIRA, M. G.; OLIVEIRA, D. B. de. Phenolic compounds, carotenoids, and antioxidant activity in a super-sweet corn hybrid. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 57, e02663, 2022. Título em português: Compostos fenólicos, carotenoides e atividade antioxidante em híbrido de milho superdoce.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
236. | | SANTOS, J. C. P. dos; MARQUES, F. A.; BARROS, A. H. C.; LIMA, E. de P.; AMARAL, A. J. do; ARAUJO FILHO, J. C. de; SILVA NETO, L. de F. da; PARAHYBA, R. da B. V.; OLIVEIRA NETO, M. B. de; LUZ, L. R. Q. P. da; TAVARES, S. C. C. de H. Potencial pedoclimático da área de influência do Canal das Vertentes Litorâneas da Paraíba para culturas agrícolas. Rio de Janeiro: Embrapa Solos, 2022. (Embrapa Solos. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 280). Acordo de cooperação técnica SEDAP-PB/Embrapa Solos. Embrapa Cód. 25100.16/0122-0.Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
Biblioteca(s): Embrapa Solos; Embrapa Trigo. |
| |
239. | | BUCHLING, C; BRAZ, G. B. P.; PROCOPIO, S. de O.; FERREIRA, C. J. B.; SILVA, A. G. da; CORADIN, J. Pre-emergence control and interference of voluntary maize plants on a soybean crop in Brazilian Cerrado. Acta Scientiarum. Agronomy, v. 44, n. 1, e54544, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
| |
Registros recuperados : 9.565 | |
|
Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|