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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
28/11/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
O'BRIEN, A. M. P.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F.; TASSEL, C. P. V.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. |
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Afiliação: |
ANA M. PÉREZ O'BRIEN, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna; GÁBOR MÉSZÁROS, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna; YURI T. UTSUNOMIYA, UNESP; TAD S. SONSTEGARD, ARS-USDA, USA; JOSÉ F. GARCIA, UNESP; CURTIS P. VAN TASSEL, ARS-USDA, USA; ROBERTO CARVALHEIRO, GenSys Consultores Associados; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; JOHANN SÖLKNER, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna. |
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Título: |
Linkage disequilibrium levels in Bos indicus and Bos taurus cattle using medium and high density SNP chip data and different minor allele frequency distributions. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 166, p. 121-132, 2014. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Linkage disequilibrium (LD), the observed correlation between alleles at different loci in the genome, is a determinant parameter in many applications of molecular genetics. With the wider use of genomic technologies in animal breeding and animal genetics, it is worthwhile revising and improving the current knowledge and understanding of cattle LD. This study analyzes levels of LD assessed through the r2 measurement in seven breeds of cattle from both indicine (Bos indicus) and taurine (Bos taurus) (sub)species, genotyped with a high density panel (HD) of over 777,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Average levels of LD were assessed for inter-marker distances from 0 kb up to 10 Mb. Two more SNP panels were built in silico from the original genotypes to represent a lower density SNP chip including approximately 50,000 SNPs (50K) and a panel of 249,000 SNPs chosen to comply with specific minor allele frequency (MAF) distributions. The results show higher levels of LD than previously reported, especially at short inter-marker distances of less than 20 kb, assessed through the use of the higher density panel. Negligible impact of MAF changes in the estimation of r2 was observed, supporting the use of the HD panel for LD-based methodologies even when ascertainment bias in the choice of SNPs is suspected. The 50K SNP panel indicated lower levels of LD in the first 100 kb and highly unreliable LD estimates for distances shorter than 50 kb. Overall, lower levels of LD were observed for all indicine breeds as compared to taurine breeds, with larger differences assessed in the first 100 kb, suggesting the need for use of higher SNP densities in this (sub)species when applying LD-dependent methods, as compared to most taurine breeds. MenosLinkage disequilibrium (LD), the observed correlation between alleles at different loci in the genome, is a determinant parameter in many applications of molecular genetics. With the wider use of genomic technologies in animal breeding and animal genetics, it is worthwhile revising and improving the current knowledge and understanding of cattle LD. This study analyzes levels of LD assessed through the r2 measurement in seven breeds of cattle from both indicine (Bos indicus) and taurine (Bos taurus) (sub)species, genotyped with a high density panel (HD) of over 777,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Average levels of LD were assessed for inter-marker distances from 0 kb up to 10 Mb. Two more SNP panels were built in silico from the original genotypes to represent a lower density SNP chip including approximately 50,000 SNPs (50K) and a panel of 249,000 SNPs chosen to comply with specific minor allele frequency (MAF) distributions. The results show higher levels of LD than previously reported, especially at short inter-marker distances of less than 20 kb, assessed through the use of the higher density panel. Negligible impact of MAF changes in the estimation of r2 was observed, supporting the use of the HD panel for LD-based methodologies even when ascertainment bias in the choice of SNPs is suspected. The 50K SNP panel indicated lower levels of LD in the first 100 kb and highly unreliable LD estimates for distances shorter than 50 kb. Overall, lower levels of LD... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Indicine; Minor allele frequency. |
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Thesaurus Nal: |
cattle; linkage disequilibrium; taurine. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 22 | |
| 1. |  | GONÇALVES, S. G.; DUARTE, M. DE M. F.; VASCONCELOS, E. D.; SILVA, C. A. D. da. Comportamento de oviposição de mariposas do curuquerê em plantas de algodão com e sem caulim. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 6.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 3., 2014, Fortaleza. Energia e segurança alimentar na agricultura familiar: anais. Campina Grande, PB: Embrapa Algodão, 2014. p. 107| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 8. | | DUARTE, M. DE M. F.; GONÇALVES, S. G.; VASCONCELOS, E. D.; SILVA, C. A. D. da; BOGIANI, J. C. Efeito da densidade de plantio sobre o número de carimãs, bicudos por carimã e a produção do algodoeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 6.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 3., 2014, Fortaleza. Energia e segurança alimentar na agricultura familiar: anais. Campina Grande, PB: Embrapa Algodão, 2014. p. 109| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 10. | | SILVA, C. A. D. da; DUARTE, M. de M. F.; OLIVEIRA, S. R.; CARVALHO, T. da S.; VASCONCELOS, E. D. Seleção de equipamento para coleta de botões florais de algodoeiros caídos ao solo com orifício de alimentação e/ou oviposição por adultos do bicudo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 10., 2015, Foz do Iguaçu. Resumos. Brasília, DF: ABRAPA, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 11. | | VASCONCELOS, E. D.; G FILHO, A. L. de A.; TOMÉ, M. P.; SOUSA, M. M. de; ALMEIDA, R. P. de; SILVA, C. A. D. da. Atividade sinérgica do ácido bórico misturado ao inseticida Thiamethoxan contra o bicudo do algodoeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 11., 2017, Maceió. Resumos... Inovação e rentabilidade na cotonicultura: resumos... Brasília, DF: Associação Brasileira dos Produtores de Algodão - Abrapa, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 12. | | SOARES, M. M.; VASCONCELOS, E. D.; BRAZ, L. C. C.; RAMOS, J. P.; SILVA, C. R. C. da; SOFIATTI, V.; SANTOS, R. C. dos. Estimativa de mortalidade de Spodoptera frugiperda alimentadas com milho Bt (2B655PW) em ambiente semiárido. In: SIMPÓSIO DE ENGENHARIA DE BIOTECNOLOGIA E BIOPROCESSOS DO SEMIÁRIDO, 2., 2017, Sumé, PB. O papel da biotecnologia no uso da biodiversidade e no desenvolvimento sustentável: anais. Sumé, PB: UFCG, 2017. II SENGEBBIO.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 13. | | SILVA, C. A. D. da; OLIVEIRA, S. R. de; CARVALHO, T. da S.; DUARTE, M. de M. F.; VASCONCELOS, E. D. Repelência do inseticida botânico Nim-I-Go ao bicudo do algodoeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 10., 2015, Foz do Iguaçu. Resumos. Brasília, DF: ABRAPA, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 14. | | FERREIRA, R. de P.; VASCONCELOS, E. D. de; CRUZ, C. D.; BARIONI JUNIOR, W.; RASSINI, J. B.; FREITAS, A. R. de; VILELA, D.; MOREIRA, A. Determinação do coeficiente de repetibilidade e estabilização genotípica das características agronômicas avaliadas em genótipos de alfafa no ano de estabelecimento. Revista Ceres, Viçosa, v. 57, n. 5, p. 642-647, set/out, 2010| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 15. | | GUEDES, V. da S.; TOMÉ, M. P.; SOUSA, M. M. de; GALVÃO FILHO, A. L. de A.; VASCONCELOS, E. D.; SILVA, C. A. D. da. Desenvolvimento, sobrevivência e reprodução da Cochonilha phenacoccus solenopsis (Hemiptera: pseudococcidae) em algodoeiros com alta e baixa pilosidade. In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 11., 2017, Maceió. Resumos... Inovação e rentabilidade na cotonicultura: resumos... Brasília, DF: Associação Brasileira dos Produtores de Algodão - Abrapa, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 16. | | GUEDES, V. da S.; TOMÉ, M. P.; VASCONCELOS, E. D.; GALVÃO FILHO, A. L. de A.; SILVA, C. A. D. da. Desenvolvimento, sobrevivência e reprodução de Phenacoccus solenopsis (Hemiptera: pseudococcidae) em algodoeiros com e sem caulim. In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 11., 2017, Maceió. Resumos... Inovação e rentabilidade na cotonicultura: resumos... Brasília, DF: Associação Brasileira dos Produtores de Algodão - Abrapa, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 17. | | SILVA, C. A. D. da; GUEDES, V. da S.; TOMÉ, M. P.; SOUSA, M. M. de; VASCONCELOS, E. D.; GALVÃO FILHO, A. L. de A. Resistência de genótipos de algodoeiros com diferentes tipos de densidades de Tricomas contra Cochonilha, Phenococcus solenopsis (Hemiptera: pseudococcidae). In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 11., 2017, Maceió. Resumos... Inovação e rentabilidade na cotonicultura: resumos... Brasília, DF: Associação Brasileira dos Produtores de Algodão - Abrapa, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 18. | | SILVA, C. A. D. da; GUEDES, V. da S.; TOMÉ, M. P.; GALVÃO FILHO, A. L. de A.; VASCONCELOS, E. D. Tabelas de fertilidade e esperança de vida de Phenacoccus solenopsis (Hemiptera: Pseudococcidae) em algodoeiros com e sem caulim. In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 11., 2017, Maceió. Resumos... Inovação e rentabilidade na cotonicultura: resumos... Brasília, DF: Associação Brasileira dos Produtores de Algodão - Abrapa, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | CARVALHO, T. da S.; SILVA, C. A. D. da; OLIVEIRA, S. R. de; VASCONCELOS, E. D.; G FILHO, A. L. de A. Trigona spinipes (Hym Nopt RA: APIDA, Meliponinae) damaging cotton plants in Paraíba State, Brazil. IN: WORLD COTTON RESEARCH CONFERENCE, 6., 2016. Goiânia, Brazil. Proceedings... England, UK: Innovation in Textiles, 2016. p. 160.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | TOMÉ, M. P.; GUEDES, V. da S; SOUSA, M. M. de; VASCONCELOS, E. D.; GALVÃO FILHO, A. L. de A.; SILVA, C. A. D. da. Mortalidade de adultos do bicudo do algodoeiro com inseticidas botânicos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 11., 2017, Maceió. Resumos... Inovação e rentabilidade na cotonicultura: resumos... Brasília, DF: Associação Brasileira dos Produtores de Algodão - Abrapa, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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