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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
17/02/2016 |
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Data da última atualização: |
17/02/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MÜLLER, B. S. F.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; ABREU, A. G.; BORBA, T. C. O.; SAKAMOTO, T.; BRONDANI, C.; BARROS, E. G.; VIANELLO, R. P. |
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Afiliação: |
BARBARA S. F. MÜLLER, BIOAGRO; GEORGIOS J. PAPPAS JUNIOR, UNB; PAULA ARIELLE M RIBEIRO VALDISSER, CNPAF; GESIMARIA RIBEIRO COSTA COELHO, CNPAF; IVANDILSON P. P. DE MENEZES, INSTITUTO FEDERAL GOIANO, Urutaí-GO; ALUANA GONCALVES DE ABREU, CNPAF; TEREZA CRISTINA DE OLIVEIRA BORBA, CNPAF; TETSU SAKAMOTO, UFMG; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; EVERALDO G. BARROS, BIOAGRO; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
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Título: |
An operational SNP panel integrated to SSR marker for the assessment of genetic diversity and population structure of the common bean. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology Reporter, v. 33, n. 6, p. 1697-1711, Dec. 2015. |
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DOI: |
10.1007/s11105-015-0866-x |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The common bean, an important source of protein and minerals for humans, complements cereals both nutritionally and as a rotation crop, supplying nitrogen and reducing soil pathogens. The aim of this study was to develop an operational SNP-based panel for common bean in order to facilitate SSR employment in genetic diversity and population structure analyses, and its use in breeding programs. A set of 88 diverse and important common bean cultivars/lines (53), landraces (33) and wild accessions (2) were genotyped. Overall, the 58 SSRs performed better at evaluating genetic diversity (Ā=7.38; He=58.7 %; PI=1.20E−45) than the 345 SNPs, of which the SSRs dinucleotides (SSR-di) were more informative (Ā=9.92; He=72.5 %; PI=3.40E−26) and a selected set of 13 SSRs (Ā=15.31/locus; He=84.5 %; PI=1.03E−19) allowed for the discrimination of all individuals. For the 345 high-quality scored SNPs a low combined PI (4.70E −119) and high PE (100 %) was obtained for the assessment of parentage and identity. The SNPs were very useful for linkage mapping in inter- (78.2 %) and intra-gene pool (17.7 %) crosses. Both markers afforded high resolution detection of inter-gene pool structure, with greater differentiation based on SNPs (K=2, FST=0.759). The SSRs-di differentiated cultivars/lines and landraces (K=3) of Mesoamerican origin. A set of 16 SSRs was selected to establish a routine and operational analysis of Genbank accessions allowing an efficient origin-based discrimination of common bean accessions. Operational genotyping panels based on SSRs and SNPs were derived, contributing to the growing integration of genomics with molecular breeding programs of the common bean. MenosThe common bean, an important source of protein and minerals for humans, complements cereals both nutritionally and as a rotation crop, supplying nitrogen and reducing soil pathogens. The aim of this study was to develop an operational SNP-based panel for common bean in order to facilitate SSR employment in genetic diversity and population structure analyses, and its use in breeding programs. A set of 88 diverse and important common bean cultivars/lines (53), landraces (33) and wild accessions (2) were genotyped. Overall, the 58 SSRs performed better at evaluating genetic diversity (Ā=7.38; He=58.7 %; PI=1.20E−45) than the 345 SNPs, of which the SSRs dinucleotides (SSR-di) were more informative (Ā=9.92; He=72.5 %; PI=3.40E−26) and a selected set of 13 SSRs (Ā=15.31/locus; He=84.5 %; PI=1.03E−19) allowed for the discrimination of all individuals. For the 345 high-quality scored SNPs a low combined PI (4.70E −119) and high PE (100 %) was obtained for the assessment of parentage and identity. The SNPs were very useful for linkage mapping in inter- (78.2 %) and intra-gene pool (17.7 %) crosses. Both markers afforded high resolution detection of inter-gene pool structure, with greater differentiation based on SNPs (K=2, FST=0.759). The SSRs-di differentiated cultivars/lines and landraces (K=3) of Mesoamerican origin. A set of 16 SSRs was selected to establish a routine and operational analysis of Genbank accessions allowing an efficient orig... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Diversity pattern; Genetic structure; Molecular breeding. |
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Thesagro: |
Feijão; Phaseolus vulgaris; Variação genética. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
LEADER 02750naa a2200325 a 4500
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Registros recuperados : 52 | |
| 2. |  | GOMES, A.; TADINI, A. M.; MILORI, D. M. B. P. Análise de ácidos húmicos da Amazônia por fluorescência 2D e 3D. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 13., 2021, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação, 2021. Editores técnicos: Alexandre Berndt, Ana Rita de Araujo Nogueira, Lea Chapaval Andri, Marcelo Mattos Cavallari, Manuel Antonio Chagas Jacinto. 51| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 4. | | TADINI, A. M.; NICOLODELLI, G.; MONTES, C. R.; MOUNIER, S.; PEREIRA, D. M. B. Caracterização da matéria orgânica de podzóis da região Amazônica. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 8., 2016, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2016. p.40. Editores técnicos: Wilson Tadeu Lopes da Silva, José Manoel Marconcini, Maria Alice Martins, Lucimara Aparecida Forato, Paulino Ribeiro Villas Boas. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 61).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 5. | | WATANABE, A.; TADINI, A. M.; NICOLODELLI, G.; PEREIRA, D. M. B. Caracterização de um sistema LIBS com pulso duplo operando em modo ortogonal para aplicação em solos. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 8., 2016, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2016. p.39. Editores técnicos: Wilson Tadeu Lopes da Silva, José Manoel Marconcini, Maria Alice Martins, Lucimara Aparecida Forato, Paulino Ribeiro Villas Boas. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 61).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 7. | | TADINI, A. M.; NICOLODELLI, G.; MONTES, C. R.; MOUNIER, S.; MILORI, D. M. B. P. Caracterização de ácidos húmicos e fúlvicos extraídos de solos amazônicos empregando o MEE-CP/PARAFAC. In: VIEIRA, E. M.; BENETTI, F.; DICK, D. P.; PIGATIN, L. B. F. Substâncias húmicas e matéria orgânica natural. São Carlos: RiMA, p. 9-19, 2017.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 8. | | GOMES, A.; GUIMARÃES, F. E. G.; MILORI, D. M. B. P.; TADINI, A. M. Estudo da estrutura química de componentes da matéria orgânica de solos amazônicos. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 12., 2020, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2020. Editores técnicos: Cristiane Sanchez Farinas, Daniel Souza Corrêa, José Manoel Marconcini, Maria Fernanda Berlingieri Durigan, Paulo Sérgio de Paula Herrmann Junior. Embrapa Instrumentação. Documentos, 71.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 12. | | TADINI, A. M.; NICOLODELLI, G.; MOUNIER, S.; MONTES, C. R.; MILORI, D. M. B. P. Study of the interaction between of humic and fulvic acids extraced from soils of the amazon region with copper (II) using analysis of quenching. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SOIL ORGANIC MATTER, 5., 2015, Göttingen, Germany. Program... Göttingen, Germany: SOM, 2015. 2 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 14. | | PEDROSA, C. L. F.; TADINI, A. M.; GONÇALVES, E. C.; SOUZA, E. D. de; MARTIN NETO, L. Análise da qualidade da Matéria Orgânica do Solo em sistemas de manejo de culturas de algodão. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 13., 2021, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação, 2021. Editores técnicos: Alexandre Berndt, Ana Rita de Araujo Nogueira, Lea Chapaval Andri, Marcelo Mattos Cavallari, Manuel Antonio Chagas Jacinto.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 15. | | HUAMÁN, J. L. C.; TADINI, A. M.; SENESI, G. S.; MOUNIER, S.; MILORI, D. M. B. P.; NICOLODELLI, G. Characterization of an Amazon Soil Profile by Laser-Induced Breakdown, Raman, and Fluorescence Spectroscopies. Minerals, v. 13, 553, 2023. 9 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 16. | | TADINI, A. M.; HAJJOUL, H.; NICOLODELLI, G.; MOUNIER, S.; MONTES, C. R.; MILORI, D. M. B. P. Characterization of organic matter in spodosol amazonian by fluorescence spectroscopy. In: WORD ACADEMY OF SCIENCE ENGINEERING OF TECHNOLOGY, v. 11, n. 5, P. 399-402, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
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| 17. | | TADINI, A. M.; XAVIER, A. A. P.; MARTIN NETO, L.; MILORI, D. M. B. P.; BERNARDI, A. C. de C. Integrated crop-livestock-forest systems: soil carbon sequestration and organic matter stabilization as detected by laserbased spectroscopies. In: EGU GENERAL ASSEMBLY, 2020, Vienna, Austria. Abstracts... Vienna, EGU, 2020.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | MARTIN NETO, L.; TADINI, A. M.; BENTO, L. R.; SANTOS, L. V. dos; MILORI, D. M. B. P. Estrutura e natureza química da matéria orgânica do solo. BETTIOL, W.; SILVA, C. A.; CERRI, C. E. P.; MARTIN NETO, L.; ANDRADE, C. A. de (ed.). Entendendo a matéria orgânica do solo em ambientes tropical e subtropical. Brasília, DF: Embrapa, 2023. 145 - 184| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 20. | | CARVALHO, M. A. R.; TADINI, A. M.; BERNARDI, A. C. C.; MILORI, D. M. B. P.; MARTIN NETO, L. Determinação de carbono em solos de mata nativa e de sistemas integrados de produção empregando espectrometria de emissão óptica com plasma induzido por laser (LIBS). In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 11., 2019, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação, 2019. Editores técnicos: Alexandre Berndt, Ana Rita de Araujo Nogueira, Lea Chapaval, Marcelo Mattos Cavallari, Manuel Antonio Chagas Jacinto. 14 Embrapa Pecuária Sudeste, Documentos, 134.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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