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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
25/01/2022 |
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Data da última atualização: |
11/04/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CINTRA, L. A.; SOUZA, T. B. de; PARTEKA, L. M.; BARRETO, L. M.; PEREIRA, L. F. P.; GAETA, M. L.; GUYOT, R.; VANZELA, A. L. L. |
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Afiliação: |
LEONARDO ADABO CINTRA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; THAÍSSA BOLDIERI DE SOUZA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LETÍCIA MARIA PARTEKA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LUCAS MESQUITA BARRETO, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, CNPCa; MARCOS LETAIF GAETA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; ROMAIN GUYOT, CIRAD; ANDRÉ LUÍS LAFORGA VANZELA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA. |
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Título: |
An 82 bp tandem repeat family typical of 3' non-coding end of Gypsy/TAT LTR retrotransposons is conserved in Coffea spp. pericentromeres. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Genome, v.65, n. 3, p. 137-181, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1139/gen-2021-0045 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Date of Electronic Publication: 2021 Nov 02. |
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Conteúdo: |
Coffea spp. chromosomes are very small and accumulate a variety of repetitive DNA families around the centromeres. However, the proximal regions of Coffea chromosomes remain poorly understood, especially regarding the nature and organisation of the sequences. Taking advantage of the genome sequences of C. arabica (2n = 44), C. canephora, and C. eugenioides (C. arabica progenitors with 2n = 22) and good coverage genome sequencing of dozens of other wild Coffea spp., repetitive DNA sequences were identified, and the genomes were compared to decipher particularities of pericentromeric structures. The searches revealed a short tandem repeat (82 bp length) typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, named Coffea_sat11. This repeat organises clusters with fragments of other transposable elements, comprising regions of non-coding RNA production. Cytogenomic analyses showed that Coffea_sat11 extends from the pericentromeres towards the middle of the chromosomal arms. This arrangement was observed in the allotetraploid C. arabica chromosomes, as well as in its progenitors. This study improves our understanding of the role of the Gypsy/TAT LTR retrotransposon lineage in the organisation of Coffea pericentromeres, as well as the conservation of Coffea_sat11 within the genus. The relationships between fragments of other transposable elements and the functional aspects of these sequences on the pericentromere chromatin were also evaluated. Highlights: A scattered short tandem repeat, typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, associated with several fragments of other transposable elements, accumulates in the pericentromeres of Coffea chromosomes. This arrangement is preserved in all clades of the genus and appears to have a strong regulatory role in the organisation of chromatin around centromeres. MenosCoffea spp. chromosomes are very small and accumulate a variety of repetitive DNA families around the centromeres. However, the proximal regions of Coffea chromosomes remain poorly understood, especially regarding the nature and organisation of the sequences. Taking advantage of the genome sequences of C. arabica (2n = 44), C. canephora, and C. eugenioides (C. arabica progenitors with 2n = 22) and good coverage genome sequencing of dozens of other wild Coffea spp., repetitive DNA sequences were identified, and the genomes were compared to decipher particularities of pericentromeric structures. The searches revealed a short tandem repeat (82 bp length) typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, named Coffea_sat11. This repeat organises clusters with fragments of other transposable elements, comprising regions of non-coding RNA production. Cytogenomic analyses showed that Coffea_sat11 extends from the pericentromeres towards the middle of the chromosomal arms. This arrangement was observed in the allotetraploid C. arabica chromosomes, as well as in its progenitors. This study improves our understanding of the role of the Gypsy/TAT LTR retrotransposon lineage in the organisation of Coffea pericentromeres, as well as the conservation of Coffea_sat11 within the genus. The relationships between fragments of other transposable elements and the functional aspects of these sequences on the pericentromere chromatin were also evaluated. Highlights: A scattered short tandem repeat, typi... Mostrar Tudo |
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Thesaurus Nal: |
Chromosomes; Coffea; DNA probes; Genome. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aCoffea spp. chromosomes are very small and accumulate a variety of repetitive DNA families around the centromeres. However, the proximal regions of Coffea chromosomes remain poorly understood, especially regarding the nature and organisation of the sequences. Taking advantage of the genome sequences of C. arabica (2n = 44), C. canephora, and C. eugenioides (C. arabica progenitors with 2n = 22) and good coverage genome sequencing of dozens of other wild Coffea spp., repetitive DNA sequences were identified, and the genomes were compared to decipher particularities of pericentromeric structures. The searches revealed a short tandem repeat (82 bp length) typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, named Coffea_sat11. This repeat organises clusters with fragments of other transposable elements, comprising regions of non-coding RNA production. Cytogenomic analyses showed that Coffea_sat11 extends from the pericentromeres towards the middle of the chromosomal arms. This arrangement was observed in the allotetraploid C. arabica chromosomes, as well as in its progenitors. This study improves our understanding of the role of the Gypsy/TAT LTR retrotransposon lineage in the organisation of Coffea pericentromeres, as well as the conservation of Coffea_sat11 within the genus. The relationships between fragments of other transposable elements and the functional aspects of these sequences on the pericentromere chromatin were also evaluated. Highlights: A scattered short tandem repeat, typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, associated with several fragments of other transposable elements, accumulates in the pericentromeres of Coffea chromosomes. This arrangement is preserved in all clades of the genus and appears to have a strong regulatory role in the organisation of chromatin around centromeres.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 16 | |
| 4. |  | AMARO, G. B.; SOUSA, R. M. de D. de; LOPES, J. F.; PEIXOTO, J. R. Diversidade genética entre acessos do banco ativo de germoplasma de batata-doce mantido na Embrapa Hortaliças. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA A AMÉRICA LATINA E CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Recursos genéticos no século 21: de Vavilov a Svalbard: anais... [s.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2015. Editores técnicos: Rodrigo Cezar Franzon, Caroline Marques Castro, Alexandre Floriani Ramos, Sueli Correa Marques de Mello. SIRGEALC. p. 157| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 8. | | SOUSA, R. M. de D. de; MORETTI, C. L.; MACHADO, C. M. M.; MATTOS, L. M.; TRANQUEIRA, P. M. Perfil de pigmentos carotenóides em polpa pasteurizada de resíduos de minicenouras durante o armazenamento em diferentes condições ambientais. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DOS ALIMENTOS, 21.; SEMINÁRIO LATINOAMERICANO E DO CARIBE DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE ALIMENTOS, 15., 2008, Belo Horizonte. Anais... Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Ciência e Tecnologia de Alimentos, 2008. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 9. | | PINHEIRO, V. L.; CASCELLI, S.; SOUSA, R. M. de D. de; MACHADO, C. M. M.; RIBEIRO, C. S. da C. Processamento artesanal de pimentas (Capsicum spp.). In: ENCONTRO NACIONAL DO AGRONEGÓCIO PIMENTAS (CAPSICUM spp.), 2.; MOSTRA NACIONAL DE PIMENTAS E PRODUTOS DERIVADOS, 2., 2006, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Hortaliças, 2006. 7 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 10. | | SOUSA, R. M. de D. de; MORETTI, C. L.; MACHADO, C. M. M.; MATTOS, L. M.; TRANQUEIRA, A. P. M. Uso de análise sensorial como ferramenta para a escolha de formulações de macarrão enriquecido com farinha de mini cenouras. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DOS ALIMENTOS, 21.; SEMINÁRIO LATINOAMERICANO E DO CARIBE DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE ALIMENTOS, 15., 2008, Belo Horizonte. Anais... Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Ciência e Tecnologia de Alimentos, 2008. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 11. | | NOBREGA, D. da S.; PEIXOTO, J. R.; VILELA, M. S.; FALEIRO, F. G.; GOMES, K. de P. S.; SOUSA, R. M. de D. de; NOGUEIRA, I. Agronomic descriptors and ornamental potential of passion fruit species. Ornamental Horticulture, v. 23, n. 3, p. 357-362, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 12. | | MACHADO, C. M. M.; MELO, P. E. de; SOUSA, R. M. de D. de; MENDES, E. T. de L. R.; BRUNE, S. Aptidão culinária de cultivares de batata determinada por análise sensorial. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 24, n. 1, jul. 2006. Suplemento 1. Resumo 575. Trabalho apresentado no 46. Congresso Brasileiro de Olericultura, Goiânia, 2006. Publicado também como resumo expandido na Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 24, n. 2, p. 2292, jul. 2006. Suplemento 2. CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 14. | | SOUSA, R. M. de D. de; PEIXOTO, J. R.; AMARO, G. B.; VILELA, M. S.; CARMONA, P. A. O.; CARMONA, R.; THOMÉ, K. M. Morphoagronomic characterization of sweet potato accessions from the germplasm bank of Embrapa Hortaliças. Bioscience Journal, v. 35, n. 6, p. 1708-1717, Nov./Dec. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 16. | | VENDRAME, L. P. de C.; AMARO, G. B.; SILVA, G. O. da; MELO, R. A. de C. e; SOUSA, R. M. de D. de. Seleção de clones de batata-doce de polpa roxa do banco ativo de germoplasma mantido na Embrapa Hortaliças. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 557-558| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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