| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|
Data corrente: |
06/08/2008 |
|
Data da última atualização: |
05/02/2025 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
|
Autoria: |
TOGAWA, R. C.; RIBEIRO, C.; MAZONI, I.; PELLIGRINELLI, T.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. |
|
Afiliação: |
Roberto Coiti Togawa, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Cristina Ribeiro, UFMG; Ivan Mazoni, Embrapa Informação Tecnógica; Thais Vital Pelligrinelli, Embrapa Informação Tecnógica; José Gilberto Jardine, Embrapa Informação Tecnógica; Goran Neshich, Embrapa Informação Tecnógica. |
|
Título: |
The table of interface forming residues as the specificity indicator for serine proteases bound to different inhibitors. |
|
Ano de publicação: |
2008 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS & COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, Georgia. Las Vegas Nevada: CSREA, 2008, p. 811-817. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
BIOCOMP 2008. WORLDCOMP'08 |
|
Conteúdo: |
We propose a novel method for defining the exclusive and exhaustive table of serine proteases specificity determining interface forming residues (IFR). The IFR are obtained by "hard body docking" among 73 structurally aligned, sequence wise non redundant, serine protease structures, with 3 inhibitors: ecotine, ovomucoid third domain inhibitor and basic pancreatic trypsin inhibitors. In silico constructed complexes offered a condition for determining which residues are participating, from both enzyme and inhibitor side, in the ensemble of amino acids that upon biding loose contact with a solvent. Our focus is on offering a thorough study on how the specificity is achieved among serine proteases even though they have very little difference in their tertiary structure (specifically if the position of catalytic triad residues is considered). Presented table of serine protease specificity based on IFR position occupation show clear variations among sub families such as: trypsines, chymotrypsines, elastases and thrombines. |
|
Palavras-Chave: |
Aminoácidos; Enzyme specificity; Especificidade enzimática; Hard body docking; Interface formando resíduos; Interface forming residues; Proteases de serina. |
|
Thesagro: |
Enzima. |
|
Thesaurus Nal: |
Enzymes; Serine proteinases. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 02051nam a2200301 a 4500
001 1191302
005 2025-02-05
008 2008 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aTOGAWA, R. C.
245 $aThe table of interface forming residues as the specificity indicator for serine proteases bound to different inhibitors.$h[electronic resource]
260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS & COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, Georgia. Las Vegas Nevada: CSREA, 2008, p. 811-817.$c2008
500 $aBIOCOMP 2008. WORLDCOMP'08
520 $aWe propose a novel method for defining the exclusive and exhaustive table of serine proteases specificity determining interface forming residues (IFR). The IFR are obtained by "hard body docking" among 73 structurally aligned, sequence wise non redundant, serine protease structures, with 3 inhibitors: ecotine, ovomucoid third domain inhibitor and basic pancreatic trypsin inhibitors. In silico constructed complexes offered a condition for determining which residues are participating, from both enzyme and inhibitor side, in the ensemble of amino acids that upon biding loose contact with a solvent. Our focus is on offering a thorough study on how the specificity is achieved among serine proteases even though they have very little difference in their tertiary structure (specifically if the position of catalytic triad residues is considered). Presented table of serine protease specificity based on IFR position occupation show clear variations among sub families such as: trypsines, chymotrypsines, elastases and thrombines.
650 $aEnzymes
650 $aSerine proteinases
650 $aEnzima
653 $aAminoácidos
653 $aEnzyme specificity
653 $aEspecificidade enzimática
653 $aHard body docking
653 $aInterface formando resíduos
653 $aInterface forming residues
653 $aProteases de serina
700 1 $aRIBEIRO, C.
700 1 $aMAZONI, I.
700 1 $aPELLIGRINELLI, T.
700 1 $aJARDINE, J. G.
700 1 $aNESHICH, G.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 109 | |
| 2. |  | SOUSA, A. C. B. de. Estudos genético moleculares em forrageiras tropicais. 2010. 225 f. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular; área de Genética Vegetal e Melhoramento) - Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas. Orientadora: Profa. Dra. Anete Pereira de Souza. Co-orientadora: Dra. Liana Jank, CNPGC.| Tipo: Orientação de Tese de Pós-Graduação |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
|    |
| 4. | | SOUSA, A. C. B.; CAMPOS, T.; CARVALHO, M. A.; JUNGMANN, L.; JANK, L.; SOUZA, A. P. Microsatellite markers: cross amplification and genetic studies in Centrosema species. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON THE MOLECULAR BREEDING OF FORAGE AND TURF: MBFT, 2010, 6., 2010, Buenos Aires. [Resumos...]. Buenos Aires: Ediciones INTA, 2010. p. 123124| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
| |
| 6. | | SANO, S. M.; RAMOS, F. T. M.; SOUSA, A. C. S. A.; JUNQUEIRA, N. T. V. Estimativa de produção de óleo de baru. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURA E BIODIESEL, 6., 2009, Montes Claros. Revista de resumos... Lavras: UFLA, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 11. | | SOUSA, A. C. B.; JANK, L.; CAMPOS, T.; SFORÇA, D. A.; JUNGMANN, L.; SOUZA, A. P. Caracterização molecular do banco de germoplasma de Panicum maximum Jacq. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE CORTE,5., 2009, Campo Grande, MS. [Anais da ...]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2009. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
|  |
| 13. | | SOUSA, A. C. B.; BOAVENTURA, L. R.; SILVA, G. M. B.; JUNGMANN, L.; SOUZA, A. P. Caracterização molecular de genótipos tetraplóides selecionados do germoplasma de panicum maximum. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE CORTE, 4., 2008, Campo Grande, MS. Anais [da]... Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2008. 1 CD-ROM. Editores técnicos Valdemir Antônio Laura, Paulo Henrique Nogueira Biscola. 1 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
| |
| 16. | | SOUSA, A. C. B. de; JANK, L.; CAMPOS, T. de; SFORÇA, D. A.; ZUCCHI, M. I.; SOUZA, A. P. de. Molecular diversity and genetic structure of guineagrass (Panicum maximum Jacq.), a tropical pasture grass. Tropical Plant Biology, v.4, n.3-4, p. 185-202, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
| |
| 17. | | SOUSA, A. C. B.; CARVALHO, M. A.; CAMPOS, T.; ZUCCHI, M. I.; JANK, L.; SOUZA, A. P. Molecular diversity, genetic structure and mating system of Calopogonium mucunoides Desv. Genetic Resources and Crop Evolution, v.59, n.8, p.1449-1464, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
| |
| 18. | | MOURA, M. C. C. L.; QUEIROZ, M. A. de; LIMA, J. A. A.; SOUSA, A. C. C. Obtencao de isolados virais em cucurbitaceas e avaliacao de genotipos de abobora e maxixe para fontes de resistencia a dois potyvirus. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 18, p. 524-526, 2000. Suplemento. Edição dos Resumos do 40 Congresso Brasileiro de Olericultura; 2 Congresso Ibero-Americano sobre Utilização de Plástico na Agricultura; 1 Simpósio Latino-Americano de Produção de Plantas Medicinais, Aromáticas e Condimentares,...| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 19. | | ARAÚJO, F. S.; SALVIANO, A. A. C.; LEITE, L. F. C.; SOUZA, Z. M. de; SOUSA, A. C. M. de. Physical quality of a yellow latossol under integrated crop-livestock system. Revista Brasileira de Ciência do Solo, Viçosa, MG, v. 34, n. 3, p. 717-723, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
| |
| 20. | | SOUSA, A. C. B.; CAMPOS, T.; CARVALHO, M. A.; CANCADO, L. J.; JANK, L.; SOUZA, A. P. P-68 microsatellite markers: cross amplification and genetic studies in Centrosema species. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON THE MOLECULAR BREEDING OF FORAGE AND TURF: MBFT, 2010, 6., 2010, Buenos Aires. (Resumos...) Buenos Aires: Ediciones INTA, 2010. p. 123-124| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| Registros recuperados : 109 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
