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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
25/04/2006 |
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Data da última atualização: |
17/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SIMÕES, M.; BAHIA, D.; TORRES, K.; ZERLOTINI NETO, A.; ARTIGUENAVE, F.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G.; OLIVEIRA, G. |
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Afiliação: |
MARIANA SIMÕES, Fiocruz; DIANA BAHIA, Fiocruz; KLEIDER TORRES, Fiocruz; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANÇOIS ARTIGUENAVE, Fiocruz; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; GORAN NESIC, CNPTIA; GUILHERME OLIVEIRA, Fiocruz. |
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Título: |
SNP identification in Schistosoma mansoni expressed genes. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. |
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Páginas: |
p. 131. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-meeting 2005. Presented Posters. Na publicação: Paula Kuser. |
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Conteúdo: |
Schistosomes are parasitic platyhelminths that cause a chronic. often debilitating disease afflicting over 200 million people worldwide. The study of genetic polymorphisms in Schistosomes is important for vaccine and drug development, in addition to the understanding of the genetic structure of populations. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most frequent form of DNA variation, they are abundant and have low mutation rates. SNPs are thought to be the next generation of genetic markers that can be used in many of important biological, genetic, pharmacological and medical applications (Thiel et al, 2004). The aim of this project is to identify in silico SNPs (Useche et al, 2001) in ESTs of Schistosoma mansoni, verify their presence in vaccine and drug target candidates and validate putative SNPs using the cathepsin B gene as a model. The S mansoni cathepin B is a proteolytic enzyme that has been evaluated for development of vaccines and new drugs. It is expressed in the parasite gut and it is believed to function in the digestion of haemoglobin, the main nutrient source for the parasite (Sajid and McKerrow, 2002.) The source of ESTs were 61.002 ESTs generated by Minas Gerais Genome Network, all with quality files base called by Phred (Ewing and Green et al, 2004). The sequences were clustered using Phrap, followed by the identification of putative SNPs applying a novel detection algorithm written by our group, cSNPer. A pre-selection of candidate sequence polymorphisms was conducted and SNPs in the cathepsin B gene, among others, were identified. The quality of the DNA sequences and individual SNPs were assessed by visual inspection with reference to chromatograms. Sixteen SNPs were identified, 44% were transitions and 56% transversions, 62% synonym mutations and 38% non-synonym mutations. The majority of the polymorphisms were in the third codon base. We are now pursuing the characterization of the possible effect of the polymorphisms in the structure of the cathepsin B protein. MenosSchistosomes are parasitic platyhelminths that cause a chronic. often debilitating disease afflicting over 200 million people worldwide. The study of genetic polymorphisms in Schistosomes is important for vaccine and drug development, in addition to the understanding of the genetic structure of populations. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most frequent form of DNA variation, they are abundant and have low mutation rates. SNPs are thought to be the next generation of genetic markers that can be used in many of important biological, genetic, pharmacological and medical applications (Thiel et al, 2004). The aim of this project is to identify in silico SNPs (Useche et al, 2001) in ESTs of Schistosoma mansoni, verify their presence in vaccine and drug target candidates and validate putative SNPs using the cathepsin B gene as a model. The S mansoni cathepin B is a proteolytic enzyme that has been evaluated for development of vaccines and new drugs. It is expressed in the parasite gut and it is believed to function in the digestion of haemoglobin, the main nutrient source for the parasite (Sajid and McKerrow, 2002.) The source of ESTs were 61.002 ESTs generated by Minas Gerais Genome Network, all with quality files base called by Phred (Ewing and Green et al, 2004). The sequences were clustered using Phrap, followed by the identification of putative SNPs applying a novel detection algorithm written by our group, cSNPer. A pre-selection of candidate sequence polymorph... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Schistosoma mansoni. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 17 | |
| 9. |  | ALCANTARA, R. N. de; COSTA, N. de F.; SILVA JUNIOR, J. F. da; NOGUEIRA, L. C.; SILVA JUNIOR, C. D. da; SILVA, E. C. da. Avaliação do crescimento inicial de dois genótipos de mangabeira em área de restinga de Sergipe. In: REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÂNICA, 33., 2010, Aracaju. Flora nordestina: diversidade, conhecimento e conservação: anais. Aracaju: SBB: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2010. 1 CD-ROM. Resumo em anais.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 10. | | MELO, A. S. de; SILVA JÚNIOR, C. D. da; FERNANDES, P. D.; SOBRAL, L. F.; BRITO, M. E. B.; DANTAS, J. D. M. Alterações das características fisiológicas da bananeira sob condições de fertirrigação. Ciência Rural, Santa Maria, v. 39, n. 3, p. 733-741, maio/jun. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 11. | | SANTOS, P. A. A.; SILVA JUNIOR, C. D. da; SILVA, E. C. da; NOGUEIRA, L. C.; SILVA JUNIOR, J. F. da. Avaliação das trocas gasosas em seis genótipos de mangabeira em condições de campo. In: REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÂNICA, 33., 2010, Aracaju. Flora nordestina: diversidade, conhecimento e conservação: anais. Aracaju: SBB: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2010. 1 CD-ROM. Resumo em anais.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 12. | | COSTA, N. de F. C.; MENDONÇA, A. M. das C.; SANTOS, P. A. A.; NOGUEIRA, L. C.; SILVA JUNIOR, C. D. da; SILVA, E. C. da. Potencial hídrico foliar e teor relativo de água em quatro genótipos de mangabeira em ambiente de restinga de Sergipe. In: REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÂNICA, 33., 2010, Aracaju. Flora nordestina: diversidade, conhecimento e conservação: anais. Aracaju: SBB: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2010. 1 CD-ROM. Resumo em anais.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 13. | | COSTA, N. de F.; ALCANTARA, R. N. de; SANTOS, P. A. A.; SILVA JUNIOR, J. F. da; NOGUEIRA, L. C.; SILVA JUNIOR, C. D. da; SILVA, E. C. da. Avaliação do crescimento de quatro genótipo de mangabeira em ambiente de restinga de Sergipe. In: REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÂNICA, 33., 2010, Aracaju. Flora nordestina: diversidade, conhecimento e conservação: anais. Aracaju: SBB: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2010. 1 CD-ROM. Resumo em anais.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 14. | | MOURA, C. R. F.; DANTAS, J. D. de M.; SILVA, T. L. da; PAULA, J. W. A. de; QUIRINO, Z. B. de R.; VIÉGAS, P. R. A.; SILVA JÚNIOR, C. D. da; OLIVEIRA, L. M. de; MOREIRA, M. A.; NUNES, M. U. C. Efeito de diferentes substratos orgânicos sobre o crescimento de mudas de tomateiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCIEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007. p. 110.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 15. | | MOURA, C. R. F.; DANTAS, J. D. de M.; SILVA, T. L. da; PAULA, J. W. A. de; QUIRINO, Z. B. de R.; VIÉGAS, P. R. A.; SILVA JÚNIOR, C. D. da; OLIVEIRA, L. M. de; MOREIRA, A. A.; NUNES, M. U. C. Efeito de diferentes substratos orgânicos sobre o crescimento de mudas de tomateiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 16. | | SANTOS, M. da C.; DANTAS, J. D. de M.; SILVA, T. L. da; PAULA, J. W. A. de; BONFIM, L. V.; MACÊDO, F. L. de; VIÉGAS, P. R. A.; SILVA JÚNIOR, C. D. da; MOREIRA, M. A.; OLIVEIRA, L. M. de; NUNES, M. U. C. Comportamento fisiológico de mudas de meloeiro cultivado em quatro diferentes substratos orgânicos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCIEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 17. | | SANTOS, M. da C.; DANTAS, J. D. de M.; SILVA, T. L. da; PAULA, J. W. A. de; BONFIM, L. V.; MACÊDO, F. L. de; VIÉGAS, P. R. A.; SILVA JÚNIOR, C. D. da; MOREIRA, M. A.; OLIVEIRA, L. M. de; NUNES, M. U. C. Comportamento fisiológico de mudas de meloeiro cultivado em quatro diferentes substratos orgânicos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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