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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com rosangela.lacerda@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
17/12/2013 |
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Data da última atualização: |
15/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
McCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G. R.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. de A.; ALBUQUERQUE, M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; SIMPSON, B.; MARQUES, E.; McEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; WILLIAMS, R.; TASSELL, C. P. V. |
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Afiliação: |
MATTHEW C. McCLURE, USDA; TAD S. SONSTEGARD, USDA; GEORGE R. WIGGANS, USDA; ALISON L. VAN EENENNAAM, University of California - Davis; KRISTINA L. WEBER, University of California-Davis; CECILIA T. PENEDO, University of California-Davis; DONAGH P. BERRY, Animal and Grassland Research and Innovation Centre, Ireland; JOHN FLYNN, Weatherbys DNA Laboratory, Ireland; JOSÉ F. GARCIA, UNESP; ADRIANA S. CARMO, Deoxi Biotecnologia, Araçatuba; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; MILLA ALBUQUERQUE, USP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MIKE COFFEY, SRUC, Scotland; KIRSTY MOORE, SRUC, Scotland; MARIE-YVONNE BOSCHER, LABOGENA, France; LUCIE GENESTOUT, LABOGENA, France; RAFFAELE MAZZA, Italian Breeders Association, Roma; JEREMY F. TAYLOR, University of Missouri-Columbia; ROBERT D. SCHNABEL, University of Missouri-Columbia; BARRY SIMPSON, GeneSeek, Neogen Company, Lincoln, USA; ELISA MARQUES, GeneSeek, Neogen Company, Lincoln, USA; JOHN C. McEWAN, AgResearch, Invermay Agricultural Centre, New Zealand; ANDREW CROMIE, Irish Cattle Breeding Federation, Ireland; LUIZ L. COUTINHO, ESALQ/USP; LARRY A. KUEHN, USDA-ARS; JOHN W. KEELE, USDA-ARS; EMILY K. PIPER, University of Queensland, Australia; JIM COOK, University of New England, Australia; ROBERT WILLIAMS, American-International Charolais Association, USA; CURTIS P. VAN TASSELL, USDA. |
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Título: |
Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple Bos taurus and Bos indicus breeds. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 4, n. 176, 2013. |
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Páginas: |
11 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
To assist cattle producers transition from microsatellite (MS) to single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping for parental verification we previously devised an effective and inexpensive method to impute MS alleles from SNP haplotypes. While the reported method was verified with only a limited data set (N = 479) from Brown Swiss, Guernsey, Holstein, and Jersey cattle, some of the MS-SNP haplotype associations were concordant across these phylogenetically diverse breeds. This implied that some haplotypes predate modern breed formation and remain in strong linkage disequilibrium. To expand the utility of MS allele imputation across breeds, MS and SNP data from more than 8000 animals representing 39 breeds (Bos taurus and B. indicus) were used to predict 9410 SNP haplotypes, incorporating an average of 73 SNPs per haplotype, for which alleles from 12 MS markers could be accurately be imputed. Approximately 25% of the MS-SNP haplotypes were present in multiple breeds (N = 2 to 36 breeds). These shared haplotypes allowed for MS imputation in breeds that were not represented in the reference population with only a small increase in Mendelian inheritance inconsistancies. Our reported reference haplotypes can be used for any cattle breed and the reported methods can be applied to any species to aid the transition from MS to SNP genetic markers. While ~91% of the animals with imputed alleles for 12 MS markers had ≤1 Mendelian inheritance conflicts with their parents' reported MS genotypes, this figure was 96% for our reference animals, indicating potential errors in the reported MS genotypes. The workflow we suggest autocorrects for genotyping errors and rare haplotypes, by MS genotyping animals whose imputed MS alleles fail parentage verification, and then incorporating those animals into the reference dataset. MenosTo assist cattle producers transition from microsatellite (MS) to single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping for parental verification we previously devised an effective and inexpensive method to impute MS alleles from SNP haplotypes. While the reported method was verified with only a limited data set (N = 479) from Brown Swiss, Guernsey, Holstein, and Jersey cattle, some of the MS-SNP haplotype associations were concordant across these phylogenetically diverse breeds. This implied that some haplotypes predate modern breed formation and remain in strong linkage disequilibrium. To expand the utility of MS allele imputation across breeds, MS and SNP data from more than 8000 animals representing 39 breeds (Bos taurus and B. indicus) were used to predict 9410 SNP haplotypes, incorporating an average of 73 SNPs per haplotype, for which alleles from 12 MS markers could be accurately be imputed. Approximately 25% of the MS-SNP haplotypes were present in multiple breeds (N = 2 to 36 breeds). These shared haplotypes allowed for MS imputation in breeds that were not represented in the reference population with only a small increase in Mendelian inheritance inconsistancies. Our reported reference haplotypes can be used for any cattle breed and the reported methods can be applied to any species to aid the transition from MS to SNP genetic markers. While ~91% of the animals with imputed alleles for 12 MS markers had ≤1 Mendelian inheritance conflicts with their parents' reported MS ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Imputation; Microsatellite; Parentage verification; SNP; STR. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 1. |  | NASCIMENTO, A. DOS S.; SANTOS, R. G.; AUD, F. F.; SANTOS, G. S. Aerofotogrametria e Cálculo do índice VARI (Visible Atmospherically Resistant Index) dos BAGs de Mandioca, Banana e Abacaxi usando Drones e Sensores RGB. In:JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 17., 2023. Agricultura Digital. Transformando o futuro rural. Cruz das Almas, BA: Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2025. p. 15. (Embrapa Mandioca e Fruticultura. Eventos Técnicos & Científicos, 002)| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 2. | | DELFINO, D. C.; SANTOS, R. G. E.; PROCÓPIO, D. P.; CORRÊA, S. R. S. Distribuição do Pronaf Mais Alimentos nas unidades federativas em 2015-2017. Revista de Política Agrícola, Brasília, DF, n. 27, n. 4, p. 28-36, out./nov. 2018 Título em inglês: Distribution analysis of Pronaf Mais Alimentos in Brazilian Federative Units in the period from 2015 to 2017.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 3. | | SILVA, I. S.; SANTOS, R. G. de B.; NOGUEIRA, E. T.; BARROS, A. P. A.; BIASOTO, A. C. T. Influência do uso de chip de Carvalho Francês na composição físico-química e colorimétrica de vinho tinto da cultivar Syrah. Research, Society and Development, v. 9, n. 12, p. e37491211111, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 4. | | SILVA, I. S.; NOGUEIRA, E. T.; BARROS, A. P. A.; SANTOS, R. G. de B.; SILVA, L. F. da; BIASOTO, A. C. T. Influência do uso de chip de carvalho francês na composição físico-química e colorimétrica de vinho tinto "Syrah". In: ENCONTRO NACIONAL DA AGROINDÚSTRIA, 4., 2018, Bananeiras. Anais... Bananeiras: UFPB: CABA, 2018.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 5. | | BARROS, A. P. A.; SILVA, I. S.; SILVA, A. de S.; SANTOS, R. G. de B.; TORRES, L. H. P. de S.; BIASOTO, A. C. T. Influência do uso de diferentes agentes de colagem na composição físico-química e coloração do vinho branco Chenin Blanc. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE ALIMENTOS, 26., 2018, Belém, PA. O uso consciente da biodiversidade: perspectivas para o avanço da ciência e tecnologia de alimentos. Belém, PA: SBCTA:UFPA, 2018.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 6. | | FERREIRA, R. S.; VEIGA, H. P.; SANTOS, R. G. B. dos; SAIA, A.; RODRIGUES, S. C.; BEZERRA, A. F. M.; HERMES, L. C.; MOURA, A.; CUNHA, L. H. Empowering Brazilian Northeast rural communities to desalinated drinking water access: Programa Água Doce. In: THE INTERNATIONAL DESALINATION ASSOCIATION WORLD CONGRESS, 2017, São Paulo. Water reuse & desalination ensure your water future: [proceedings...]. São Paulo: International Desalination Association, 2017. p. 1-13| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 8. | | FELIPE NETO, C. A. L.; GOMES, R. V. R. de S.; SANTOS, R. G.; MENDES, C. de G.; SOUZA, F. A. de; SILVA, J. B. da; RIBEIRO, M. de F. Defensividade da abelha jandaíra (Melipona subnitida: Apidae, Meliponini) na presença da abelha limão (Lestrimelitta limao: Apidae, Meliponini). In: ENCONTRO ANUAL DE ETOLOGIA, 32.; SIMPÓSIO LATINO-AMERICANO DE ETOLOGIA, 5., 2014, Mossoró. Sentindo o futuro. Mossoró: Sociedade Brasileira de Etologia, 2014. p. 77-78.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 9. | | SOUZA, F. A. de; MENDES, C. de G.; SANTOS, R. G.; FELIPE NETO, C. A. L.; SILVA, J. B. da; GOMES, R. V. R. de S.; RIBEIRO, M. de F. Coleta de recursos e atividade externa de abelhas campeiras de Scaptotrigona sp. e Plebeia aff. flavocincta (Hymenoptera, Apidae, Meliponini) no Semiárido da Caatinga. In: ENCONTRO ANUAL DE ETOLOGIA, 32.; SIMPÓSIO LATINO-AMERICANO DE ETOLOGIA, 5., 2014, Mossoró. Sentindo o futuro. Mossoró: Sociedade Brasileira de Etologia, 2014. p. 49.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 10. | | VOLPATO, L.; CHAVES, S. F. da S.; ALVES, R. da S.; ROCHA, J. R. do A. S. de C.; SANTOS, R. G. dos; TEODORO, L. P. R.; TARDIN, F. D.; BALDONI, A. B.; MENEZES, C. B. de; RESENDE, M. D. V. de; TEODORO, P. E. Statistical methods for genetic evaluation and selection of parents and hybrids of grain sorghum. South African Journal of Botany, v. 167, p. 535-541, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 11. | | CASTILHOS, D.; POLESSO, A. M.; SILVA, A. C. F. da; SANTOS, A. B. dos; LOPES, A. T. de C.; OLIVEIRA FILHO, A. A. de; CUNHA, A. F. S. da; PUKER, A.; MATIOLI, A. L.; CAMPOS, A. A. S.; MORAIS, A. L. de; MODRO, A. F. H.; SILVEIRA NETO, A. A.; PIRES, A. de S. M.; BIASI, C.; PEIXOTO, C. M.; MERCÊS, C. da C.; CARVALHO, C. A. L. de; PAIVA, C. da S.; PEREIRA, D. S.; FREIRE, D. S.; SOUZA, D. C.; JONG, D. de; SOARES, D. A. M.; ARAÚJO NETO, E. R. de; SOUZA, E. A. de; SANTOS, E. B.; MAIA, E.; ARAÚJO, E. A. B. de; LIMA, E. G.; TEIXEIRA, E. W.; NASCIMENTO, E. G.; SILVA, F. A. S. e; CAPPELARI, F. A.; CHAGAS SOBRINHO, F.; FONTES, F. M.; OLINTO, F. A.; SILVA, F. E. J. da; BERGAMO, G. C.; RODRIGUES, G. A.; MORETTO, G.; CASADIO, G. M. L.; BOGUS, G. M.; CARVALHO, G. G. P. de; OLIVEIRA NETO, G. L. de; CASTAGNINO, G.; QUEIROZ, G. S. de; PIRES, G. P.; SILVA, H. M. da; SILVA NETO, H. B.; NUNES, H. T. de S.; OLIVEIRA, I. P. P.; SAMBRANA, I. R.; ROCHA, J. S.; BANDERÓ, J. L.; ALBUQUERQUE, J. G. S. S. de; HOLANDA NETO, J. P. de; KASTELIC, J.; GUERRA JUNIOR, J. C. V.; COSTA, J. R. da; JESUS, J. S. de; BENDINI, J.; GRAMACHO, K. P.; SOUZA, L.; LEONI, L. N.; GONÇALVES, L. S.; CESTARO, L. G.; MORAIS, L. da S.; DANTAS, L. F. C. F.; SERRA, L. S.; ABREU, L. de; BORSUK, L. C.; PINTO, L. F. B.; SILVA, L. A. da; LIMA, L. A. dos A.; FOGAÇA, M. J.; ISSA, M. R. C.; CORREIA-OLIVEIRA, M. E.; ALVES, M. L. T. M. F.; BARRETO, M. R.; REY, M. C. del; BARBOSA, M. J. de O. C.; SILVA, M. R. da; MORAIS, M. M.; VINHAL-SILVA, N.; GOMES, P. T. de O.; GUIMARÃES-BEELEN, P. M.; SOUSA, P. O. de; COSTA, P. S. C.; SOUZA, P. A. de; PAULA, R. de; MENDES, R. B.; GOMES, R. V. R. de S.; SANTOS, R. G.; NASCIMENTO, R. J. T.; SILVEIRA, R. D.; CABRAL, R. S.; TORRES, R.; BEELEN, R.; PEREIRA, R. A.; RIZZARDO, R. A. G.; CUNHA, S. A.; CELMER, S. T.; ESTEVAN, S.; ASSIS JUNIOR, S. L. de; MACIEL, S. V. S. A.; SILVA, S. J. R. da; MOREIRA, S.; SCHAFASCHEK, T. P.; BARROS, T. A. de; RUELA, T. H.; VITENA, T. M. de S.; BRIDI, T. R.; LEITE, V. M.; REIS, V. D. A. dos; NEVES, V. S. L. das; MEDEIROS, V. F. de. Varroa destructor infestation levels in Africanized honey bee colonies in Brazil from 1977 when first detected to 2020. Apidologie, v. 54, Article 5, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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