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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
28/09/2022 |
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Data da última atualização: |
28/09/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ABREU, V. A. C. de; ALVES, R. M.; SILVA, S. R.; FERRO, J. A.; DOMINGUES, D. S.; MIRANDA, V. F. O.; VARANI, A. M. |
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Afiliação: |
VINICIUS A. C. DE ABREU, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ; RAFAEL MOYSES ALVES, CPATU; SAURA R. SILVA, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; JESUS A. FERRO, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; DOUGLAS S. DOMINGUES, ESCOLA SUPERIOR DE AGRICULTURA LUIZ DE QUEIROZ; VITOR F.O. MIRANDA, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; ALESSANDRO M. VARANI, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA. |
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Título: |
Comparative analyses of Theobroma cacao and T. grandiflorum mitogenomes reveal conserved gene content embedded within complex and plastic structures. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Gene, v. 849, 146904, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.gene.2022.146904 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Unlike the chloroplast genomes (ptDNA), the plant mitochondrial genomes (mtDNA) are much more plastic in structure and size but maintain a conserved and essential gene set related to oxidative phosphorylation. Moreover, the plant mitochondrial genes and mtDNA are good markers for phylogenetic, evolutive, and comparative analyses. The two most known species in Theobroma L. (Malvaceae s.l.) genus are T. cacao, and T. grandiflorum. Besides the economic value, both species also show considerable biotechnology potential due to their other derived products, thus, aggregating additional economic value for the agroindustry. Here, we assembled and compared the mtDNA of Theobroma cacao and T. grandiflorum to generate a new genomics resource and unravel evolutionary trends. Graph-based analyses revealed that both mtDNA exhibit multiple alternative arrangements, confirming the dynamism commonly observed in plant mtDNA. The disentangled assembly graph revealed potential predominant circular molecules. The master circle molecules span 543,794 bp for T. cacao and 501,598 bp for T. grandiflorum, showing 98.9% of average sequence identity. Both mtDNA contains the same set of 39 plant mitochondrial genes, commonly found in other rosid mitogenomes. The main features are a duplicated copy of atp4, the absence of rpl6, rps2, rps8, and rps11, and the presence of two chimeric open-reading frames. Moreover, we detected few ptDNA integrations mainly represented by tRNAs, and no viral sequences were detected. Phylogenomics analyses indicate Theobroma spp. are nested in Malvaceae family. The main mtDNA differences are related to distinct structural rearrangements and exclusive regions associated with relics of Transposable Elements, supporting the hypothesis of dynamic mitochondrial genome maintenance and divergent evolutionary paths and pressures after species differentiation. MenosUnlike the chloroplast genomes (ptDNA), the plant mitochondrial genomes (mtDNA) are much more plastic in structure and size but maintain a conserved and essential gene set related to oxidative phosphorylation. Moreover, the plant mitochondrial genes and mtDNA are good markers for phylogenetic, evolutive, and comparative analyses. The two most known species in Theobroma L. (Malvaceae s.l.) genus are T. cacao, and T. grandiflorum. Besides the economic value, both species also show considerable biotechnology potential due to their other derived products, thus, aggregating additional economic value for the agroindustry. Here, we assembled and compared the mtDNA of Theobroma cacao and T. grandiflorum to generate a new genomics resource and unravel evolutionary trends. Graph-based analyses revealed that both mtDNA exhibit multiple alternative arrangements, confirming the dynamism commonly observed in plant mtDNA. The disentangled assembly graph revealed potential predominant circular molecules. The master circle molecules span 543,794 bp for T. cacao and 501,598 bp for T. grandiflorum, showing 98.9% of average sequence identity. Both mtDNA contains the same set of 39 plant mitochondrial genes, commonly found in other rosid mitogenomes. The main features are a duplicated copy of atp4, the absence of rpl6, rps2, rps8, and rps11, and the presence of two chimeric open-reading frames. Moreover, we detected few ptDNA integrations mainly represented by tRNAs, and no viral sequences were ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Genoma; Horticultura; Malvaceae; Theobroma Cacao; Theobroma Grandiflorum. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 26 | |
| 1. |  | LEMO, V. A.; FARINAS, C. S.; RODRIGUEZ-ZÚÑIGA, U. F.; COURI, S.; BERTUCCI NETO, V. Avaliação de diferentes resíduos agroindustriais como substrato para a produção de enzimas hidrolíticas por fermentação semi-sólida. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E TECNOLÓGICA; CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 16.; CONGRESSO DE INICIAÇÃO EM DESENVOLVIMENTO TECNOLÓGICO E INOVAÇÃO, 1., 2008, São Carlos, SP. Anais de eventos da UFSCar. São Carlos, SP: UFSCar, 2008. v. 4, p. 1160.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 2. | | LEMO, V. A.; FARINAS, C. S.; RODRIGUEZ-ZUNIGA, U. F.; COURI, S.; BERTUCCI NETO, V. Avaliação de diferentes resíduos agroindustriais como substrato para a produção de enzimas hidrolíticas por fermentação semi-sólida. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E TECNOLÓGICA; CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 16.; CONGRESSO DE INICIAÇÃO EM DESENVOLVIMENTO TECNOLÓGICO E INOVAÇÃO, 1., 2008, São Carlos, SP. Anais de Eventos da UFSCar... São Carlos: UFSCar, 2008. v. 4 p. 1160. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 4. | | RODRIGUEZ ZÚÑIGA, U. F.; FONSECA, R.; FARINAS, C. S.; BERTUCCI NETO, V.; CRESTANA, S. Aplicação de biorreator em colunas instrumentado em escala laboratorial para produção de celulases a partir do bagaço de cana-de-açúcar. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 2., 2010, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação Agropecuária: Embrapa Pecuária Sudeste, 2010. p. 25. (Embrapa Instrumentação Agropecuária. Documentos, 50).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 6. | | RODRIGUEZ-ZUNIGA, U. F.; LEMO, V.; FARINAS, C. S.; BERTUCCI NETO, V.; COURI, S. Evaluation of agroindustrial residues as substrates for cellulolytic enzymes production under solid state fermentation. In: ENCONTRO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE PESQUISA EM MATERIAIS - SBPMat, 7., 2008, Guarujá; BRAZILIAN MRS MEETING, 7., 2008, Guarujá. Abstracts... Rio de Janeiro: SBPMat, 2008. não paginado. 1CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 8. | | RODRÍGUEZ-ZÚÑIGA, U. F.; FARINAS, C. S.; BERTUCCI NETO, V.; COURI, S.; CRESTANA, S. Produção de celulases por Aspergillus niger por fermentação em estado sólido. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 8, p. 912-919, ago. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 9. | | RODRÍGUEZ-ZÚÑIGA, U. F.; FARINAS, C. S.; COURI, S.; CRESTANA, S.; BERTUCCI NETO, V. Produção de celulases por Aspergillus niger por fermentação em estado sólido. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 8, p. 912-919, ago. 2011. Título em inglês: Aspergillus niger production of cellulases by solid?state fermentation.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 12. | | LEMO, V.; FARINAS, C. S.; RODRIGUEZ-ZUNIGA, U. F.; BERTUCCI NETO, V.; COURI, S. Produção de celulases por fermentação semi-sólida com diferentes linhagens de aspergillus niger. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA USP, SIICUSP, 16., 2008, São Paulo, SP. [Anais...] São Paulo, SP: USP, 2008. não paginado. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 15. | | CODIMA, C. A.; FARINAS, C. S.; BERTUCCI NETO, V.; RODRIGUEZ ZUNIGA, U. F.; VIEIRA, A. A. H. Produção de açúcares fermentescíveis a partir da biomassa de microalgas. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 2., 2010, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação Agropecuária: Embrapa Pecuária Sudeste, 2010. p. 104. (Embrapa Instrumentação Agropecuária. Documentos, 50).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 16. | | RODRIGUEZ-ZÚNIGA, U. F.; MILORI, D. M. B. P.; SILVA, W. T. L.; ROCHA, J. C.; MARTIN-NETO, L. Influência dos solos podzólicos no ciclo geoquímico das substâncias húmicas aquáticas do Rio Negro - AM. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 31., 2007, Gramado, RS. Conquistas e desafios da ciência do solo brasileira. Livro de resumos... Porto Alegre: SBCS, 2007. p. 202| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 17. | | RODRÍGUEZ-ZÜNIGA, U. F.; MILORI, D. M. B. P.; SILVA, W. T. L. da; ROCHA, J. C.; MARTIN-NETO, L. Influência dos solos podzólicos no ciclo geoquímico das substâncias húmicas aquáticas do Rio Negro - AM. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 31., 2007, Gramado, RS. Conquistas e desafios da ciência do solo brasileira. Anais... Porto Alegre: SBCS, 2007. não paginado. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 18. | | RODRIGUEZ-ZÚÑIGA, U. F.; FARINAS, C. S.; GONÇALVES, F. N.; BERTUCCI NETO, V.; COURI, S.; CRESTANA, S. Microestrutural comparisson between different pretreatment methods in sugar cane bagasse. In: WORKSHOP DO PROJETO TEMÁTICO FAPESP, 1., 2010, São Carlos, São Paulo. Bioprocess systems engineering (BSE) applied to the production of bioethanol from sugarcane bagasse. São Carlos: UFSCar, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 19. | | RODRÍGUEZ-ZUÑIGA, U. F.; FARINAS, C. S.; GONÇALVEZ, F. N.; BERTUCCI NETO, V.; COURI, S.; CRESTANA, S. Tecnologias de pré-tratamento e seus efeitos na microestrutura do bagaço de cana-de-açúcar. In: MILORI, D. M. B. P.; MARCONCINI, J. M.; MARTIN NETO, L.; BERTUCCI NETO, V.; SILVA, W. T. L. da (Ed.). Caracterização, Aproveitamento e Geração de Novos Produtos de Resíduos Agrícolas, Agroindustriais e Urbanos. São Carlos: Embrapa Instrumentação, 2010. p. 145-149.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 20. | | VITCOSQUE, G. L.; FONSECA, R. F.; RODRÍGUEZ-ZUÑIGA, U. F.; BERTUCCI-NETO, V.; COURI, S.; FARINAS, C. S. Use of instrumented bioreactor for the production of biomass-degrading multienzymes under solid state fermentation of soybean meal. In: SYMPOSIUM ON BIOTECHNOLOGY FOR FUELS AND CHEMICALS, 34., 2012, New Orleans. Abstract... Old Lee Highway: Society for Industrial Microbiology & Biotechnology, 2012. Paper 20758.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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