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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
14/03/2017 |
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Data da última atualização: |
14/03/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
MOTTA, L. B. |
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Afiliação: |
LUDYMILA BRANDÃO MOTTA. |
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Título: |
Genotipagem por sequenciamento para identificação de SNPs e associação com características agronômicas em Coffea canephora. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
2016. |
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Páginas: |
159 f. |
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Descrição Física: |
il. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (doutorado em Produção vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, MG. Orientadora: Taís Cristina Bastos Soares. Coorientadores: Maria Amélia Gava Ferrão, Alan Carvalho Andrade, Cosme Damião Cruz. |
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Conteúdo: |
A genotipagem por sequenciamento (GBS) é capaz de identificar e genotipar milhares de polimorfismos do tipo SNPs de forma simultânea. Objetiva-se contribuir para o melhoramento genético do cafeeiro Conilon através da caracterização da ocorrência de SNPs no genoma de Coffea canephora e de associações destes com características de interesse agronômico. Os145 indivíduos de duas famílias de irmãos completos (clones 109x120/120x109 e 76x48) do programa de melhoramento do Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper)foram fenotipados e os DNAs foram multiplexados em sequenciador Ilumina na Universidade de Cornell. Detectaram-se 91.105 SNPs antes de aplicar os parâmetros de filtragem, sendo que após os filtros houve redução de 64%. Ampla distribuição dos SNPs foi encontrada, sendo que foram detectados em média 1330 SNPs gênicos e 2955 intergênicos, por pseudocromossomo. Verificou-se que o padrão de distribuição dos SNPs nas regiões do genoma difere. A menor ocorrência de SNPs detectada em regiões gênicas é esperada como consequência da pressão de seleção, que limita as alterações de aminoácidos nas sequências proteicas. Os estudos de associação permitiram encontrar 18 SNPs associados a características fenotípicas de Coffea canephora (S2_9329731, S2_4579518, S2_41329025, S2_17821870, S2_20934616, S3_23227842, S4_22978689, S5_10964474, S6_9949547, S7_13991105, S7_13991086, S7_13991077, S9_4618814, S9_18527411, S10_24840747, S11_30063996, S11_23828233). Localizam-se em regiões intergênicas 33% dos SNPs, sendo que os demais se distribuem em região de íntrons, éxons e 3?UTR. Os SNPs em região codificadora são responsáveis por alterações não sinônimas em 82% das ocorrências. Os resultados encontrados são importantes para a cafeicultura e podem contribuir para a seleção assistida por marcadores. MenosA genotipagem por sequenciamento (GBS) é capaz de identificar e genotipar milhares de polimorfismos do tipo SNPs de forma simultânea. Objetiva-se contribuir para o melhoramento genético do cafeeiro Conilon através da caracterização da ocorrência de SNPs no genoma de Coffea canephora e de associações destes com características de interesse agronômico. Os145 indivíduos de duas famílias de irmãos completos (clones 109x120/120x109 e 76x48) do programa de melhoramento do Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper)foram fenotipados e os DNAs foram multiplexados em sequenciador Ilumina na Universidade de Cornell. Detectaram-se 91.105 SNPs antes de aplicar os parâmetros de filtragem, sendo que após os filtros houve redução de 64%. Ampla distribuição dos SNPs foi encontrada, sendo que foram detectados em média 1330 SNPs gênicos e 2955 intergênicos, por pseudocromossomo. Verificou-se que o padrão de distribuição dos SNPs nas regiões do genoma difere. A menor ocorrência de SNPs detectada em regiões gênicas é esperada como consequência da pressão de seleção, que limita as alterações de aminoácidos nas sequências proteicas. Os estudos de associação permitiram encontrar 18 SNPs associados a características fenotípicas de Coffea canephora (S2_9329731, S2_4579518, S2_41329025, S2_17821870, S2_20934616, S3_23227842, S4_22978689, S5_10964474, S6_9949547, S7_13991105, S7_13991086, S7_13991077, S9_4618814, S9_18527411, S10_24840747, S11_30063996, S11_23828233)... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Estudo de associação; Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Sequenciamento de nucleotídeo. |
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Thesagro: |
Café. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea; Genotyping; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aA genotipagem por sequenciamento (GBS) é capaz de identificar e genotipar milhares de polimorfismos do tipo SNPs de forma simultânea. Objetiva-se contribuir para o melhoramento genético do cafeeiro Conilon através da caracterização da ocorrência de SNPs no genoma de Coffea canephora e de associações destes com características de interesse agronômico. Os145 indivíduos de duas famílias de irmãos completos (clones 109x120/120x109 e 76x48) do programa de melhoramento do Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper)foram fenotipados e os DNAs foram multiplexados em sequenciador Ilumina na Universidade de Cornell. Detectaram-se 91.105 SNPs antes de aplicar os parâmetros de filtragem, sendo que após os filtros houve redução de 64%. Ampla distribuição dos SNPs foi encontrada, sendo que foram detectados em média 1330 SNPs gênicos e 2955 intergênicos, por pseudocromossomo. Verificou-se que o padrão de distribuição dos SNPs nas regiões do genoma difere. A menor ocorrência de SNPs detectada em regiões gênicas é esperada como consequência da pressão de seleção, que limita as alterações de aminoácidos nas sequências proteicas. Os estudos de associação permitiram encontrar 18 SNPs associados a características fenotípicas de Coffea canephora (S2_9329731, S2_4579518, S2_41329025, S2_17821870, S2_20934616, S3_23227842, S4_22978689, S5_10964474, S6_9949547, S7_13991105, S7_13991086, S7_13991077, S9_4618814, S9_18527411, S10_24840747, S11_30063996, S11_23828233). Localizam-se em regiões intergênicas 33% dos SNPs, sendo que os demais se distribuem em região de íntrons, éxons e 3?UTR. Os SNPs em região codificadora são responsáveis por alterações não sinônimas em 82% das ocorrências. Os resultados encontrados são importantes para a cafeicultura e podem contribuir para a seleção assistida por marcadores.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 2. |  | CASTELLÓN, R. E. R.; ARAÚJO, F. M. M. C. de; RAMOS, M. V.; ANDRADE NETO, M.; FREIRE FILHO, F. R.; GRANGEIRO, T. B.; CAVADA, B. S. Composição elementar e caracteização da fração lipídica de seis cultivares de caupi. Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, v. 7, n. 1, p. 149-153, 2003.| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 3. | | EGITO, A. S. DO; POMPEU, R. C. F. F.; ANDRADE, F. P. de; FEITOSA, T. S.; RAMOS, M. V.; SALLES, H. O. Hidrólise de proteínas tóxicas de sementes de mamona utilizando látex vegetal como fonte proteolítica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 6.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 3., 2014, Fortaleza. Energia e segurança alimentar na agricultura familiar: anais. Campina Grande, PB: Embrapa Algodão, 2014. p. 20| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 4. | | EGITO, A. S. do; POMPEU, R. C. F. F.; ANDRADE, F. P. de; FEITOSA, T. S.; RAMOS, M. V.; SALLES, H. O. Hidrólise de proteínas tóxicas de sementes de mamona utilizando látex vegetal como fonte proteolítica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 6.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 3., 2014, Fortaleza. Energia e segurança alimentar na agricultura familiar: anais. Campina Grande, PB: Embrapa Algodão, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 5. | | PEREIRA, D. A.; RAMOS, M. V.; SOUZA, D. P.; PORTELA, T. C. L.; GUIMARAES, J. A.; MADEIRA, S. V. F.; FREITAS, C. D. T. Digestibility of defense proteins in latex of milkweeds by digestive proteases of Monarch butterflies, Danaus plexippus L: a potential determinant of plant-herbivore interactions. Plant Science, Limerick, v. 179, p. 348-355, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 6. | | RAMOS, M. V. V.; CURI, N.; MOTTA, P. E. F. da; VITORINO, A. C. T.; FERREIRA, M. M.; SILVA, M. L. N. Veredas do Triângulo Mineiro: solos, água e uso. Ciência e Agrotecnologia, v. 30, n. 2, p. 283-293, mar./abr. 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 7. | | MORAIS, F. S.; CANUTO, K. M.; RIBEIRO, P. R. V.; SILVA, A. B.; PESSOA, O. D. L.; FREITAS, C. D. T.; ALENCAR, N. M. N.; OLIVEIRA, A. C.; RAMOS, M. V. Chemical profiling of secondary metabolites from Himatanthus drasticus (Mart.) Plumel latex with inhibitory action against the enzymes ª-amylase and -glucosidase: in vitro and in silico assays. Journal of Ethnopharmacology, v. 253, art. no. 112644, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 8. | | FREITAS, C. D. T. de; LEITE, H. B.; OLIVEIRA, J. P. B.; AMARAL, J. L.; EGITO, A. S. do; VAIRO-CAVALLI, S.; LOBO, M. D. P.; MONTEIRO-MOREIRA, A. C. O.; VAIRO-CAVALLI, S.; RAMOS, M. V. Insights into milk-clotting activity of latex peptidases from Calotropis procera and Cryptostegia grandiflora. Food Research International, v. 87, p. 50-59, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 9. | | CAVALCANTE, G. S.; MORAIS, S. M. de; ANDRÉ, W. P. P.; ARAÚJO FILHO, J. V. de; MUNIZ, C. R.; ROCHA, L. O. da; RIBEIRO, W. L. C.; RODRIGUES, A. L. M.; OLIVEIRA, L. M. B. de; BEVILAQUA, C. M. L.; RAMOS, M. V. Chemical constituents of calotropis procera latex and ultrastructural effects on haemonchus contortus. Revista Brasileira de Parasitologia Veterinaria, v. 29, n. 2, article number e001320, p. 1-12, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 10. | | MORAIS, F. S.; CANUTO, K. M.; RIBEIRO, P. R. V.; SILVA, A. B.; PESSOA, O. D. L.; FREITAS, C. D. T.; BEZERRA, E. A.; GONÇALVES, J. F. C.; SOUZA, D. P.; SOUSA, B. F.; SILVA, A. F. B.; RAMOS, M. V. Insecticidal Compound from Himatanthus drasticus Latex against Cowpea Infestation by Callosobruchus maculatus (Coleoptera: Chrysomelidae). Journal of Agricultural and Food Chemistry, v. 69, p. 5049-5058, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 11. | | COSTA, K. C. P. da; GONÇALVES, J. F. de C.; GONÇALVES, A. L.; NINA JUNIOR, A. da R.; JAQUETTI, R. K.; SOUZA, V. F. de; CARVALHO, J. C. de; FERNANDES, A. V.; RODRIGUES, J. K.; NASCIMENTO, G. de O.; WADT, L. H. de O.; KAINER, K. A.; LIMA, R. M. B. de; SCHIMPL, F. C.; SOUZA, J. P. de; OLIVEIRA, S. S. de; MILÉO, H. T. da S.; SOUZA, D. P.; SILVA, A. C. L. da; NASCIMENTO, H. M. I.; MAIA, J. M. F.; LOBO. F. de A.; MAZZAFERA, P.; RAMOS, M. V.; KOOLEN, H. H. F.; MORAIS, R. R. de; MARTINS, K.; LEAL FILHO, N.; NASCIMENTO, H. E. M.; GONÇALVES, K. D.; KRAMER, Y. V.; MARTINS, G. A.; RODRIGUES, M. O. Advances in brazil nut tree ecophysiology: linking abiotic factors to tree growth and fruit production. Current Forestry Reports, v. 8, n. 1, p. 90-110, Mar. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Rondônia. |
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