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Registro Completo
Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  26/11/2009
Data da última atualização:  15/01/2020
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G.
Afiliação:  JOSÉ AUGUSTO SALIM, Estagiário/CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; FABIO ROGERIO DE MORAES, Bolsista/CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; IZABELLA PENA NESHICH, Estagiária/CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA.
Título:  MSSP: a web-based application for analysis of selected parameter from multiple structures in a graphical manner.
Ano de publicação:  2009
Fonte/Imprenta:  In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009.
Páginas:  Não paginado.
Idioma:  Inglês
Notas:  X-Meeting 2009.
Conteúdo:  The Blue Star Sting?s module Multiples Structures Selected Parameter (MSSP) is software developed in Java and Perl programming languages. It allows comparing, in a graphical manner, a selected parameter out of a total of 150 parameters in a different protein structures previously aligned in a simple intuitive plot. From a local database containing more than 60,000 proteins structures users can choose a single protein structure or a set of them. First, the structures are aligned using a specific algorithm and than MSSP does a XY plot, where X represents the residues position and Y the selected parameter values for selected aligned structures. The structural alignment is obtained with the Matching Molecular Models Obtained from Theory (MAMMOTH) software using the version able to align multiples structures called MAMMOTH-mult. Observing the alignments in MSSP plot for a selected parameter is possible see how good an alignment is by observation of the incidence of peaks and valleys in the graphic, and so an insertion of gaps can improve the alignment to optimist incidences of this peaks and valleys. Of course a statistical computation is needed to optimize insertion of gaps and an analysis of a set of parameters is also needed. However with a good alignment algorithm and MSSP it is possible to create a more efficient algorithm to make optimized structural alignments.
Palavras-Chave:  Bioinformática; Estruturas de proteínas; MAMMOTH; Matching Molecular Models Obtained from Theory (MAMMOTH).
Thesaurus Nal:  Bioinformatics; Molecular dynamics; Protein structure.
Categoria do assunto:  X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPTIA14195 - 2UPCRA - DD
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1.Imagem marcado/desmarcadoRADL, V.; LEITE, J.; PASSOS, S. R.; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R. Seria a estirpe BR3299 uma nova espécie de rizóbio? In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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2.Imagem marcado/desmarcadoLEITE, J.; RADL, V.; MARTINS, L. M. V.; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R. Perfil bioquímico e genotípico de bactérias isoladas de nódulos de feijão-caupi nativas de solos do Semiárido. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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3.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, A.; SANTOS, S. G. dos; VASCONCELOS, V. G. da S.; RADL, V.; XAVIER, G. R.; RUMJANEK, N. G.; RIBEIRO, R. de L. D. Screening of plant growth promoting rhizobacteria for development of vegetables crops inoculants. African Journal of Microbiology Research, v. 7, n. 19, p. 2087-2092, 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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4.Imagem marcado/desmarcadoRADL, V.; ARAUJO, J. L. S. de; LEITE, J.; PASSOS, S. R.; MARTINS, L. M. V.; XAVIER, G. R.; RUMJANEK, N. G.; BALDANI, J. I.; ZILLI, J. E. Microvirga vignae sp. nov., a root nodule symbiotic bacterium isolated from cowpea grown in semi-arid of Brazil. International Journal os Systematic and Evolutionary Microbiology, 31 oct. 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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5.Imagem marcado/desmarcadoLEITE, J.; FISCHER, D.; ROUWS, L. F. M.; FERNANDES JUNIOR, P. I.; HOFMANN, A.; KUBLIK, S.; SCHLOTER, M.; XAVIER, G. R.; RADL, V. Cowpea nodules harbor non-rhizobial bacterial communities that are shaped by soil type rather than plant genotype. Frontiers in Plant Science, v. 7, p. 1-11, jan. 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Semiárido.
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6.Imagem marcado/desmarcadoLEITE, J.; FISCHER, D.; ROUWS, L. F. M.; FERNANDES JUNIOR, P. I.; HOFMANN, A.; KUBLIK, S.; SCHLOTER, M.; XAVIER, G. R.; RADL, V. Cowpea nodules harbor non-rhizobial bacterial communities that are shaped by soil type rather than plant genotype. Frontiers in Plant Science v. 7, p. 1-11, jan. 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Internacional - A
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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7.Imagem marcado/desmarcadoLEITE, J.; PASSOS, S. R.; ARAUJO, J. L. S. de; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R.; ZILLI, J. E.; RADL, V. What we know about the novel legume-nodulating Microvirga vignae? In: REUNIÃO LATINOAMERICANA DE RIZOBIOLOGIA, 27., 2016, Londrina. Fortalecendo as parcerias Sul-Sul: anais. Curitiba: SBCS-NEPAR, 2016. 308 p. Editado por Mariangle Hungria, Douglas Fabiano Gomes, Arnaldo Colozzi Filho. RELAR 2016. p. 169
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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8.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, T. R. da; RODRIGUES, R. T.; JOVINO, R. S.; CARVALHO, J. R. de S.; LEITE, J.; HOFMANN, A.; FISCHER, D.; RIBEIRO, P. R. de A.; ROUWS, L. F. M.; FERNANDES JUNIOR, P. I.; RADL, V. Not just passengers, but co-pilots! Non-rhizobial nodule-associated bacteria promote cowpea growth and symbiosis with (brady)rhizobia. Journal of Applied Microbiology, v. 134, n, 123, January 2023.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Semiárido.
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9.Imagem marcado/desmarcadoMATOS, G. F. de; ZILLI, J. E.; ARAUJO, J. L. S. de; LEME, M. M. P.; MELO, I. S. de; RADL, V.; BALDANI, J. I.; ROUWS, L. F. M. Bradyrhizobium sacchari sp. nov., a legume nodulating bacterium isolated from sugarcane roots. Archives of Microbiology, 10 June 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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10.Imagem marcado/desmarcadoMATOS, G. F. de; ZILLI, J. E.; ARAUJO, J. L. S. de; LEME, M. M. P.; MELO, I. S. de; RADL, V.; BALDANI, J. I.; ROUWS, L. F. M. Bradyrhizobium sacchari sp. nov., a legume nodulating bacterium isolated from sugarcane roots. Archives of Microbiology, v. 199, n. 9, p. 1251-1258, 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente.
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