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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
18/01/2017 |
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Data da última atualização: |
18/01/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GLÓRIA, L. S.; CRUZ, C. D.; VIEIRA, R. A. M.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; SIQUEIRA, O. H. G. B. D. de; SILVA, F. F. e. |
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Afiliação: |
Leonardo Siqueira Glória, UFV; Cosme Damião Cruz, UFV; Ricardo Augusto Mendonça Vieira, Universidade Estadual do Norte Fluminense; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Paulo Sávio Lopes, UFV; Otávio H. G. B. Dias de Siqueira, UFV; Fabyano Fonseca e Silva, UFV. |
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Título: |
Accessing marker effects and heritability estimates from genome prediction by Bayesian regularized neural networks. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 191, p. 91-96, Sept. 2016. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.1016/j.livsci.2016.07.015 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Recently, there is an increasing interest on semi- and non-parametric methods for genome-enabled prediction, among which the Bayesian regularized artificial neural networks (BRANN) stand. We aimed to evaluate the predictive performance of BRANN and to exploit SNP effects and heritability estimates using two different approaches (relative importance-RI, and relative contribution-RC). Additionally, we aimed also to compare BRANN with the traditional RR-BLUP and BLASSO by using simulated datasets. The simplest BRANN (net1), RR-BLUP and BLASSO methods outperformed other more parameterized BRANN (net2, net3, ? net6) in terms of predictive ability. For both simulated traits (Y1 and Y2) the net1 provided the best h2 estimates (0.33 for both, being the true h2=0.35), whereas RR-BLUP (0.18 and 0.22 for Y1 and Y2, respectively) and BLASSO (0.20 and 0.26 for Y1 and Y2, respectively) underestimated h2. The marker effects estimated from net1 (using RI and RC approaches) and RR-BLUP were similar, but the shrinkage strength was remarkable for BLASSO on both traits. For Y1, the correlation between the true fifty QTL effects and the effects estimated for the SNPs located in the same QTL positions were 0.61, 0.60, 0.60 and 0.55, for RI, RC, RR-BLUP and BLASSO; and for Y2, these correlations were 0.81, 0.81, 0.81 and 0.71, respectively. In summary, we believe that estimates of SNP effects are promising quantitative tools to bring discussions on chromosome regions contributing most effectively to the phenotype expression when using ANN for genomic predictions. MenosRecently, there is an increasing interest on semi- and non-parametric methods for genome-enabled prediction, among which the Bayesian regularized artificial neural networks (BRANN) stand. We aimed to evaluate the predictive performance of BRANN and to exploit SNP effects and heritability estimates using two different approaches (relative importance-RI, and relative contribution-RC). Additionally, we aimed also to compare BRANN with the traditional RR-BLUP and BLASSO by using simulated datasets. The simplest BRANN (net1), RR-BLUP and BLASSO methods outperformed other more parameterized BRANN (net2, net3, ? net6) in terms of predictive ability. For both simulated traits (Y1 and Y2) the net1 provided the best h2 estimates (0.33 for both, being the true h2=0.35), whereas RR-BLUP (0.18 and 0.22 for Y1 and Y2, respectively) and BLASSO (0.20 and 0.26 for Y1 and Y2, respectively) underestimated h2. The marker effects estimated from net1 (using RI and RC approaches) and RR-BLUP were similar, but the shrinkage strength was remarkable for BLASSO on both traits. For Y1, the correlation between the true fifty QTL effects and the effects estimated for the SNPs located in the same QTL positions were 0.61, 0.60, 0.60 and 0.55, for RI, RC, RR-BLUP and BLASSO; and for Y2, these correlations were 0.81, 0.81, 0.81 and 0.71, respectively. In summary, we believe that estimates of SNP effects are promising quantitative tools to bring discussions on chromosome regions contributing most effectively ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genetic parameters; QTL; Redes neurais. |
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Thesagro: |
Parâmetro Genético. |
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Thesaurus Nal: |
Marker-assisted selection; Neural networks. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 18 | |
| 8. |  | DUENHAS, L. H.; PINTO, J. M.; GOMES, T. C. de A.; MENDES, G. C.; PEREIRA JÚNIOR, R. C. Efeitos da aplicação de biofertilizantes, substâncias húmicas e esterco em um argissolo acinzentado cultivado com melão. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 30., 2005, Recife. Anais... Recife: SBCS: Embrapa Solos/UEP Recife: UFRPE, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 9. | | ASNER, G. P.; PALACE, M.; KELLER, M.; PEREIRA JÚNIOR, R.; SILVA, J. N. M.; ZWEEDE, J. C. Estimating canopy structure in an Amazon forest from laser range finder and IKONOS satellite observations. Biotropica, v. 34, n. 4, p. 483-492, Dec. 2002.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 10. | | MASCARIN, G. M.; PEREIRA-JUNIOR, R. A.; FERNANDES, E. K. K.; QUINTELA, E. D.; DUNLAP, C. A.; ARTHURS, S. P. Phenotype responses to abiotic stresses, asexual reproduction and virulence among isolates of the entomopathogenic fungus Cordyceps javanica (Hypocreales: Cordycipitaceae). Microbiological Research, v. 216, p. 12-22, Nov. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Meio Ambiente. |
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| 11. | | YANO, A. A.; PEREIRA JÚNIOR, R.; MOURA, L. F.; SILVA, E. V. da; SILVA, R. A. M. S.; MARQUES, D. K. S. Respostas hematológicas ao estresse de captura nos diferentes estádios de maturação gonadal de Piaractus mesopotamicus. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PANTANAL, 1.; SEMANA DE BIOLOGIA, 7., 2007, Corumbá. Resumos...Corumbá: Embrapa Pantanal, 2007. (Embrapa Pantanal. Documentos, 89). 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 12. | | SILVA, E. V. da; YANO, A. A.; MOURA, L. F.; PEREIRA JÚNIOR, R.; SILVA, R. A. M. S.; CALHEIROS, D. F.; MARQUES, D. K. S. Respostas hematológicas sazonais de pacu (Piaractus mesopotamicus) ao estresse de captura no Rio Paraguai, Pantanal, (MS). In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PANTANAL, 1.; SEMANA DE BIOLOGIA, 7., 2007, Corumbá. Resumos...Corumbá: Embrapa Pantanal, 2007. (Embrapa Pantanal. Documentos, 89). 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 13. | | DA-SILVA, E. V.; PEREIRA-JUNIOR, R. A.; MOURA, L. F.; YANO, A. A.; AGUILAR, M. R. D.; SILVA, R. A. M. S. Natural gill infection of pygocentrus nattereri from south Pantanal, Brazil, by Myxobolus spp (Myxozoa: Myxobolidae). In: ENCONTRO BRASILEIRO DE ICTIOLOGIA, 17., 2007, Itajaí, SC. Resumos...Itajaí: UNIVALI, 2007. p. 342| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 14. | | PEREIRA-JUNIOR, R. A.; DA-SILVA, E. V.; MOURA, L. F. F.; YANO, A. A.; AGUILAR, M. R. D.; SILVA, R. M. S. Presence of myxosporidea (Myxozoa: Myxosporea) of the genus henneguya thelohan, 1892 in Pygocentrus nattereri from south Pantanal, Brazil. In: ENCONTRO BRASILEIRO DE ICTIOLOGIA, 17., 2007, Itajaí, SC. Resumos...Itajaí: UNIVALI, 2007. p. 341| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 16. | | PEREIRA JUNIOR, R. A.; SOUSA, S. A. P.; OLIVEIRA, M. C.; VALADARES, A. de A.; HOPPE, E. G. L.; ALMEIDA, K. S. Fauna helmintológica de catetos (tayassu tajacu Linnaeus, 1758) procedentes da Amazônia brasileira. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 36, n. 11, p. 1109-1115, nov. 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 17. | | MOTTA, L. B.; SOARES, T. C. B.; FERRAO, M. A. G.; CAIXETA, E. T.; PEREIRA JÚNIOR, R. M.; LORENZONI, R. M. Transferability of microsatellite loci in Coffea canephora. Australian Journal of Crop Science, v. 8 , n. 6, p. 987-991 , 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 18. | | BARRETO, L. P.; RIBEIRO-SILVA, C. de S.; MACHADO, L. D. de C.; LIMA, V. H.; PINTO, S. M. N.; PEREIRA-JUNIOR, R. A.; CARREIRA, D. N.; MASCARIN, G. M.; FERNANDES, E. K. K.; BORGES, L. M. F. Efficacy of collars with allomones on dogs to control Rhipicephalus sanguineus sensu lato infestations under field conditions. Ticks and Tick-borne Diseases, v. 12, n. 5, Article 101769, 2021. p. 1-5.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| Registros recuperados : 18 | |
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