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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
29/08/2024 |
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Data da última atualização: |
07/01/2025 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BITTENCOURT, A.; EGITO, A. A. do; SUNIGA, P. A. P.; SANTIAGO, G. G.; SANTOS, R. M. dos; CARDOSO, E. P.; VERARDO, L. L.; SILVA, M. V. G. B.; TORAL, F. L. B. |
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Afiliação: |
ANGELA BITTENCOURT, UNIVERSIDADE FEDERAL DO MATO GROSSO DO SUL; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; PAULA ADAS PEREIRA SUNIGA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO MATO GROSSO DO SUL; GUSTAVO GARCIA SANTIAGO, UNIVERSIDADE FEDERAL DO MATO GROSSO DO SUL; RAFAEL MONTEIRO DOS SANTOS, UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS; EDUARDO PENTEADO CARDOSO, FAZENDA MUNDO NOVO; LUCAS LIMA VERARDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DOS VALES DO JEQUITINHONHA E MUCURI; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; FABIO LUIZ BURANELO TORAL, UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS. |
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Título: |
Genome-wide assessment of runs of homozygosity to estimate inbreeding in a closed Nellore herd. |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 288, 105547, 2024. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.livsci.2024.105547 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The objective of this study was to compare the inbreeding coefficients estimated from pedigree data (FPED), traditionally used for internal monitoring by herds and breeding programs, with genomic estimates through the genomic relationship matrix (FGRM) and runs of homozygosity (FROH). Besides, we used the genotype data to obtain the linkage disequilibrium (LD), population effective size (Ne), runs of homozygosity (ROH) islands and functional analysis of the genes presented in ROH islands. Male calves and sires from a closed Nellore herd (Lemgruber line) were genotyped with the Z-chip v2 (Neogen, Lincoln, Nebraska, USA) that contains approximately 30 thousand SNP markers. After quality control, 1088 animals and 21,351 SNPs remained for analysis. Runs of homozygosity (ROH) segments were identified in all analyzed animals, with an average number of 57.93 and average length of 2.95 Mb. We observed a higher occurrence of ROH up to 9 Mb, suggesting a proper mating scheme, which corroborate with LD and Ne analysis results. Estimates of FPED, FGRM and FROH ranged from 0 to 0.2856, from 0.0705 to 0.3686 and from 0.0229 to 0.2762, respectively. Low to moderate correlations were observed between FPED and FGRM (0.17, P < 0.001); FPED and FROH (0.20, P < 0.001) and FGRM and FROH (0.92, P < 0.001). Nevertheless, considering our results we were successful in use runs of homozygosity for estimating autozygosity in a closed Nellore herd. Besides, from ROH islands, we were able to identify a candidate gene (HTR1A) for docility in this Nellore herd. MenosThe objective of this study was to compare the inbreeding coefficients estimated from pedigree data (FPED), traditionally used for internal monitoring by herds and breeding programs, with genomic estimates through the genomic relationship matrix (FGRM) and runs of homozygosity (FROH). Besides, we used the genotype data to obtain the linkage disequilibrium (LD), population effective size (Ne), runs of homozygosity (ROH) islands and functional analysis of the genes presented in ROH islands. Male calves and sires from a closed Nellore herd (Lemgruber line) were genotyped with the Z-chip v2 (Neogen, Lincoln, Nebraska, USA) that contains approximately 30 thousand SNP markers. After quality control, 1088 animals and 21,351 SNPs remained for analysis. Runs of homozygosity (ROH) segments were identified in all analyzed animals, with an average number of 57.93 and average length of 2.95 Mb. We observed a higher occurrence of ROH up to 9 Mb, suggesting a proper mating scheme, which corroborate with LD and Ne analysis results. Estimates of FPED, FGRM and FROH ranged from 0 to 0.2856, from 0.0705 to 0.3686 and from 0.0229 to 0.2762, respectively. Low to moderate correlations were observed between FPED and FGRM (0.17, P < 0.001); FPED and FROH (0.20, P < 0.001) and FGRM and FROH (0.92, P < 0.001). Nevertheless, considering our results we were successful in use runs of homozygosity for estimating autozygosity in a closed Nellore herd. Besides, from ROH islands, we were able to identify a ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Autozygosity; Inbreeding coefficients; Inbreeding Genomic; SNP. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Bovino. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 297 | |
| 4. |  | RAIJ, B. V.; BORKERT, C. M.; OLIVEIRA JÚNIOR, A. Soil fertility management for soybean in Brazil. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Proceedings... Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 407-414. Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 5. | | BORKERT, C. M.; KLEPKER, D.; OLIVEIRA JUNIOR, A. de. Soybean response and residual effect of micronutrients in Cerrado soils. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 185-186. (Embrapa Soja. Documentos, 228). Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 10. | | OLIVEIRA JUNIOR, A. de; KLEPKER, D.; PROCHNOW, L. I. Eficiência agronômica do fosfato de rocha associado ao superfosfato triplo, para a cultura da soja no sul do Estado do Maranhão. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 108, trab. 181. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 11. | | OLIVEIRA JUNIOR, A. de; KLEPKER, D.; PROCHNOW, L. I. Eficiência agronômica do fosfato de rocha associado ao superfosfato triplo, para a cultura da soja no sul do Estado do Maranhão. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2009. Seção trabalhos, t. 181. 1 CD-ROM. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 14. | | CASTRO, C.; OLIVEIRA, F. A.; OLIVEIRA JUNIOR, A.; MOREIRA, A. Influência da cultura de inverno sobre a produtividade da soja, em sistema de semeadura direta. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p.124. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 15. | | SOUZA, H. A. de; KLEPKER, D.; OLIVEIRA JUNIOR, A. Faixas de suficiência de fósforo no solo para a cultura da csoja, no cerrado piauiense. In: REUNIÃO NORDESTINA DE CIÊNCIA DO SOLO, 4.; SIMPÓSIO PIAUIENSE DE CIÊNCIA DO SOLO, 1., 2017, Teresina. Uso sustentável do solo e segurança alimentar no nordeste brasileiro. Anais...Teresina(PI): NRNE/SBCS, Embrapa Meio-Norte, UFPI, UESPI, IFPI, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 16. | | SOUZA, H. A. de; KLEPKER, D.; OLIVEIRA JUNIOR, A. Faixas de suficiência de fósforo no solo para a cultura da soja, no cerrado piauiense. In: REUNIÃO NORDESTINA DE CIÊNCIA DO SOLO, 4.; SIMPÓSIO PIAUIENSE DE CIÊNCIA DO SOLO, 1., 2017, Teresina. Uso sustentável do solo e segurança alimentar no nordeste brasileiro. Anais...Teresina(PI): NRNE/SBCS, Embrapa Meio-Norte, UFPI, UESPI, IFPI, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Maranhão; Embrapa Meio-Norte. |
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| 17. | | KLEPKER, D.; OLIVEIRA JUNIOR, A de; BORKERT, C. M. Critical levels of copper for soybean in cerrado soil. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. p. 257. (Embrapa Soja. Documentos, 228). Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 19. | | OLIVEIRA JÚNIOR, A. de; KLEPKER, D.; BORKERT, C. M. Zinco e manganês nas folhas de soja após cinco anos da aplicação desses micronutrientes no solo. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA NA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 26., 2004, Ribeirão Preto. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: Fundação Meridional, 2004. p. 98. (Embrapa Soja. Documentos, 234). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Janete Lasso Ortiz, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 20. | | ZOBIOLE, L. H. S.; CASTRO, C. de; OLIVEIRA, F. A. de; OLIVEIRA JUNIOR, A. de. Acúmulo de massa seca e macronutrientes primários em diversas partes da planta do híbrido de girassol BRS191. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 1 CD-ROM. Organizado por: Adilson de Oliveira Júnior, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, César de Castro, Fábio Álvares de Oliveira; Odilon Ferreira Saraiva. PDF. 1134_2.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| Registros recuperados : 297 | |
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