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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
26/11/2009 |
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Data da última atualização: |
15/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CAMINHA, I. P.; FALCÃO, P. K.; TEIXEIRA, K. R. |
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Afiliação: |
ISABEL PEREIRA CAMINHA, Estagiária/CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; KATIA REGINA DOS SANTOS TEIXEIRA, CNPAB. |
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Título: |
Structural studies of Gluconate 5-dehydrogenase from gluconacetobacter diazotrophicus. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-Meeting 2009. |
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Conteúdo: |
The recent sequencing of the Gluconacetobacter diazotrophicus genome, developed by Projeto RioGene, permits a search by ORFs related to organic acid production. In this study, a putative Gluconate 5-dehydrogenase (Ga5DH) ORF, A9H995, was selected. Ga5DH is an enzyme that plays an important role in regulating the flux of carbon and energy source in bacteria, and in the production of organic acids, among them the 5-keto-D-Gluconate (5KGA). Due to the fundamental role of this acid in the chemical industry, like the precursor to tartaric acid production for example, there is a large interest in respect to the structure of this protein since there is little physical or structural information available about it. To this end, we herein report the theoretical structure of Ga5DH from Gluconacetobacter diazotrophicus. This structure was obtained through in silico studies if the three-dimensional structure generated by homology modelling. The sequence alignment program BLAST was used to search homologous sequences against the Protein Data Bank (PDB), and the best template was chosen according to the sequence identity (ID). The reference structure used was the crystal structure of Ga5DH from Streptococcus suis species (PDB 3cxr:A). This protein wich belongs to the family of short-chain dehydrogenases/reductases (SDR), presented 42% identity with Ga5DH from G. diazotrophicus. By using the programa MODELLER9v6, ten models were built and the best model was determined by the lowest value of objective function. LIGPLOT was used to identify the interactions with possible ligants of this enzyme. A comparative analysis shows that the residues from S. Suis which are involved in ligand binding (GKR D-glucarate and NAP NADP Nicotinamide-adenine-dinucleotide-phosphate) are conserved both sequentially and structurally. This may suggests that the target sequence has the same ligands. Molecular dynamics simulations were performed with GROMACS software package. The residues involved in the interaction with the substrate were replaced by alanine, and the model with mutated amino acids was further submitted to molecular dynamics simulations to gain insights into affinities, contacts and stability of the essencial amino acids for structure and function of this enzyme, as well as information on the binding profile. MenosThe recent sequencing of the Gluconacetobacter diazotrophicus genome, developed by Projeto RioGene, permits a search by ORFs related to organic acid production. In this study, a putative Gluconate 5-dehydrogenase (Ga5DH) ORF, A9H995, was selected. Ga5DH is an enzyme that plays an important role in regulating the flux of carbon and energy source in bacteria, and in the production of organic acids, among them the 5-keto-D-Gluconate (5KGA). Due to the fundamental role of this acid in the chemical industry, like the precursor to tartaric acid production for example, there is a large interest in respect to the structure of this protein since there is little physical or structural information available about it. To this end, we herein report the theoretical structure of Ga5DH from Gluconacetobacter diazotrophicus. This structure was obtained through in silico studies if the three-dimensional structure generated by homology modelling. The sequence alignment program BLAST was used to search homologous sequences against the Protein Data Bank (PDB), and the best template was chosen according to the sequence identity (ID). The reference structure used was the crystal structure of Ga5DH from Streptococcus suis species (PDB 3cxr:A). This protein wich belongs to the family of short-chain dehydrogenases/reductases (SDR), presented 42% identity with Ga5DH from G. diazotrophicus. By using the programa MODELLER9v6, ten models were built and the best model was determined by the lowest value of... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; BLAST; GROMACS; Modelagem. |
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Thesagro: |
Genoma; Proteína; Simulação. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Models. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aThe recent sequencing of the Gluconacetobacter diazotrophicus genome, developed by Projeto RioGene, permits a search by ORFs related to organic acid production. In this study, a putative Gluconate 5-dehydrogenase (Ga5DH) ORF, A9H995, was selected. Ga5DH is an enzyme that plays an important role in regulating the flux of carbon and energy source in bacteria, and in the production of organic acids, among them the 5-keto-D-Gluconate (5KGA). Due to the fundamental role of this acid in the chemical industry, like the precursor to tartaric acid production for example, there is a large interest in respect to the structure of this protein since there is little physical or structural information available about it. To this end, we herein report the theoretical structure of Ga5DH from Gluconacetobacter diazotrophicus. This structure was obtained through in silico studies if the three-dimensional structure generated by homology modelling. The sequence alignment program BLAST was used to search homologous sequences against the Protein Data Bank (PDB), and the best template was chosen according to the sequence identity (ID). The reference structure used was the crystal structure of Ga5DH from Streptococcus suis species (PDB 3cxr:A). This protein wich belongs to the family of short-chain dehydrogenases/reductases (SDR), presented 42% identity with Ga5DH from G. diazotrophicus. By using the programa MODELLER9v6, ten models were built and the best model was determined by the lowest value of objective function. LIGPLOT was used to identify the interactions with possible ligants of this enzyme. A comparative analysis shows that the residues from S. Suis which are involved in ligand binding (GKR D-glucarate and NAP NADP Nicotinamide-adenine-dinucleotide-phosphate) are conserved both sequentially and structurally. This may suggests that the target sequence has the same ligands. Molecular dynamics simulations were performed with GROMACS software package. The residues involved in the interaction with the substrate were replaced by alanine, and the model with mutated amino acids was further submitted to molecular dynamics simulations to gain insights into affinities, contacts and stability of the essencial amino acids for structure and function of this enzyme, as well as information on the binding profile.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 35 | |
| 1. |  | VIEIRA, R. da C.; DUARTE, L. S.; OLIVEIRA, M. B. de; NORONHA, A. C. da S. Levantamento preliminar de insetos e ácaros em espécies e cultivares de piperáceas. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 25., 2022, Belém, PA. Anais... Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2023. p. 24-25. (Embrapa Amazônia Oriental. Eventos técnicos & científicos, 1).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 3. | | OTTONI FILHO, T. B.; OTTONI, M. V.; OLIVEIRA, M. B. de; MACEDO, J. R. de. Estimation of field capacity from ring infiltrometer-drainage data. Revista Brasileira de Ciência do Solo, Viçosa, MG, v. 38, n. 6, p. 1765-1771, nov./dez. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 4. | | VIEIRA, R. da C.; DUARTE, L. S.; OLIVEIRA, M. B. de; LEMOS, O. F. de; NORONHA, A. C. da S. Complexo de artrópodes em clones de pimenta-do-reino em tutor vivo. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 26., 2023, Belém, PA. Anais [...]. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2024. p. 102-103. (Embrapa Amazônia Oriental. Eventos técnicos & científicos, 2).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | DIAS, I. D. M.; OLIVEIRA, D. A.; OLIVEIRA, M. B. de; RAMOS, A. F.; PURDY, P. H.; AZEVEDO, H. C. Avaliação de diferentes momentos de inseminação artificial transcervical em tempo fixo com uso de sêmen congelado em ovinos Santa Inês. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 9., 2019, Aracaju. Anais... Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros; Brasília, DF: Embrapa, 2019. Editor Técnico: Ronaldo Souza Resende. p. 22. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 7. | | VIEIRA, R. da C.; OLIVEIRA, M. B. de; BOARI, A. de J.; NORONHA, A. C. da S. Criação de Aleurodicus pseudugesii (Hemiptera: Aleyrodidae) em mudas de açaí. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 26., 2023, Belém, PA. Anais [...]. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2024. p. 77-78. (Embrapa Amazônia Oriental. Eventos técnicos & científicos, 2).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 8. | | DUARTE, L. S.; OLIVEIRA, M. B. de; VIEIRA, R. da C.; COSTA, V. A.; NORONHA, A. C. da S. Parasitismo de ovos de crisopídeos em sistema de produção de pimenta-do-reino. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 26., 2023, Belém, PA. Anais [...]. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2024. p. 106-107. (Embrapa Amazônia Oriental. Eventos técnicos & científicos, 2).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 9. | | MENEZES, P. H. S. de; OLIVEIRA, M. B. de; OLIVEIRA, I. F. de; NORONHA, A. C. da S. Ocorrência de Raoiella indica Hirst (Acari, Tenuipalpidae) em Belém, Pará. In: SIMPÓSIO DE ESTUDOS E PESQUISAS EM CIÊNCIAS AMBIENTAIS NA AMAZÔNIA, 13., 2025, Belém, PA. Anais. [S.l.]: Doity, 2025.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 10. | | OTTONI FILHO, T. B.; OTTONI, M. V.; OLIVEIRA, M. B. de; MACEDO, J. R. de; REICHARDT, K. Revisiting field capacity (FC): variation of definition of FC and its estimation from pedotransfer functions. Revista Brasileira de Ciência do Solo, Viçosa, MG, v. 38, n. 6, p. 1750-1764, nov./dez. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 11. | | OLIVEIRA, M. B. de; OLIVEIRA, D. A.; MOLINA, J. C. J.; MARIA, A. N.; AZEVEDO, H. C. Subpopulações de espermatozoides de carneiros submetidos a diferentes métodos de conservação do sêmen. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 10., 2020-2021, Aracaju. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2021. 112 p. Editores técnicos: Marcelo Ferreira Fernandes; Ubiratan Piovezan. p. 102-105.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 12. | | OLIVEIRA, M. B. de; BRITO, O. G. de; SOUZA, V. B. de; SILVA, K. J. D. e; ROCHA, M. de M.; CARVALHO, A. J. de. Arquitetura e valor de cultivo de linhagens de feijão-caupi de porte ereto e semi-ereto, no Norte de Minas Gerais. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 3., 2013, Recife. Feijão-Caupi como alternativa sustentável para os sistemas produtivos familiares e empresariais. Recife: IPA, 2013. CONAC 2012. Disponível em: http://www.conac2012.org/resumos/pdf/113c.pdf. Acesso em: 09 jul. 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 13. | | OLIVEIRA, M. B. de; SILVA, K. J. D. e; ROCHA, M. de M.; CARVALHO, A. J. de; LACERDA, M. L.; SOUZA, V. B. de. Arquitetura e valor de cultivo de linhagens de feijão-caupi de porte prostrado e semi-prostrado, no Norte de Minas Gerais. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 3., 2013, Recife. Feijão-Caupi como alternativa sustentável para os sistemas produtivos familiares e empresariais. Recife: IPA, 2013. CONAC 2012. Disponível em: http://www.conac2012.org/resumos/pdf/113b.pdf. Acesso em: 09 jul. 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 15. | | OLIVEIRA, M. B. de; DUARTE, L. D.; VIEIRA, R. da C.; LIMA, E. F. B.; RODRIGUES, J. E. L. F.; NORONHA, A. C. da S. Avaliação da ocorrência de insetos e ácaros em feijão-caupi na área experimental da Embrapa em Belém, Pará. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 25., 2022, Belém, PA. Anais... Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2023. p. 22-23. (Embrapa Amazônia Oriental. Eventos técnicos & científicos, 1).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 16. | | SOUZA, A. A. de; SILVA, K. J. D. e; ROCHA, M. de M.; SOUZA, V. B. de; OLIVEIRA, M. B. de; CARVALHO, A. J. de. Componentes de produção de linhagens selecionadas de feijão-caupi de porte prostrado e semiprostrado no Norte de Minas Gerais. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 3., 2013, Recife. Feijão-Caupi como alternativa sustentável para os sistemas produtivos familiares e empresariais. Recife: IPA, 2013. CONAC 2012. Disponível em: http://www.conac2012.org/resumos/pdf/116b.pdf. Acesso em: 10 jul. 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 17. | | OLIVEIRA, M. B. de; DUARTE, L. S.; VIEIRA, R. da C.; RODRIGUES, J. E. L. F.; NORONHA, A. C. da S. Melanagromyza sp. (Diptera: Agromyzidae) em feijão-caupi no município de Belém, Pará. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 26., 2023, Belém, PA. Anais [...]. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2024. p. 83-84. (Embrapa Amazônia Oriental. Eventos técnicos & científicos, 2).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 18. | | RODRIGUES, F. N.; LEAL, T. M.; ARAUJO, A. M. de; HASSUM, I. C.; ALMENDRA, S. de O.; OLIVEIRA, M. B. de; SARMENTO, J. L. R. Multivariate clustering analysis of evaluation to determine resistance to worms in Santa Ines sheep. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 54., 2017, Foz do Iguaçu. A new view of animal science: challenges and perspectives: proceedings. Foz do Iguaçu: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2017. p. 445.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 19. | | SOUZA, V. B. de; ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; OLIVEIRA, M. B. de; LACERDA, M. L.; CARVALHO, A. J. de. Número de dias para o início do florescimento de linhagens de feijão-caupi de porte ereto e semiereto no Norte de Minas Gerais. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 3., 2013, Recife. Feijão-Caupi como alternativa sustentável para os sistemas produtivos familiares e empresariais. Recife: IPA, 2013. CONAC 2012. Disponível em: http://www.conac2012.org/resumos/pdf/074b.pdf. Acesso em: 05 jul. 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 20. | | OLIVEIRA, M. B. de; MOLINA, J. C. J.; SILVA, R. S. da; RAMOS, A. F.; PURDY, P. H.; AZEVEDO, H. C. Effects of cell concentration during cryopreservation on the post-thaw quality of Santa Inês ram sperm. CryoLetters, v. 43, n. 6, p. 357?367, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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