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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
25/01/2017 |
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Data da última atualização: |
17/02/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, E. J. de; AUD, F. F.; MORALES, C. F. G.; OLIVEIRA, S. A. S. de; SANTOS, V. da S. |
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Afiliação: |
EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF; FABIANA FERRAZ AUD, CNPMF; CINARA FERNANDA GARCIA MORALES, CNPMF; SAULO ALVES SANTOS DE OLIVEIRA, CNPMF; VANDERLEI DA SILVA SANTOS, CNPMF. |
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Título: |
Non-hierarchical clustering of Manihot esculenta Crantz germplasm based on quantitative traits. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Ciência Agronômica, v. 47, n. 3, p. 548-555, jul./set., 2016. |
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ISSN: |
1806-6690 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The knowledge of the phenotypic variation of cassava (Manihot esculenta Crantz) germplasm allows the estimative of the genetic variability to support the selection of contrasting genitors. Therefore, the aim of this work was to define homogeneous groups of cassava germplasm based on yield traits, disease resistance and root quality using K-means as a non-hierarchical method. Breeding values estimated by Best Linear Unbiased Predictor (BLUP) were used for the cluster analysis. The number of groups was defined according to the stabilization of the smallest within-group sum of squares. Seventeen clusters were defined to represent the diversity of the germplasm, whose number of accessions ranged from 7 (Group 15) to 69 (Group 9). In general, accessions belonging to Groups 1, 4, 7, 12, 15 and 16 showed good agronomic traits, such as high fresh root yield and starch yield (> 60.7 t ha-1 and 18.6 t ha -1 , respectively). In contrast, only Group 15 presented low bacterial blight severity. The groups obtained showed strong differences, as evidenced by the within-groups sums of squares values, which ranged from 215.1 (Group 15) to 2,338.3 (Group 8). The K-means algorithm allowed the formation of consistent groups based on yield traits, disease resistance and root quality. Therefore, the K-means algorithm was efficient in the formation of groups with low within genotypic variation, especially concerning large amounts of data, such as in cassava germplasm banks. |
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Thesagro: |
Mandioca. |
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Thesaurus Nal: |
cassava. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 10 | |
| 1. |  | KIJAS, J. W.; LENSTRA, J. A.; HAYES, B.; BOITARD, S.; PORTO NETO, L. R.; CRISTOBAL, M. S.; SERVIN, B.; MCCULLOCH, R.; WHAN, VICKI; GIETZEN, K.; PAIVA, S. R.; BARENDSE, W.; CIANI, E.; RAADSMA, H.; MCEWAN, J.; DALRYMPLE, B. Genome-wide analysis of the world's sheep breeds reveals high levels of historic mixture and strong recent selection. Plos Biology, v. 10, n. 2, P31, 2012. (Open access)| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 2. | | KIJAS, J. W.; LENSTRA, J. A.; HAYES, B.; BOITARD, S.; PORTO NETO, L. R.; CRISTOBAL, M. S.; SERVIN, B.; MCCULLOCH, R.; WHAN, V.; GIETZEN, K.; PAIVA, S. R.; BARENDSE, W.; CIANI, E.; RAADSMA, H.; MCEWAN, J.; DALRYMPLE, B. Genome-wide analysis of the world's sheep breeds reveals high levels of historic mixture and strung recent selection. Plos Biology, v. 10, n. 2, e1001258, 2012. (Open access)| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 3. | | NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, article 17, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 4. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; O'BRIEN, A. M. P.; SÖLKNER, J.; McEWAN, J. C.; COLE, J. B.; TASSEL, C. P. V.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; PORTO NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide association study for birth weight in Nellore cattle points to previously described orthologous genes affecting human and bovine height. BMC Genetics, London, v. 14, article 52, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 5. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle. Plos One v. 9, n. 2, p. 1-9, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 6. | | DECKER, J. E.; PIRES, J. C.; CONANT, G. C.; MCKAY, S. D.; HEATON, M. P.; CHEN, K.; COOPER, A.; VIKKI, J.; SEABURY, C. M.; CAETANO, A. R.; JOHNSON, G. D.; BRENNEMAN, R. A.; HANOTTE, O.; EGGERT, L. S.; WIENER, P.; KIM, J.-J.; KIM, K. S.; SONSTEGARD, T. S.; TASSELL, C. P. V.; NEIBERGS, H. L.; MCEWAN, J. C.; BRAUNING, R.; COUTINHO, L. L.; BABAR, M. E.; WILSON, G. A.; MCCLURE, M. C.; ROLF, M. M.; KIM, J. W.; SCHNABEL, R. D.; TAYLOR, J. F. Resolving the evolution of extant and extinct ruminants with high-throughput phylogenomics. Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 106, n. 44, p. 18644-18649, 2009| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 7. | | MCCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. A.; SOUZA, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; MACHADO, M. A.; SIMPSON, B.; MCEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; MARQUES, E.; TASSELL, C. P. V. Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple bos taurus and bos indicus breeds. In: ANNUAL INTERNATIONAL PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 21., 2013, San Diego. Abstracts... San Diego: [s.n.], 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | McCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G. R.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. de A.; ALBUQUERQUE, M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; SIMPSON, B.; MARQUES, E.; McEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; WILLIAMS, R.; TASSELL, C. P. V. Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple Bos taurus and Bos indicus breeds. Frontiers in Genetics, v. 4, n. 176, 2013. 11 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 9. | | SNELLING, W. M.; CHIU, R.; SCHEIN, J. E.; HOBBS, M.; ABBEY, C. A.; ADELSON, D. L.; AERTS, J.; BENNETT, G. L.; BOSDET, I. E.; BOUSSAHA, M.; BRAUNING, R.; CAETANO, A. R.; COSTA, M. M.; CRAWFORD, A. M.; DALRYMPLE, B. P.; EGGEN, A.; WIND, A. E. van der; FLORIOT, S.; GAUTIER, M.; GILL, C. A.; GREEN, R. D.; HOST, R.; JANN, O.; JONES, S. J. M.; DAPPES, S. M.; KEELE, J. W.; JONG, P. J. de; LARKIN, D. M.; LEWIN, J. A.; MCEWAN, J. C.; MCKAY, S.; MARRA, M. A.; MATHEWSON, C. A.; MATUKUMALLI, L. K.; MOORE, S. S.; MURDOCH, B.; NICHOLAS, F. W.; OSOEGAWA, K.; ROY, A.; SALIH, H.; SCHIBLE, L.; SCHNAGEL, R. D.; SILVERI, L.; SKOW, L. C.; SMITH, T. P. L.; SONSTEGARD, T. S.; TAYLOR, J.; TELLAM, R.; TASSELL, C. P. van; WILLIAMS, J. L.; WOMACK, J. E.; WYE, N. H.; YANG, G.; ZHAO, S. A physical map of the bovine genome. Genome Biology, 8, p. R165, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. | | GIBBS, R. A.; TAYLOR, J. F.; VAN TASSELL, C. P.; BARENDSE, W.; EVERSOLE, K. A.; GILL, C. A.; GREEN, R. D.; HAMERNIK, D. L.; KAPPES, S. M.; LIEN, S.; MATUKUMALLI, L. K.; MCEWAN, J. C.; NAZARETH, L. V.; SCHNABEL, R. D.; WEINSTOCK, G. M.; WHEELER, D. A.; AJMONE-MARSAN, P.; BOETTCHER, P. J.; CAETANO, A. R.; GARCIA, J. F.; HANOTTE, O.; MARIANI, P.; SKOW, L. C.; SONSTEGARD, T. S.; WILLIAMS, J. L.; DIALLO, B.; HAILEMARIAM, L.; MARTINEZ, M. L.; MORRIS, C. A.; SILVA, L. O. C. da; SPELMAN, R. J.; MULATU, W.; ZHAO, K.; ABBEY, C. A.; AGABA, M.; ARAUJO, F. R.; BUNCH, R. J.; BURTON, J.; GORNI, C.; OLIVIER, H.; HARRISON, B. E.; LUFF, B.; MACHADO, M. A.; MWAKAYA, J.; PLASTOW, G.; SIM, W.; SMITH, T.; THOMAZ, M. B.; VALENTINI, A.; WILLIAMS, P.; WOMACK, J.; WOOLLIAMS, J. A.; LIU, Y.; QIN, X.; WORLEY, K. C.; GAO, C.; JIANG, H.; MOORE, S. S.; REN, Y.; SONG, X.-Z.; BUSTAMANTE, C. D.; HERNANDEZ, R. D.; MUZNY, D. M.; PATIL, S.; SAN LUCAS, A.; FU, Q.; KENT, M. P.; VEGA, R.; MATUKUMALLI, A.; MCWILLIAM, S.; SCLEP, G.; BRYC, K.; CHOI, J.; GAO, H.; GREFENSTETTE, J. J.; MURDOCH, B.; STELLA, A.; VILLA-ANGULO, R.; WRIGHT, M.; AERTS, J.; JANN, O.; NEGRINI, R.; GODDARD, M. E.; HAYES, B. J.; BRADLEY, D. G.; SILVA, M. V. G. B.; LAU, L. P. L.; LIU, G. E.; LYNN, D. J.; PANZITTA, F.; DODDS, K. G. Genome-wide survey of SNP variation uncovers the genetic structure of cattle breeds. Science, v. 324, n. 5926, p. 528-532, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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