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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
17/12/2020 |
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Data da última atualização: |
17/12/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
RODRIGUES, A. F. G. |
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Afiliação: |
ARIENE FERNANDA GRANDO RODRIGUES, UDESC/Chapecó. |
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Título: |
Comparação dos transcriptomas de suínos afetados com hérnia escrotal e hérnia umbilical. 2020. 101 f. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
2020. |
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Páginas: |
101 f. |
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Descrição Física: |
Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade do Estado de Santa Catarina, Chapecó, SC. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Orientação Mônica Corrêa Ledur e Coorientação Jane de Oliveira Peixoto. |
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Conteúdo: |
Resumo: A hérnia é considerada um dos defeitos congênitos mais comuns encontrados em suínos. As mais observadas são escrotais (HE), inguinais (HI) e umbilicais (HU). As hérnias causam prejuízo para a suinocultura mundial devido a redução da eficiência produtiva, além de afetar negativamente o bem-estar do animal. Vários estudos genômicos já foram conduzidos, porém, ainda não foi possível identificar os genes responsáveis pela formação das hérnias em suínos, dificultando a seleção contra essas características. Dessa forma, buscou-se comparar o perfil de expressão dos transcriptomas relacionados às hérnias escrotal e umbilical e identificar genes candidatos aos dois tipos de hérnia, utilizando análises de RNA-Seq. Coletaram-se amostras biológicas de anel inguinal e umbilical de suínos com HE, HU e livres destes defeitos, as quais passaram pela extração do RNA. Após, foram preparadas bibliotecas de cDNA e estas sequenciadas na plataforma Illumina. As sequências passaram por análise de controle de qualidade e foram alinhadas e mapeadas contra o genoma de referência do suíno (Sus scrofa, v11.1). Posteriormente, foram identificados os genes expressos nos tecidos e os genes diferencialmente expressos (DE) quando comparados os grupos controle e afetados. O perfil de expressão dos transcriptomas relacionados à HE e HU foi comparado para identificar genes DE nos dois tipos de hérnia. Realizaram-se análises para a descoberta de polimorfismos nesses genes com posterior anotação daqueles encontrados para as duas hérnias estudadas. Em cada grupo, compararam-se os genes DE e foi verificado se estes estavam em regiões de QTL (Quantitative trait loci) já relatadas para suínos. Após comparação dos dois transcriptomas (HE e HU), observou-se que 94,91% dos genes encontrados estavam contidos em ambos os grupos. Quando comparadas amostras de animais afetados com aquelas de seus respectivos grupos controle, identificaram-se 627 genes DE para HE e 199 para HU, dos quais 35 genes estavam DE em ambos os grupos. Estes genes participam de 108 processos biológicos que envolvem desde o sistema imunológico até a organização celular. Dos genes DE em ambos os grupos, dois (ACAN e BCHE) estão em regiões de QTL já relatadas para hérnia escrotal. Considerou-se os genes MAP1LC3C, VIT, ACAN, ACER2, KCNMA1 e SYNPO2 candidatos ao surgimento dos dois tipos de defeito por apresentarem expressão equivalente em ambas as hérnias e participarem nos processos de adesão celular, organização do citoesqueleto, produção de colágeno, relaxamento muscular e autofagia. Identificaram-se 67 polimorfismos no tecido do anel inguinal e 76 no anel umbilical dos quais 11 e 14 são novos, respectivamente. Além disso, foi observada uma variante com função deletéria localizada no gene ITGAM, que participa do processo biológico de diferenciação celular ectodérmica. Considera-se que o perfil da expressão desses genes possa interferir no desenvolvimento normal do tecido, causar enfraquecimento e diminuir a resistência do local, podendo levar a formação de ambas as hérnias em suínos. Assim, avançou-se no conhecimento dos genes relacionados ao surgimento da HE e HU, contribuindo para a compreensão do mecanismo genético relacionado aos dois tipos de hérnia em suínos. MenosResumo: A hérnia é considerada um dos defeitos congênitos mais comuns encontrados em suínos. As mais observadas são escrotais (HE), inguinais (HI) e umbilicais (HU). As hérnias causam prejuízo para a suinocultura mundial devido a redução da eficiência produtiva, além de afetar negativamente o bem-estar do animal. Vários estudos genômicos já foram conduzidos, porém, ainda não foi possível identificar os genes responsáveis pela formação das hérnias em suínos, dificultando a seleção contra essas características. Dessa forma, buscou-se comparar o perfil de expressão dos transcriptomas relacionados às hérnias escrotal e umbilical e identificar genes candidatos aos dois tipos de hérnia, utilizando análises de RNA-Seq. Coletaram-se amostras biológicas de anel inguinal e umbilical de suínos com HE, HU e livres destes defeitos, as quais passaram pela extração do RNA. Após, foram preparadas bibliotecas de cDNA e estas sequenciadas na plataforma Illumina. As sequências passaram por análise de controle de qualidade e foram alinhadas e mapeadas contra o genoma de referência do suíno (Sus scrofa, v11.1). Posteriormente, foram identificados os genes expressos nos tecidos e os genes diferencialmente expressos (DE) quando comparados os grupos controle e afetados. O perfil de expressão dos transcriptomas relacionados à HE e HU foi comparado para identificar genes DE nos dois tipos de hérnia. Realizaram-se análises para a descoberta de polimorfismos nesses genes com posterior anotação daqueles... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Expressão gênica; RNA-Seq; Sequenciamento. |
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Thesagro: |
Genética Animal; Melhoramento Genético Animal; Suinocultura. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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300 $a101 f.$cDissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade do Estado de Santa Catarina, Chapecó, SC.
500 $aOrientação Mônica Corrêa Ledur e Coorientação Jane de Oliveira Peixoto.
520 $aResumo: A hérnia é considerada um dos defeitos congênitos mais comuns encontrados em suínos. As mais observadas são escrotais (HE), inguinais (HI) e umbilicais (HU). As hérnias causam prejuízo para a suinocultura mundial devido a redução da eficiência produtiva, além de afetar negativamente o bem-estar do animal. Vários estudos genômicos já foram conduzidos, porém, ainda não foi possível identificar os genes responsáveis pela formação das hérnias em suínos, dificultando a seleção contra essas características. Dessa forma, buscou-se comparar o perfil de expressão dos transcriptomas relacionados às hérnias escrotal e umbilical e identificar genes candidatos aos dois tipos de hérnia, utilizando análises de RNA-Seq. Coletaram-se amostras biológicas de anel inguinal e umbilical de suínos com HE, HU e livres destes defeitos, as quais passaram pela extração do RNA. Após, foram preparadas bibliotecas de cDNA e estas sequenciadas na plataforma Illumina. As sequências passaram por análise de controle de qualidade e foram alinhadas e mapeadas contra o genoma de referência do suíno (Sus scrofa, v11.1). Posteriormente, foram identificados os genes expressos nos tecidos e os genes diferencialmente expressos (DE) quando comparados os grupos controle e afetados. O perfil de expressão dos transcriptomas relacionados à HE e HU foi comparado para identificar genes DE nos dois tipos de hérnia. Realizaram-se análises para a descoberta de polimorfismos nesses genes com posterior anotação daqueles encontrados para as duas hérnias estudadas. Em cada grupo, compararam-se os genes DE e foi verificado se estes estavam em regiões de QTL (Quantitative trait loci) já relatadas para suínos. Após comparação dos dois transcriptomas (HE e HU), observou-se que 94,91% dos genes encontrados estavam contidos em ambos os grupos. Quando comparadas amostras de animais afetados com aquelas de seus respectivos grupos controle, identificaram-se 627 genes DE para HE e 199 para HU, dos quais 35 genes estavam DE em ambos os grupos. Estes genes participam de 108 processos biológicos que envolvem desde o sistema imunológico até a organização celular. Dos genes DE em ambos os grupos, dois (ACAN e BCHE) estão em regiões de QTL já relatadas para hérnia escrotal. Considerou-se os genes MAP1LC3C, VIT, ACAN, ACER2, KCNMA1 e SYNPO2 candidatos ao surgimento dos dois tipos de defeito por apresentarem expressão equivalente em ambas as hérnias e participarem nos processos de adesão celular, organização do citoesqueleto, produção de colágeno, relaxamento muscular e autofagia. Identificaram-se 67 polimorfismos no tecido do anel inguinal e 76 no anel umbilical dos quais 11 e 14 são novos, respectivamente. Além disso, foi observada uma variante com função deletéria localizada no gene ITGAM, que participa do processo biológico de diferenciação celular ectodérmica. Considera-se que o perfil da expressão desses genes possa interferir no desenvolvimento normal do tecido, causar enfraquecimento e diminuir a resistência do local, podendo levar a formação de ambas as hérnias em suínos. Assim, avançou-se no conhecimento dos genes relacionados ao surgimento da HE e HU, contribuindo para a compreensão do mecanismo genético relacionado aos dois tipos de hérnia em suínos.
650 $aGenética Animal
650 $aMelhoramento Genético Animal
650 $aSuinocultura
653 $aExpressão gênica
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653 $aSequenciamento
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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| 4. |  | TALAMINI, V.; CARVALHO, E. de A.; MEDEIROS, F. H. V. de; PEREIRA, P. de F.; OLIVEIRA, F. A. de; SANTOS, C. C. dos; SILVA, J. C. da. Prospecção e eficiência de antagonistas à resinose do coqueiro (Thielaviopsis paradoxa) nos Tabuleiros Costeiros e na Amazônia Oriental. In: SEMINÁRIO SOBRE INTENSIFICAÇÃO ECOLÓGICA DA FRUTICULTURA, 3.; REUNIÃO COMITÊ GESTOR DO PROJETO SISTEMA ECOLOGICAMENTE INTENSIVO DE PRODUÇÃO DE FRUTAS, 3., 2014, Aracaju. Seifrut: [anais..]. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 172-176. Editores Técnicos: Carlos Roberto Martins, Francisco Alisson Xavier, Antônio Souza do Nascimento.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 5. | | NUNES, P. S. de O.; JÚNIOR, G. V. L.; MASCARIN, G. M.; GUIMARÃES, R. A.; MEDEIROS, F. H. V. de; ARTHURS, S.; BETTIOL, W. Microbial consortia of biological products: do they have a future? Biological Control, v. 188, article 105439, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 6. | | BUENO, A. de F.; CARVALHO. G. A.; NOGUEIRA, M. A.; MEDEIROS, F. H. V. de; MEDEIROS, F. C. L. de; HUNGRIA, M.; ARDISSON-ARAÚJO, D. M.; RIBEIRO, B. M.; SÓSA-GOMEZ, D. R.; HIROSE, E. Compatibilidade no uso de bioinsumos e insumos sintéticos no manejo da cultura da soja. In: MEYER, M. C.; BUENO, A. de F.; MAZARO, S. M.; SILVA, J. C. da (ed.). Bioinsumos na cultura da soja. Brasília, DF: Embrapa, 2022. cap. 27. p. 473-492.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 7. | | MARTINS, S. A.; SCHURT, D. A.; SEABRA, S. S.; MARTINS, S. J.; RAMALHO, M. A. P.; MOREIRA, F. M. de S.; SILVA, J. C. P. da; SILVA, J. A. G. da; MEDEIROS, F. H. V. de. Common bean (Phaseolus vulgaris L.) growth promotion and biocontrol by rhizobacteria under Rhizoctonia solani suppressive and conducive soils. Applied Soil Ecology, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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| 8. | | REZENDE, L. C. de; CARVALHO, A. L. de A.; COSTA, L. B.; HALFELD-VIEIRA, B. de A.; SILVA, L. G.; PINTO. Z. V.; MORANDI, M. A. B.; MEDEIROS, F. H. V. de; MASCARIN, G. M.; BETTIOL, W. Optimizing mass production of Trichoderma asperelloides by submerged liquid fermentation and its antagonism against Sclerotinia sclerotiorum. World Journal of Microbiology & Biotechnology, v. 36, n. 8, article 113, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 9. | | PINTO, F. A. M. F.; PORTO, V. B. C.; GUIMARÃES, R. A.; SIQUEIRA, C. da S.; FARIA, M. R. de; MACHADO, J. da C.; MEDEIROS, H. N.; SILVA, D. D. da; SANTOS NETO, H.; POZZA, E. A.; MEDEIROS, F. H. V. de. Detection and factors that induce Stenocarpella spp. survival in maize stubble and soil suppressiveness under tropical conditions. Applied Sciences, v. 12, 4974, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 11. | | MEYER, M. C.; CAMPOS, H. D.; GODOY, C. V.; UTIAMADA, C. M.; OLIVEIRA, M. C. N. de; JACCOUD FILHO, D. de S.; VENANCIO, W. S.; MEDEIROS, F. H. V. de; JULIATTI, F. C.; CARNEIRO, L. C.; NUNES JUNIOR, J.; MARTINS, M. C. Experimentos cooperativos de controle biológico de Sclerotinia sclerotiorum na cultura da soja: Resultados sumarizados da safra 2018/2019. Londrina: Embrapa Soja, 2019. 5 p. (Embrapa Soja. Circular técnica, 155).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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