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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
29/08/2024 |
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Data da última atualização: |
07/01/2025 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BITTENCOURT, A.; EGITO, A. A. do; SUNIGA, P. A. P.; SANTIAGO, G. G.; SANTOS, R. M. dos; CARDOSO, E. P.; VERARDO, L. L.; SILVA, M. V. G. B.; TORAL, F. L. B. |
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Afiliação: |
ANGELA BITTENCOURT, UNIVERSIDADE FEDERAL DO MATO GROSSO DO SUL; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; PAULA ADAS PEREIRA SUNIGA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO MATO GROSSO DO SUL; GUSTAVO GARCIA SANTIAGO, UNIVERSIDADE FEDERAL DO MATO GROSSO DO SUL; RAFAEL MONTEIRO DOS SANTOS, UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS; EDUARDO PENTEADO CARDOSO, FAZENDA MUNDO NOVO; LUCAS LIMA VERARDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DOS VALES DO JEQUITINHONHA E MUCURI; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; FABIO LUIZ BURANELO TORAL, UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS. |
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Título: |
Genome-wide assessment of runs of homozygosity to estimate inbreeding in a closed Nellore herd. |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 288, 105547, 2024. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.livsci.2024.105547 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The objective of this study was to compare the inbreeding coefficients estimated from pedigree data (FPED), traditionally used for internal monitoring by herds and breeding programs, with genomic estimates through the genomic relationship matrix (FGRM) and runs of homozygosity (FROH). Besides, we used the genotype data to obtain the linkage disequilibrium (LD), population effective size (Ne), runs of homozygosity (ROH) islands and functional analysis of the genes presented in ROH islands. Male calves and sires from a closed Nellore herd (Lemgruber line) were genotyped with the Z-chip v2 (Neogen, Lincoln, Nebraska, USA) that contains approximately 30 thousand SNP markers. After quality control, 1088 animals and 21,351 SNPs remained for analysis. Runs of homozygosity (ROH) segments were identified in all analyzed animals, with an average number of 57.93 and average length of 2.95 Mb. We observed a higher occurrence of ROH up to 9 Mb, suggesting a proper mating scheme, which corroborate with LD and Ne analysis results. Estimates of FPED, FGRM and FROH ranged from 0 to 0.2856, from 0.0705 to 0.3686 and from 0.0229 to 0.2762, respectively. Low to moderate correlations were observed between FPED and FGRM (0.17, P < 0.001); FPED and FROH (0.20, P < 0.001) and FGRM and FROH (0.92, P < 0.001). Nevertheless, considering our results we were successful in use runs of homozygosity for estimating autozygosity in a closed Nellore herd. Besides, from ROH islands, we were able to identify a candidate gene (HTR1A) for docility in this Nellore herd. MenosThe objective of this study was to compare the inbreeding coefficients estimated from pedigree data (FPED), traditionally used for internal monitoring by herds and breeding programs, with genomic estimates through the genomic relationship matrix (FGRM) and runs of homozygosity (FROH). Besides, we used the genotype data to obtain the linkage disequilibrium (LD), population effective size (Ne), runs of homozygosity (ROH) islands and functional analysis of the genes presented in ROH islands. Male calves and sires from a closed Nellore herd (Lemgruber line) were genotyped with the Z-chip v2 (Neogen, Lincoln, Nebraska, USA) that contains approximately 30 thousand SNP markers. After quality control, 1088 animals and 21,351 SNPs remained for analysis. Runs of homozygosity (ROH) segments were identified in all analyzed animals, with an average number of 57.93 and average length of 2.95 Mb. We observed a higher occurrence of ROH up to 9 Mb, suggesting a proper mating scheme, which corroborate with LD and Ne analysis results. Estimates of FPED, FGRM and FROH ranged from 0 to 0.2856, from 0.0705 to 0.3686 and from 0.0229 to 0.2762, respectively. Low to moderate correlations were observed between FPED and FGRM (0.17, P < 0.001); FPED and FROH (0.20, P < 0.001) and FGRM and FROH (0.92, P < 0.001). Nevertheless, considering our results we were successful in use runs of homozygosity for estimating autozygosity in a closed Nellore herd. Besides, from ROH islands, we were able to identify a ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Autozygosity; Inbreeding coefficients; Inbreeding Genomic; SNP. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Bovino. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 8 | |
| 3. |  | MARTINS, C. E. N.; FEISTAUER, D.; VIEIRA, A. R. R.; PORFÍRIO-DA-SILVA, V.; QUADROS, S. F. A. de. Crescimento de espécies nativas e produção de material formador da serapilheira em um sistema silvipastoril. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SISTEMAS AGROFLORESTAIS, 5., 2004, Curitiba. SAFs: desenvolvimento com proteção ambiental: anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2004. p. 470-472. (Embrapa Florestas. Documentos, 98).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 5. | | MARTINS, C. E. N.; QUADROS, S. A. F.; TRINDADE, J. P. P.; QUADROS, F. L. F.; COSTA, J. H. C.; RADUENZ, G. Forma e função em vacas Braford: o exterior como indicativo de desempenho e temperamento. Archivos de Zootecnia, Córdoba, v. 58, n.223, p. 425-433, Sept. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 6. | | MARTINS, C. E. N.; VIEIRA, A. R. R.; PORFÍRIO-DA-SILVA, V.; VINCENZI, M. L.; QUADROS, S. A. F. de; FEISTAUER, D.; APA, H. C. G. do R.; OURIQUES, M.; PROBST, R.; PATRÍCIO, L. A. Avaliação da composição botânica de um campo nativo melhorado em um sistema silvipastoril. Revista Brasileira Agroecologia, v. 2, n. 1, p. 1641-1644, 2007. Edição dos Resumos do II Congresso Brasileiro de Agroecologia, Guarapari, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 7. | | BANDINELLI, D. G.; QUADROS, F. L. F. de; MAIXNER, A. R.; SIMÕES, L. F. C.; MARTINS, C. E. N.; SILVA, A. C. F. da; TREVISAN, N. de B.; BRUM, M. da S.; AURÉLIO, N. D. Desempenho animal em pasto de aveia e azevém com distintas biomassas de lâminas foliares. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 40, n. 12, p. 1231-1238, dez. 2005 Título em inglês: Animal performance in oat and Italian ryegrass pastures under leaf lamina biomass levels.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 8. | | MARTINS, C. E. N.; VIEIRA, A. R. R.; PORFÍRIO-DA-SILVA, V.; VINCENZI, M. L.; QUADROS, S. A. F. de; FEISTAUER, D.; RIO APA, H. C. G. do; OURIQUES, M.; PROBST, R.; PATRÍCIO, L. A. Avaliação de espécies arbóreas em um sistema silvipastoril no município de Imaruí, SC. Revista Brasileira Agroecologia, v. 2, n. 1, p. 1637-1640, 2007. Edição dos Resumos do II Congresso Brasileiro de Agroecologia, Guarapari, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| Registros recuperados : 8 | |
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| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
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