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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
17/12/2013 |
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Data da última atualização: |
15/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
McCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G. R.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. de A.; ALBUQUERQUE, M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; SIMPSON, B.; MARQUES, E.; McEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; WILLIAMS, R.; TASSELL, C. P. V. |
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Afiliação: |
MATTHEW C. McCLURE, USDA; TAD S. SONSTEGARD, USDA; GEORGE R. WIGGANS, USDA; ALISON L. VAN EENENNAAM, University of California - Davis; KRISTINA L. WEBER, University of California-Davis; CECILIA T. PENEDO, University of California-Davis; DONAGH P. BERRY, Animal and Grassland Research and Innovation Centre, Ireland; JOHN FLYNN, Weatherbys DNA Laboratory, Ireland; JOSÉ F. GARCIA, UNESP; ADRIANA S. CARMO, Deoxi Biotecnologia, Araçatuba; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; MILLA ALBUQUERQUE, USP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MIKE COFFEY, SRUC, Scotland; KIRSTY MOORE, SRUC, Scotland; MARIE-YVONNE BOSCHER, LABOGENA, France; LUCIE GENESTOUT, LABOGENA, France; RAFFAELE MAZZA, Italian Breeders Association, Roma; JEREMY F. TAYLOR, University of Missouri-Columbia; ROBERT D. SCHNABEL, University of Missouri-Columbia; BARRY SIMPSON, GeneSeek, Neogen Company, Lincoln, USA; ELISA MARQUES, GeneSeek, Neogen Company, Lincoln, USA; JOHN C. McEWAN, AgResearch, Invermay Agricultural Centre, New Zealand; ANDREW CROMIE, Irish Cattle Breeding Federation, Ireland; LUIZ L. COUTINHO, ESALQ/USP; LARRY A. KUEHN, USDA-ARS; JOHN W. KEELE, USDA-ARS; EMILY K. PIPER, University of Queensland, Australia; JIM COOK, University of New England, Australia; ROBERT WILLIAMS, American-International Charolais Association, USA; CURTIS P. VAN TASSELL, USDA. |
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Título: |
Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple Bos taurus and Bos indicus breeds. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 4, n. 176, 2013. |
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Páginas: |
11 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
To assist cattle producers transition from microsatellite (MS) to single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping for parental verification we previously devised an effective and inexpensive method to impute MS alleles from SNP haplotypes. While the reported method was verified with only a limited data set (N = 479) from Brown Swiss, Guernsey, Holstein, and Jersey cattle, some of the MS-SNP haplotype associations were concordant across these phylogenetically diverse breeds. This implied that some haplotypes predate modern breed formation and remain in strong linkage disequilibrium. To expand the utility of MS allele imputation across breeds, MS and SNP data from more than 8000 animals representing 39 breeds (Bos taurus and B. indicus) were used to predict 9410 SNP haplotypes, incorporating an average of 73 SNPs per haplotype, for which alleles from 12 MS markers could be accurately be imputed. Approximately 25% of the MS-SNP haplotypes were present in multiple breeds (N = 2 to 36 breeds). These shared haplotypes allowed for MS imputation in breeds that were not represented in the reference population with only a small increase in Mendelian inheritance inconsistancies. Our reported reference haplotypes can be used for any cattle breed and the reported methods can be applied to any species to aid the transition from MS to SNP genetic markers. While ~91% of the animals with imputed alleles for 12 MS markers had ≤1 Mendelian inheritance conflicts with their parents' reported MS genotypes, this figure was 96% for our reference animals, indicating potential errors in the reported MS genotypes. The workflow we suggest autocorrects for genotyping errors and rare haplotypes, by MS genotyping animals whose imputed MS alleles fail parentage verification, and then incorporating those animals into the reference dataset. MenosTo assist cattle producers transition from microsatellite (MS) to single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping for parental verification we previously devised an effective and inexpensive method to impute MS alleles from SNP haplotypes. While the reported method was verified with only a limited data set (N = 479) from Brown Swiss, Guernsey, Holstein, and Jersey cattle, some of the MS-SNP haplotype associations were concordant across these phylogenetically diverse breeds. This implied that some haplotypes predate modern breed formation and remain in strong linkage disequilibrium. To expand the utility of MS allele imputation across breeds, MS and SNP data from more than 8000 animals representing 39 breeds (Bos taurus and B. indicus) were used to predict 9410 SNP haplotypes, incorporating an average of 73 SNPs per haplotype, for which alleles from 12 MS markers could be accurately be imputed. Approximately 25% of the MS-SNP haplotypes were present in multiple breeds (N = 2 to 36 breeds). These shared haplotypes allowed for MS imputation in breeds that were not represented in the reference population with only a small increase in Mendelian inheritance inconsistancies. Our reported reference haplotypes can be used for any cattle breed and the reported methods can be applied to any species to aid the transition from MS to SNP genetic markers. While ~91% of the animals with imputed alleles for 12 MS markers had ≤1 Mendelian inheritance conflicts with their parents' reported MS ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Imputation; Microsatellite; Parentage verification; SNP; STR. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 18 | |
| 1. |  | MORI, I. K.; PEREIRA, E. dos S.; JANK, L.; MARCOS, M. F. Aplicação de descritores morfológicos em genótipos de Panicum maximum Jacq. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 108-111 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 2. | | PEREIRA, E. S.; JANK, L.; MORI, I. K.; MARCOS, M. F. Florescimento e produção de sementes de híbridos de Panicum maximum. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 7., 2011, CAMPO GRANDE, MS. [Anais da]... Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 3. | | MARCOS, M. F.; FERNANDES, C. D.; RESENDE, R. M. S.; MALLMANN, G.; JANK, L. Reação de híbridos apomíticos de Panicum maximum à Bipolaris maydis. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 8., 2012, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2012. 2 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 198).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 4. | | MARCOS, M. F.; JANK, L.; FERNANDES, C. D.; VERZIGNASSI, J. R. Reação à Bipolaris maydis, agente causal da mancha foliar, em híbridos apomíticos de Panicum maximum. Summa Phytopathol., Botucatu, v. 41, n. 3, p. 197-201, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 5. | | PEREIRA, E. S.; JANK, L.; LIMA, M. D.; MARCOS, M. F. Produção de sementes de híbridos de Panicum maximum. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 8., 2012, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2012. 2 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 198).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 6. | | PEREIRA, e. DOS s.; JANK, L.; MORI, I. K.; MARCOS, M. F. Produção de sementes de híbridos de Panicum maximum. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 78-81 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 8. | | MORI, I. K.; PEREIRA, E. S.; JANK, L.; MARCOS, M. F. Uso de descritores morfológicos em genótipos de Panicum maximum Jacq. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 7., 2011, CAMPO GRANDE, MS. [Anais da]... Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 9. | | MARCOS, M. F.; JANK, L.; MORI; PEREIRA, E. DOS S.; SOUZA, F. H. D. de; MATTA, F. de P. Avaliação de acessos de Paspalum ssp. para estabelecimento de gramados. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 7., 2011, CAMPO GRANDE, MS. [Anais da]... Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 10. | | MARCOS, M. F.; FERNANDES, C. D.; JANK, L.; VERZIGNASSI, J. R.; MALLMANN, G.; QUEIROZ, C. de A.; BATISTA, M. V. Reação de híbridos apomíticos de Panicum maximum a Bipolaris maydis, agente causal da mancha foliar. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 48.; CONGRESSO BRASILEIRO DE PATOLOGIA PÓS COLHEITA, 2., 2015, São Pedro, SP. Fitopatologia de precisão: fronteiras da ciência: anais. São Pedro, SP: Sociedade Brasileira de Fitopatologia, 2015. Título em inglês: Reaction of apomitic hybrids of Panicum maximum to Bipolaris maydis, the etiologic agent of leaf spot.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 12. | | MARCOS, M. F.; JANK, L.; MORI, I. K.; PEREIRA, E. DOS S.; SOUZA, F. H. D. de; MATTA, F. de P. Avaliação de acessos de Paspalum ssp. para estabelecimento de gramados. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 7., 2011, CAMPO GRANDE, MS. [Anais da]... Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 13. | | OLIVEIRA, A. B. de; BRAZ, T. G. dos S.; JANK, L.; ORTEGA, P. A.; RODRIGO PIRES CORRÊA; MOTA, L. F. M.; MARCOS, M. F.; PEREIRA, E. dos S. Correlações fenotípicas, genotípicas e ambientais entre caracteres agronômicos e a incidência de Bipolaris maydis em Panicum maximum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 21.; CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 13.; FÓRUM DE ESTUDANTES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 7.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 17.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNISTAS, 23.; SIMPÓSIO ALAGOANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 2.; 2011, Alagoas. Inovação tecnológica e mercado consumidor: anais. Maceió : UFAL: ABZ, 2011. 1-3 1 CD-ROM ZOOTEC 2011| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 14. | | BRAZ, T. G. dos S.; JANK, L.; FONSECA, D. M. da; PEREIRA, E. dos S.; MORI, I. K.; MARCOS, M. F. Correlações fenotípicas, genotípicas e ambientais entre caracteres para o melhoramento de Panicum maximum Jacq. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 246-249 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 15. | | BRAZ, T. G. dos S.; JANK, L.; FONSECA, D. M. de; MORI, I. K.; MARCOS, M. F.; BEZERRA, J. D. C. Correlação entre caracteres agronômicos e de valor nutritivo em híbridos de Panicum maximum. In: CONGRESSO DE FORRAGICULTURA E PASTAGENS, 4., 2011, Lavras. Anais... Lavras: UFLA: NEFOR, 2011. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 16. | | MARCOS. M. F.; JANK, L.; MORI, I. K.; PEREIRA, E. dos S.; SOUZA, F. H. D. de; MATTA, F. de P. Estabelecimento de Acessos de Paspalum ssp. para gramados. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 195-198 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 17. | | MARCOS. M. F.; JANK, L.; MORI, I. K.; PEREIRA, E. dos S.; SOUZA, F. H. D. de; MATTA, F. de P. Estabelecimento de Acessos de Paspalum ssp. para gramados. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 195-198 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 18. | | MOTA, L. F. M.; BRAZ, T. G. dos S.; JANK, L.; OLIVEIRA, A. B. de; ORTEGA, P. A.; CORRÊA, R. P.; PEREIRA, E. dos S.; MARCOS, M. F. Repetibilidade de caracteres agronômicos em genótipos de Panicum maximum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 21.; CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 13.; FÓRUM DE ESTUDANTES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 7.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 17.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNISTAS, 23.; SIMPÓSIO ALAGOANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 2.; 2011, Alagoas. Inovação tecnológica e mercado consumidor: anais. Maceió : UFAL: ABZ, 2011. 1-3 1CD-ROM ZOOTEC 2011| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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