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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
14/03/2017 |
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Data da última atualização: |
14/03/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
MOTTA, L. B. |
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Afiliação: |
LUDYMILA BRANDÃO MOTTA. |
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Título: |
Genotipagem por sequenciamento para identificação de SNPs e associação com características agronômicas em Coffea canephora. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
2016. |
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Páginas: |
159 f. |
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Descrição Física: |
il. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (doutorado em Produção vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, MG. Orientadora: Taís Cristina Bastos Soares. Coorientadores: Maria Amélia Gava Ferrão, Alan Carvalho Andrade, Cosme Damião Cruz. |
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Conteúdo: |
A genotipagem por sequenciamento (GBS) é capaz de identificar e genotipar milhares de polimorfismos do tipo SNPs de forma simultânea. Objetiva-se contribuir para o melhoramento genético do cafeeiro Conilon através da caracterização da ocorrência de SNPs no genoma de Coffea canephora e de associações destes com características de interesse agronômico. Os145 indivíduos de duas famílias de irmãos completos (clones 109x120/120x109 e 76x48) do programa de melhoramento do Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper)foram fenotipados e os DNAs foram multiplexados em sequenciador Ilumina na Universidade de Cornell. Detectaram-se 91.105 SNPs antes de aplicar os parâmetros de filtragem, sendo que após os filtros houve redução de 64%. Ampla distribuição dos SNPs foi encontrada, sendo que foram detectados em média 1330 SNPs gênicos e 2955 intergênicos, por pseudocromossomo. Verificou-se que o padrão de distribuição dos SNPs nas regiões do genoma difere. A menor ocorrência de SNPs detectada em regiões gênicas é esperada como consequência da pressão de seleção, que limita as alterações de aminoácidos nas sequências proteicas. Os estudos de associação permitiram encontrar 18 SNPs associados a características fenotípicas de Coffea canephora (S2_9329731, S2_4579518, S2_41329025, S2_17821870, S2_20934616, S3_23227842, S4_22978689, S5_10964474, S6_9949547, S7_13991105, S7_13991086, S7_13991077, S9_4618814, S9_18527411, S10_24840747, S11_30063996, S11_23828233). Localizam-se em regiões intergênicas 33% dos SNPs, sendo que os demais se distribuem em região de íntrons, éxons e 3?UTR. Os SNPs em região codificadora são responsáveis por alterações não sinônimas em 82% das ocorrências. Os resultados encontrados são importantes para a cafeicultura e podem contribuir para a seleção assistida por marcadores. MenosA genotipagem por sequenciamento (GBS) é capaz de identificar e genotipar milhares de polimorfismos do tipo SNPs de forma simultânea. Objetiva-se contribuir para o melhoramento genético do cafeeiro Conilon através da caracterização da ocorrência de SNPs no genoma de Coffea canephora e de associações destes com características de interesse agronômico. Os145 indivíduos de duas famílias de irmãos completos (clones 109x120/120x109 e 76x48) do programa de melhoramento do Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper)foram fenotipados e os DNAs foram multiplexados em sequenciador Ilumina na Universidade de Cornell. Detectaram-se 91.105 SNPs antes de aplicar os parâmetros de filtragem, sendo que após os filtros houve redução de 64%. Ampla distribuição dos SNPs foi encontrada, sendo que foram detectados em média 1330 SNPs gênicos e 2955 intergênicos, por pseudocromossomo. Verificou-se que o padrão de distribuição dos SNPs nas regiões do genoma difere. A menor ocorrência de SNPs detectada em regiões gênicas é esperada como consequência da pressão de seleção, que limita as alterações de aminoácidos nas sequências proteicas. Os estudos de associação permitiram encontrar 18 SNPs associados a características fenotípicas de Coffea canephora (S2_9329731, S2_4579518, S2_41329025, S2_17821870, S2_20934616, S3_23227842, S4_22978689, S5_10964474, S6_9949547, S7_13991105, S7_13991086, S7_13991077, S9_4618814, S9_18527411, S10_24840747, S11_30063996, S11_23828233)... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Estudo de associação; Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Sequenciamento de nucleotídeo. |
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Thesagro: |
Café. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea; Genotyping; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aA genotipagem por sequenciamento (GBS) é capaz de identificar e genotipar milhares de polimorfismos do tipo SNPs de forma simultânea. Objetiva-se contribuir para o melhoramento genético do cafeeiro Conilon através da caracterização da ocorrência de SNPs no genoma de Coffea canephora e de associações destes com características de interesse agronômico. Os145 indivíduos de duas famílias de irmãos completos (clones 109x120/120x109 e 76x48) do programa de melhoramento do Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper)foram fenotipados e os DNAs foram multiplexados em sequenciador Ilumina na Universidade de Cornell. Detectaram-se 91.105 SNPs antes de aplicar os parâmetros de filtragem, sendo que após os filtros houve redução de 64%. Ampla distribuição dos SNPs foi encontrada, sendo que foram detectados em média 1330 SNPs gênicos e 2955 intergênicos, por pseudocromossomo. Verificou-se que o padrão de distribuição dos SNPs nas regiões do genoma difere. A menor ocorrência de SNPs detectada em regiões gênicas é esperada como consequência da pressão de seleção, que limita as alterações de aminoácidos nas sequências proteicas. Os estudos de associação permitiram encontrar 18 SNPs associados a características fenotípicas de Coffea canephora (S2_9329731, S2_4579518, S2_41329025, S2_17821870, S2_20934616, S3_23227842, S4_22978689, S5_10964474, S6_9949547, S7_13991105, S7_13991086, S7_13991077, S9_4618814, S9_18527411, S10_24840747, S11_30063996, S11_23828233). Localizam-se em regiões intergênicas 33% dos SNPs, sendo que os demais se distribuem em região de íntrons, éxons e 3?UTR. Os SNPs em região codificadora são responsáveis por alterações não sinônimas em 82% das ocorrências. Os resultados encontrados são importantes para a cafeicultura e podem contribuir para a seleção assistida por marcadores.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 6 | |
| 1. |  | PAULETTI, P.; MACHADO NETO, R.; PACKER, I. U.; BESSI, R. Avaliação de níveis séricos de imunoglobulina, proteína e o desempenho de bezerras da raça Holandesa. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 37, n. 1, p. 89-94, jan. 2002 Título em inglês: Evaluation of levels of serum immunoglobulins, proteins and the performance of Holstein heifers.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 2. | | CARVALHO, R. de; D'ARCE, R. D.; KUCHEMBUCK, M. R. G.; MACHADO NETO, R.; MANZANO, A. Aplicação da técnica da taxa de depuração renal de creatinina para avaliação do status mineral do Ca e P em equinos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 30., 1993, Rio de Janeiro, RJ. Anais... Rio de Janeiro: SBZ, 1993. p. 399.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 3. | | PARRA, J. R. P.; SALVADORI, J. R.; ALMEIDA, R. P.; MACHADO NETO, R. Biologia comparada em duas populações de Pseudaletia sequax Franclemart, 1951 (lep.; Noctuidae). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 12. / ENCONTRO SOBRE MOSCAS-DAS-FRUTAS, 2., 1989, Belo Horizonte. Resumos... [S.l.]: Sociedade Entomológica do Brasil, [1989]. v. 1 p. 5| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 5. | | MACHADO NETO, R.; PACKER, I. U.; MENTEN, J. F.; LAVORENTI, A. Efeito da raça, dieta, época e ordem de parição na concentração de imunoglobulina G no colostro de suínos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 36, n. 10, p. 1295-99, out. 2001 Título em inglês: Effect of breed, diet, period and lactation numbers on immunoglobulin G concentration in swine colostrum.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 6. | | BARACAT, R. S.; MACHADO NETO, R.; DANIELE, C.; BESSI, R.; PACKER, I. U. Fornecimento prolongado de colostro e proteção passiva em bezerros recém-nascidos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 32, n. 11, p. 1215-20, nov. 1997. Título em inglês: Extended colostrum feeding and passive immunity in newborn calves.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| Registros recuperados : 6 | |
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