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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial. |
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Data corrente: |
17/02/2016 |
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Data da última atualização: |
30/11/2020 |
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Autoria: |
SALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
JOSÉ AUGUSTO SALIM, Computational Biology Research Group; LUIZ BORRO, Computational Biology Research Group; IVAN MAZONI, CNPTIA; JOSÉ GILBERTO JARDINE, CNPM; GORAN NESIC, CNPTIA. |
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Título: |
Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Bioinformatics Advance, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, June 2016. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw082 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Motivation: A graphical representation of physicochemical and structural descriptors attributed to amino acid residues occupying the same topological position in different, structurally aligned proteins can provide a more intuitive way to associate possible functional implications to identified variations in structural characteristics. This could be achieved by observing selected characteristics of amino acids and of their corresponding nano environments, described by the numerical value of matching descriptor. For this purpose, a webbased tool called Multiple Structures Single Parameter (MSSP) was developed and here presented. Results: MSSP produces a 2D plot of a single protein descriptor for a number of structurally aligned protein chains. From a total of 150 protein descriptors available in MSSP, selected out of more than 1500 parameters stored in the STING database, it is possible to create easily readable and highly informative XY-plots, where X-axis contains the amino acid position in the multiple structural alignment, and Yaxis contains the descriptor?s numerical values for each aligned structure. To illustrate one of possible MSSP contributions to the investigation of changes in physicochemical and structural properties of mutants, comparing them to the cognate wild type structure, the oncogenic mutation of M918T in RET Kinase is presented. The comparative analysis of wild type and mutant structures shows great changes in their electrostatic potential. These variations are easily depicted at the MSSP generated XY plot. MenosMotivation: A graphical representation of physicochemical and structural descriptors attributed to amino acid residues occupying the same topological position in different, structurally aligned proteins can provide a more intuitive way to associate possible functional implications to identified variations in structural characteristics. This could be achieved by observing selected characteristics of amino acids and of their corresponding nano environments, described by the numerical value of matching descriptor. For this purpose, a webbased tool called Multiple Structures Single Parameter (MSSP) was developed and here presented. Results: MSSP produces a 2D plot of a single protein descriptor for a number of structurally aligned protein chains. From a total of 150 protein descriptors available in MSSP, selected out of more than 1500 parameters stored in the STING database, it is possible to create easily readable and highly informative XY-plots, where X-axis contains the amino acid position in the multiple structural alignment, and Yaxis contains the descriptor?s numerical values for each aligned structure. To illustrate one of possible MSSP contributions to the investigation of changes in physicochemical and structural properties of mutants, comparing them to the cognate wild type structure, the oncogenic mutation of M918T in RET Kinase is presented. The comparative analysis of wild type and mutant structures shows great changes in their electrostatic potential. These variati... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Amino acid residues; Bioinformática. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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100 1 $aSALIM, J. A.
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700 1 $aMAZONI, I.
700 1 $aJARDINE, J. G.
700 1 $aNESHICH, G.
773 $tBioinformatics Advance$gv. 32, n. 12, p. 1885-1887, June 2016.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 21 | |
| 2. |  | OLIVEIRA, T. B.; MACHADO, M. R.; SILVA-LOBO, V. L.; FILIPPI, M. C. Aumento da produtividade em arroz, cv. BRS Primavera, por meio do controle da brusone nas panículas. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. S 202-S 203, ago. 2007. Suplemento. ref. 0464. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, PR, ago. 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 3. | | MACHADO, M. R.; OLIVEIRA, T. B.; SILVA-LOBO, V. L.; FILIPPI, M. C. Controle da brusone nas folhas em arroz de terras altas. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. S 229, ago. 2007. Suplemento. ref. 0599. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, PR, ago. 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 4. | | MACHADO, M. R.; SILVA, F. R.; FILIPPI, M. C.; SILVA-LOBO, V. L. Efeito de rizobactérias na redução da severidade da brusone em arroz. Tropical Plant Pathology, v. 35, p. S57, ago. 2010. Suplemento, ref. 02.041. Edição dos resumos do XLIII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Cuiabá, ago. 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 6. | | MARTINS, L. L.; ALMEIDA-SILVA, I.; ROSSATO, M.; MURASHIMA, A. A. B.; HYPPOLITO, M. A.; MACHADO, M. R. F. Macroscopic description of the external and middle ear of paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766). Pesquisa Veterinária Brasileira, Brasília, DF, v. 35, n. 6, p. 583-589, jun. 2015| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 7. | | SILVA-LOBO, V. L.; LINS, L. C. P.; FILIPPI, M. C.; MACHADO, M. R.; PRABHU, A. S. Infecção de grãos de arroz irrigado causada por Sarocladium oryzae, no Estado de Tocantins e grau de resistência de cultivares em casa de vegetação. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 35, p. S206, ago. 2010. Suplemento, ref. 07.030. Edição dos resumos do XLIII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Cuiabá, ago. 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 9. | | LEAL, L. M.; SILVA, J. A. C. E.; OLIVEIRA, F. S.; SASAHARA, T. H. C.; MACHADO, M. R. F. Miologia do membro torácico da paca (Cuniculus paca). Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 36, n. 2, p. 136-140, fev. 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 10. | | LEAL, L. M.; SAMIDI, S.; OLIVEIRA, F. S. de; SASAHARA, T. H. C.; MINTO, B. W.; MACHADO, M. R. F. Origem e distribuição das principais artérias do membro torácico de Cuniculus paca (Linnaeus, 1766). Pesquisa Veterinária Brasíleira, Rio de Janeiro, v. 37, n. 1, p. 79-82, janeiro. 2017.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 12. | | MACHADO, M. R.; CARVALHO, R. C. P.; MENDONZA, L. L.; FONSECA, M. E. N.; RIBEIRO, S. G.; BOITEUX, L. S. Phenotypic expression and spectrum of efficiency to four bipartite Begomovirus species of novel tomato resistance sources. In: SOLANACEAE CONFERENCE, 11., 2014, Porto Seguro. Book of abstracts. [s.l.]: [s.n.], 2014. p. 181 Posters 68.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 13. | | CAPALBO, A. C.; CRUZ, C.; OLIVEIRA, F. S. de; SASAHARA, T. H. C.; LEAL, L. M.; SIMÕES, L. S.; MIGLINO, M. A.; MACHADO, M. R. F. Análise histoquímica das glândulas anexas do aparelho reprodutor do macho de paca (Cuniculus paca) Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 36, n. 10, p. 1009-1013, out. 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 14. | | ARAÚJO, J. G. S. de; MACHADO, M. R. I. de M.; SILVA, A. F.; JESUS, R. S. de; FERREIRA, S. N. Análise climática da Bacia do rio Pojuca como solução para o manejo agroecológico a jusante da cidade de Caruaru, PE. In: CONGRESSO INTERNACIONAL SOBRE MUDANÇAS CLIMÁTICAS E SUAS CONSEQUÊNCIAS EM TERRITÓRIOS SEMIÁRIDOS, 1., 2024, Juazeiro. Anais... Juazeiro: UNIVASF: Universidade do Estado da Bahia, 2025. p. 192-196.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 15. | | MACHADO, M. R. F.; GASPARINO, E.; TEIXEIRA, N. M.; CAMPOS, A. T.; KLOSOWSKI, E. S.; SOARES, M. A. M.; SOUZA, I.; GASPARINO, D.; GUERREIRO, P. K. Estudo de fatores genéticos e de ambiente que influenciam o período de lactação de vacas mestiças à primeira cria. In: CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA, 48., 2002, Águas de Lindóia. A genética na inclusão social: anais. Águas de Lindóia: Sociedade Brasileira de Genética, 2002. p. 494.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | LEAL, L. M.; SÁ, R. M. de; OLIVEIRA, F. S. de; SASAHARA, T. H. C.; MINTO, B. W.; MACHADO, M. R. F. Miologia do membro pélvico da paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766). Pesquisa Veterinária Brasileira, Brasília, DF, v. 35, supl. 1, p. 21-26, dez. 2015.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 17. | | MACHADO, M. R. F.; PACHECO, M. R.; LEAL, L. M.; MARTINS, L. L.; REIS, A. C. G. dos; DURTE, J. M. B. Morfologia da língua do cervo do pantanal (Blastocerus dichotomus). Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 36, n. 4, p. 351-355, abr. 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 18. | | RIBEIRO, I. F.; LEAL, L. M.; OLIVEIRA, F. S. de; SIMÕES, L. S.; MORAES, P. C.; MIGLINO, M. A.; MACHADO, M. R. F.; SASAHARA, T. H. C. Morfologia e topografia do baço da paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766). Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 37, n, 10, p. 1177-1180, outubro 2017. Título em inglês: Morphology and topography of the spleen of paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766).| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 19. | | ARAÚJO, J. G. S. de; MACHADO, M. R. I. de M.; SILVA, A. F.; JESUS, R. S. de; FERREIRA, S. N. Qualidade da água do rio Ipojuca na região de Caruaru - PE e a possibilidade de bioremediação. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE EDUCAÇÃO AMBIENTAL INTERDISCIPLINAR, 1.; CONGRESSO BRASILEIRO DE EDUCAÇÃO AMBIENTAL INTERDISCIPLINAR, 6.; WORKSHOP DE EDUCAÇÃO AMBIENTAL INTERDISCIPLINAR, 9., 2023, Juazeiro, BA. Sustentabilidade em ação: anais. Juazeiro: Univasf: São Paulo: UICLAP Editora, 2024. p. 15-37. (Livro, 6).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 20. | | MACHADO, M. R.; SILVA, F. R.; SPERANDIO, E. M.; FILIPPI, M. C.; SILVA, G. B.; PRABHU, A. S.; SILVA-LOBO, V. L. Seleção de rizobactérias antagonistas a Magnaporthe oryzae. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, p. S58, ago. 2009. Suplemento, ref. 204. Edição dos Resumos do XLII do Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Rio de Janeiro, RJ, ago. 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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