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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
11/05/2020 |
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Data da última atualização: |
15/07/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CARMO, C. D. do; SOUSA, M. B. e; PEREIRA, J. dos S.; CEBALLOS, H.; OLIVEIRA, E. J. de. |
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Afiliação: |
CÁTIA DIAS DO CARMO; MASSAINE BANDEIRA E SOUSA; JOCILENE DOS SANTOS PEREIRA; HERNÁN CEBALLOS; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF. |
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Título: |
Identification of waxy cassava genotypes using fourier-transform near-infrared spectroscopy. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Crop Science, 1-13, 2020. |
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ISSN: |
0011-183X |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
High?throughput phenotyping tools that allow the early and accurate evaluation of important agronomic traits have gained space in current breeding programs. The aim of this study was to evaluate the potential of Fourier?transform near?infrared spectroscopy (FT?NIRS) to identify cassava (Manihot esculenta Crantz) clones with waxy starch (i.e., amylose?free) by screening leaves rather than roots, and to validate prediction models for classifying these phenotypes. We analyzed the spectra of 162 waxy and 180 nonwaxy genotypes from five different growing environments. The mean FT?NIRS spectra and principal component analysis (PCA) were used to investigate the potential for grouping the data. For classification, five supervised pattern recognition techniques were tested: Bayesian generalized linear model (BGLM), high?dimensional discriminant analysis (HDDA), partial least squares?discriminant analysis (PLS?DA), parallel random forest (PRANDF), and support vector machines with linear kernel (SVM). The mean spectra and the PCA did not allow discrimination of the genotypes based on starch classification. The SVM and BGLM showed the highest classification accuracy in cross?validation (.86?.87), with higher concordance rates (.88?.83), sensitivity (.87?.85) and specificity (.88). The BGLM and SVM models also obtained better indices in the external validation, with high accuracy (.85) and correct classification of 93% of the waxy genotypes. Thus, performing early selection of root characteristics based on the indirect selection of variables extracted from leaf spectra is a good potential strategy for more efficient breeding of the waxy phenotype. MenosHigh?throughput phenotyping tools that allow the early and accurate evaluation of important agronomic traits have gained space in current breeding programs. The aim of this study was to evaluate the potential of Fourier?transform near?infrared spectroscopy (FT?NIRS) to identify cassava (Manihot esculenta Crantz) clones with waxy starch (i.e., amylose?free) by screening leaves rather than roots, and to validate prediction models for classifying these phenotypes. We analyzed the spectra of 162 waxy and 180 nonwaxy genotypes from five different growing environments. The mean FT?NIRS spectra and principal component analysis (PCA) were used to investigate the potential for grouping the data. For classification, five supervised pattern recognition techniques were tested: Bayesian generalized linear model (BGLM), high?dimensional discriminant analysis (HDDA), partial least squares?discriminant analysis (PLS?DA), parallel random forest (PRANDF), and support vector machines with linear kernel (SVM). The mean spectra and the PCA did not allow discrimination of the genotypes based on starch classification. The SVM and BGLM showed the highest classification accuracy in cross?validation (.86?.87), with higher concordance rates (.88?.83), sensitivity (.87?.85) and specificity (.88). The BGLM and SVM models also obtained better indices in the external validation, with high accuracy (.85) and correct classification of 93% of the waxy genotypes. Thus, performing early selection of root chara... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Mandioca. |
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Thesaurus Nal: |
Cassava. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Biblioteca |
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Cutter |
Registro |
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Status |
URL |
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| Registros recuperados : 18 | |
| 4. |  | HOPKINS, M. J. G.; MARTINS-DA-SILVA, R. C. V. O uso de imagens digitais em herbários. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 54.; REUNIÃO AMAZÔNICA DE BOTÂNICA, 3., 2003, Belém, PA. Botânica: desafios da botânica brasileira no novo milênio: inventário, sistematização, conservação e uso da diversidade vegetal: resumos. Belém, PA: Sociedade Botânica do Brasil: UFRA: Museu Paraense Emílio Goeldi: Embrapa Amazônia Oriental, 2003.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 6. | | FERREIRA, G. C.; MARTINS-DA-SILVA, R. C. V.; HOPKINS, M. J. G. Folheto de identificação: um instrumento para diferenciar espécies agrupadas em um nome vernacular - o exemplo do angelim. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 54.; REUNIÃO AMAZÔNICA DE BOTÂNICA, 3., 2003, Belém, PA. Botânica: desafios da botânica brasileira no novo milênio: inventário, sistematização, conservação e uso da diversidade vegetal: resumos. Belém, PA: Sociedade Botânica do Brasil: UFRA: Museu Paraense Emílio Goeldi: Embrapa Amazônia Oriental, 2003. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 8. | | PEDROSO, A. C. R.; LOVELESS, M. D.; HOPKINS, M.; KANASHIRO, M. Estudo preliminar da morfometria e produção de frutos de Jacaranda copaia (Aubl.) D.Don (Bignoniaceae) na Floresta Nacional do Tapajós. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 54.; REUNIÃO AMAZÔNICA DE BOTÂNICA, 3., 2003, Belém, PA. Botânica: desafios da botânica brasileira no novo milênio: inventário, sistematização, conservação e uso da diversidade vegetal: resumos. Belém, PA: Sociedade Botânica do Brasil: UFRA: Museu Paraense Emílio Goeldi: Embrapa Amazônia Oriental, 2003. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 9. | | PROCÓPIO, L. C.; HOPKINS, M. J. G.; SECCO, R. S.; AGUIAR, O. R.; POTIGUARA, R. V. A importância da identificação botânica nos inventários de manejo florestal: o exemplo do "tauari" (Couratari spp. e Cariniana spp. - Lecythidaceae) na Floresta Nacional do Tapajós. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 54.; REUNIÃO AMAZÔNICA DE BOTÂNICA, 3., 2003, Belém, PA. Botânica: desafios da botânica brasileira no novo milênio: inventário, sistematização, conservação e uso da diversidade vegetal: resumos. Belém, PA: Sociedade Botânica do Brasil: UFRA: Museu Paraense Emílio Goeldi: Embrapa Amazônia Oriental, 2003. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 10. | | HOPKINS, M. J. G.; MARTINS-DA-SILVA, R. C. V.; CORDEIRO, M. dos R. Parataxônomo: profissional indispensável no processo de inventário para o manejo florestal. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 54.; REUNIÃO AMAZÔNICA DE BOTÂNICA, 3., 2003, Belém, PA. Botânica: desafios da botânica brasileira no novo milênio: inventário, sistematização, conservação e uso da diversidade vegetal: resumos. Belém, PA: Sociedade Botânica do Brasil: UFRA: Museu Paraense Emílio Goeldi: Embrapa Amazônia Oriental, 2003. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 12. | | MORETZSOHN, M. de C.; HOPKINS, M. S.; MITCHELL, S. E.; FERREIRA, M. E.; VALLS, J. F. M.; KRESOVICH, S. Characterization and analysis of microsatellite markers in peanut (Arachis hypogaea L.). In: CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA, 47., 2001, Águas de Lindóia. A genética no século XXI: desafios: anais. [Ribeirão Preto, SP]: Sociedade Brasileira de Genética, 2001.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | HOPKINS, M. J. G.; MARTINS-DA-SILVA, R. C. V.; FERREIRA, C. A. C.; SECCO, R. S.; SARQUIS, R. do S. F. R. Atualizando as identificações nos herbários amazônicos através de bancos de dados: o exemplo de Sapotaceae. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 54.; REUNIÃO AMAZÔNICA DE BOTÂNICA, 3., 2003, Belém, PA. Botânica: desafios da botânica brasileira no novo milênio: inventário, sistematização, conservação e uso da diversidade vegetal: resumos. Belém, PA: Sociedade Botânica do Brasil: UFRA: Museu Paraense Emílio Goeldi: Embrapa Amazônia Oriental, 2003. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 14. | | LEAL-BERTIOLI, S. C. M.; NASCIMENTO, E. F. M. B.; CHAVARRO, M. C. F.; CUSTÓDIO, A. R.; HOPKINS, M. S.; MORETZSOHN, M. de C.; BERTIOLI, D. J.; ARAUJO, A. C. G. de. Spontaneous generation of diversity in Arachis neopolyploids (Arachis ipaënsis x Arachis duranensis)4x replays the early stages of peanut evolution. G3: Genes, Genomes, Genetics (Bethesda), v. 11, n. 11, jkab289, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 15. | | FORZZA, R. C.; BAUMGRATZ, J. F. A.; COSTA, A.; HOPKINS, M.; LEITMAN, P. M.; LOHMANN, L. G.; MARTINELLI, G.; MORIM, M. P.; COELHO, M. A. N.; PEIXOTO, A. L.; PIRANI, J. R.; QUEIROZ, L. P.; STEHMANN, J. R.; WALTER, B. M. T.; ZAPII, D. As angiospermas do Brasil. In: FORZZA, R. C.; BAUMGRATZ, J. F.; BICUDO, C. E. M.; CARVALHO JÚNIOR, A. A.; COSTA, A.; COSTA, D. P.; HOPKINS, M.; LEITMAN, P. M.; LOHMANN, L. G.; MAIA, L. C.; MARTINELLI, G.; MENEZES, M.; MORIM, M. P.; COELHO, M. A. N.; PEIXOTO, A. L.; PIRANI, J. R.; PRADO, J.; QUEIROZ, L. P.; SOUZA, V. C.; STEHMANN, J. R.; SYLVESTRE, L. S.; WALTER, B. M. T.; ZAPPI, D. (Ed.). Catálogo de plantas e fungos do Brasil Rio de Janeiro: Andrea Jakobsson Estúdio: Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro, 2010. p. 78-89| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 16. | | FORZZA, R. C.; BAUMGRATZ, J. F. A.; BICUDO, C. E. M.; CARVALHO JÚNIOR, A. A.; COSTA, A.; COSTA, D. P.; HOPKINS, M.; LEITMAN, P. M.; LOHMANN, L. G.; MAIA, L. C.; MARTINELLI, G.; MENEZES, M.; MORIM, M. P.; COELHO, M. A. N.; PEIXOTO, A. L.; PIRANI, J. R.; PRADO, J.; QUEIROZ, L. P.; SOUZA, V. C.; STEHMANN, J. R.; SYLVESTRE, L. S.; WALTER, B. M. T.; ZAPPI, D. (ed.). Catálogo de plantas e fungos do Brasil. Rio de Janeiro: Andrea Jakobsson Estúdio: Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro, 2010.| Tipo: Autoria/Organização/Edição de Livros |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 17. | | FORZZA, R. C.; BAUMBRATZ, J. F. A.; BICUDO, C. E. M.; CANHOS, D. A. L.; CARVALHO JUNIOR, A. A.; COELHO, M. A. N.; COSTA, A. F.; COSTA, D. P.; HOPKINS, M. G.; LEITMAN, P. M.; LOHMANN, L. G.; LUGHADHA, E. N.; MAIA, L. C.; MARTINELLI, G.; MENEZES, M.; MORIM, M. P.; PEIXOTO, A. L.; PIRANI, J. R.; PRADO, J.; QUEIROZ, L. P.; SOUZA, S.; SOUZA, V. C.; STEHMANN, J. R.; SYLVESTRE, L. S.; WALTER, B. M. T.; ZAPPI, D. C. New Brazilian Floristic List Highlights Conservation Challenges. BioScience, v. 62, n. 1, p. 3945, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 18. | | FORZZA, R. C.; BAUMGRATZ, J. F. A.; BICUDO, C. E. M.; CANHOS, D. A. L.; CARVALHO JÚNIOR, A. A.; COSTA, A.; COSTA, D. P.; HOPKINS, M.; LEITMAN, P. M.; LOHMANN, L. G.; LUGHADHA, E. N.; MAIA, L. C.; MARTINELLI, G.; MENEZES, M.; MORIM, M. P.; COELHO, M. A. N.; PEIXOTO, A. L.; PIRANI, J. R.; PRADO, J.; QUEIROZ, L. P.; SOUZA, S. de; SOUZA, V. C.; STEHMANN, J. R.; SYLVESTRE, L. S.; WALTER, B. M. T.; ZAPPI, D. Síntese da diversidade brasileira. In: FORZZA, R. C.; BAUMGRATZ, J. F.; BICUDO, C. E. M.; CARVALHO JÚNIOR, A. A.; COSTA, A.; COSTA, D. P.; HOPKINS, M.; LEITMAN, P. M.; LOHMANN, L. G.; MAIA, L. C.; MARTINELLI, G.; MENEZES, M.; MORIM, M. P.; COELHO, M. A. N.; PEIXOTO, A. L.; PIRANI, J. R.; PRADO, J.; QUEIROZ, L. P.; SOUZA, V. C.; STEHMANN, J. R.; SYLVESTRE, L. S.; WALTER, B. M. T.; ZAPPI, D. (Ed.). Catálogo de plantas e fungos do Brasil Rio de Janeiro: Andrea Jakobsson Estúdio: Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro, 2010. v. 1 p. 21-42| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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