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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
18/01/2017 |
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Data da última atualização: |
18/01/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GLÓRIA, L. S.; CRUZ, C. D.; VIEIRA, R. A. M.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; SIQUEIRA, O. H. G. B. D. de; SILVA, F. F. e. |
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Afiliação: |
Leonardo Siqueira Glória, UFV; Cosme Damião Cruz, UFV; Ricardo Augusto Mendonça Vieira, Universidade Estadual do Norte Fluminense; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Paulo Sávio Lopes, UFV; Otávio H. G. B. Dias de Siqueira, UFV; Fabyano Fonseca e Silva, UFV. |
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Título: |
Accessing marker effects and heritability estimates from genome prediction by Bayesian regularized neural networks. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 191, p. 91-96, Sept. 2016. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.1016/j.livsci.2016.07.015 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Recently, there is an increasing interest on semi- and non-parametric methods for genome-enabled prediction, among which the Bayesian regularized artificial neural networks (BRANN) stand. We aimed to evaluate the predictive performance of BRANN and to exploit SNP effects and heritability estimates using two different approaches (relative importance-RI, and relative contribution-RC). Additionally, we aimed also to compare BRANN with the traditional RR-BLUP and BLASSO by using simulated datasets. The simplest BRANN (net1), RR-BLUP and BLASSO methods outperformed other more parameterized BRANN (net2, net3, ? net6) in terms of predictive ability. For both simulated traits (Y1 and Y2) the net1 provided the best h2 estimates (0.33 for both, being the true h2=0.35), whereas RR-BLUP (0.18 and 0.22 for Y1 and Y2, respectively) and BLASSO (0.20 and 0.26 for Y1 and Y2, respectively) underestimated h2. The marker effects estimated from net1 (using RI and RC approaches) and RR-BLUP were similar, but the shrinkage strength was remarkable for BLASSO on both traits. For Y1, the correlation between the true fifty QTL effects and the effects estimated for the SNPs located in the same QTL positions were 0.61, 0.60, 0.60 and 0.55, for RI, RC, RR-BLUP and BLASSO; and for Y2, these correlations were 0.81, 0.81, 0.81 and 0.71, respectively. In summary, we believe that estimates of SNP effects are promising quantitative tools to bring discussions on chromosome regions contributing most effectively to the phenotype expression when using ANN for genomic predictions. MenosRecently, there is an increasing interest on semi- and non-parametric methods for genome-enabled prediction, among which the Bayesian regularized artificial neural networks (BRANN) stand. We aimed to evaluate the predictive performance of BRANN and to exploit SNP effects and heritability estimates using two different approaches (relative importance-RI, and relative contribution-RC). Additionally, we aimed also to compare BRANN with the traditional RR-BLUP and BLASSO by using simulated datasets. The simplest BRANN (net1), RR-BLUP and BLASSO methods outperformed other more parameterized BRANN (net2, net3, ? net6) in terms of predictive ability. For both simulated traits (Y1 and Y2) the net1 provided the best h2 estimates (0.33 for both, being the true h2=0.35), whereas RR-BLUP (0.18 and 0.22 for Y1 and Y2, respectively) and BLASSO (0.20 and 0.26 for Y1 and Y2, respectively) underestimated h2. The marker effects estimated from net1 (using RI and RC approaches) and RR-BLUP were similar, but the shrinkage strength was remarkable for BLASSO on both traits. For Y1, the correlation between the true fifty QTL effects and the effects estimated for the SNPs located in the same QTL positions were 0.61, 0.60, 0.60 and 0.55, for RI, RC, RR-BLUP and BLASSO; and for Y2, these correlations were 0.81, 0.81, 0.81 and 0.71, respectively. In summary, we believe that estimates of SNP effects are promising quantitative tools to bring discussions on chromosome regions contributing most effectively ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genetic parameters; QTL; Redes neurais. |
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Thesagro: |
Parâmetro Genético. |
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Thesaurus Nal: |
Marker-assisted selection; Neural networks. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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700 1 $aSILVA, F. F. e
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 18 | |
| 4. |  | COSTA, R. R.; ROCHA, A. S.; MOREIRA, A. S.; ABI-ZAID, K. C. F.; SILVA, M. R.; GUIMARAES, M. D. C.; SUFFYS, P. N.; OLIVEIRA, V. M. Identificação do complexo Mycobacterium tuberculosis com base na amplificação e sequenciamento do gene oxyr de esfregaços de escarro corados por ziehl-neelsen arquivados no Brasil. Revista Médica de Minas Gerais, v. 22, supl. 2, p. S129, 2012. Edição dos resumos do 3º Fórum Científico da Fundação Hospitalar do Estado de Minas Gerais, Juiz de Fora, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 5. | | SILVA, M. R.; GUIMARAES, M. D. C.; OLIVEIRA, V. M. de; COSTA, R. R.; ABI-ZAID, K. C. F.; ARAUJO, F. R.; ROCHA, A. S.; SUFFYS, P. N. Identification of Mycobacterium tuberculosis complex based on amplification and sequencing of the oxyP pseudogene from stored Ziehl-Neelsen-stained sputum smears in Brazil. In: Simpósio Embrapa LabEx EUA de Sanidade Animal, 2., 2012, Brasília. Proceedings... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012 p. 56| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 6. | | SILVA, M. R.; ROCHA, A. da S.; SOUZA, G. N. de; COSTA, R. R. da; ALENCAR, A. P. de; SUFFYS, P. N.; GUIMARÃES, M. D. C. Lácteos não-pasteurizados/pecuária/agroindústria e infecções humanas por Mycobacterium bovis no Brasil. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 10.; WORKSHOP SOBRE POLÍTICAS PÚBLICAS, 10.; SIMPÓSIO DE SUSTENTABILIDADE DA ATIVIDADE LEITEIRA, 11., 2011, Maceió. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2011. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | COSTA, R. R.; ROCHA, A. S.; ALENCAR, A. P.; SOUZA, G. N. de; SILVA, M. R.; GUIMARAES, M. D. C.; SUFFYS, P. N. Fatores associados a infecções humanas por Mycobacterium bovis no Brasil. Revista Médica de Minas Gerais, v. 22, supl. 2, p. S167, 2012. Edição dos resumos do 3º Fórum Científico da Fundação Hospitalar do Estado de Minas Gerais, Juiz de Fora, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | SILVA, M. R.; OLIVEIRA, V. M. de; SOUZA, G. N. de; ROCHA, A. S.; COSTA, R. R.; ARAUJO, F. R.; SUFFYS, P. M.; GUIMARAES, M. D. C. Risk factors for Mycobacterium bovis and M. avium-intracellulare human infections in Brazil. In: Simpósio Embrapa LabEx EUA de Sanidade Animal, 2., 2012, Brasília. Proceedings... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012 p. 52| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 9. | | SILVA, M. R.; OLIVEIRA, V. M. de; SOUZA, G. N. de; ROCHA, A. DA S.; COSTA, R. R.; ARAUJO, F. R.; SUFFYS, P. N.; GUIMARAES, M. D. C. Risk factors for Mycobacterium bovis and M. avium-intracellulare human infections in Brazil. In: Simpósio Embrapa LabEx EUA de Sanidade Animal, 2., 2012, Brasília. Proceedings... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012 p. 53| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 10. | | COSTA, R. R.; ROCHA, A. S.; ARAUJO, F. R.; SILVA, M. R.; GUIMARAES, M. D. C.; SUFFYS, P. N.; OLIVEIRA, V. M. Tuberculose zoonótica devida a Mybacterium bovis em Juiz de Fora, Minas Gerais, Brasil. Revista Médica de Minas Gerais, v. 22, supl. 2, p. S147, 2012. Edição dos resumos do 3º Fórum Científico da Fundação Hospitalar do Estado de Minas Gerais, Juiz de Fora, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 11. | | SILVA, M. R.; ROCHA, A. da S.; SUFFYS, P. N.; SOUZA, G. N. de; COSTA, R. R. da; ALENCAR, A. P. de; GUIMARÃES, M. D. C. Tuberculose zoonótica devida a Mycobacterium bovis em Juiz de Fora, Minas Gerais, Brasil. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 10.; WORKSHOP SOBRE POLÍTICAS PÚBLICAS, 10.; SIMPÓSIO DE SUSTENTABILIDADE DA ATIVIDADE LEITEIRA, 11., 2011, Maceió. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2011. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 12. | | SILVA, M. R.; GUIMARAES, M. D. C.; OLIVEIRA, V. M. de; COSTA, R. R.; ABI-ZAID, K. C. L.; ARAUJO, F. R.; ROCHA, A. DA S.; SUFFYS, P. N. Identification of Mycobacterium tuberculosis complex based on amplification and sequencing of the oxyP pseudogene from stored Ziehl-Neelsen-stained sputum smears in Brazil. In: Simpósio Embrapa LabEx EUA de Sanidade Animal, 2., 2012, Brasília. Proceedings... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012 57 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 13. | | SILVA, M. R.; GUIMARÃES, M. D. C.; VEIGA, V. M. de O.; MOREIRA, A. dos S.; COSTA, R. R. da; ABI-ZAID, K. C. F.; ROCHA, A. da S.; SUFFYS, P. N. Identification of Mycobacterium tuberculosis complex based on amplification and sequencing of the oxyR pseudogene from stored Ziehl-Neelsen-stained sputum smears in Brazil. Memorias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 106, n. 1, p. 9-15, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | SILVA, M. R.; ROCHA, A. da S.; ARAUJO, F. R.; FONSECA-JÚNIOR, A. A.; ALENCAR, A. P. de; SUFFYS, P. N.; COSTA, R. R. da; MOREIRA, M. A. S.; GUIMARÃES, M. D. C. Risk factors for human Mycobacterium bovis infections in an urban area of Brazil. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 113, n. 8, p. e170445, 2018. 6 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite. |
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| 15. | | SILVA, M. R.; GUIMARÃES, M. D. C.; OLIVEIRA, V. M. de; COSTA, R. R.; ABI-ZAID, K. C. F.; ARAUJO, F. R.; SOUZA, G. N. de; REIS, R. A.; HYLARIO, S. M.; AMARAL, C. M.; SUFFYS, P. N.; ROCHA, A. DA SILVA. Identification of Mycobacterium tuberculosis complex based on amplification and sequencing of the oxyR pseudogene from stored Ziehl-Neelsen-stained sputum smears in Brazil. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 11.; WORKSHOP DE POLÍTICAS PÚBLICAS, 11.; SIMPÓSIO DE SUSTENTABILIDADE DA ATIVIDADE LEITEIRA, 12., 2012, Goiânia. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | SILVA, M. R.; ROCHA, A. S.; COSTA, R. R.; ALENCAR, A. P.; OLIVEIRA, V. M. de; FONSECA JÚNIOR, A. A.; SALES, M. L.; ISSA, M. O.; SOARES FILHO, P. M.; PEREIRA, O. T. V.; SANTOS, E. C.; MENDES, R. S.; FERREIRA, A. M. de J.; MOTA, P. M. P. C.; SUFFYS, P. N.; GUIMARAES, M. D. C. Tuberculosis patients co-infected with Mycobacterium bovis and Mycobacterium tuberculosis in an urban area of Brazil. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 108, n. 3, p. 321-327, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 17. | | SILVA, M. R.; OLIVEIRA, V. M. de; SOUZA, G. N. de; ROCHA, A. S.; COSTA, R. R.; ALENCAR, A. P.; FILHO, P. S. M.; PEREIRA, O. T. V.; SANTOS, E. C.; ISSA, M. O.; MOTA, P. M. P. C.; ARAUJO, F. R.; SUFFYS, P. N.; GUIMARAES, M. D. C. Tuberculosis patients co-infected with Mycobacterium bovis in an urban area in Brazil. In: Simpósio Embrapa LabEx EUA de Sanidade Animal, 2., 2012, Brasília. Proceedings... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012 p. 54| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 18. | | SILVA, M. R.; OLIVEIRA, V. M. de; SOUZA, G. N. de; SILVA ROCHA, A. DA; COSTA, R. R.; ALENCAR, A. P.; FILHO, P. S. M.; PEREIRA, O. T. V.; SANTOS, E. C.; ISSA, M. O.; MOTA, P. M. P. C.; ARAUJO, F. R.; SUFFYS, P. N.; GUIMARAES, M. D. C. Tuberculosis patients co-infected with Mycobacterium bovis in an urban area in Brazil. In: Simpósio Embrapa LabEx EUA de Sanidade Animal, 2., 2012, Brasília. Proceedings... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012 P. 55| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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