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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
19/02/2013 |
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Data da última atualização: |
24/06/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PETROLI, C. D.; SANSALONI, C. P; CARLING, J.; STEANE, D. A.; VAILLANCOURT, R. E.; MYBURG, A. M.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JUNIOR, G. J.; KILIAN, A.; GRATTAPAGLIA, D. |
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Afiliação: |
CESAR D. PETROLI, UNB; CAROLINA P. SANSALONI, UNB; JASON CARLING, DIVERSITY ARRAYS TECHNOLOGY PTY LTD.; DOROTHY A. STEANE, UNIVERSITY OF TASMANIA; RENE E. VAILLANCOURT, UNIVERSITY OF TASMANIA; ALEXANDER A. MYBURG, UNIVERSITY OF PRETORIA; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, CENARGEN; GEORGIOS JOANNIS PAPPAS JUNIOR, CENARGEN; ANDRZEJ KILIAN, DIVERSITY ARRAYS TECHNOLOGY PTY LTD.; DARIO GRATTAPAGLIA, CENARGEN. |
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Título: |
Genomic characterization of DArT markers based on high-density linkage analysis and physical mapping to the Eucalyptus genome. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 7, n. 9, set. 2012. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Diversity Arrays Technology (DArT) provides a robust, high throughput, cost-effective method to query thousands of sequence polymorphisms in a single assay. Despite the extensive use of this genotyping platform for numerous plant species, little is known regarding the sequence attributes and genome-wide distribution of DArT markers. We investigated the genomic properties of the 7,680 DArT marker probes of a Eucalyptus array, by sequencing them, constructing a high density linkage map and carrying out detailed physical mapping analyses to the Eucalyptus grandis reference genome. A consensus linkage map with 2,274 DArT markers anchored to 210 microsatellites and a framework map, with improved support for ordering, displayed extensive collinearity with the genome sequence. Only 1.4 Mbp of the 75 Mbp of still unplaced scaffold sequence was captured by 45 linkage mapped but physically unaligned markers to the 11 main Eucalyptus pseudochromosomes, providing compelling evidence for the quality and completeness of the current Eucalyptus genome assembly. A highly significant correspondence was found between the locations of DArT markers and predicted gene models, while most of the 89 DArT probes unaligned to the genome correspond to sequences likely absent in E. grandis, consistent with the pan-genomic feature of this multi-Eucalyptus species DArT array. These comprehensive linkage-to-physical mapping analyses provide novel data regarding the genomic attributes of DArT markers in plant genomes in general and for Eucalyptus in particular. DArT markers preferentially target the gene space and display a largely homogeneous distribution across the genome, thereby providing superb coverage for mapping and genome-wide applications in breeding and diversity studies. Data reported on these ubiquitous properties of DArT markers will be particularly valuable to researchers working on less-studied crop species who already count on DArT genotyping arrays but for which no reference genome is yet available to allow such detailed characterization. MenosDiversity Arrays Technology (DArT) provides a robust, high throughput, cost-effective method to query thousands of sequence polymorphisms in a single assay. Despite the extensive use of this genotyping platform for numerous plant species, little is known regarding the sequence attributes and genome-wide distribution of DArT markers. We investigated the genomic properties of the 7,680 DArT marker probes of a Eucalyptus array, by sequencing them, constructing a high density linkage map and carrying out detailed physical mapping analyses to the Eucalyptus grandis reference genome. A consensus linkage map with 2,274 DArT markers anchored to 210 microsatellites and a framework map, with improved support for ordering, displayed extensive collinearity with the genome sequence. Only 1.4 Mbp of the 75 Mbp of still unplaced scaffold sequence was captured by 45 linkage mapped but physically unaligned markers to the 11 main Eucalyptus pseudochromosomes, providing compelling evidence for the quality and completeness of the current Eucalyptus genome assembly. A highly significant correspondence was found between the locations of DArT markers and predicted gene models, while most of the 89 DArT probes unaligned to the genome correspond to sequences likely absent in E. grandis, consistent with the pan-genomic feature of this multi-Eucalyptus species DArT array. These comprehensive linkage-to-physical mapping analyses provide novel data regarding the genomic attributes of DArT markers in pla... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Caracterização genómica; Dart genotyping; Genoma do Eucalipto; Microsatellite genotyping. |
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Thesagro: |
Genoma. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 31 | |
| 6. |  | MARQUES, E. J. N.; FREITAS, S. T. de; FIGUEIREDO NETO, A.; CAVALCANTE, I. H. L. Espectroscopia na região do infravermelho próximo (NIR): técnica analítica não destrutiva para determinação da qualidade de manga. In: FIGUEIREDO NETO, A.; ALMEIDA, F. de A. C.; CAVALCANTE, I. H. L. Manga: maturação, colheita e conservação. Petrolina: Univasf, 2017. cap. 3, p. 63-87.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 9. | | FIGUEIREDO NETO, A. F.; DANTAS, B. F.; SILVA, J. C.; OLIVIER, N. C.; SILVA, M. F. Resistência ao fluxo de ar das vagens de amendoim com diferentes percentuais de impurezas. Nucleus, Ituverava, v. 9, n. 1, p. 85-91, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 13. | | QUEIROGA, V. de P.; ALMEIDA, F. de A. C.; GIRAO, E. G.; ALBUQUERQUE, E. M. de; FIGUEIREDO NETO, A. Geração de tecnologia. In: QUEIROGA, V. de P.; ALMEIDA, F. de A. C.; GIRÃO, E. G.; FIGUEIREDO NETO, A.; ALBUQUERQUE, E. M. B. de. (Ed.). Amendoim orgânico: tecnologia de produção para o Nordeste brasileiro. Fortaleza: AREPB, 2018. Cap. 1 p. 11-34.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 15. | | FIGUEIREDO NETO, A.; DANTAS, B. F.; SILVA, F. F. S.; PEREIRA, A. L.; ANDREO-SOUZA, Y.; ARAGÃO, C. A. Produção de sementes de alfafa no semiárido nordestino. Informativo Abrates, Londrina, v. 19, n. 2, p. 591, set. 2009. Edição dos resumos do XVI Congresso Brasileiro de Sementes, Curitiba, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 16. | | FIGUEIREDO NETO, A.; ALMEIDA, F, A. C.; DANTAS, B. F.; GARRIDO, M. da S.; ARAGÃO, C. A. Maturação fisiológica de sementes de abóbora (Curcubita moschata Duch) produzidas no Semiárido. Comunicata Scientiae, v. 5, n. 3, p. 302-310, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 19. | | SOUZA, F. de F.; DIAS, R. de C. S.; FREITAS, S. T. de; FIGUEIRÊDO NETO, A.; BRITO, E. T. S.; SANTOS, D. E. P. S. Avaliação de parâmetros genéticos em progênies F3 de melancia e seleção para intensidade da cor da polpa. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 31, p. S1851-S1858, 2014. Suplemento. Edição dos Anais do 53 Congresso Brasileiro de Olericultura, jul. 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 20. | | NOBREGA, M. B. de M.; FIGUEIREDO NETO, A.; ANDRADE, F. P.; SILVA, A. F.; SOUZA, A. P. B.; LEITE, E. J. Caracterizacao de germoplasma de mamona (Ricinus comunnis) - 1. Sementes. In: SIMPOSIO DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA E CARIBE, 2., 1999, Brasilia, DF. Anais... Brasilia: Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia, 1999. CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| Registros recuperados : 31 | |
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