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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
11/08/2021 |
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Data da última atualização: |
11/08/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOPES, J. M. L.; MATOS, E. M. de; ZORZATTO, C.; AZEVEDO, A. L. S.; MACHADO, M. A.; CHESTER, M.; VICCINI, L. F. |
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Afiliação: |
JULIANA MAINENTI LEAL LOPES, Universidade Federal de Juiz de Fora; ELYABE MONTEIRO DE MATOS, Universidade Federal de Juiz de Fora; CRISTIANE ZORZATTO, Universidade Federal de Juiz de Fora; ANA LUISA SOUSA AZEVEDO, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MICHAEL CHESTER, Royal Botanic Gardens; LYDERSON FACIO VICCINI, Universidade Federal de Juiz de Fora. |
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Título: |
Development of microsatellite markers for Lippia alba and related Lippia species. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, v. 47, p. 4911-4915, 2020 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-020-05445-z |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Microsatellite primers were developed in Lippia alba complex to better understanding the origins and evolution of the species. We sought to increase the numbers of available simple sequence repeat (SSR) markers. We performed low-coverage (~ twofold) genomic DNA sequencing of a diploid accession and generated a de novo assembly comprising 175,572 contigs. Sixteen SSR loci were selected and of these 13 SSR loci were successfully amplified in 20 L. alba tetraploid accessions and in 12 other Lippia species. Only one SSR locus was monomorphic, whereas 12 loci were polymorphic, yielding one to nine alleles. The heterozygosity was similar among markers, with values of 0.274?0.485; the polymorphism information content values varied from 0.237 to 0.367. These markers were successfully amplified in related species with 85% of transferability on average. Thus, we demonstrate the utility of including a de novo assembly step to obtain SSR markers from low-coverage genomic datasets. |
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Palavras-Chave: |
Simple sequence repeat; SSR. |
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Thesagro: |
Genética; Marcador Genético. |
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Thesaurus Nal: |
Phyla (Verbenaceae); Polyploidy. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 01797naa a2200277 a 4500
001 2133464
005 2021-08-11
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s11033-020-05445-z$2DOI
100 1 $aLOPES, J. M. L.
245 $aDevelopment of microsatellite markers for Lippia alba and related Lippia species.$h[electronic resource]
260 $c2020
520 $aMicrosatellite primers were developed in Lippia alba complex to better understanding the origins and evolution of the species. We sought to increase the numbers of available simple sequence repeat (SSR) markers. We performed low-coverage (~ twofold) genomic DNA sequencing of a diploid accession and generated a de novo assembly comprising 175,572 contigs. Sixteen SSR loci were selected and of these 13 SSR loci were successfully amplified in 20 L. alba tetraploid accessions and in 12 other Lippia species. Only one SSR locus was monomorphic, whereas 12 loci were polymorphic, yielding one to nine alleles. The heterozygosity was similar among markers, with values of 0.274?0.485; the polymorphism information content values varied from 0.237 to 0.367. These markers were successfully amplified in related species with 85% of transferability on average. Thus, we demonstrate the utility of including a de novo assembly step to obtain SSR markers from low-coverage genomic datasets.
650 $aPhyla (Verbenaceae)
650 $aPolyploidy
650 $aGenética
650 $aMarcador Genético
653 $aSimple sequence repeat
653 $aSSR
700 1 $aMATOS, E. M. de
700 1 $aZORZATTO, C.
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700 1 $aMACHADO, M. A.
700 1 $aCHESTER, M.
700 1 $aVICCINI, L. F.
773 $tMolecular Biology Reports$gv. 47, p. 4911-4915, 2020
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
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Status |
URL |
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| Registros recuperados : 10 | |
| 1. |  | FARIA, P. F. L.; CARVALHO, E. M. R. de; LIMA, C. R.; CARVALHO, S. R. de. Uso da cama de frango e da silagem de milho na alimentação de novilhas leiteiras durante a estação seca. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 10, n. 4, p. 37-41, 1975. (Zootecnia). Título em inglês: Corn silage and poultry litter for dairy heifers during the dry season.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 2. | | OLIVEIRA, B. A. D. DE; FARIA, P. R. DE S.; SOUTO, S. M.; CARNEIRO, A. M.; DOBEREINER, J.; ARONOVICH, A. Identificação de gramineas tropicais com via fotossintetica "C4" pela anatomia foliar. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 8, p. 267-271, 1973.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 3. | | OLIVEIRA, B. A. D. de; FARIA, P. R. de S.; SOUTO, S. M.; CARNEIRO, A. M.; DOBEREINER, J.; ARONOVICH, S. Identificação de gramíneas tropicais com via fotossintética "C4" pela anatomia foliar. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 8, n. 8, p. 267-271, 1973. (Agronomia). Título em inglês: Identification of tropical grasses with the C-4 phostosynthetic pathway by their leaf anatomy.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 4. | | OLIVEIRA, B. A. D. de; FARIA, P. R. de S.; SOUTO, S. M.; CARNEIRO, A. M.; DOBEREINER, Johanna; ARONOVICH, A. Identificação de gramíneas tropicais com via fotossintética "C4" pela anatomia foliar. Pesquisa. Agropecuária. Brasileira, Rio de Janeiro, v. 8, p. 267-271, 1973.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 5. | | FARIA, P. R.; GONÇALVES, F. J.; ARAÚJO, L. G. de; FILIPPI, M. C. C.; CHAIBUB, A. A.; SIBOV, S. T. Identificação de fungos associados a raízes de Cyrtopodium vernum Rchb. f. & Warm (Orchidaceae). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 17.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 4., 2009, Aracaju. Ciência, inovação e sustentabilidade: anais. Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2009. (Embrapa Tabuleiros Costeiros. Documentos, 150).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 6. | | CECON, P. R.; SILVA, F. F. e; FERREIRA, A.; FERRÃO, R. G.; CARNEIRO, A. P. S.; DETMANN, E.; FARIA, P. N.; MORAIS, T. S. da S. Análise de medidas repetidas na avaliação de clones de café 'Conilon'. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 9, p. 1171-1176, set. 2008. Título em inglês: Repeated measure analysis in the clonal evaluation in 'Conilon' coffee.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 7. | | SAVIO, F. L.; FARIA, P. N.; PEREIRA, W. A.; OLIVEIRA, A. B. de; TARDIN, F. D.; RODRIGUES, J. A. S.; SCHAFFERT, R. E. Divergência genética em híbridos de sorgo cultivados sob diferentes níveis de fósforo, em solução nutritiva. Revista Brasileira de Milho e Sorgo, Sete Lagoas, v. 7, n. 3, p. 305-321, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 8. | | DARGÈRE, A. F.; PINTO, S. M.; SILVA, J. G. E; GARBOSSA, C. A. P.; BATISTA, D. S.; CORREIA, L. F.; MARÇAL, J. O.; FARIA, P. B. Lipid profile of artisanal Minas cheese from certified regions in the state of Minas Gerais, Brazil. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 58, e03212, 2023. Título em português: Perfil lipídico de queijo minas artesanal de regiões certificadas no estado de Minas Gerais, Brasil.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 9. | | TAMEIRÃO, E. R.; FARIA, P. H. A. de; GONZAGA, L. W. F.; ALMEIDA, J. V. F. C. de; SOUSA, T. M.; BRANDAO, H. de M.; FERRANTE, M. Modelagem farmacocinética/farmacodinâmica do florfenicol para o tratamento da adenite equina por meio da simulação de Monte Carlo. Revista Brasileira de Ciência Veterinária, v. 28, n. 2, p. 75-80, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 10. | | FARIA, P.; ROSSE, I.; FONSECA, P. A.; ZERLOTINI, A.; ORELLANA, S. C.; ARAUJO, F.; DRUMMOND, B.; LOPEZ, B.; GUEDES, E.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARAES, M. de F. M.; COIMBRA, R.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. New indel polymorphisms in ZFY and TSPY genes, in the indicine breed Gir, discovered through next generation sequencing. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. Proceedings... Florianópolis: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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